<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 946 bps

Full alignment

AL591365.14	1	CTGCAAAATAAACCCTGACACTCTGACCAATGTAAGGAGAGTTTACTCGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75199	CTGCAAAATAAACCCTGACACTCTGACCAATGTAAGGAGAGTTTACTCGC	75248

AL591365.14	51	ATGTGACTTGTTTTAGCTCTTTTGGTCCGATTAGAAACTTTTCAGTGTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75249	ATGTGACTTGTTTTAGCTCTTTTGGTCCGATTAGAAACTTTTCAGTGTGA	75298

AL591365.14	101	AAGTGAACCGCTCCAAGAGCAAAGAG----AACGTAACAATTGTAATCTC	146
			||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||
AL591462.5	75299	AAGTGAACCGCTCCAAGAGCAAAGAGCAACAACGTAACAATTGTAATCTC	75348

AL591365.14	147	TGTTTCGGAACAACTGAATCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCCTTATATT	196
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
AL591462.5	75349	TGTTTCGGAACAACTGAATCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCCTTATGCT	75398

AL591365.14	197	ACTATTGACGTCACTGGATATAGGTTTTTAGCTTTCTTCACATTATCTTT	246
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL591462.5	75399	ACTATTGACGTCACTGGATATAGGTTTTCAGCTTTCTTCACATTATCTTT	75448

AL591365.14	247	TTTAATGTTCAACTAAACCAAGGGTGGGGAACGTCCGGCCTCCAGGCCGT	296
			|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
AL591462.5	75449	TTTAATGTTCAACTAAACCAAGGGTGAGGAACATCCGGCCTCCAGGCCGT	75498

AL591365.14	297	ATGTGGCACGCGAGAACATTTGATCCAGCCCCATCCGTCAATTCAAAATC	346
			||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75499	ATGCGGCACGCAAGAACATTTGATCCGGCCCCATCCGTCAATTCAAAATC	75548

AL591365.14	347	ACTCCTCAGGAAAAAAATAATAATAAATTTCTGTTATAGAAAGTGACAGT	396
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75549	ACCCCTCAGGAAAAAAATAATAATAAATTTCTGTTATAGAAAGTGACAGT	75598

AL591365.14	397	TGTACACATTTGTTGCTCTACAAAGCTCAGTTTCACATGAAAATGACTTA	446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75599	TGTACACATTTGTTGCTCTACAAAGCTCAGTTTCACATGAAAATGACTTA	75648

AL591365.14	447	AAGCATGTGCTGTAATGTAACGTTTGCAGCACGAGATGTGCATCATTTAT	496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75649	AAGCATGTGCTGTAATGTAACGTTTGCAGCACGAGATGTGCATCATTTAT	75698

AL591365.14	497	TGATGTACGTTCACTTCAAATCATTCACATTTTTAATAGCGTGAACGGGA	546
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75699	TGATGTAAGTTCACTTCAAATCATTCACATTTTTAATAGCGTGAACGGGA	75748

AL591365.14	547	CCGCATAGCATGCTTCTGAGTGTGTGCACGCGCTTAGCCTCGGCGACGAG	596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75749	CCGCATAGCATGCTTCTGAGTGTGTGCACGCGCTTAGCCTCGGCGACGAG	75798

AL591365.14	597	CCTAATGCCATCTCAATGTGAGCGCTTTAACGGTCAAATACATGCACATT	646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75799	CCTAATGCCATCTCAATGTGAGCGCTTTAACGGTCAAATACATGCACATT	75848

AL591365.14	647	TGTGTCAGAGCGCGGTGTTTAGTGATTATTCATATTCACCCTCATCGTGT	696
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75849	TGTGTCAGAGCGCGGTGTTTAGTGATTATTCATATTCACCCTCATCGTGT	75898

AL591365.14	697	AACAAACAAACAAGTTGAGAATCAAAAGACACGTAAAAGAGAAACTATTC	746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75899	AACAAACAAACAAGTTGAGAATCAAAAGACACGTAAAAGAGAAACTATTC	75948

