<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

AL591391.5	1	GATCCATGCTTTCATGTTGTTGATGCCAAATTCTGACCCCACCCTTCGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	63873	GATCCATGCTTTCATGTTGTTGATGCCAAATTCTGACCCCACCCTTCGGA	63922

AL591391.5	51	CGTCACAGCAGAAATCAAGACTCATCAGACCAGGCTATGTTTTTTCAATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	63923	CGTCACAGCAGAAATCAAGACTCATCAGACCAGGCTATGTTTTTTCAATC	63972

AL591391.5	101	TTCAATTGTCCTGTTTTTGTGACCCTGTGTGAATTGTAGCCTCAGTTTCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	63973	TTCAATTGTCCTGTTTTTGTGACCCTGTGTGAATTGTAGCCTCAGTTTCC	64022

AL591391.5	151	TGTTCTTAGCTGAAAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64023	TGTTCTTAGCTGAAAGGAGTGGCACCCGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAG	64072

AL591391.5	201	CCCATCTGCCTCAAGGTCGGACATGTTGTTCATTCAGAGATGCTCTTATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64073	CCCATCTGCCTCAAGGTCGGACATGTTGTTCATTCAGAGATGCTCTTATG	64122

AL591391.5	251	CATACCTTAGTTGTAACGAGTGGTTATTTGAGTTACTGTAGACATGCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64123	CATACCTTAGTTGTAACGAGTGGTTATTTGAGTTACTGTAGACATGCCCA	64172

AL591391.5	301	AAATTATTGAAACCCCTGGCAAATTCTGACTTAAAGTTACTTTTTTTCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64173	AAATTATTGAAACCCCTGGCAAATTCTGACTTAAAGTTACTTTTTTTCAT	64222

AL591391.5	351	AATAATTCCTCTTGTATATCATCTGATTGTCTTTTAGGAGAGGCGTGTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64223	AATAATTCCTCTTGTATATCATCTGATTGTCTTTTAGGAGAGGCGTGTAC	64272

AL591391.5	401	AGGAAAAAAAATTGTTGATTAAATAAAGTAACATATACGTTACTATATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64273	AGGAAAAAAAATTGTTGATTAAATAAAGTAACATATACGTTACTATATAT	64322

AL591391.5	451	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64323	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	64372

AL591391.5	501	ATATATATATA--CTGTATGCATACAGACACACACACACACATAGATATA	548
			|||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64373	ATATATATATATACTGTATGCATACAGACACACACACACACATAGATATA	64422

AL591391.5	549	CTAGTTTTTTTTTCTTCTAAAGATACAAGACATTTTGTTGTCTCTCAGTG	598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64423	CTAGTTTTTTTTTCTTCTAAAGATACAAGACATTTTGTTGTCTCTCAGTG	64472

AL591391.5	599	GATACATATGGTTTATCGACGATAATACATTATCATTATCGCAATAAATA	648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64473	GATACATATGGTTTATCGACGATAATACATTATCATTATCGCAATAAATA	64522

AL591391.5	649	CCATAAAATAGTGACATAATTTTAAGTCCATATCATCCATGCCTTTAATT	698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64523	CCATAAAATAGTGACATAATTTTAAGTCCATATCATCCATGCCTTTAATT	64572

AL591391.5	699	TGGTTTAATTTATTGCCATAACCATCGCCTCATTGAAAAAAAAAACATTC	748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64573	TGGTTTAATTTATTGCCATAACCATCGCCTCATTGAAAAAAAAAACATTC	64622

AL591391.5	749	TGTGTAATCAATTATTCTGCTTATACCACACCCAATGATGTTGTTCAGAT	798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64623	TGTGTAATCAATTATTCTGCTTATACCACACCCAATGATGTTGTTCAGAT	64672

