<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 1250 bps

Full alignment

AL591389.5	1	ACAGTAGTAAAAATATTTTAAAATTAAAACATTTAAAGTGACAATTTGGG	50
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	82632	ACAGTAGTAAAAATATTTTACAATTAAAACATTTAAAGTGACAATTTGGG	82681

AL591389.5	51	CGACACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCACCTCACGACAAGAAGGTCA	100
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
AL591365.14	82682	CGACACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACGACAAGAAGGTCA	82731

AL591389.5	101	CTAGTTCGAGTCCCAGCAGGGTCAGTTGGCATTTGTGTGTAGAGTTTGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	82732	CTAGTTCGAGTCCCAGCAGGGTCAGTTGGCATTTGTGTGTAGAGTTTGCA	82781

AL591389.5	151	TGTTCTTCCCGTGTTGGTGTTGGTGCGTTCCTCCGGGTGTTCCAGTTTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	82782	TGTTCTTCCCGTGTTGGTGTTGGTGCGTTCCTCCGGGTGTTCCAGTTTCC	82831

AL591389.5	201	TTCACACTCCAAAGACATGCGCTACAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
AL591365.14	82832	TTCACACTCCAAAGACATGCGCTACAGGTAAATTGAATAAATTAAATTGG	82881

AL591389.5	251	CCGTAGTGTACGAGTGTGAACGTGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTACT	300
			||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||
AL591365.14	82882	CCGTAGTGTACAAGTGTGAATGTGTGAGTGTATAGATGTTTCCCAGTACT	82931

AL591389.5	301	GGGTTGCAGCGGGAAGGGCATCCTCTGTGTAAAACATATGCTTGATAAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	82932	GGGTTGCAGCGGGAAGGGCATCCTCTGTGTAAAACATATGCTTGATAAGT	82981

AL591389.5	351	TGGTAGTTCATTCCGCTGTAGTGA-------TGGATAAAGGGAATAAGCC	393
			||| ||||||||||||||| ||||       |||||||||||||||||||
AL591365.14	82982	TGGCAGTTCATTCCGCTGTGGTGACTTTTGATGGATAAAGGGAATAAGCC	83031

AL591389.5	394	GAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAGGTGAAATTTTATGCAAT	443
			||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||
AL591365.14	83032	GAAGGAAAATGAATGAATGAATGA--------GGTGAAATTTTATGCAAT	83073

AL591389.5	444	TCTGACTGATACAAATAACTAGATTTTTAGAAGCTGATAACTAAAATATA	493
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||
AL591365.14	83074	TCTGACTGATACAAATAACTACATTTTTAGAAGCTGATAA----AATATA	83119

AL591389.5	494	GGCACAAAAATGTACATACAACTTAAGTGGACAACTTAAAACCTAACTAC	543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83120	GGCACAAAAATGTACATACAACTTAAGTGGACAACTTAAAACCTAACTAC	83169

AL591389.5	544	AGAAAATAAAGAAACCGCAAGGACACATCTACAGTACATCTTTTTTCCCC	593
			||||| |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||
AL591365.14	83170	AGAAA-TAAAGAAACCGCAAGGACACATCTACA-----TCTTTTTTCCCC	83213

AL591389.5	594	CAAAATCACCTGTATAAAACCCTCATAATAATACCAAAAACATAAAAAAT	643
			|||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |
AL591365.14	83214	CAAAATCACCAGTTAAAAACCCTCATAATAATACCAATAACATAAAAACT	83263

AL591389.5	644	GTGCATTGCTCTGAACAATGTGATGTAAATGATATTATATCGAATCGCGA	693
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591365.14	83264	GTGCATTGCTCTGAACAATGTGATGTAAATGATATTATATTGAATCGCGA	83313

AL591389.5	694	TGCAATTAAGGTCAATAACAATGATAAGTTCTGGACTTTTATACTCTATA	743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83314	TGCAATTAAGGTCAATAACAATGATAAGTTCTGGACTTTTATACTCTATA	83363

AL591389.5	744	ACAGTGGTTCTCAAAGATTTTTCATCAAGTACCACCTCAGAAAAAAGTTG	793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
AL591365.14	83364	ACAGTGGTTCTCAAAGATTTTTCATCAAGTACCACCTTAGAAAAAAGTTG	83413