AL591365.14	747	TTAAAGTGACAGTGCGCAATTTTCCTGCTGCCGACTGTTTTTATTATTAA	796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AL591462.5	75949	TTAAAGTGACAGTGCGCAATTTTCCTGCTGCCGACTGTTTTCATTATTAA	75998

AL591365.14	797	TCAAACAACAAAAGGAGAAAATCCCTCACTGCTTTTGACTGGAGGGCTTC	846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75999	TCAAACAACAAAAGGAGAAAATCCCTCACTGCTTTTGACTGGAGGGCTTC	76048

AL591365.14	847	TGTAGCTTAAGCTTTTTCTTATAGTGAAGATGCTTAAAGCACAGTTTGTT	896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76049	TGTAGCTTAAGCTTTTTCTTATAGTGAAGATGCTTAAAGCACAGTTTGTT	76098

AL591365.14	897	TCATATTTTATTCTATTGCATTTATTTCCCTTTCCTTATTTACAGGGAGG	946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76099	TCATATTTTATTCTATTGCATTTATTTCCCTTTCCTTATTTACAGGGAGG	76148

AL591365.14	947	AAAAAACCTGTGCATTTATAAAATCAGATTTATTTGCCCTTCTGAATTAT	996
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591462.5	76149	AAAAAACCTGTGCATTTATAAAATCAGATTTATTTGCCCTCCTGAATTAT	76198

AL591365.14	997	TAGCGACCCTAATCATAAGGTAAACACAAAACAAAAGTTTTCATTTGGAG	1046
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76199	TAGCGACCCTAATCATAAGGTAAACACAAAACAAAAGTTTTCATTTGGAG	76248

AL591365.14	1047	CTCCATTATGGGACTCCACACTTGTAAATAATTGCTCCATCAGGCTCGTG	1096
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL591462.5	76249	CTCCATTATGGGACTCCACACTTGTAAATAATCGCTCCATCAGGCTCGTG	76298

AL591365.14	1097	GTCTCAGCACCGCCAACGCTCATCACAGCTACCAAGCCGATCAACCACAG	1146
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76299	GTCTCAGCACCGCCAACGCTCATCACAGCTACCAAGCCGATCAACCACAG	76348

AL591365.14	1147	ATTGATATGCAGACAGAGATACGTGTCGTTGTGACATGTAGTTACATTTT	1196
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76349	ATTGATATGCAGACAGAGATACGTGTCGTTGTGACATGTAGTTACATTTT	76398

AL591365.14	1197	TTCATACACTGTAAAACCCAATAAGTTAAGGTAACTCAAACCATTTGAGG	1246
			||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591462.5	76399	TTCATACACCGTAAAACCCAATAAGTTAAGGTAACTCAAATCATTTGAGG	76448

AL591365.14	1247	AAAACGATTGCAACAAACCATTTAAGTTCAAAAACTAATCCTGATGAGTA	1296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76449	AAAACGATTGCAACAAACCATTTAAGTTCAAAAACTAATCCTGATGAGTA	76498

AL591365.14	1297	CTGTGAACTTACTCCATTTGAGTAAATGAAGCAATTTGAGCACAGTAAAA	1346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76499	CTGTGAACTTACTCCATTTGAGTAAATGAAGCAATTTGAGCACAGTAAAA	76548

AL591365.14	1347	CCCATTAAATAAAGAGAACTCAAACCAACGGAGTACTGTAAAACCCAACA	1396
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL591462.5	76549	CCCATTAAATAAAGAGAACTCAAACCAACAGAGTACTGTAAAACCCAACA	76598

AL591365.14	1397	AGTTAAGGCAACTCAAACCATTTAAGGAAACCGATTGCTACAAACAATTC	1446
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
AL591462.5	76599	AGTTAAGGCAACTCAAACCATTTAAGGAAACCGATTGCTAAAAACCATTC	76648

AL591365.14	1447	AAGTTAAAAACTAGTCTATAGGAGTTCTGTGAACTTACTTTATTTAAGTT	1496
			 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76649	GAGTTAAAAACTAATCTATAGGAGTACTGTGAACTTACTTTATTTAAGTT	76698

