<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

AL831784.17	1	AAAAGCTGCAATTGAATATCATTTCCTTCCGTACAAGAAAAAGCCAAAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	21911	AAAAGCTGCAATTGAATATCATTTCCTTCCGTACAAGAAAAAGCCAAAGA	21960

AL831784.17	51	AACTACAAAAAGCACAACTTTTTGGAGCCCATCCAAGACCTGAGGTCAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	21961	AACTACAAAAAGCACAACTTTTTGGAGCCCATCCAAGACCTGAGGTCAAA	22010

AL831784.17	101	GACAATCAGGTAAACAATTTCCGAGTGATAAGGCCCTCCAAGGAAAGGCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22011	GACAATCAGGTAAACAATTTCCGAGTGATAAGGCCCTCCAAGGAAAGGCC	22060

AL831784.17	151	GGATATGTAAATTATTTCACTTTGGTCAAGACCTGAGAGTAAGAGATGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22061	GGATATGTAAATTATTTCACTTTGGTCAAGACCTGAGAGTAAGAGATGTT	22110

AL831784.17	201	CCAAGTGGGTCAGAAGAAATCAGCTAAAATTTTTCACACATTCTTACAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22111	CCAAGTGGGTCAGAAGAAATCAGCTAAAATTTTTCACACATTCTTACAGG	22160

AL831784.17	251	CCCAGTGTGGGCTGCTACATGAGTTTGGAGTAGCCGGGAGCCCCCATCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22161	CCCAGTGTGGGCTGCTACATGAGTTTGGAGTAGCCGGGAGCCCCCATCAC	22210

AL831784.17	301	GAAGAGGTTTTCAATCACTCCATGTTCTGTCCATGGCCTTTCCCAGATGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL589746.11	22211	GAAGAGGTTTTCAATCACTCCATGTTCTGTCCACGGCCTTTCCCAGATGC	22260

AL831784.17	351	CGATGAGAAAGGCTGGGGCAGGTCTCAGAAGGCTGGAGAGAGCCTCCCTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22261	CGATGAGAAAGGCTGGGGCAGGTCTCAGAAGGCTGGAGAGAGCCTCCCTT	22310

AL831784.17	401	GGTGGCCCAGGGATGGAGGCAGGGACCTGCTTTGGCTGAGACATGAAACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22311	GGTGGCCCAGGGATGGAGGCAGGGACCTGCTTTGGCTGAGACATGAAACT	22360

AL831784.17	451	ATACTCGTCTGGCAGGCAGCAAAAGCTTTAAACCACTGAGGCAGGTGTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22361	ATACTCGTCTGGCAGGCAGCAAAAGCTTTAAACCACTGAGGCAGGTGTAA	22410

AL831784.17	501	CCCCTCTCACGCCCAGGAACCAGGCAAATCCCCTGTTCTGTAGGAGGGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22411	CCCCTCTCACGCCCAGGAACCAGGCAAATCCCCTGTTCTGTAGGAGGGTC	22460

AL831784.17	551	AGGAGTAAAAATCCCCGGCCCATGGAAGGGCAGGAGATCCTTGTGGGCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22461	AGGAGTAAAAATCCCCGGCCCATGGAAGGGCAGGAGATCCTTGTGGGCCC	22510

AL831784.17	601	AGAATCCTAGACTGACATCAAGCAGTCTCCTGCCTCTAGAGGAGGGGTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22511	AGAATCCTAGACTGACATCAAGCAGTCTCCTGCCTCTAGAGGAGGGGTGG	22560

AL831784.17	651	GCAACTCAGGCACAGGGCGAAGCTTGGTTGACATGGGGATGTGGTAGGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22561	GCAACTCAGGCACAGGGCGAAGCTTGGTTGACATGGGGATGTGGTAGGGA	22610

AL831784.17	701	TGCCAAGAGGTGCATCCCCAGCCCCAGGTATACTAGGCCTGCCTAAGCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22611	TGCCAAGAGGTGCATCCCCAGCCCCAGGTATACTAGGCCTGCCTAAGCCT	22660

