<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL591597.8	38757	GATCTATGATGTTTCTCTGTGGTGTCTGGTTCATTCTTTATTTTTCAGGT	38806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1	GATCTATGATGTTTCTCTGTGGTGTCTGGTTCATTCTTTATTTTTCAGGT	50

AL591597.8	38807	AAGATGTTTGATTTTTTACAGAAGAAGAGATACTGAAATTATTAATCCTT	38856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	51	AAGATGTTTGATTTTTTACAGAAGAAGAGATACTGAAATTATTAATCCTT	100

AL591597.8	38857	TAATGGATAAACACAAATATTCTGTCGGTCTCAGATGATACTCATGGAGA	38906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	101	TAATGGATAAACACAAATATTCTGTCGGTCTCAGATGATACTCATGGAGA	150

AL591597.8	38907	AGGAATAGCTCCTCTCTCTTCATCTGAATTGGTCATCAATGGTCACTCCA	38956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	151	AGGAATAGCTCCTCTCTCTTCATCTGAATTGGTCATCAATGGTCACTCCA	200

AL591597.8	38957	CAACTTTGTCCTGCAATTACAATGGCTCTTACAGCAGTGACTCTCTCATG	39006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	201	CAACTTTGTCCTGCAATTACAATGGCTCTTACAGCAGTGACTCTCTCATG	250

AL591597.8	39007	TGGTATCGACAATACAGCAGCTCCAAACCACAGTTTCTGTATTTGGTTAG	39056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	251	TGGTATCGACAATACAGCAGCTCCAAACCACAGTTTCTGTATTTGGTTAG	300

AL591597.8	39057	TGAAGCCAAGCTGATCCAACCAGCTGATCCTCCAATTTCTGGACTGTCTG	39106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	301	TGAAGCCAAGCTGATCCAACCAGCTGATCCTCCAATTTCTGGACTGTCTG	350

AL591597.8	39107	CTAAATTAAATGAGGAGAATAACCGTGTGTATCTGGAGATCTCCTCTGCT	39156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	351	CTAAATTAAATGAGGAGAATAACCGTGTGTATCTGGAGATCTCCTCTGCT	400

AL591597.8	39157	GCACTATCGGACTCTGCTGTGTATTACTGCGCTCTGAAGCCCACAGTGAC	39206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	401	GCACTATCGGACTCTGCTGTGTATTACTGCGCTCTGAAGCCCACAGTGAC	450

AL591597.8	39207	TGAAAACACACAAACACTGAACAAGAATGACAGCTGGAGTCTTTTCAGTC	39256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	451	TGAAAACACACAAACACTGAACAAGAATGACAGCTGGAGTCTTTTCAGTC	500

AL591597.8	39257	AGGAATGATGGAATAAAAAGAGCATGTTTTGCATTTTAGTACAGTACTCG	39306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	501	AGGAATGATGGAATAAAAAGAGCATGTTTTGCATTTTAGTACAGTACTCG	550

AL591597.8	39307	AGTATAAAAAGAATAAAGCAAGAGGTTTATTGTTTCATTGTTCCTTCATA	39356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	551	AGTATAAAAAGAATAAAGCAAGAGGTTTATTGTTTCATTGTTCCTTCATA	600

AL591597.8	39357	TTATATAATTAGATAGCTTCTTCACCTTATGTAAAGATGACCACGTGTAC	39406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	601	TTATATAATTAGATAGCTTCTTCACCTTATGTAAAGATGACCACGTGTAC	650

AL591597.8	39407	ACAAGCATCCTAACACTGCTCTTCTACATTAAATATTGTTGTGGTTTTTA	39456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	651	ACAAGCATCCTAACACTGCTCTTCTACATTAAATATTGTTGTGGTTTTTA	700

AL591597.8	39457	ATTATTTTCTTTATCGTATCGTAGATTGTTATATAGTATGTTACGCTGCT	39506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	701	ATTATTTTCTTTATCGTATCGTAGATTGTTATATAGTATGTTACGCTGCT	750

AL591597.8	39507	TTGGTACAATCTACATTGTAAAAAACTACAAATGAAACATTGTCAGTTCA	39556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	751	TTGGTACAATCTACATTGTAAAAAACTACAAATGAAACATTGTCAGTTCA	800

AL591597.8	39557	TCTTGCCATTTTAATGCATGAAAACTATTCTTTTTCCAGTAGGGCTGCGC	39606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	801	TCTTGCCATTTTAATGCATGAAAACTATTCTTTTTCCAGTAGGGCTGCGC	850

AL591597.8	39607	GACATGGCAAAATGCAGTCTAGATAATTATTTTCCATAAAGAACAATAAT	39656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	851	GACATGGCAAAATGCAGTCTAGATAATTATTTTCCATAAAGAACAATAAT	900

AL591597.8	39657	GACATATATTTCAATTTAAGTTGTTAATGCTTCCAGATTTAAAAAGGAGT	39706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	901	GACATATATTTCAATTTAAGTTGTTAATGCTTCCAGATTTAAAAAGGAGT	950

AL591597.8	39707	ACCCCAACAAAGACTGACGCCACAAAAATAAAAGGATCCATTAAATGGCA	39756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	951	ACCCCAACAAAGACTGACGCCACAAAAATAAAAGGATCCATTAAATGGCA	1000

AL591597.8	39757	TAACAGTTTTGGCTGAAAGATTTTTGGTTGCTGAAAATTCGGGACATCTC	39806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1001	TAACAGTTTTGGCTGAAAGATTTTTGGTTGCTGAAAATTCGGGACATCTC	1050

AL591597.8	39807	TAATATCAACACAATTTTAGATTCCCATTGTTGCACAATTCTTCTGTGTG	39856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1051	TAATATCAACACAATTTTAGATTCCCATTGTTGCACAATTCTTCTGTGTG	1100