AL591365.14	1497	AAAGTAATGAGGTATTTAATGAACTCACTACCTTCAACACGGTGTTCAAA	1546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76699	AAAGTAATGAGGTATTTAATGAACTCACTACCTTCAACACGGTGTTCAAA	76748

AL591365.14	1547	ACTCTTCAAATGAGTAGAATTAACTTTCAGACAATTTTGAGTTAACTACA	1596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76749	ACTCTTCAAATGAGTAGAATTAACTTTCAGACAATTTTGAGTTAACTACA	76798

AL591365.14	1597	CTCATTTCATTTGATAATGGTAACTTTTGGGTATTACAGTGCACATCAGC	1646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76799	CTCATTTCATTTGATAATGGTAACTTTTGGGTATTACAGTGCACATCAGC	76848

AL591365.14	1647	ATTGGCCACAGCGAGAGCTATGTGAGCGTGTGAAGGCTGTGCCGAACCAT	1696
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL591462.5	76849	ATTGGCCACAGCGAGAGCTATGTGAGCGTGTAAAGGCTGTGCCGAACCAT	76898

AL591365.14	1697	ACGTGTGAGCTTGACGCAGAAGTATAAATCAGCCTTTAGTTGGTTTAGTT	1746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76899	ACGTGTGAGCTTGACGCAGAAGTATAAATCAGCCTTTAGTTGGTTTAGTT	76948

AL591365.14	1747	ATCATTGATAAGGGTTGGAGCTGAACTCTGCAGGCTGTTAGATCTCCAGG	1796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76949	ATCATTGATAAGGGTTGGAGCTGAACTCTGCAGGCTGTTAGATCTCCAGG	76998

AL591365.14	1797	AACAGGGC------------------------------------------	1804
			||||||||                                          
AL591462.5	76999	AACAGGGCTGAGGCCCCGTTTACACTAGTGTGTTTTAGTTTTAAAACGGC	77048

AL591365.14	1805	GTTGTAGAATGAAAACGATCCGCGTCCACACTCGCGTTTTACCCAGCGTT	1854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	77049	GTTGTAGAATGAAAACGATCCGCGTCCACACTCGCGTTTTACCCAGCGTT	77098

AL591365.14	1855	TCTGAACTGCTCTCCGTCCACACCAAAACGCTGAAAACGCACATCACGTG	1904
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	77099	TCTGAACAGCTCTCCGTCCACACCAAAACGCTGAAAACGCACATCACGTG	77148

AL591365.14	1905	ACCACACACACACACTCTCGGGCAAGCGCTCCAGCATTTCTACCCAGATG	1954
			||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	77149	AC--CACACACACACTCTCGGGCAAGCGCTCCAGCATTTCTACCCAGATG	77196

AL591365.14	1955	AGAGCTCTGCTTGTCGGACTGCTCATCAAGCATCTCTCGCTGGATC	2000
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591462.5	77197	AGAGCTCTGCTTGTCGGACTGCTCATCAAGCATCTCCCGCTGGATC	77242

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591365.14	101	AAGTGAACCGCTCCAAGAGCAAAGAG----AACGTAACAATTGTAATCTC	146
			||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||
AL591462.5	75299	AAGTGAACCGCTCCAAGAGCAAAGAGCAACAACGTAACAATTGTAATCTC	75348

AL591365.14	147	TGTTTCGGAACAACTGAATCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCCTTATATT	196
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
AL591462.5	75349	TGTTTCGGAACAACTGAATCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCCTTATGCT	75398

AL591365.14	197	ACTATTGACGTCACTGGATATAGGTTTTTAGCTTTCTTCACATTATCTTT	246
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL591462.5	75399	ACTATTGACGTCACTGGATATAGGTTTTCAGCTTTCTTCACATTATCTTT	75448

AL591365.14	247	TTTAATGTTCAACTAAACCAAGGGTGGGGAACGTCCGGCCTCCAGGCCGT	296
			|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
AL591462.5	75449	TTTAATGTTCAACTAAACCAAGGGTGAGGAACATCCGGCCTCCAGGCCGT	75498

AL591365.14	297	ATGTGGCACGCGAGAACATTTGATCCAGCCCCATCCGTCAATTCAAAATC	346
			||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75499	ATGCGGCACGCAAGAACATTTGATCCGGCCCCATCCGTCAATTCAAAATC	75548