AL831784.17	751	GAGACTGGGCCACGACACCAGAGAGCCCCCACCTCCAGCCCGAGCCTAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22661	GAGACTGGGCCACGACACCAGAGAGCCCCCACCTCCAGCCCGAGCCTAGT	22710

AL831784.17	801	ACTGACCAGCAACAGCAACTCACCACTCACAGAAGGACCAGGGCATGGGG	850
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL589746.11	22711	ACTGACCAGCAACAGCAACTCACCACTCACAGAAGGACCAGGGCTTGGGG	22760

AL831784.17	851	AGGATGCCCTCTGTGTCATAGGCATCCAGACTGCTGAAGGCCAAGGCTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22761	AGGATGCCCTCTGTGTCATAGGCATCCAGACTGCTGAAGGCCAAGGCTGG	22810

AL831784.17	901	AGCAGGCAAGAGGAGAGAACCGTCTGGTCCCCGGGCTGACTTCTCTAAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22811	AGCAGGCAAGAGGAGAGAACCGTCTGGTCCCCGGGCTGACTTCTCTAAGT	22860

AL831784.17	951	GCAGGGAACAGGAGCTCATTGCTGGAGAAACGTGAGTCTGAGGTGCACTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22861	GCAGGGAACAGGAGCTCATTGCTGGAGAAACGTGAGTCTGAGGTGCACTG	22910

AL831784.17	1001	TGGGTAACAACAGCAGTAGAACCCCCAGCCAGCTAACTCCTAACCAGAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22911	TGGGTAACAACAGCAGTAGAACCCCCAGCCAGCTAACTCCTAACCAGAGG	22960

AL831784.17	1051	AATTCAATCCCTCACACTCACGCACTGATGGAAGAGGAGGTGTACCTGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	22961	AATTCAATCCCTCACACTCACGCACTGATGGAAGAGGAGGTGTACCTGAT	23010

AL831784.17	1101	TCTGTATATTAGGAAACCGTCCTGCATATACCATTTCAAAAAGACTCATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23011	TCTGTATATTAGGAAACCGTCCTGCATATACCATTTCAAAAAGACTCATA	23060

AL831784.17	1151	TACCAAATGGTGCAATGTATTATTATGTAAAAATTTAAACACTATTCATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23061	TACCAAATGGTGCAATGTATTATTATGTAAAAATTTAAACACTATTCATG	23110

AL831784.17	1201	AGGCTCCTGATTTTATGTTTTGACAAATATTGGAGTCTGCAAAGAAGTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23111	AGGCTCCTGATTTTATGTTTTGACAAATATTGGAGTCTGCAAAGAAGTAT	23160

AL831784.17	1251	CTCAGACCCTCCCACAGCAGTGTATTGTGATGATGTTGCCAATAATACAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23161	CTCAGACCCTCCCACAGCAGTGTATTGTGATGATGTTGCCAATAATACAG	23210

AL831784.17	1301	AATATTACTAATGACAGCAATAGCTCTTATGTTCTTAACAGTGTGTTCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL589746.11	23211	AATATTACTAATGACAGCAATAGCTCTTACGTTCTTAACAGTGTGTTCCA	23260

AL831784.17	1351	GGCCCAGTGCAAATGCTATTGATCTCAGTCTCTACTTGTATCGTCCATTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23261	GGCCCAGTGCAAATGCTATTGATCTCAGTCTCTACTTGTATCGTCCATTA	23310

AL831784.17	1401	TCACACTGCTAGAAAGAACTACCTGAAACTGGGTAATTTATGAAGAGAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23311	TCACACTGCTAGAAAGAACTACCTGAAACTGGGTAATTTATGAAGAGAAG	23360

AL831784.17	1451	AGGTTTCATTGACTCCCAGTTCCTCAGGCTGTACAGGAAGCGTGGCTAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23361	AGGTTTCATTGACTCCCAGTTCCTCAGGCTGTACAGGAAGCGTGGCTAGG	23410

AL831784.17	1501	ACGCCTGAGGAAGCTTACAATCATGGCAGAAGGCAAAGGGGACGCAAGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23411	ACGCCTGAGGAAGCTTACAATCATGGCAGAAGGCAAAGGGGACGCAAGCA	23460