AL591389.5	794	TCTTTGCAAGTACCATCATAATGAGCAGTATTGAAATATAGTAGCGTATT	843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83414	TCTTTGCAAGTACCATCATAATGAGCAGTATTGAAATATAGTAGCGTATT	83463

AL591389.5	844	TGGTCCAGTAAAGCAGCTAAAACTCTGTACAGTTCAAAAACGAGGCATAT	893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83464	TGGTCCAGTAAAGCAGCTAAAACTCTGTACAGTTCAAAAACGAGGCATAT	83513

AL591389.5	894	AAGCTCCTAATATTAAGAAGATTTAAATTATAATGTGCTTTTAAAAGTTA	943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83514	AAGCTCCTAATATTAAGAAGATTTAAATTATAATGTGCTTTTAAAAGTTA	83563

AL591389.5	944	AAAATGGTACGTTACAGTTCCTAAAAAGTAAAAAAACGAGTTTATCAGCA	993
			||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83564	AAAATGGTATGTTACAGTTCTTAAAAAGTAAAAAAACGAGTTTATCAGCA	83613

AL591389.5	994	CCTGGAAATGTTGCCTGGACCTCACAAATATAGACTTTATGTCATCATAT	1043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83614	CCTGGAAATGTTGCCTGGACCTCACAAATATAGACTTTATGTCATCATAT	83663

AL591389.5	1044	TCATACATAAATCATTTTTGATCATTTATTTAAATATATGTAGCATGTCC	1093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83664	TCATACATAAATCATTTTTGATCATTTATTTAAATATATGTAGCATGTCC	83713

AL591389.5	1094	ATATGACATATTCGATTCATCCGCGTACCACTAGAAGAAAGCCCTTGTAC	1143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
AL591365.14	83714	ATATGACATATTCGATTCATCCGCGTACCACTAGAAGGAAGCCCTTGTAC	83763

AL591389.5	1144	CACTAGTGGTACACGTACCACATTTTGAGAACCACTCCTCTATAATGATC	1193
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL591365.14	83764	CACTAGTGGTACACGTACCACATTTTGAGAACCACTGCTCTATAATGATC	83813

AL591389.5	1194	TAAGCGCCAATCACATAGTAGAAATGTGCAACAATGGGAATCTAAAAGTG	1243
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83814	TAAGAGCCAATCACATAGTAGAAATGTGCAACAATGGGAATCTAAAAGTG	83863

AL591389.5	1244	TATTAATATTAGAGATGTACCGGATTTTTGGCCACCGAAAATGTATCGGC	1293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83864	TATTAATATTAGAGATGTACCGGATTTTTGGCCACCGAAAATGTATCGGC	83913

AL591389.5	1294	CAAAAACTATGTTATGCCATTTAATGGACACTGTAATTTTTGTGGCTTCA	1343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83914	CAAAAACTATGTTATGCCATTTAATGGACACTGTAATTTTTGTGGCTTCA	83963

AL591389.5	1344	GTCATTGTTGGGTGTCTTTTTTAAATCTAGAATCAACAACTTATATCGAA	1393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83964	GTCATTGTTGGGTGTCTTTTTTAAATCTAGAATCAACAACTTATATCGAA	84013

AL591389.5	1394	ATATACAGTTGAATTCAGAATTATTAGCCCACCTTTGAATTTCTTTTTTA	1443
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	84014	ATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCACCTTTGAATTTCTTTTTTA	84063

AL591389.5	1444	AAATATTTTCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATG	1493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	84064	AAATATTTTCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATG	84113

AL591389.5	1494	TCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATGTGTTTTATT--TTG	1541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||
AL591365.14	84114	TCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTGTTG	84163

AL591389.5	1542	GCTATAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTCCAAAAACATTTTAAGATCAAA	1591
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL591365.14	84164	GCTATAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTCAAAAAACATTTTAAGATCAAA	84213

AL591389.5	1592	ATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTCCGATAGTCTACAGAACAAAC	1641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
AL591365.14	84214	ATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTCCGATAGTCTACAGAACAGAC	84263

