<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1937 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

AL591442.2	97930	ATGAATGATTTTGTGCTTTTTTTAAAATGGCTTATTTATATTATCACAAA	97979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1	ATGAATGATTTTGTGCTTTTTTTAAAATGGCTTATTTATATTATCACAAA	50

AL591442.2	97980	CTTGCAATACAAATGAAAATGTCTATGTAGACTAGTTGTTCACTTCAAGT	98029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	51	CTTGCAATACAAATGAAAATGTCTATGTAGACTAGTTGTTCACTTCAAGT	100

AL591442.2	98030	GTACTACTGTTGCATTTATAGTAAACTTAAAAGTCTACGCTCGTATACTA	98079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	101	GTACTACTGTTGCATTTATAGTAAACTTAAAAGTCTACGCTCGTATACTA	150

AL591442.2	98080	AACTTTGGTCAATTTAGTGATATTCAAGAAGTATACCTACATACTACTAA	98129
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL591494.11	151	AACTTTGGTCAATTTAGTGATATTCAGGAAGTATACCTACATACTACTAA	200

AL591442.2	98130	ACGTACTAGTACTATACATAGATGCTAATACAAGAAGTCTGCTTAAAATA	98179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	201	ACGTACTAGTACTATACATAGATGCTAATACAAGAAGTCTGCTTAAAATA	250

AL591442.2	98180	TACAACGAAAACACACATTTTACATTACTTAAATATCAATAAAAATGAGC	98229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	251	TACAACGAAAACACACATTTTACATTACTTAAATATCAATAAAAATGAGC	300

AL591442.2	98230	CTGAAGTATACTTTTGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTATT	98279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	301	CTGAAGTATACTTTTGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTATT	350

AL591442.2	98280	AGTAGACTGTCTGTTTAATATATGTTGATATGCTCCTTCAACAGATTTTT	98329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	351	AGTAGACTGTCTGTTTAATATATGTTGATATGCTCCTTCAACAGATTTTT	400

AL591442.2	98330	TTTGACCATAAGAAACTTTGCAAGTACAAGTCAACTTACCCAATCTGTCA	98379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	401	TTTGACCATAAGAAACTTTGCAAGTACAAGTCAACTTACCCAATCTGTCA	450

AL591442.2	98380	GTCTACTTATAATCTAACGAGAATTAGTTGGCATGTAGGTGCACTGTAAC	98429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	451	GTCTACTTATAATCTAACGAGAATTAGTTGGCATGTAGGTGCACTGTAAC	500

AL591442.2	98430	TTAATTTAACAAACAGACCAAGTAAAGAGACCAAAATAAAGTGACACAGA	98479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	501	TTAATTTAACAAACAGACCAAGTAAAGAGACCAAAATAAAGTGACACAGA	550

AL591442.2	98480	AAAATAATTCTTCCAACATTCTATAAGATCATTCAAAGTTCACATTTAAC	98529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	551	AAAATAATTCTTCCAACATTCTATAAGATCATTCAAAGTTCACATTTAAC	600

AL591442.2	98530	ATGGTCTAACTCTTATTCAGGTCTGAGCTCCAGTACTTCTCTACAAAGTG	98579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	601	ATGGTCTAACTCTTATTCAGGTCTGAGCTCCAGTACTTCTCTACAAAGTG	650

AL591442.2	98580	TAAATTTTCCTGCTTCAAGTAAGTGCATTCTCACTCAACATTAATATACA	98629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	651	TAAATTTTCCTGCTTCAAGTAAGTGCATTCTCACTCAACATTAATATACA	700

AL591442.2	98630	TTAAAAAATGGTTGTACATATAAAAAAGATATATGTATATAATAATATAT	98679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	701	TTAAAAAATGGTTGTACATATAAAAAAGATATATGTATATAATAATATAT	750

AL591442.2	98680	AAATATTTATATAATAAATAGATGTT------------------------	98705
			||||||||||||||||||||||||||                        
AL591494.11	751	AAATATTTATATAATAAATAGATGTTTATATATATATATATATATATATA	800

AL591442.2	98706	--------------------------------------TATATATATATA	98717
			                                      ||||||||||||
AL591494.11	801	TATATATTTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	850

AL591442.2	98718	TATATATATATATATATATATTGGTAGTACATTGGTCTACTCCAGTCAAC	98767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	851	TATATATATATATATATATATTGGTAGTACATTGGTCTACTCCAGTCAAC	900

AL591442.2	98768	ACTCTCTCGGTTACAAATGGTCCAAAATGCAGCCGACAGATTGATAACAG	98817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	901	ACTCTCTCGGTTACAAATGGTCCAAAATGCAGCCGACAGATTGATAACAG	950

AL591442.2	98818	GAACTAAGAAAAGAGATCTCCCCTGTCCTCGCCTCATTACACAGGCTTCC	98867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	951	GAACTAAGAAAAGAGATCTCCCCTGTCCTCGCCTCATTACACAGGCTTCC	1000

AL591442.2	98868	TATAAAATTCAGAGTTGATTTTAAAGTCTTTT-TTTTACATATAAAGCTT	98916
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL591494.11	1001	TATAAAATTCAGAGTTGATTTTAAAGTCTTTTTTTTTACATATAAAGCTT	1050

AL591442.2	98917	TGCACAATTCTGCCCTGGCCTATGTCAGTGAACTTATTAGGCCATATACA	98966
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1051	TGCACAATTCTGCCCTGGCCTATGTCAGTGAACTTATTAGGCCATATACA	1100

AL591442.2	98967	GCTTGTAGACCATTAAGGTCCCATGATCAGTTTCTTTAGTCAATCCCTCA	99016
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1101	GCTTGTAGACCATTAAGGTCCCATGATCAGTTTCTTTAGTCAATCCCTCA	1150