AL591597.8	39857	ATTTACTATTCGATCATTATAGAGTAAAAAGTCCAGAGCTTATTGTTGAC	39906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1101	ATTTACTATTCGATCATTATAGAGTAAAAAGTCCAGAGCTTATTGTTGAC	1150

AL591597.8	39907	AAATTATATCCCGATTTAATAAAACATCATTTATTGGCCCAGCTCTATTT	39956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1151	AAATTATATCCCGATTTAATAAAACATCATTTATTGGCCCAGCTCTATTT	1200

AL591597.8	39957	CAAGGGGAATCCTTACAAATAAAACAAATATAGCAAAACCGTTTACCAGG	40006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1201	CAAGGGGAATCCTTACAAATAAAACAAATATAGCAAAACCGTTTACCAGG	1250

AL591597.8	40007	CTTTACATATATTTACTTAAGCCTCATAAAACATACTACATATTTCTATG	40056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1251	CTTTACATATATTTACTTAAGCCTCATAAAACATACTACATATTTCTATG	1300

AL591597.8	40057	TCAATTGTTCAATCTCAGAAGAGAGCTGAAAAACTAAAATAACAGCAGGA	40106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1301	TCAATTGTTCAATCTCAGAAGAGAGCTGAAAAACTAAAATAACAGCAGGA	1350

AL591597.8	40107	TTTATTAATATATAAACTATCAATGCTTTATGCACTAACATAAACCTGTA	40156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1351	TTTATTAATATATAAACTATCAATGCTTTATGCACTAACATAAACCTGTA	1400

AL591597.8	40157	AATCATTTTTTGTAGCAATTAGTTTTTTTGTCCTATTTACAGTATTTTAC	40206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1401	AATCATTTTTTGTAGCAATTAGTTTTTTTGTCCTATTTACAGTATTTTAC	1450

AL591597.8	40207	AACTGTACTAACTTACAAACGTACAAACCTACCTTAACCCATACAGTTAC	40256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1451	AACTGTACTAACTTACAAACGTACAAACCTACCTTAACCCATACAGTTAC	1500

AL591597.8	40257	CTCCTTAAGTATTAGGTGTTTTAGGCATATACACTAGAATACATAAGTGA	40306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1501	CTCCTTAAGTATTAGGTGTTTTAGGCATATACACTAGAATACATAAGTGA	1550

AL591597.8	40307	AATGTAGAGTAAAATAACATTTTCATGTATTCATAACCATCCTAAGATAT	40356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1551	AATGTAGAGTAAAATAACATTTTCATGTATTCATAACCATCCTAAGATAT	1600

AL591597.8	40357	GTGGGAGGAGCTTCATGATGTTGTGCTACCATTGATCTACCATGTGATTT	40406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1601	GTGGGAGGAGCTTCATGATGTTGTGCTACCATTGATCTACCATGTGATTT	1650

AL591597.8	40407	TAGTCTGTTCCTCAGTAATGTAAAAATGAGTTCTCTTGTTTGTCTACTTA	40456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1651	TAGTCTGTTCCTCAGTAATGTAAAAATGAGTTCTCTTGTTTGTCTACTTA	1700

AL591597.8	40457	TACTGTTAGTCTTAATGGGTGAGTGCATTTTTCATTGTTTAATTTTATAA	40506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1701	TACTGTTAGTCTTAATGGGTGAGTGCATTTTTCATTGTTTAATTTTATAA	1750

AL591597.8	40507	TTTCAATAAATTAATTAAATTAAGAACAATGTATTTTTGTTATTCTGAAG	40556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1751	TTTCAATAAATTAATTAAATTAAGAACAATGTATTTTTGTTATTCTGAAG	1800

AL591597.8	40557	ATGTTTTTCATGCTGTATTTGCAGATCAATCATTTGGTCAGTCAATAACA	40606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1801	ATGTTTTTCATGCTGTATTTGCAGATCAATCATTTGGTCAGTCAATAACA	1850

AL591597.8	40607	GCACTGCAGAGCACAAAACAGGCTGCTGAGAGCGAAACGGTCAGTCTGTC	40656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1851	GCACTGCAGAGCACAAAACAGGCTGCTGAGAGCGAAACGGTCAGTCTGTC	1900

AL591597.8	40657	ATGCAAATATGATACCCGAGCAGACAATTTACAGTGGTATCGACAATATC	40706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1901	ATGCAAATATGATACCCGAGCAGACAATTTACAGTGGTATCGACAATATC	1950

AL591597.8	40707	CAGGATCTACACCAGAATATCTGCTGCTTGTTTATGAATCAAACACCGTG	40756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591399.3	1951	CAGGATCTACACCAGAATATCTGCTGCTTGTTTATGAATCAAACACCGTG	2000

Overview

Query
AL591597.8 - 40756 bps
Hit
AL591399.3 - 97774 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001923200038757407561120001
292.673714903321333702114911
391.32738105935165362231179128261
494.0646557328123286951182223931
588.5138464131556321961220928261
692.7129038628774291591244328261
793.516277541301272828041
894.831892321512115352-1664468751
993.9678249130119263193441
1087.540642837428437119277193401
1189.0643643544635509119277193401
1289.381412181512315340-126454266791
1390.43821153208332197132043321571
1491.3851153611036224132043321571
1585.1440741631616389132729328021
1689.2342652909429158136235362991
1784.4241772110721183137726378021
1895.7761712111021180144708447781
1992.9655712908929159144708447781
2089.3943662111521180145500455651
2190.9146662909429159145500455651
2287.8840663213132196150319503841
2389.3943663615836223150319503841
2491.6744601524315302-169245693041
Short-link