<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL645533.9	1	GTTGTCTGATGTTGGGAAACAAACCTGGGTATTCTGGGAGATCAGGAAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254609	GTTGTCTGATGTTGGGAAACAAACCTGGGTATTCTGGGAGATCAGGAAGT	254658

AL645533.9	51	CTTTTTACATTTAATTCATCTGGACATTTTTTTGTAAGCCGAAGTATAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254659	CTTTTTACATTTAATTCATCTGGACATTTTTTTGTAAGCCGAAGTATAAA	254708

AL645533.9	101	TTTAATTTAACTTCCCCATTGAGGTGGCTGGGTGTTCTAGAACGAGTTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254709	TTTAATTTAACTTCCCCATTGAGGTGGCTGGGTGTTCTAGAACGAGTTTC	254758

AL645533.9	151	TCAATAGTCTACTCTTTCCTCCCTGGTCTGCAGCAAGCCTGTGTGCTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254759	TCAATAGTCTACTCTTTCCTCCCTGGTCTGCAGCAAGCCTGTGTGCTTTC	254808

AL645533.9	201	CTTTCTCTCCTTCTGGCCAGAGTAACTGCCCTCAGGAACACTGCTTCTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254809	CTTTCTCTCCTTCTGGCCAGAGTAACTGCCCTCAGGAACACTGCTTCTTT	254858

AL645533.9	251	CTGTCCCTGTGGCTTTACTGTACGTCAGCTTCTAGAAGGGCAGAACTTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254859	CTGTCCCTGTGGCTTTACTGTACGTCAGCTTCTAGAAGGGCAGAACTTCC	254908

AL645533.9	301	TCTTTGTCTTCTGTCTTAGTGACCATTGAATTGTTGTGAAGAGACACCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254909	TCTTTGTCTTCTGTCTTAGTGACCATTGAATTGTTGTGAAGAGACACCAT	254958

AL645533.9	351	GACCAAGGTAACTTAGAAAAGAAAATATTTAACTGGGAGCTTGCTTACAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	254959	GACCAAGGTAACTTAGAAAAGAAAATATTTAACTGGGAGCTTGCTTACAG	255008

AL645533.9	401	TGTCCAGAGTCCATGACTGTCACTGTGGGGAGTGCGGTGGCAGAGAGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255009	TGTCCAGAGTCCATGACTGTCACTGTGGGGAGTGCGGTGGCAGAGAGAAA	255058

AL645533.9	451	GACAGAGAGACAGACAGACATAGAGAGATACACACTCAGAGAAAGAGGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255059	GACAGAGAGACAGACAGACATAGAGAGATACACACTCAGAGAAAGAGGAG	255108

AL645533.9	501	AGGTAAAGAGAGATAGAGAGAGACAGAGCCACAGAGAGACAGAGAGGCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255109	AGGTAAAGAGAGATAGAGAGAGACAGAGCCACAGAGAGACAGAGAGGCAG	255158

AL645533.9	551	ACAGACACTGGGCCTGGACTAGAAGGACACATTCAAGTATCTGAGCCTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255159	ACAGACACTGGGCCTGGACTAGAAGGACACATTCAAGTATCTGAGCCTAC	255208

AL645533.9	601	CGGGGCCATTTTCGTTCAAATTATCTCCCTTCTTTAAAAGTATGTTTTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255209	CGGGGCCATTTTCGTTCAAATTATCTCCCTTCTTTAAAAGTATGTTTTAT	255258

AL645533.9	651	CTTTGCTCTTTCTCGTGGAATTTAGGATAAGGCTAATGTGTTTCAGGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255259	CTTTGCTCTTTCTCGTGGAATTTAGGATAAGGCTAATGTGTTTCAGGAAA	255308

AL645533.9	701	AACTTGTTGGAATTTTGAGGAACGTTTATTGAGTGTAGCACAGCTCTGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255309	AACTTGTTGGAATTTTGAGGAACGTTTATTGAGTGTAGCACAGCTCTGCC	255358

AL645533.9	751	TCAGCAGAGAAACGTCTTTGAGTAGTGGATGAAGGTCAACACAGACACAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255359	TCAGCAGAGAAACGTCTTTGAGTAGTGGATGAAGGTCAACACAGACACAG	255408

AL645533.9	801	CTGCTCAAAGGGTAGCGAGTGAGTGCTACGAAGTGACCATGTCCCACGTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255409	CTGCTCAAAGGGTAGCGAGTGAGTGCTACGAAGTGACCATGTCCCACGTC	255458

AL645533.9	851	GTGTATGAGACATCTGTATCACTCAAACCCAAGACTCAGGGACCTTCTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255459	GTGTATGAGACATCTGTATCACTCAAACCCAAGACTCAGGGACCTTCTGA	255508

AL645533.9	901	GAAGAGGGCGTGGAAAGTCTGTAAGAGCCAGAGGCCAGGGAGGACTCTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255509	GAAGAGGGCGTGGAAAGTCTGTAAGAGCCAGAGGCCAGGGAGGACTCTCT	255558

AL645533.9	951	AGGATGAATGCATGCACAGACTCATAGCATCCGTGGTTGCCTGCACAAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255559	AGGATGAATGCATGCACAGACTCATAGCATCCGTGGTTGCCTGCACAAGA	255608

