<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL590388.4	186062	GAATTCATACCACGGAGACGCAGGCAAATGTGTGTTTAGGAGGAAGTGAG	186013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	182731	GAATTCATACCACGGAGACGCAGGCAAATGTGTGTTTAGGAGGAAGTGAG	182780

C  AL590388.4	186012	CATGTGCCATCCGGGTGGAGAGAGGAGCCCACACACATGTGCATACACGT	185963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	182781	CATGTGCCATCCGGGTGGAGAGAGGAGCCCACACACATGTGCATACACGT	182830

C  AL590388.4	185962	GCACACATATGTGAACACTCATCCTCATGCAGACAGATGTATATACACAC	185913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	182831	GCACACATATGTGAACACTCATCCTCATGCAGACAGATGTATATACACAC	182880

C  AL590388.4	185912	ACAAACATGCAAGCACAGGCTTGACCTTTTTAACATTAGATGAATGTATT	185863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	182881	ACAAACATGCAAGCACAGGCTTGACCTTTTTAACATTAGATGAATGTATT	182930

C  AL590388.4	185862	TTGTGAAATCTAGTAATGTCTAGGTTGTCTAGATTGGATTTTAAAATGTG	185813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	182931	TTGTGAAATCTAGTAATGTCTAGGTTGTCTAGATTGGATTTTAAAATGTG	182980

C  AL590388.4	185812	CACAATTAACAATGAGCAGCAGGACCCCAGCAACTCCAAGAATTCTCCAA	185763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	182981	CACAATTAACAATGAGCAGCAGGACCCCAGCAACTCCAAGAATTCTCCAA	183030

C  AL590388.4	185762	GCCAAATGACAGCTTCCATCCTACTGCCTTAAGATTGACAGATTGACAGA	185713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183031	GCCAAATGACAGCTTCCATCCTACTGCCTTAAGATTGACAGATTGACAGA	183080

C  AL590388.4	185712	TTCTCGGCTGCCAGGGCAATCACTTTAAGGTTCTGATCCAGAGGCATCAG	185663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183081	TTCTCGGCTGCCAGGGCAATCACTTTAAGGTTCTGATCCAGAGGCATCAG	183130

C  AL590388.4	185662	CTTTGAGGGTACCAGACAGATAGGCTAAGCTTTTTAATGAAATTTAACAA	185613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183131	CTTTGAGGGTACCAGACAGATAGGCTAAGCTTTTTAATGAAATTTAACAA	183180

C  AL590388.4	185612	AAACAAACAAACAAACAACAACAACAAGCCATATGTCAGAGGAAGCGGGA	185563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183181	AAACAAACAAACAAACAACAACAACAAGCCATATGTCAGAGGAAGCGGGA	183230

C  AL590388.4	185562	GACTGGTGGGCAGTGGAGTCACTACTTGCACCCTGTACTGGCTAGTTTTG	185513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183231	GACTGGTGGGCAGTGGAGTCACTACTTGCACCCTGTACTGGCTAGTTTTG	183280

C  AL590388.4	185512	TGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATTACAGAGAAAGGAACTTCAGTTGA	185463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183281	TGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATTACAGAGAAAGGAACTTCAGTTGA	183330

C  AL590388.4	185462	GGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTCCTCAATTAGTGAT	185413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183331	GGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTCCTCAATTAGTGAT	183380

C  AL590388.4	185412	CAAGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTT	185363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183381	CAAGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTT	183430

C  AL590388.4	185362	GGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAACCAGCAA	185313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183431	GGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAACCAGCAA	183480

C  AL590388.4	185312	AGAACATCCCTCCATGGCTTCTGCATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTT	185263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183481	AGAACATCCCTCCATGGCTTCTGCATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTT	183530

C  AL590388.4	185262	GAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTAATGAACAACAGTATGGAAGTGTA	185213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183531	GAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTAATGAACAACAGTATGGAAGTGTA	183580

C  AL590388.4	185212	AGCCGAATAAACCCTTTCCTCTCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTG	185163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183581	AGCCGAATAAACCCTTTCCTCTCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTG	183630

C  AL590388.4	185162	TTCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACACCCTGACCTTTCCCTCTAAC	185113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183631	TTCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACACCCTGACCTTTCCCTCTAAC	183680

C  AL590388.4	185112	TTGGAAAGGATTCCTGATAGCTGAGGACTGGTGAGTATTTGGCAGCTATT	185063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183681	TTGGAAAGGATTCCTGATAGCTGAGGACTGGTGAGTATTTGGCAGCTATT	183730

C  AL590388.4	185062	TCCCATCTTGTGGGTCAAACTCACTGAAGAGAAACCCCAGGAGACAAGAA	185013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183731	TCCCATCTTGTGGGTCAAACTCACTGAAGAGAAACCCCAGGAGACAAGAA	183780

C  AL590388.4	185012	AAGGGCCATCTTCTTTCTCCACTCATTTCATGCCACTCATATAGTCGGGT	184963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183781	AAGGGCCATCTTCTTTCTCCACTCATTTCATGCCACTCATATAGTCGGGT	183830