AL591389.5	1642	CATCAGTATACAATGACTAATTACTCTAACCTGCCTAGGTAACCTAAATA	1691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	84264	CATCAGTATACAATGACTAATTACTCTAACCTGCCTAGGTAACCTAAATA	84313

AL591389.5	1692	ACCTAGTGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAGTCTGTATAGAAGTGTCTTGA	1741
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL591365.14	84314	ACCTAGTGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAGTCTATATAGAAGTGTCTTGA	84363

AL591389.5	1742	AAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTCTCATTATGGCAAAGATAAAATA	1791
			|||     |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
AL591365.14	84364	AAA-----TAGTCAAATATTCTTTACTCTCATCATGGCAAAGATAAAATA	84408

AL591389.5	1792	AATCAG--TTATTAGAGATATTAAAAACTATTACGTTTAGAATTGTGGTG	1839
			||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
AL591365.14	84409	AATCAGATTTATTAGAGATATTAAAAACTATTACGTTTAGAAATATGGTG	84458

AL591389.5	1840	AAAAAAACCTACTCTCCATTAAACAGAATTGGGGAAAAAAATAAACAGAG	1889
			 |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
AL591365.14	84459	-AAAAAATCTACTCTCCATTAAACATAATTGGGGAAAAAAATAAACAGAA	84507

AL591389.5	1890	GGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATAAATTTATCATTCAATATGGAA	1939
			|||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||
AL591365.14	84508	GGGCTAATAATTCTGACTCCAACTGTATATAGTTATCATTCAATATGAAA	84557

AL591389.5	1940	AATAATAAAGAGATTGCATTTGTGCCATCTTCCCCAGCCCTAATCTGATG	1989
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	84558	AATAATAAAGAGATTGCATTTTTGCCATCTTCCCCAGCCCTAATCTGATG	84607

AL591389.5	1990	AAAGTCTGATC	2000
			|||||||||||
AL591365.14	84608	AAAGTCTGATC	84618

Compact alignment

AL591389.5	1	ACAGTAGTAAAAATATTTTAAAATTAAAACATTTAAAGTGACAATTTGGG	50
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	82632	ACAGTAGTAAAAATATTTTACAATTAAAACATTTAAAGTGACAATTTGGG	82681

AL591389.5	51	CGACACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCACCTCACGACAAGAAGGTCA	100
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
AL591365.14	82682	CGACACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACGACAAGAAGGTCA	82731

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591389.5	201	TTCACACTCCAAAGACATGCGCTACAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
AL591365.14	82832	TTCACACTCCAAAGACATGCGCTACAGGTAAATTGAATAAATTAAATTGG	82881

AL591389.5	251	CCGTAGTGTACGAGTGTGAACGTGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTACT	300
			||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||
AL591365.14	82882	CCGTAGTGTACAAGTGTGAATGTGTGAGTGTATAGATGTTTCCCAGTACT	82931

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591389.5	351	TGGTAGTTCATTCCGCTGTAGTGA-------TGGATAAAGGGAATAAGCC	393
			||| ||||||||||||||| ||||       |||||||||||||||||||
AL591365.14	82982	TGGCAGTTCATTCCGCTGTGGTGACTTTTGATGGATAAAGGGAATAAGCC	83031

AL591389.5	394	GAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAGGTGAAATTTTATGCAAT	443
			||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||
AL591365.14	83032	GAAGGAAAATGAATGAATGAATGA--------GGTGAAATTTTATGCAAT	83073

AL591389.5	444	TCTGACTGATACAAATAACTAGATTTTTAGAAGCTGATAACTAAAATATA	493
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||
AL591365.14	83074	TCTGACTGATACAAATAACTACATTTTTAGAAGCTGATAA----AATATA	83119

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591389.5	544	AGAAAATAAAGAAACCGCAAGGACACATCTACAGTACATCTTTTTTCCCC	593
			||||| |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||
AL591365.14	83170	AGAAA-TAAAGAAACCGCAAGGACACATCTACA-----TCTTTTTTCCCC	83213

AL591389.5	594	CAAAATCACCTGTATAAAACCCTCATAATAATACCAAAAACATAAAAAAT	643
			|||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |
AL591365.14	83214	CAAAATCACCAGTTAAAAACCCTCATAATAATACCAATAACATAAAAACT	83263

