<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  AL672044.7	58649	GATCATCAATAAAATCCACAAGAACATGTGGTCTGGTCCTTTAAATGGGA	58698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	89159	GATCATCAATAAAATCCACAAGAACATGTGGTCTGGTCCTTTAAATGGGA	89110

  AL672044.7	58699	ATGAAGCACGTGGACCCTATTGTTTGTTTGTGTTTGAAGTTTTTGAGTCA	58748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	89109	ATGAAGCACGTGGACCCTATTGTTTGTTTGTGTTTGAAGTTTTTGAGTCA	89060

  AL672044.7	58749	GATCTTGGATATCAGGACTGGGGCCTTGGGGTGCATCCAGAATCACTAAC	58798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	89059	GATCTTGGATATCAGGACTGGGGCCTTGGGGTGCATCCAGAATCACTAAC	89010

  AL672044.7	58799	TGCCTGAGTCGGGGCAGATGCTTAAGCTGGAGGAATACTGATGCTGGAAC	58848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	89009	TGCCTGAGTCGGGGCAGATGCTTAAGCTGGAGGAATACTGATGCTGGAAC	88960

  AL672044.7	58849	ATTATAATGTCTAAAAGAGAGAGGAAGGTTAGAGTTGATGGAGGTCAAAC	58898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88959	ATTATAATGTCTAAAAGAGAGAGGAAGGTTAGAGTTGATGGAGGTCAAAC	88910

  AL672044.7	58899	GCACATATATGGCAGTATATTTAATCAGTCTTAGGTAATATGTTAAAAAC	58948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88909	GCACATATATGGCAGTATATTTAATCAGTCTTAGGTAATATGTTAAAAAC	88860

  AL672044.7	58949	TCTCACCTCACTTTTAGGATCTGCAGCTTTGGGAACATCTGTGGCATTTC	58998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88859	TCTCACCTCACTTTTAGGATCTGCAGCTTTGGGAACATCTGTGGCATTTC	88810

  AL672044.7	58999	TGCGATTATGTGAGAGATGTCATGACAGCACAGGTCCAGGTGAAGGTGGA	59048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88809	TGCGATTATGTGAGAGATGTCATGACAGCACAGGTCCAGGTGAAGGTGGA	88760

  AL672044.7	59049	GGAGTTCTGGCAGCCGTTTAGCCAGGATCCTGACTGACGCCAGATCTGCC	59098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88759	GGAGTTCTGGCAGCCGTTTAGCCAGGATCCTGACTGACGCCAGATCTGCC	88710

  AL672044.7	59099	TTCACTCCCATGAGGGACAGACGACGCACAGTCCTGGGGATGGAGCCAGC	59148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88709	TTCACTCCCATGAGGGACAGACGACGCACAGTCCTGGGGATGGAGCCAGC	88660

  AL672044.7	59149	GTACATTTCCAGCGAGTATCCATCTGGAAAACACAAACATGTGTCTAAGA	59198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88659	GTACATTTCCAGCGAGTATCCATCTGGAAAACACAAACATGTGTCTAAGA	88610

  AL672044.7	59199	ATCTATTGTGGTTAAAAGAATTTAAATGACAAAGATTGGACAATGACCCC	59248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88609	ATCTATTGTGGTTAAAAGAATTTAAATGACAAAGATTGGACAATGACCCC	88560

  AL672044.7	59249	TGCTTTAAACCAATATAAAATCTAATAATAGTAGGGGAAACACAGTGGCA	59298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88559	TGCTTTAAACCAATATAAAATCTAATAATAGTAGGGGAAACACAGTGGCA	88510

  AL672044.7	59299	CAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCAGGTTGCTGGTTCGAGCCTTGGCTGGCT	59348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88509	CAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCAGGTTGCTGGTTCGAGCCTTGGCTGGCT	88460

  AL672044.7	59349	CAGTTGGCGTTTCTGTGTGAAGTTTACATTGTTCTCCCTGCGTTCATGCG	59398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88459	CAGTTGGCGTTTCTGTGTGAAGTTTACATTGTTCTCCCTGCGTTCATGCG	88410

  AL672044.7	59399	AGTTTCATCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTA	59448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88409	AGTTTCATCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTA	88360

  AL672044.7	59449	CAGGTGAATTGGGTAGGCTTAACTGTCTGTAGTGTATATGCGTGTATGGA	59498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88359	CAGGTGAATTGGGTAGGCTTAACTGTCTGTAGTGTATATGCGTGTATGGA	88310

  AL672044.7	59499	TGTTTCCCAGAGAGGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAACA	59548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88309	TGTTTCCCAGAGAGGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAACA	88260

  AL672044.7	59549	TATGCTATATGTATCCGTTATGTATGCTATATGGATACATATATGTATCC	59598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88259	TATGCTATATGTATCCGTTATGTATGCTATATGGATACATATATGTATCC	88210

  AL672044.7	59599	CTGCATCCCTAAAAATAATAATACATTTAAGCATTCTTTTTAAATATATT	59648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88209	CTGCATCCCTAAAAATAATAATACATTTAAGCATTCTTTTTAAATATATT	88160

  AL672044.7	59649	TTATGACAAATATAATATATTACTATTAAAATTGCTTATCAGTTGCATTT	59698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88159	TTATGACAAATATAATATATTACTATTAAAATTGCTTATCAGTTGCATTT	88110