AL645533.9	1001	GCAAGCCAGCCAGCATTCCAACATGGAGGAGGGAGGGACTCATGGGCTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255609	GCAAGCCAGCCAGCATTCCAACATGGAGGAGGGAGGGACTCATGGGCTGC	255658

AL645533.9	1051	CACTCACTGCGGAGGAGTCATTGGCAGTTGATGGCTGCTTGGGGAGTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255659	CACTCACTGCGGAGGAGTCATTGGCAGTTGATGGCTGCTTGGGGAGTTTT	255708

AL645533.9	1101	CTTTAGGGACAAGGTCCCTAAGAGGTTGACCACACTCTGGTGGATGGCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255709	CTTTAGGGACAAGGTCCCTAAGAGGTTGACCACACTCTGGTGGATGGCCC	255758

AL645533.9	1151	CATGTCCATGTCTATCTGCTTCCTACCGTCAAACCGCTGTAGCTTCTGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255759	CATGTCCATGTCTATCTGCTTCCTACCGTCAAACCGCTGTAGCTTCTGAG	255808

AL645533.9	1201	GTTCATCAGACACCAACAGAGTAAAGCTGGCTCTCGTCCTTGCTTGTTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255809	GTTCATCAGACACCAACAGAGTAAAGCTGGCTCTCGTCCTTGCTTGTTTC	255858

AL645533.9	1251	CAAAGATTCCATTTTCTATTTGGGTTTGGAGTATGGAATTATTATTATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255859	CAAAGATTCCATTTTCTATTTGGGTTTGGAGTATGGAATTATTATTATTT	255908

AL645533.9	1301	TTTTATTACTTTCTTGCTTGCTTAGTGATTCATTAAAACAAATATTTTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255909	TTTTATTACTTTCTTGCTTGCTTAGTGATTCATTAAAACAAATATTTTTG	255958

AL645533.9	1351	TTATTTCTTTTTGCCCGTTAAGCCATTTTTATTGCAAAGGTCATTGCTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	255959	TTATTTCTTTTTGCCCGTTAAGCCATTTTTATTGCAAAGGTCATTGCTAA	256008

AL645533.9	1401	ATAATAAAGGTCAGAGCTCTTATAAGCTAAAAATGGGCTTCTTAATTCCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256009	ATAATAAAGGTCAGAGCTCTTATAAGCTAAAAATGGGCTTCTTAATTCCT	256058

AL645533.9	1451	TTTTTCTTGTTAACACACATAAATCAATTTTAATCTCATTTTTTATTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256059	TTTTTCTTGTTAACACACATAAATCAATTTTAATCTCATTTTTTATTTTT	256108

AL645533.9	1501	TGTATCTTTGATTTTATTATGGAAATCATATTTTATCAGTTGTTATATTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256109	TGTATCTTTGATTTTATTATGGAAATCATATTTTATCAGTTGTTATATTC	256158

AL645533.9	1551	TTGTTTAGTCTGGGGCTTTTGAGACTGAAATAAAAATGACTCTATACATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256159	TTGTTTAGTCTGGGGCTTTTGAGACTGAAATAAAAATGACTCTATACATT	256208

AL645533.9	1601	TGATTTTAAAATACTGCTCTCCTTCCAACTAAATAGTTAATGTCTATGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256209	TGATTTTAAAATACTGCTCTCCTTCCAACTAAATAGTTAATGTCTATGAG	256258

AL645533.9	1651	CCAAAAACTGGGTCCAGAGTTCTTTCTCTGGCTTCTGTGCATCTAAATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256259	CCAAAAACTGGGTCCAGAGTTCTTTCTCTGGCTTCTGTGCATCTAAATTA	256308

AL645533.9	1701	GCACACCCAAAGGGGAGCCATATCTAGTGCTCAGGCCTATAAGTGCAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256309	GCACACCCAAAGGGGAGCCATATCTAGTGCTCAGGCCTATAAGTGCAACA	256358

AL645533.9	1751	CTCTGAATGCTGAGGCAGGAGGACTGCTGTGAGTTTGAAGACATCCTGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256359	CTCTGAATGCTGAGGCAGGAGGACTGCTGTGAGTTTGAAGACATCCTGGG	256408

AL645533.9	1801	ATTCACAGAGGGTTCTAGTCCATCCTTGATTACAGAGTAAGATACTACTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256409	ATTCACAGAGGGTTCTAGTCCATCCTTGATTACAGAGTAAGATACTACTT	256458

AL645533.9	1851	AAAAACCCAAATACACCCTTGCTCCACACATATCCAAATATAATCCTGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256459	AAAAACCCAAATACACCCTTGCTCCACACATATCCAAATATAATCCTGCA	256508

AL645533.9	1901	CCCCCCCACACACACGTGCACATATGCATACACAGGCTCATGAACCCACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256509	CCCCCCCACACACACGTGCACATATGCATACACAGGCTCATGAACCCACA	256558

AL645533.9	1951	CACATACACATTAGCAATTCATGAGACTAATTTTCATGAACTCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589699.4	256559	CACATACACATTAGCAATTCATGAGACTAATTTTCATGAACTCTGAATTC	256608

Overview

Query
AL645533.9 - 74370 bps
Hit
AL589699.4 - 256608 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link