<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1997 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL450321.15	1	GAATTCTCTCACACACCTGCCTTTGTTGTGCAAACCTTGCTTCTGATTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	195941	GAATTCTCTCACACACCTGCCTTTGTTGTGCAAACCTTGCTTCTGATTTT	195990

AL450321.15	51	AAAGTTATTGGTTAAATAAAAGTGGCTACAGCCAATTATTGAGGAGAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	195991	AAAGTTATTGGTTAAATAAAAGTGGCTACAGCCAATTATTGAGGAGAATA	196040

AL450321.15	101	GAGGTAGGTGGGGCTTTGGTTACCAAGCTGGGCCTTGCAGGGGGAGAGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196041	GAGGTAGGTGGGGCTTTGGTTACCAAGCTGGGCCTTGCAGGGGGAGAGAG	196090

AL450321.15	151	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196091	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	196140

AL450321.15	201	AGAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196141	AGAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG	196190

AL450321.15	251	AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG---AAAGACTGAGAG	297
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
AL513025.13	196191	AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAAGACTGAGAG	196240

AL450321.15	298	AGAAGGAGGCTTCCATGAGAGGAGATGGATCATGAGTGTGTGTGTAGGGA	347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196241	AGAAGGAGGCTTCCATGAGAGGAGATGGATCATGAGTGTGTGTGTAGGGA	196290

AL450321.15	348	GTGAAGAGAGTGTGTTCTGCAGGCAGACCAATGGAGCAAAAAGGCAGCCT	397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196291	GTGAAGAGAGTGTGTTCTGCAGGCAGACCAATGGAGCAAAAAGGCAGCCT	196340

AL450321.15	398	GGTTGAGACTCAAACAGCAAGTAACTTGAGGATCACAGCTGGGAATTAGT	447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196341	GGTTGAGACTCAAACAGCAAGTAACTTGAGGATCACAGCTGGGAATTAGT	196390

AL450321.15	448	CAGTCTAGCATATAGAAAAGTAGATTAGGGATAATTGCCCAGTAATTGTG	497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196391	CAGTCTAGCATATAGAAAAGTAGATTAGGGATAATTGCCCAGTAATTGTG	196440

AL450321.15	498	CTAAAGCTGATTAAATAAATCTAGAGGACTCAGTCTCCATTATTAGTACT	547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196441	CTAAAGCTGATTAAATAAATCTAGAGGACTCAGTCTCCATTATTAGTACT	196490

AL450321.15	548	GGCCAAGTCAGAATAACAACCAATAGAATTAATAAATGTACATTACAGCA	597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196491	GGCCAAGTCAGAATAACAACCAATAGAATTAATAAATGTACATTACAGCA	196540

AL450321.15	598	ACTATGCCTGACTTTTTTTTTTTAATGTAGGTTCTAAGAAACCAAACTCA	647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196541	ACTATGCCTGACTTTTTTTTTTTAATGTAGGTTCTAAGAAACCAAACTCA	196590

AL450321.15	648	GGTTGTCATGCTTGCAAAGCAAGCTCTTTATTGAATCAGCTACCTCTCGA	697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196591	GGTTGTCATGCTTGCAAAGCAAGCTCTTTATTGAATCAGCTACCTCTCGA	196640

AL450321.15	698	GCCAATTGGATGTCTATTTTGAGAAAGAGAGGCCAGTTAGATTGTTCCAG	747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196641	GCCAATTGGATGTCTATTTTGAGAAAGAGAGGCCAGTTAGATTGTTCCAG	196690

AL450321.15	748	ATCCTTTAGATCTTCCAGCCACAGTCCTTTGGCCTTCCCTGCTGCTGTGA	797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196691	ATCCTTTAGATCTTCCAGCCACAGTCCTTTGGCCTTCCCTGCTGCTGTGA	196740

AL450321.15	798	GTAGGACAAAACCCTTCTCACTTCTAACCACTGGCATCGGAGGTTGGTAC	847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196741	GTAGGACAAAACCCTTCTCACTTCTAACCACTGGCATCGGAGGTTGGTAC	196790

AL450321.15	848	CCAGAGGTTCTCATGTTCTTGGGTCCTGTGTATACTGCTGCGTCTTTGCT	897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196791	CCAGAGGTTCTCATGTTCTTGGGTCCTGTGTATACTGCTGCGTCTTTGCT	196840

AL450321.15	898	GATAGCTCATGACACCTATAGCAGTTGGAAGCTGGCACTCATTCATTGGC	947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196841	GATAGCTCATGACACCTATAGCAGTTGGAAGCTGGCACTCATTCATTGGC	196890

AL450321.15	948	ACCTTGGGTAGTTTACAGTTGAATTTTGTTCTAACACTTCCTGTGCATTT	997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196891	ACCTTGGGTAGTTTACAGTTGAATTTTGTTCTAACACTTCCTGTGCATTT	196940

AL450321.15	998	TGGGCTCTACTTTCTAGAAATCATTTCTATTCTCACATGGGGGATAAAGA	1047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196941	TGGGCTCTACTTTCTAGAAATCATTTCTATTCTCACATGGGGGATAAAGA	196990