AL591389.5	644	GTGCATTGCTCTGAACAATGTGATGTAAATGATATTATATCGAATCGCGA	693
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL591365.14	83264	GTGCATTGCTCTGAACAATGTGATGTAAATGATATTATATTGAATCGCGA	83313

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591389.5	744	ACAGTGGTTCTCAAAGATTTTTCATCAAGTACCACCTCAGAAAAAAGTTG	793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
AL591365.14	83364	ACAGTGGTTCTCAAAGATTTTTCATCAAGTACCACCTTAGAAAAAAGTTG	83413

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591389.5	944	AAAATGGTACGTTACAGTTCCTAAAAAGTAAAAAAACGAGTTTATCAGCA	993
			||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83564	AAAATGGTATGTTACAGTTCTTAAAAAGTAAAAAAACGAGTTTATCAGCA	83613

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591389.5	1094	ATATGACATATTCGATTCATCCGCGTACCACTAGAAGAAAGCCCTTGTAC	1143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
AL591365.14	83714	ATATGACATATTCGATTCATCCGCGTACCACTAGAAGGAAGCCCTTGTAC	83763

AL591389.5	1144	CACTAGTGGTACACGTACCACATTTTGAGAACCACTCCTCTATAATGATC	1193
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL591365.14	83764	CACTAGTGGTACACGTACCACATTTTGAGAACCACTGCTCTATAATGATC	83813

AL591389.5	1194	TAAGCGCCAATCACATAGTAGAAATGTGCAACAATGGGAATCTAAAAGTG	1243
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	83814	TAAGAGCCAATCACATAGTAGAAATGTGCAACAATGGGAATCTAAAAGTG	83863

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591389.5	1394	ATATACAGTTGAATTCAGAATTATTAGCCCACCTTTGAATTTCTTTTTTA	1443
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	84014	ATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCACCTTTGAATTTCTTTTTTA	84063

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591389.5	1494	TCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATGTGTTTTATT--TTG	1541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||
AL591365.14	84114	TCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTGTTG	84163

AL591389.5	1542	GCTATAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTCCAAAAACATTTTAAGATCAAA	1591
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL591365.14	84164	GCTATAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTCAAAAAACATTTTAAGATCAAA	84213

AL591389.5	1592	ATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTCCGATAGTCTACAGAACAAAC	1641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
AL591365.14	84214	ATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTCCGATAGTCTACAGAACAGAC	84263

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591389.5	1692	ACCTAGTGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAGTCTGTATAGAAGTGTCTTGA	1741
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL591365.14	84314	ACCTAGTGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAGTCTATATAGAAGTGTCTTGA	84363

AL591389.5	1742	AAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTCTCATTATGGCAAAGATAAAATA	1791
			|||     |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
AL591365.14	84364	AAA-----TAGTCAAATATTCTTTACTCTCATCATGGCAAAGATAAAATA	84408

AL591389.5	1792	AATCAG--TTATTAGAGATATTAAAAACTATTACGTTTAGAATTGTGGTG	1839
			||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
AL591365.14	84409	AATCAGATTTATTAGAGATATTAAAAACTATTACGTTTAGAAATATGGTG	84458

AL591389.5	1840	AAAAAAACCTACTCTCCATTAAACAGAATTGGGGAAAAAAATAAACAGAG	1889
			 |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
AL591365.14	84459	-AAAAAATCTACTCTCCATTAAACATAATTGGGGAAAAAAATAAACAGAA	84507

AL591389.5	1890	GGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATAAATTTATCATTCAATATGGAA	1939
			|||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||
AL591365.14	84508	GGGCTAATAATTCTGACTCCAACTGTATATAGTTATCATTCAATATGAAA	84557

AL591389.5	1940	AATAATAAAGAGATTGCATTTGTGCCATCTTCCCCAGCCCTAATCTGATG	1989
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL591365.14	84558	AATAATAAAGAGATTGCATTTTTGCCATCTTCCCCAGCCCTAATCTGATG	84607

skip 11 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL591389.5 - 93098 bps
Hit
AL591365.14 - 84618 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link