<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
AL592550.11 94482 GATCAAGGATCTGCGTGTGTCTGATTCTGCTGTGTATTACTGTGCTCTGA 94531 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1 GATCAAGGATCTGCGTGTGTCTGATTCTGCTGTGTATTACTGTGCTCTGA 50 AL592550.11 94532 GGCCCACAGTGACAAAACACACTCAACACTCACACAAAAACCCTCATGGT 94581 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 51 GGCCCACAGTGACAAAACACACTCAACACTCACACAAAAACCCTCATGGT 100 AL592550.11 94582 GACGAGCTGCACTATATTTTGATGGTAGATGAGATTTGCTATGCAATAAC 94631 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 101 GACGAGCTGCACTATATTTTGATGGTAGATGAGATTTGCTATGCAATAAC 150 AL592550.11 94632 TAGTAACTAGCTTTAGCAGTAGTAAATAGTTTTAACTAGTTTCTAGGCTT 94681 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 151 TAGTAACTAGCTTTAGCAGTAGTAAATAGTTTTAACTAGTTTCTAGGCTT 200 AL592550.11 94682 TGGACGATAACCGTATGTTGTTTTTTACCCAGACATTTAAAATAATATAT 94731 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 201 TGGACGATAACCGTATGTTGTTTTTTACCCAGACATTTAAAATAATATAT 250 AL592550.11 94732 TTTAAAGCAGTAATCACAACACCATGAAACTGTCATATATTCAAGGTTAT 94781 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 251 TTTAAAGCAGTAATCACAACACCATGAAACTGTCATATATTCAAGGTTAT 300 AL592550.11 94782 CATACCATCAGAATCTTACACCGGCCCATGCCTAGTTTCTAGTAACTAGT 94831 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 301 CATACCATCAGAATCTTACACCGGCCCATGCCTAGTTTCTAGTAACTAGT 350 AL592550.11 94832 TTAGTAACTAGTTTTAAATATGCAAAGTTGTCCATGTTTTATACATTAAA 94881 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 351 TTAGTAACTAGTTTTAAATATGCAAAGTTGTCCATGTTTTATACATTAAA 400 AL592550.11 94882 ATATGTAATGTTCTAAGGTATTATTATTAAATACTAATTTAAGAAAATAT 94931 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 401 ATATGTAATGTTCTAAGGTATTATTATTAAATACTAATTTAAGAAAATAT 450 AL592550.11 94932 AAATGTACACATGTATAAATGTCAAATCTGTAAATTAAGTATTTATATTT 94981 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 451 AAATGTACACATGTATAAATGTCAAATCTGTAAATTAAGTATTTATATTT 500 AL592550.11 94982 ATGTAAGTTTGTAAATATAAAATATTTCATAATGCTGTAAATGATAATTT 95031 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 501 ATGTAAGTTTGTAAATATAAAATATTTCATAATGCTGTAAATGATAATTT 550 AL592550.11 95032 ACCAACTGGAATTTGAATATGTTATTAGTAGTAAAATAAAATGCAAAACA 95081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 551 ACCAACTGGAATTTGAATATGTTATTAGTAGTAAAATAAAATGCAAAACA 600 AL592550.11 95082 ACATTTTATTCAAAACATCTATTAATCGCAAATCCAGAAAACTGAAATTG 95131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 601 ACATTTTATTCAAAACATCTATTAATCGCAAATCCAGAAAACTGAAATTG 650 AL592550.11 95132 TCTCAATTTTTGCCAGAAGCAGATAAAAAAAAAACTAATTTAACATTTAA 95181 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 651 TCTCAATTTTTGCCAGAAGCAGATAAAAAAAAAACTAATTTAACATTTAA 700 AL592550.11 95182 ATCAGTTGTAAGGTCCTCCTTGTATTAACTCTTGCAATCCAGAAGAGGGC 95231 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 701 ATCAGTTGTAAGGTCCTCCTTGTATTAACTCTTGCAATCCAGAAGAGGGC 750 AL592550.11 95232 GACAAGAAGTTACTTTAGTAATTATTGTAAAGTAGTGTTGAGCTTCTCTT 95281 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 751 GACAAGAAGTTACTTTAGTAATTATTGTAAAGTAGTGTTGAGCTTCTCTT 800 AL592550.11 95282 TGATAAACAGTCACTCTCTATTTAGATGAGTGAGTAGGGCTGCACAATAT 