AL591391.5	799	GATGTATTTTAAGACATTTGTATGATTTTTAGGACTAGATTCATCTCATC	848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64673	GATGTATTTTAAGACATTTGTATGATTTTTAGGACTAGATTCATCTCATC	64722

AL591391.5	849	TAAAGCCTTTTTAAAATTGTTCTGATTGTGATAGAACTGAAACCATTCAG	898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64723	TAAAGCCTTTTTAAAATTGTTCTGATTGTGATAGAACTGAAACCATTCAG	64772

AL591391.5	899	CAGAGTGATATAGAACTGTAATCTGGTCAAGACCAATCTGGACCAATTGT	948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64773	CAGAGTGATATAGAACTGTAATCTGGTCAAGACCAATCTGGACCAATTGT	64822

AL591391.5	949	TTGCTGATTTGAAAAAGACAAAGGACATCTGGTAATGCATGTCACAGCAA	998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64823	TTGCTGATTTGAAAAAGACAAAGGACATCTGGTAATGCATGTCACAGCAA	64872

AL591391.5	999	ATACAAAGGCCTAATTGTTTGATTCTAGCTAGAAATTTTATTAAAAGAGT	1048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64873	ATACAAAGGCCTAATTGTTTGATTCTAGCTAGAAATTTTATTAAAAGAGT	64922

AL591391.5	1049	AATCTAGATTACAATTAAGTAATATATATATATATATATATATATATATA	1098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64923	AATCTAGATTACAATTAAGTAATATATATATATATATATATATATATATA	64972

AL591391.5	1099	TATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATTAATTTATGTA	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
AL591406.6	64973	TATATATATATATATATATATATATATATATATA--AATTAATTTATGTA	65020

AL591391.5	1149	TTCCAATTATTGCAGATATAAATTTGATATATTACTACATGTATTATTTC	1198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65021	TTCCAATTATTGCAGATATAAATTTGATATATTACTACATGTATTATTTC	65070

AL591391.5	1199	AAAATTTTTAAATATAAATGTTCTTTACTGAAAGAGATAGAAGGTTAGGG	1248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65071	AAAATTTTTAAATATAAATGTTCTTTACTGAAAGAGATAGAAGGTTAGGG	65120

AL591391.5	1249	GGAAAGTGCACATAGGAGAGCTATTTTTGACGCTGACAAATGTGCATGGC	1298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65121	GGAAAGTGCACATAGGAGAGCTATTTTTGACGCTGACAAATGTGCATGGC	65170

AL591391.5	1299	ATGTGTGTTTTTCATTCAGATGTAGGTGTGAAGACACAACACTTGGTCAG	1348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65171	ATGTGTGTTTTTCATTCAGATGTAGGTGTGAAGACACAACACTTGGTCAG	65220

AL591391.5	1349	TCCTGTGGTTGGTAAATTGTCAAACTTGCAAAGCGTAAGCAGGTACAAAC	1398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65221	TCCTGTGGTTGGTAAATTGTCAAACTTGCAAAGCGTAAGCAGGTACAAAC	65270

AL591391.5	1399	AAACAATCACATATAAGATAACATAAATGCATACATGCACAGTATTTACT	1448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65271	AAACAATCACATATAAGATAACATAAATGCATACATGCACAGTATTTACT	65320

AL591391.5	1449	ATATTAATATTATTAAAACATTTAATCGGTGCTAAAGTGAATTTTTCCAT	1498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65321	ATATTAATATTATTAAAACATTTAATCGGTGCTAAAGTGAATTTTTCCAT	65370

AL591391.5	1499	TGATGTTCACCACATCAGTTCTAGACTGAGCATCTTCTTCCTGTCAGCCA	1548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65371	TGATGTTCACCACATCAGTTCTAGACTGAGCATCTTCTTCCTGTCAGCCA	65420

AL591391.5	1549	TTCTACAGGAAATTATGTCATGCACTGTGGCCTCTAAATAGAGCTCTATT	1598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65421	TTCTACAGGAAATTATGTCATGCACTGTGGCCTCTAAATAGAGCTCTATT	65470