AL831784.17	1551	CGTCTCACCATGGTGGAGCAGGGGAGAGAGAGAGCGCGAAGGGGGAGGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23461	CGTCTCACCATGGTGGAGCAGGGGAGAGAGAGAGCGCGAAGGGGGAGGAG	23510

AL831784.17	1601	CTGCACACTTTCAAACAACCAGATCTCGTGAGAACTCACTCACTATCACG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23511	CTGCACACTTTCAAACAACCAGATCTCGTGAGAACTCACTCACTATCACG	23560

AL831784.17	1651	AGAACTGCAAGAGGGAAATCCACTCCCATGATCCAATCACATCCCACCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23561	AGAACTGCAAGAGGGAAATCCACTCCCATGATCCAATCACATCCCACCAG	23610

AL831784.17	1701	GCCTCTCCCCTGACACATGAGGATTACAATTTGACATGAGATTGGGTGGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23611	GCCTCTCCCCTGACACATGAGGATTACAATTTGACATGAGATTGGGTGGG	23660

AL831784.17	1751	GATGCAGAGCCAAACTATATCATTCTGCCCCCAGCCCCTCCCAAATCTCA	1800
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23661	GACGCAGAGCCAAACTATATCATTCTGCCCCCAGCCCCTCCCAAATCTCA	23710

AL831784.17	1801	TGTCCTTCTCACATTTTGAAACCAATCATGCCTTCCCAACAGTCCCCCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23711	TGTCCTTCTCACATTTTGAAACCAATCATGCCTTCCCAACAGTCCCCCAA	23760

AL831784.17	1851	AGTCTGAACTCATTCCGGCATTAACTCAAAATTCCGAGTCCAAAGTTTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23761	AGTCTGAACTCATTCCGGCATTAACTCAAAATTCCGAGTCCAAAGTTTCA	23810

AL831784.17	1901	TCTGAGACAAGGTATCTCGGGCCTAGTGGGCCTGTTTGGATTCTGGAGGC	1950
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23811	TCTGAGACAAGGTGTCTCGGGCCTAGTGGGCCTGTTTGGATTCTGGAGGC	23860

AL831784.17	1951	AGCACACTCCTCATCTGGGCGAGTTACTTCAGCCCATTTATCAAGTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23861	AGCACACTCCTCATCTGGGCGAGTTACTTCAGCCCATTTATCAAGTGATC	23910

Compact alignment

skip 300 bps 100% identity alignment

AL831784.17	301	GAAGAGGTTTTCAATCACTCCATGTTCTGTCCATGGCCTTTCCCAGATGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
AL589746.11	22211	GAAGAGGTTTTCAATCACTCCATGTTCTGTCCACGGCCTTTCCCAGATGC	22260

skip 450 bps 100% identity alignment

AL831784.17	801	ACTGACCAGCAACAGCAACTCACCACTCACAGAAGGACCAGGGCATGGGG	850
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
AL589746.11	22711	ACTGACCAGCAACAGCAACTCACCACTCACAGAAGGACCAGGGCTTGGGG	22760

skip 450 bps 100% identity alignment

AL831784.17	1301	AATATTACTAATGACAGCAATAGCTCTTATGTTCTTAACAGTGTGTTCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL589746.11	23211	AATATTACTAATGACAGCAATAGCTCTTACGTTCTTAACAGTGTGTTCCA	23260

skip 400 bps 100% identity alignment

AL831784.17	1751	GATGCAGAGCCAAACTATATCATTCTGCCCCCAGCCCCTCCCAAATCTCA	1800
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23661	GACGCAGAGCCAAACTATATCATTCTGCCCCCAGCCCCTCCCAAATCTCA	23710

skip 100 bps 100% identity alignment

AL831784.17	1901	TCTGAGACAAGGTATCTCGGGCCTAGTGGGCCTGTTTGGATTCTGGAGGC	1950
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589746.11	23811	TCTGAGACAAGGTGTCTCGGGCCTAGTGGGCCTGTTTGGATTCTGGAGGC	23860

skip 50 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL831784.17 - 79425 bps
Hit
AL589746.11 - 23910 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link