  AL672044.7	59699	TATTAGAGATTCTTTGCTAGTTCATACATAAAAACTAGCTCTGAAATGAT	59748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88109	TATTAGAGATTCTTTGCTAGTTCATACATAAAAACTAGCTCTGAAATGAT	88060

  AL672044.7	59749	GAATAATTGATTTAAGGCAATTTAATTGTTGGCCTCTTTTAAAGTGTTAG	59798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88059	GAATAATTGATTTAAGGCAATTTAATTGTTGGCCTCTTTTAAAGTGTTAG	88010

  AL672044.7	59799	TCCAGCCAAAAACATTCTGCCATTAATTACTCACCTTTGTGTCTCTCCAA	59848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	88009	TCCAGCCAAAAACATTCTGCCATTAATTACTCACCTTTGTGTCTCTCCAA	87960

  AL672044.7	59849	CCACCAGAGACCTTCATTTATCATTGGAACACATATTAAAATATTTTAGA	59898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87959	CCACCAGAGACCTTCATTTATCATTGGAACACATATTAAAATATTTTAGA	87910

  AL672044.7	59899	TGAAATGTGAGCTCTCTCTCATCCTCGTCTGGGTGCGCGATTACTTGGCC	59948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87909	TGAAATGTGAGCTCTCTCTCATCCTCGTCTGGGTGCGCGATTACTTGGCC	87860

  AL672044.7	59949	AGTGTTTCTTAACCATGTTCCTGGAAGACCAGCAAAACTGCATGTTTTGG	59998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87859	AGTGTTTCTTAACCATGTTCCTGGAAGACCAGCAAAACTGCATGTTTTGG	87810

  AL672044.7	59999	ATGTCTCCTTTGTCCGTCACATCATTACAGGTCTTTCAGTCTCTGCTAAT	60048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87809	ATGTCTCCTTTGTCCGTCACATCATTACAGGTCTTTCAGTCTCTGCTAAT	87760

  AL672044.7	60049	GATCTGATGATCCTCCACAAACGTGGTTGAGAAACACTGGCCTAGAAAAC	60098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87759	GATCTGATGATCCTCCACAAACGTGGTTGAGAAACACTGGCCTAGAAAAC	87710

  AL672044.7	60099	ACACACGCTGACGATCATGTGAGAGCTCTTGGATTTCACCTAAAATATTT	60148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87709	ACACACGCTGACGATCATGTGAGAGCTCTTGGATTTCACCTAAAATATTT	87660

  AL672044.7	60149	TAATGTGTTCAGATAATGAATGAAGGCCTTGGGTGGTTGGAGCAACAGAG	60198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87659	TAATGTGTTCAGATAATGAATGAAGGCCTTGGGTGGTTGGAGCAACAGAG	87610

  AL672044.7	60199	GTAAATAATTATTAACAGAATGTTCGTTTTACTAAGTAAAACGTTTACTT	60248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87609	GTAAATAATTATTAACAGAATGTTCGTTTTACTAAGTAAAACGTTTACTT	87560

  AL672044.7	60249	ATTAAGACTTGCTAACTTTGGACTGCCCTTATGTACACCCAGGCCTGACA	60298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87559	ATTAAGACTTGCTAACTTTGGACTGCCCTTATGTACACCCAGGCCTGACA	87510

  AL672044.7	60299	CATTAGACTAGATATAGGTAAATAGAGTTATATTTACAGTTTTTTTTGTT	60348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87509	CATTAGACTAGATATAGGTAAATAGAGTTATATTTACAGTTTTTTTTGTT	87460

  AL672044.7	60349	TTTTGCTAAATAAAAAGTGTATTTGGAGCTTCAAATGGTAAGCATGTAGT	60398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87459	TTTTGCTAAATAAAAAGTGTATTTGGAGCTTCAAATGGTAAGCATGTAGT	87410

  AL672044.7	60399	GGCATACTTTGTTCCTTTTCTAAACTTTGAACTTCTTGTGACCATTGCTG	60448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87409	GGCATACTTTGTTCCTTTTCTAAACTTTGAACTTCTTGTGACCATTGCTG	87360

  AL672044.7	60449	TCTATGGAGGATATGAGAGCTCTCACATTTCATCTAAAATATTTTAATGT	60498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87359	TCTATGGAGGATATGAGAGCTCTCACATTTCATCTAAAATATTTTAATGT	87310

  AL672044.7	60499	CTTCCGAAAATAAAAATGAAAATCTCAAAAGACTGTAATAACATGAGGGT	60548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87309	CTTCCGAAAATAAAAATGAAAATCTCAAAAGACTGTAATAACATGAGGGT	87260

  AL672044.7	60549	GAGTGATTAATAACAGAATAGTCATTAGTATGGCCAACTGACCATTTTTT	60598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87259	GAGTGATTAATAACAGAATAGTCATTAGTATGGCCAACTGACCATTTTTT	87210

  AL672044.7	60599	AAACCTTAGCTTGAAGACTCTTCCATTAGCTCTCCTGTGCTAATATGAAG	60648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL593845.5	87209	AAACCTTAGCTTGAAGACTCTTCCATTAGCTCTCCTGTGCTAATATGAAG	87160

Overview

Query
AL672044.7 - 60648 bps
Hit
AL593845.5 - 89159 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019642000586496064818716089159-1
298.7377744824558155567556441
398.6833764483455815556855644-1
486.08871581994120098161859620181
510032594160441662127312789-1
698.613172416054167615556955641-1
798.6131724160541676155569556411
8100336041619416781273127901
Short-link