<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL589879.21	1	CCTCCGCACATACCGTTTGTTCTTATACACACTTTCACGCACATATTCGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	220810	CCTCCGCACATACCGTTTGTTCTTATACACACTTTCACGCACATATTCGC	220859

AL589879.21	51	TCCTATGCACATATACATACATAACACTCTCATACATTGTCAGCCTCACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	220860	TCCTATGCACATATACATACATAACACTCTCATACATTGTCAGCCTCACA	220909

AL589879.21	101	TTTTCTACCCTCACTTTCCTCTCCTTTCTGATTTTGCTCCCTCTGGAGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	220910	TTTTCTACCCTCACTTTCCTCTCCTTTCTGATTTTGCTCCCTCTGGAGTC	220959

AL589879.21	151	TGGATATTCTCTAGCGTGATAGACTCCATACACCTCACGCTGGCTTTTGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	220960	TGGATATTCTCTAGCGTGATAGACTCCATACACCTCACGCTGGCTTTTGG	221009

AL589879.21	201	CCAGCAGAAAGCCAGAAGATAGCATAAGATGGAGAGTGAACCTTCCAGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221010	CCAGCAGAAAGCCAGAAGATAGCATAAGATGGAGAGTGAACCTTCCAGCA	221059

AL589879.21	251	TCTTCCTCAGCTTTTGACCAGCTTGGCTCCGAGAAGCGGAGATGAGGTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221060	TCTTCCTCAGCTTTTGACCAGCTTGGCTCCGAGAAGCGGAGATGAGGTCC	221109

AL589879.21	301	ATGACTGTCTAGCAATGGTGGTTTGAGCAGACATTGAATTTTTTGGATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221110	ATGACTGTCTAGCAATGGTGGTTTGAGCAGACATTGAATTTTTTGGATTA	221159

AL589879.21	351	GGAGATGGTTGGCCTCCCAGGTCACCAAGGCAAACTCCAGGCTCCTCCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221160	GGAGATGGTTGGCCTCCCAGGTCACCAAGGCAAACTCCAGGCTCCTCCCA	221209

AL589879.21	401	AACCTCTGGTGGATAAATTGCTCCCTCGACCGCCAGCCACCTCAGCCACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221210	AACCTCTGGTGGATAAATTGCTCCCTCGACCGCCAGCCACCTCAGCCACC	221259

AL589879.21	451	TAAGCCACCAAATAAAACTTCAATCAATGCCCAACTCGTAGCACTCTGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221260	TAAGCCACCAAATAAAACTTCAATCAATGCCCAACTCGTAGCACTCTGTT	221309

AL589879.21	501	GGATTTACTTCATGCCAACTGTTTTTGCAAGTGGCTTTTCCCCAGTTGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221310	GGATTTACTTCATGCCAACTGTTTTTGCAAGTGGCTTTTCCCCAGTTGTA	221359

AL589879.21	551	GCAAAGTCTGATTGCGAATTCTCAGGACAATTCCATCCTTCCGTCTGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221360	GCAAAGTCTGATTGCGAATTCTCAGGACAATTCCATCCTTCCGTCTGTCT	221409

AL589879.21	601	GTCTGTCTGTCTGTGACATGTGACATATATCATATTTATATATATATATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221410	GTCTGTCTGTCTGTGACATGTGACATATATCATATTTATATATATATATA	221459

AL589879.21	651	TATATACACACACACACATATACATATACATATATATACATATATATGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221460	TATATACACACACACACATATACATATACATATATATACATATATATGCC	221509

AL589879.21	701	ACAAAAGATATATATCTATATGTATATGTACATACATTACTGTGCGTAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221510	ACAAAAGATATATATCTATATGTATATGTACATACATTACTGTGCGTAAA	221559

AL589879.21	751	CATATAGCTTAGATACATTACACAGATACATATAAATATATACATACATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221560	CATATAGCTTAGATACATTACACAGATACATATAAATATATACATACATA	221609

AL589879.21	801	CATTTATGTACATATACAGATTAAGCAGGAGGGAAAATTACAAGCTGCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221610	CATTTATGTACATATACAGATTAAGCAGGAGGGAAAATTACAAGCTGCTA	221659

AL589879.21	851	AATTCTGATGGAGACAAAGGAAACGGTTCTTAGATGCGGTGGATTTCAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221660	AATTCTGATGGAGACAAAGGAAACGGTTCTTAGATGCGGTGGATTTCAGA	221709

AL589879.21	901	CTCACATGGGGAAAACTCTGTAGCCTCCCATCGACATAAGCAGCCAAATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221710	CTCACATGGGGAAAACTCTGTAGCCTCCCATCGACATAAGCAGCCAAATG	221759

AL589879.21	951	TGAAAACACTAGTTCATCCATTTTCCAAAACCGATCAACACGGATGCTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221760	TGAAAACACTAGTTCATCCATTTTCCAAAACCGATCAACACGGATGCTGT	221809

AL589879.21	1001	TGGGTAGACGGCCAAAATTGTACCACTGGTAGAACTGGGGGCTGGGCCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221810	TGGGTAGACGGCCAAAATTGTACCACTGGTAGAACTGGGGGCTGGGCCCT	221859