95331 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 801 TGATAAACAGTCACTCTCTATTTAGATGAGTGAGTAGGGCTGCACAATAT 850 AL592550.11 95332 ATCGTTTCAGCATCAATTTCGCAATGTGCGCATCTACAACAGTCAAATAG 95381 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 851 ATCGTTTCAGCATCAATTTCGCAATGTGCGCATCTACAACAGTCAAATAG 900 AL592550.11 95382 CAAGATAAGCAATGTTAAGTCTGAATAACAGTTGGCCAAGAGCTACAGAA 95431 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 901 CAAGATAAGCAATGTTAAGTCTGAATAACAGTTGGCCAAGAGCTACAGAA 950 AL592550.11 95432 TTGTATTTAATGGCTGTTTTATACAGAACTTACACAATTTACTCAAAAAA 95481 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 951 TTGTATTTAATGGCTGTTTTATACAGAACTTACACAATTTACTCAAAAAA 1000 AL592550.11 95482 TAAACAAAATTCTCACTTTGAATTTTTGTCTTGTTTCTAATCCAAAAATC 95531 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1001 TAAACAAAATTCTCACTTTGAATTTTTGTCTTGTTTCTAATCCAAAAATC 1050 AL592550.11 95532 TACATTTTAAAGAGAAAAACATAAAAAATGATGAAAAAATGATTATTTTA 95581 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1051 TACATTTTAAAGAGAAAAACATAAAAAATGATGAAAAAATGATTATTTTA 1100 AL592550.11 95582 CTCGCCCTACAGATAGTTTTGCTTGCTTTGAGGAAAAACTCTTAATTTTG 95631 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1101 CTCGCCCTACAGATAGTTTTGCTTGCTTTGAGGAAAAACTCTTAATTTTG 1150 AL592550.11 95632 ACTTATTTCTTCTGAAGTTGAAAACAAAAAATATTTTTACTTGATATAAC 95681 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1151 ACTTATTTCTTCTGAAGTTGAAAACAAAAAATATTTTTACTTGATATAAC 1200 AL592550.11 95682 AATTTGCAGATATTTAAACTAGAAATAACACAAAGTAAAGTACAAAATGT 95731 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1201 AATTTGCAGATATTTAAACTAGAAATAACACAAAGTAAAGTACAAAATGT 1250 AL592550.11 95732 AGGCTTTGCATTGTGATTAATCCACTCCCTAGAAAACCTTCAAAAAGAGC 95781 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1251 AGGCTTTGCATTGTGATTAATCCACTCCCTAGAAAACCTTCAAAAAGAGC 1300 AL592550.11 95782 TATTCAAACTATCTTATAAAACTGTATTCATATCGCAATATTTATTGCAG 95831 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1301 TATTCAAACTATCTTATAAAACTGTATTCATATCGCAATATTTATTGCAG 1350 AL592550.11 95832 AAAAATTCAATATTAAATTATAAATTTTTTCCCAACAGCCTTACAAGTGA 95881 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1351 AAAAATTCAATATTAAATTATAAATTTTTTCCCAACAGCCTTACAAGTGA 1400 AL592550.11 95882 CTATTGTCATCCTCTGAATATCGATAGAGACCAAACACAGAGCACACTTG 95931 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1401 CTATTGTCATCCTCTGAATATCGATAGAGACCAAACACAGAGCACACTTG 1450 AL592550.11 95932 CATTTGCAATTATCCTCAGTTTAATCATTAAGAGTCACATTGAACCATCA 95981 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1451 CATTTGCAATTATCCTCAGTTTAATCATTAAGAGTCACATTGAACCATCA 1500 AL592550.11 95982 TGTGCTCACTGGGGTCTACATGTGTATATGCTAGAACTAGAGCAGTCAAT 96031 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1501 TGTGCTCACTGGGGTCTACATGTGTATATGCTAGAACTAGAGCAGTCAAT 1550 AL592550.11 96032 CAGTCAGTAAGAAAGAAAAACAAAACTTTAAGAAAGATTTTTAAAAACAC 96081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1551 CAGTCAGTAAGAAAGAAAAACAAAACTTTAAGAAAGATTTTTAAAAACAC 1600 AL592550.11 96082 ATCTGAGTTATAAAATTAAGAAGTGACCAAAACACAAGCAATCCTCACTT 96131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1601 