AL591442.2	99017	GTCTCGCTGCAAATCAAAAGGTGATCGAGCTTTCAGTATTGCGGCCCCAA	99066
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1151	GTCTCGCTGCAAATCAAAAGGTGATCGAGCTTTCAGTATTGCGGCCCCAA	1200

AL591442.2	99067	GGCTCTGGAACAGTCTGCTATTGAACATTAGGATCTCTCCATCCTCGGAT	99116
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1201	GGCTCTGGAACAGTCTGCTATTGAACATTAGGATCTCTCCATCCTCGGAT	1250

AL591442.2	99117	ACTTTTAAATCTAACTTGAAGACGTACTTTTACTCCCTCGCCTTTGAGTG	99166
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1251	ACTTTTAAATCTAACTTGAAGACGTACTTTTACTCCCTCGCCTTTGAGTG	1300

AL591442.2	99167	ACTCATACATGTAATTTCTATACTGTATTTTAGTATCACATATAAACATA	99216
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1301	ACTCATACATGTAATTTCTATACTGTATTTTAGTATCACATATAAACATA	1350

AL591442.2	99217	TATTTCCTTTTTCTTACATTTTTAATACAAGTTTTATTTTTTTTATTTTC	99266
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1351	TATTTCCTTTTTCTTACATTTTTAATACAAGTTTTATTTTTTTTATTTTC	1400

AL591442.2	99267	TTTAATATTGTATTTCATTGTAAAGCACTTTGGATCAACTATAAAATTGT	99316
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1401	TTTAATATTGTATTTCATTGTAAAGCACTTTGGATCAACTATAAAATTGT	1450

AL591442.2	99317	GCTCTATAAATAAAATTTGCCTTGCCTTGACTTTGCATATTTGAGAATGC	99366
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1451	GCTCTATAAATAAAATTTGCCTTGCCTTGACTTTGCATATTTGAGAATGC	1500

AL591442.2	99367	TCAAAGACTGTTAGTGTGTATAAACAATCTTTATAAAGGGATACTTCGTC	99416
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1501	TCAAAGACTGTTAGTGTGTATAAACAATCTTTATAAAGGGATACTTCGTC	1550

AL591442.2	99417	CTTGTGGAATATTAAAAATGTGTTTAAGAGGTGGCTTAAAAAACCTGCAT	99466
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1551	CTTGTGGAATATTAAAAATGTGTTTAAGAGGTGGCTTAAAAAACCTGCAT	1600

AL591442.2	99467	GGCCCATGACATTGTGTAATTTAATTACAGTAAAGTGGTATCTATTTTTG	99516
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1601	GGCCCATGACATTGTGTAATTTAATTACAGTAAAGTGGTATCTATTTTTG	1650

AL591442.2	99517	ATACCCAATGGGTATTAAATCAATGTTCTGTAACATTATTTGACATATAA	99566
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1651	ATACCCAATGGGTATTAAATCAATGTTCTGTAACATTATTTGACATATAA	1700

AL591442.2	99567	ATTAACTATTCTCTGCCTAAATAAAAGACTTTAAACTTCCAAGCCAATCA	99616
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1701	ATTAACTATTCTCTGCCTAAATAAAAGACTTTAAACTTCCAAGCCAATCA	1750

AL591442.2	99617	AACCAGTGGATTTTACTCATTTGATAGCAAAAATATATGTAAGTGAAAGG	99666
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1751	AACCAGTGGATTTTACTCATTTGATAGCAAAAATATATGTAAGTGAAAGG	1800

AL591442.2	99667	CAAGGAAACCTTAAGAGCAAACTAAAAAACTATTGAACAACTGATCAAAG	99716
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1801	CAAGGAAACCTTAAGAGCAAACTAAAAAACTATTGAACAACTGATCAAAG	1850

AL591442.2	99717	TGAAGTTCCGTTTTCAAAAACATCAGTTTTGCCTGAATTCTCCAGTAGTG	99766
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1851	TGAAGTTCCGTTTTCAAAAACATCAGTTTTGCCTGAATTCTCCAGTAGTG	1900

AL591442.2	99767	TTGTTTGTGAAGGCAATACAATTTTACATTGCAGATCAATAGAAGTACAT	99816
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1901	TTGTTTGTGAAGGCAATACAATTTTACATTGCAGATCAATAGAAGTACAT	1950

AL591442.2	99817	GATACATGAAATGTAAGGAACTGATCTATAATATGTCTACAAAACTGATC	99866
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591494.11	1951	GATACATGAAATGTAAGGAACTGATCTATAATATGTCTACAAAACTGATC	2000

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591442.2	98080	AACTTTGGTCAATTTAGTGATATTCAAGAAGTATACCTACATACTACTAA	98129
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL591494.11	151	AACTTTGGTCAATTTAGTGATATTCAGGAAGTATACCTACATACTACTAA	200

skip 550 bps 100% identity alignment

AL591442.2	98680	AAATATTTATATAATAAATAGATGTT------------------------	98705
			||||||||||||||||||||||||||                        
AL591494.11	751	AAATATTTATATAATAAATAGATGTTTATATATATATATATATATATATA	800

AL591442.2	98706	--------------------------------------TATATATATATA	98717
			                                      ||||||||||||
AL591494.11	801	TATATATTTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	850

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591442.2	98868	TATAAAATTCAGAGTTGATTTTAAAGTCTTTT-TTTTACATATAAAGCTT	98916
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL591494.11	1001	TATAAAATTCAGAGTTGATTTTAAAGTCTTTTTTTTTACATATAAAGCTT	1050

skip 950 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL591442.2 - 99866 bps
Hit
AL591494.11 - 20999 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1937 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link