C  AL590388.4	184962	GGTGCAGAGGGTGTATCTAAGAGCCAGGATGGCATTTCTACAGCTGTCTT	184913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183831	GGTGCAGAGGGTGTATCTAAGAGCCAGGATGGCATTTCTACAGCTGTCTT	183880

C  AL590388.4	184912	TCTGTATCTCTGGTGAGTGGTTAGAGAGTTTTCACCTTTTGCATCTACAG	184863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183881	TCTGTATCTCTGGTGAGTGGTTAGAGAGTTTTCACCTTTTGCATCTACAG	183930

C  AL590388.4	184862	AGAAGGAACATGGGTGCAGATAATAATTTCCACTTCCTAGACCCCTCAGG	184813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183931	AGAAGGAACATGGGTGCAGATAATAATTTCCACTTCCTAGACCCCTCAGG	183980

C  AL590388.4	184812	ATGTCTACACATGCTTTATGTTTAGCGGGTGATCAGAGCAGAGTATATTA	184763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	183981	ATGTCTACACATGCTTTATGTTTAGCGGGTGATCAGAGCAGAGTATATTA	184030

C  AL590388.4	184762	TTGAGCACTTCCTCAGAACAAGTGCAAGCCACACTTCATTATGATAATCG	184713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184031	TTGAGCACTTCCTCAGAACAAGTGCAAGCCACACTTCATTATGATAATCG	184080

C  AL590388.4	184712	TTCACCATTTTCATTTTCGAGACAAGGAGAGAGGGTACATCATAGGCATC	184663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184081	TTCACCATTTTCATTTTCGAGACAAGGAGAGAGGGTACATCATAGGCATC	184130

C  AL590388.4	184662	ATGTCACAGATGTCTATGATATTAACCTTTGAAAACCTCAAGTCACCTTT	184613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184131	ATGTCACAGATGTCTATGATATTAACCTTTGAAAACCTCAAGTCACCTTT	184180

C  AL590388.4	184612	GTGCAGATATGAACACAGAGCCATTGTTATACACACAAACATCTACATTT	184563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184181	GTGCAGATATGAACACAGAGCCATTGTTATACACACAAACATCTACATTT	184230

C  AL590388.4	184562	TCTCCGAGGGTGATTCCTCAAGTTGCACAGTTGTGTAGCCTTCATGGCTT	184513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184231	TCTCCGAGGGTGATTCCTCAAGTTGCACAGTTGTGTAGCCTTCATGGCTT	184280

C  AL590388.4	184512	TATTGATGATCCATATATATAACACTCCAATGGCAGAGAAGTCAGGGCAT	184463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184281	TATTGATGATCCATATATATAACACTCCAATGGCAGAGAAGTCAGGGCAT	184330

C  AL590388.4	184462	GGTGACAGAGGAGTCACTCTATAACAGATGGAGGATAGTTGAGTGGGTCC	184413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184331	GGTGACAGAGGAGTCACTCTATAACAGATGGAGGATAGTTGAGTGGGTCC	184380

C  AL590388.4	184412	TGGATTCTAGGATATAGGTGAAAAATTCTGGCTCAAGTATGTGTGAGCAT	184363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184381	TGGATTCTAGGATATAGGTGAAAAATTCTGGCTCAAGTATGTGTGAGCAT	184430

C  AL590388.4	184362	CCCCGGATGAAGGTTCACAACTTCTTCAGATGTGGAAACGAATCATGTAT	184313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184431	CCCCGGATGAAGGTTCACAACTTCTTCAGATGTGGAAACGAATCATGTAT	184480

C  AL590388.4	184312	CCACTAAACTTAGAGGGGCTCTTTACGTAGACATATGGAGTCTAGGTGCA	184263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184481	CCACTAAACTTAGAGGGGCTCTTTACGTAGACATATGGAGTCTAGGTGCA	184530

C  AL590388.4	184262	TGAAGGAAACATAGGATGCTTCCAAGAAGCAGCCTAAGAATCATGAGACC	184213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184531	TGAAGGAAACATAGGATGCTTCCAAGAAGCAGCCTAAGAATCATGAGACC	184580

C  AL590388.4	184212	AGTTCTGGAGGGAGAGGTTGCAACTGGTGCAATCACTACTATTCAGGAAC	184163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184581	AGTTCTGGAGGGAGAGGTTGCAACTGGTGCAATCACTACTATTCAGGAAC	184630

C  AL590388.4	184162	TGAACTTAACTGGAGAAAACACCTTAAGAAAGTGAACAGAGAAAGCTAAG	184113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184631	TGAACTTAACTGGAGAAAACACCTTAAGAAAGTGAACAGAGAAAGCTAAG	184680

C  AL590388.4	184112	AGCACAGTTCTCAGGCAGTTTCTGTGTGTTAGGTCCAACTGTGTCCTACA	184063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL592149.8	184681	AGCACAGTTCTCAGGCAGTTTCTGTGTGTTAGGTCCAACTGTGTCCTACA	184730

Overview

Query
AL590388.4 - 186062 bps
Hit
AL592149.8 - 184730 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000184063186062-11827311847301
Short-link