ATCTGAGTTATAAAATTAAGAAGTGACCAAAACACAAGCAATCCTCACTT 1650 AL592550.11 96132 GACATGCAAAAAGATTGGAAAAATAACCGGCTTCAAAGCTTACTGTGGTT 96181 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1651 GACATGCAAAAAGATTGGAAAAATAACCGGCTTCAAAGCTTACTGTGGTT 1700 AL592550.11 96182 TGGAAAAGTCACAGTTTTAAAACTGCAATAAAAATGTATACCTTTCTTGC 96231 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1701 TGGAAAAGTCACAGTTTTAAAACTGCAATAAAAATGTATACCTTTCTTGC 1750 AL592550.11 96232 AGTATATGTACATTTTTTCAAAAATTTTTTGTGTAGTCGAAGACTTTTTC 96281 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1751 AGTATATGTACATTTTTTCAAAAATTTTTTGTGTAGTCGAAGACTTTTTC 1800 AL592550.11 96282 AATGATTTATTTTAATTAGCCTGACATGTGTCACAGAAGGACCGTGACAC 96331 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1801 AATGATTTATTTTAATTAGCCTGACATGTGTCACAGAAGGACCGTGACAC 1850 AL592550.11 96332 AGAGGGTGGGTAGATCTAAATAGTTTATTTCAGGATGGCAGTAACAAAAC 96381 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1851 AGAGGGTGGGTAGATCTAAATAGTTTATTTCAGGATGGCAGTAACAAAAC 1900 AL592550.11 96382 AGAGATAAATGTGAATGATGAATTCGGTGATCAGATGTAGATGCCACAGA 96431 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1901 AGAGATAAATGTGAATGATGAATTCGGTGATCAGATGTAGATGCCACAGA 1950 AL592550.11 96432 AATGGCAGGGAGAAACGGGAACCAGACACGAAGACCACAAGATGACGAGA 96481 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AL591511.2 1951 AATGGCAGGGAGAAACGGGAACCAGACACGAAGACCACAAGATGACGAGA 2000
Overview
- Query
- AL592550.11 - 96481 bps
- Hit
- AL591511.2 - 74508 bps
- Total alignments
- 24
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1890 | 2000 | 94482 | 96481 | 1 | 1 | 2000 | 1 |
| 2 | 95.56 | 77 | 91 | 373 | 463 | 1 | 2 | 91 | 1 |
| 3 | 79.04 | 91 | 295 | 14249 | 14543 | 1 | 13849 | 14139 | 1 |
| 4 | 81.53 | 117 | 294 | 80356 | 80649 | 1 | 13849 | 14135 | 1 |
| 5 | 79.09 | 94 | 294 | 84625 | 84918 | 1 | 13849 | 14135 | 1 |
| 6 | 96.77 | 84 | 93 | 61112 | 61204 | 1 | 16576 | 16668 | 1 |
| 7 | 95.1 | 84 | 102 | 32998 | 33099 | 1 | 16583 | 16684 | 1 |
| 8 | 92.23 | 79 | 103 | 53961 | 54063 | 1 | 16585 | 16687 | 1 |
| 9 | 95.15 | 88 | 103 | 78792 | 78894 | 1 | 16585 | 16687 | 1 |
| 10 | 83.34 | 131 | 294 | 62249 | 62542 | 1 | 16843 | 17124 | 1 |
| 11 | 91.95 | 327 | 446 | 5934 | 6379 | -1 | 27087 | 27533 | 1 |
| 12 | 88.35 | 99 | 164 | 5733 | 5896 | -1 | 27171 | 27333 | 1 |
| 13 | 96.97 | 1579 | 1754 | 45545 | 47298 | 1 | 39336 | 41082 | 1 |
| 14 | 86.96 | 85 | 153 | 76551 | 76703 | 1 | 47492 | 47652 | 1 |
| 15 | 78.76 | 111 | 355 | 80297 | 80651 | 1 | 55354 | 55711 | 1 |
| 16 | 79.32 | 120 | 355 | 84566 | 84920 | 1 | 55354 | 55711 | 1 |
| 17 | 78.88 | 107 | 352 | 89455 | 89806 | 1 | 55355 | 55709 | 1 |
| 18 | 76.2 | 90 | 353 | 87283 | 87635 | 1 | 55357 | 55709 | 1 |
| 19 | 82.84 | 132 | 294 | 6894 | 7187 | 1 | 55413 | 55709 | 1 |
| 20 | 77.45 | 101 | 359 | 14185 | 14543 | 1 | 57416 | 57774 | 1 |
| 21 | 80.57 | 127 | 353 | 80297 | 80649 | 1 | 57421 | 57770 | 1 |
| 22 | 76.78 | 90 | 356 | 89455 | 89810 | 1 | 57422 | 57774 | 1 |
| 23 | 80.95 | 117 | 294 | 84625 | 84918 | 1 | 57477 | 57770 | 1 |
| 24 | 90.08 | 88 | 131 | 7061 | 7191 | 1 | 57644 | 57774 | 1 |