AL591365.14	347	ACTCCTCAGGAAAAAAATAATAATAAATTTCTGTTATAGAAAGTGACAGT	396
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75549	ACCCCTCAGGAAAAAAATAATAATAAATTTCTGTTATAGAAAGTGACAGT	75598

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591365.14	497	TGATGTACGTTCACTTCAAATCATTCACATTTTTAATAGCGTGAACGGGA	546
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	75699	TGATGTAAGTTCACTTCAAATCATTCACATTTTTAATAGCGTGAACGGGA	75748

skip 200 bps 100% identity alignment

AL591365.14	747	TTAAAGTGACAGTGCGCAATTTTCCTGCTGCCGACTGTTTTTATTATTAA	796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
AL591462.5	75949	TTAAAGTGACAGTGCGCAATTTTCCTGCTGCCGACTGTTTTCATTATTAA	75998

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591365.14	947	AAAAAACCTGTGCATTTATAAAATCAGATTTATTTGCCCTTCTGAATTAT	996
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591462.5	76149	AAAAAACCTGTGCATTTATAAAATCAGATTTATTTGCCCTCCTGAATTAT	76198

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591365.14	1047	CTCCATTATGGGACTCCACACTTGTAAATAATTGCTCCATCAGGCTCGTG	1096
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL591462.5	76249	CTCCATTATGGGACTCCACACTTGTAAATAATCGCTCCATCAGGCTCGTG	76298

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591365.14	1197	TTCATACACTGTAAAACCCAATAAGTTAAGGTAACTCAAACCATTTGAGG	1246
			||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591462.5	76399	TTCATACACCGTAAAACCCAATAAGTTAAGGTAACTCAAATCATTTGAGG	76448

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591365.14	1347	CCCATTAAATAAAGAGAACTCAAACCAACGGAGTACTGTAAAACCCAACA	1396
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL591462.5	76549	CCCATTAAATAAAGAGAACTCAAACCAACAGAGTACTGTAAAACCCAACA	76598

AL591365.14	1397	AGTTAAGGCAACTCAAACCATTTAAGGAAACCGATTGCTACAAACAATTC	1446
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
AL591462.5	76599	AGTTAAGGCAACTCAAACCATTTAAGGAAACCGATTGCTAAAAACCATTC	76648

AL591365.14	1447	AAGTTAAAAACTAGTCTATAGGAGTTCTGTGAACTTACTTTATTTAAGTT	1496
			 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	76649	GAGTTAAAAACTAATCTATAGGAGTACTGTGAACTTACTTTATTTAAGTT	76698

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591365.14	1647	ATTGGCCACAGCGAGAGCTATGTGAGCGTGTGAAGGCTGTGCCGAACCAT	1696
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL591462.5	76849	ATTGGCCACAGCGAGAGCTATGTGAGCGTGTAAAGGCTGTGCCGAACCAT	76898

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591365.14	1797	AACAGGGC------------------------------------------	1804
			||||||||                                          
AL591462.5	76999	AACAGGGCTGAGGCCCCGTTTACACTAGTGTGTTTTAGTTTTAAAACGGC	77048

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591365.14	1855	TCTGAACTGCTCTCCGTCCACACCAAAACGCTGAAAACGCACATCACGTG	1904
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	77099	TCTGAACAGCTCTCCGTCCACACCAAAACGCTGAAAACGCACATCACGTG	77148

AL591365.14	1905	ACCACACACACACACTCTCGGGCAAGCGCTCCAGCATTTCTACCCAGATG	1954
			||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591462.5	77149	AC--CACACACACACTCTCGGGCAAGCGCTCCAGCATTTCTACCCAGATG	77196

AL591365.14	1955	AGAGCTCTGCTTGTCGGACTGCTCATCAAGCATCTCTCGCTGGATC	2000
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591462.5	77197	AGAGCTCTGCTTGTCGGACTGCTCATCAAGCATCTCCCGCTGGATC	77242

Overview

Query
AL591365.14 - 84618 bps
Hit
AL591462.5 - 77242 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link