AL450321.15	1048	AGGATGGTAGAATGTTACTCTCTGTCAACTTCAGATGTGATTCCCTTCTC	1097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	196991	AGGATGGTAGAATGTTACTCTCTGTCAACTTCAGATGTGATTCCCTTCTC	197040

AL450321.15	1098	TTTAAAACAGGGGTCCCCAACCTGTGGGTTGTGACCCCTTTGGTAAATCT	1147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197041	TTTAAAACAGGGGTCCCCAACCTGTGGGTTGTGACCCCTTTGGTAAATCT	197090

AL450321.15	1148	TTATCTCCAAGACTACTTCCACTATGATTCATAACAGTAGCAAAATTACA	1197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197091	TTATCTCCAAGACTACTTCCACTATGATTCATAACAGTAGCAAAATTACA	197140

AL450321.15	1198	GTTAGGATGTAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTTGGGGGGTCACCACAA	1247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197141	GTTAGGATGTAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTTGGGGGGTCACCACAA	197190

AL450321.15	1248	CATAAGGAACTATGTAAAAGGGTCACAGCATTAAGAAGGTTGAGAACCAC	1297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197191	CATAAGGAACTATGTAAAAGGGTCACAGCATTAAGAAGGTTGAGAACCAC	197240

AL450321.15	1298	TCCTTTAAAAGATTTATTTGGAACCTGCTGACTTGGCTTGTCATTGAATC	1347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197241	TCCTTTAAAAGATTTATTTGGAACCTGCTGACTTGGCTTGTCATTGAATC	197290

AL450321.15	1348	ATGTCACTTAGGCCGATGCTCCCACAAGCATTAAAGAAAAGCAGAGTTAC	1397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197291	ATGTCACTTAGGCCGATGCTCCCACAAGCATTAAAGAAAAGCAGAGTTAC	197340

AL450321.15	1398	GGGCTGTTTTATTTCTAGTCTCTCAGAGAACATTTATAAAAGAGAGTTAA	1447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197341	GGGCTGTTTTATTTCTAGTCTCTCAGAGAACATTTATAAAAGAGAGTTAA	197390

AL450321.15	1448	CAACAGAACGGGGGTCAAAGGCCTCGGCTCTTATGGACAATGATGGCATG	1497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197391	CAACAGAACGGGGGTCAAAGGCCTCGGCTCTTATGGACAATGATGGCATG	197440

AL450321.15	1498	TGATGTATATGGGAAGGAAGCAGAGCACACACCTTTTATATTTGGTGGGC	1547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197441	TGATGTATATGGGAAGGAAGCAGAGCACACACCTTTTATATTTGGTGGGC	197490

AL450321.15	1548	TGGTTGTGCCTCTTGTGGGGTTTAGATGGGGCCCACTGACAGTAGCAAGT	1597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197491	TGGTTGTGCCTCTTGTGGGGTTTAGATGGGGCCCACTGACAGTAGCAAGT	197540

AL450321.15	1598	CACAAGGGCCTATGAGTAAAGACTTACTTTTTCTTTGCTACCTTGGGCTC	1647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197541	CACAAGGGCCTATGAGTAAAGACTTACTTTTTCTTTGCTACCTTGGGCTC	197590

AL450321.15	1648	CTTGATAACGATGCTCCCTCTTGATTTCCGGTCTACCCCTCTGACCTCCT	1697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197591	CTTGATAACGATGCTCCCTCTTGATTTCCGGTCTACCCCTCTGACCTCCT	197640

AL450321.15	1698	GGATCCCATTGGTGACTTCAAATCTCTTCTGTATTCTCTCTAAGCACTAC	1747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197641	GGATCCCATTGGTGACTTCAAATCTCTTCTGTATTCTCTCTAAGCACTAC	197690

AL450321.15	1748	TCTTATTCTGTATATTCTCTTCTGGACCACCTCTTCTTCTCGTGTTAAAT	1797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197691	TCTTATTCTGTATATTCTCTTCTGGACCACCTCTTCTTCTCGTGTTAAAT	197740

AL450321.15	1798	GGACACAGTGCAATATTTACCATTTCAGTCATGTATAAGTATTCGATTAC	1847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197741	GGACACAGTGCAATATTTACCATTTCAGTCATGTATAAGTATTCGATTAC	197790

AL450321.15	1848	ATACATTCATGATGGGGAACCATACAACTTTTTGTACCCAAATCTTTTTC	1897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197791	ATACATTCATGATGGGGAACCATACAACTTTTTGTACCCAAATCTTTTTC	197840

AL450321.15	1898	ATCATCCCCCAGCAGAAACTTTGTCCATCAAACAATAACTTGCTGTGTGA	1947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197841	ATCATCCCCCAGCAGAAACTTTGTCCATCAAACAATAACTTGCTGTGTGA	197890

AL450321.15	1948	CTTACTCCTCTCATTGCTATGACCAAATATCTGATAAGAAGCAACTTAGG	1997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL513025.13	197891	CTTACTCCTCTCATTGCTATGACCAAATATCTGATAAGAAGCAACTTAGG	197940

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

AL450321.15	251	AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG---AAAGACTGAGAG	297
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
AL513025.13	196191	AGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAAGACTGAGAG	196240

skip 1700 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL450321.15 - 209175 bps
Hit
AL513025.13 - 197940 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1997 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link