AL589879.21	1051	CAGCAGAGGCTCTGAGGCCGCAGAGATTGTTCTCCTGCTGTCTCTAGGAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221860	CAGCAGAGGCTCTGAGGCCGCAGAGATTGTTCTCCTGCTGTCTCTAGGAC	221909

AL589879.21	1101	CACGCTCAGACTCCTGCTGAGAGCACACTGTAAAAAGTCCTGACCTGGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221910	CACGCTCAGACTCCTGCTGAGAGCACACTGTAAAAAGTCCTGACCTGGAA	221959

AL589879.21	1151	GAAGAAGAGGGAATCCAGAGGCTTTGTCTTCTTGCTGCTTATGGAAGGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	221960	GAAGAAGAGGGAATCCAGAGGCTTTGTCTTCTTGCTGCTTATGGAAGGAG	222009

AL589879.21	1201	ACAGGAACCTTCAGCTACACCCTTGCTGGCTGTGTCCAGGGATAAAACAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222010	ACAGGAACCTTCAGCTACACCCTTGCTGGCTGTGTCCAGGGATAAAACAA	222059

AL589879.21	1251	AACAAAACAAACGAACAAACAAACAAACAACCCACTTCCCTTTAACCACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222060	AACAAAACAAACGAACAAACAAACAAACAACCCACTTCCCTTTAACCACA	222109

AL589879.21	1301	TATGGTTAGCGTCATCCAGAGGTTTGACTTCTTCCAGGGTAGAGGTAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222110	TATGGTTAGCGTCATCCAGAGGTTTGACTTCTTCCAGGGTAGAGGTAGAG	222159

AL589879.21	1351	CCTTCTACAGCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA--------------GAGA	1386
			||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||
AL589651.8	222160	CCTTCTACAGCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGA	222209

AL589879.21	1387	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGA	1436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222210	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGA	222259

AL589879.21	1437	GAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGAGGGAGGGACGGAGGGAGAAACTTCCAGG	1486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222260	GAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGAGGGAGGGACGGAGGGAGAAACTTCCAGG	222309

AL589879.21	1487	ATGGCTTCCCAAGAGTGGGGGTTGTGGTGGGGGTCAGGCTGGGTGGCTTA	1536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222310	ATGGCTTCCCAAGAGTGGGGGTTGTGGTGGGGGTCAGGCTGGGTGGCTTA	222359

AL589879.21	1537	GAGGAGCCTTTCTTCCCCCAGGTGAGGTTTTAACCAAAATAATGAAAATA	1586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222360	GAGGAGCCTTTCTTCCCCCAGGTGAGGTTTTAACCAAAATAATGAAAATA	222409

AL589879.21	1587	CAGGTGCTCAATACCACTTTTGAGACATAGGTATTGTTCACTTCTAGGGA	1636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222410	CAGGTGCTCAATACCACTTTTGAGACATAGGTATTGTTCACTTCTAGGGA	222459

AL589879.21	1637	GACTCTCCTAGCTTTGGGGCAAGAAGTGTTCCGTGAGTGGATGCACATTT	1686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222460	GACTCTCCTAGCTTTGGGGCAAGAAGTGTTCCGTGAGTGGATGCACATTT	222509

AL589879.21	1687	GGGAATGAGAGGACTGAGTCAGTCAGAGCCAGGCTGACAGGCTACAAACG	1736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222510	GGGAATGAGAGGACTGAGTCAGTCAGAGCCAGGCTGACAGGCTACAAACG	222559

AL589879.21	1737	GGCAGATTGGAAGTCTAGGCCTAAGTTTTTGTTTCCTAGAAACGAGAACC	1786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222560	GGCAGATTGGAAGTCTAGGCCTAAGTTTTTGTTTCCTAGAAACGAGAACC	222609

AL589879.21	1787	TGGATCCTGGAACCTGTGGTCAGCCAGCCACAGCCTCGGGTAGCCAATCC	1836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222610	TGGATCCTGGAACCTGTGGTCAGCCAGCCACAGCCTCGGGTAGCCAATCC	222659

AL589879.21	1837	GAGGGCACCACGTCCTCTGGCCTGGAGCAAAGATAGGTAGCTAGAATGAG	1886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222660	GAGGGCACCACGTCCTCTGGCCTGGAGCAAAGATAGGTAGCTAGAATGAG	222709

AL589879.21	1887	GAATCAACCATCCTGGGAAGACTCCAGAGTCCTAACCAATTTTAAGATCA	1936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222710	GAATCAACCATCCTGGGAAGACTCCAGAGTCCTAACCAATTTTAAGATCA	222759

AL589879.21	1937	GTCAGACCCCTAGGGACAGAGCTAACTAATCAAGGTAAAAGTTCACACCC	1986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL589651.8	222760	GTCAGACCCCTAGGGACAGAGCTAACTAATCAAGGTAAAAGTTCACACCC	222809

AL589879.21	1987	TGTCCCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||
AL589651.8	222810	TGTCCCTGGAATTC	222823

Compact alignment

skip 1350 bps 100% identity alignment

AL589879.21	1351	CCTTCTACAGCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA--------------GAGA	1386
			||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||
AL589651.8	222160	CCTTCTACAGCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGA	222209

skip 614 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL589879.21 - 182817 bps
Hit
AL589651.8 - 222823 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link