AL591391.5	1599	TATCACATTTTATTTTACTTATATAGACAAAAGATTAGTTTACGCTTGAG	1648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65471	TATCACATTTTATTTTACTTATATAGACAAAAGATTAGTTTACGCTTGAG	65520

AL591391.5	1649	TTTGGGATTTGTGATAGTACAATCCCAAATCTGTTTAGAGCAGCTTATTC	1698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65521	TTTGGGATTTGTGATAGTACAATCCCAAATCTGTTTAGAGCAGCTTATTC	65570

AL591391.5	1699	ACTTTAACCCGACTGCATTTTTCAAAAAAGTTTGTATTCTACTGACTTTT	1748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65571	ACTTTAACCCGACTGCATTTTTCAAAAAAGTTTGTATTCTACTGACTTTT	65620

AL591391.5	1749	ATTGTGTTTTTATTTGAACTAATTGTTCTAGCTGTCCTGTACGGTGACCT	1798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65621	ATTGTGTTTTTATTTGAACTAATTGTTCTAGCTGTCCTGTACGGTGACCT	65670

AL591391.5	1799	AGAGTGTCATGAAAGGCGCCTTTAAATAAAAAGCATTATTATTATTATTA	1848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65671	AGAGTGTCATGAAAGGCGCCTTTAAATAAAAAGCATTATTATTATTATTA	65720

AL591391.5	1849	TTATTATTAAATCAGAAAAAGTTGGGAAAGTATGAAAAACACAAATAAAA	1898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65721	TTATTATTAAATCAGAAAAAGTTGGGAAAGTATGAAAAACACAAATAAAA	65770

AL591391.5	1899	ATTGTAGTGATTTCTTTTTTCAATTTTTTATTTTGATGCTTCTGTAAGTG	1948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65771	ATTGTAGTGATTTCTTTTTTCAATTTTTTATTTTGATGCTTCTGTAAGTG	65820

AL591391.5	1949	CTTTGAGTCTGAGAAAAGCTCATTATTAAAAAAACTTATTATTATTATTA	1998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	65821	CTTTGAGTCTGAGAAAAGCTCATTATTAAAAAAACTTATTATTATTATTA	65870

AL591391.5	1999	TT	2000
			||
AL591406.6	65871	TT	65872

Compact alignment

skip 500 bps 100% identity alignment

AL591391.5	501	ATATATATATA--CTGTATGCATACAGACACACACACACACATAGATATA	548
			|||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591406.6	64373	ATATATATATATACTGTATGCATACAGACACACACACACACATAGATATA	64422

skip 550 bps 100% identity alignment

AL591391.5	1099	TATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATTAATTTATGTA	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
AL591406.6	64973	TATATATATATATATATATATATATATATATATA--AATTAATTTATGTA	65020

skip 852 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL591391.5 - 97640 bps
Hit
AL591406.6 - 65872 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.81867200012000163873658721
298.5538691170311771-15285961
397.338745191551988-15286011
486.950842997230055-111253113361
589.7143686367563742111353114201
690.411672393880339041119208194471
786.851823206357263891139377397031
877.564515624362591139443395981
992.38381043061230715-140159402631
1095.745935191152003140174402661
1195.5644909255792646140174402631
1297531005190452003-140175402741
1396.7444929254292633-140175402661
1495.6541923061330704140175402661
1593.4840921168311774-140181402721
1688.5932452775618087150355508801
1784.759922881678394151002512241
1880.125116686648829151503516681
1981.667822689649189151794520331
2097.756871168611772-159496595821
2194.054385456540159496595791
2296.9463981166911766-161435615321
2393.593879464542161435615121
2490.58571383051730654161435615721
2593.339452375648086161946624671
2689.72461065189852003-164316644221
2792.9445841169111774-164328644121
Short-link