<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL390059.10	198380	CCAGTAAAGCCTACTTTAGCCAGGCCACACCTGCAACCCAGAGTCCCCTG	198429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1	CCAGTAAAGCCTACTTTAGCCAGGCCACACCTGCAACCCAGAGTCCCCTG	50

AL390059.10	198430	CTCTGTGGCCACAAACAGCACCTCCGCCTTGTCTCAGAGCCTGTCCTAAA	198479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	51	CTCTGTGGCCACAAACAGCACCTCCGCCTTGTCTCAGAGCCTGTCCTAAA	100

AL390059.10	198480	GGGAAACCCAGCATTGTCCCCAGTGGGGTAGCAGTAGCCTCCCTTTTCTT	198529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	101	GGGAAACCCAGCATTGTCCCCAGTGGGGTAGCAGTAGCCTCCCTTTTCTT	150

AL390059.10	198530	GAGAAGGACAGCAGAGAAACAGCTGTTAGTTCCCAGTTCTTGGGAGGCTG	198579
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	151	GAGAAGGACAGCAGAGAAACAGCCGTTAGTTCCCAGTTCTTGGGAGGCTG	200

AL390059.10	198580	ATGTGGGAGGATCACCTGAACCCAGGAATTTGAGGCTGCAAGTGAGCTAG	198629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	201	ATGTGGGAGGATCACCTGAACCCAGGAATTTGAGGCTGCAAGTGAGCTAG	250

AL390059.10	198630	GATTGCACCACTGCACTCCAGCTTGGGTGATAGAGCGACACTGTCTCTAA	198679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	251	GATTGCACCACTGCACTCCAGCTTGGGTGATAGAGCGACACTGTCTCTAA	300

AL390059.10	198680	AAAAATTAAGTTCCAGCGAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCA	198729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	301	AAAAATTAAGTTCCAGCGAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCA	350

AL390059.10	198730	CTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCAGAGGTCAGGAGTTCGAGACC	198779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	351	CTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCAGAGGTCAGGAGTTCGAGACC	400

AL390059.10	198780	AGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA	198829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	401	AGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA	450

AL390059.10	198830	GCCGGGTGTAGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTATTCCGGAGGCTGAG	198879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	451	GCCGGGTGTAGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTATTCCGGAGGCTGAG	500

AL390059.10	198880	GCAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCAT	198929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	501	GCAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCAT	550

AL390059.10	198930	GCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAT	198979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	551	GCCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAT	600

AL390059.10	198980	AAATAAATAAATAAAGTTCCCAGTTCTCTGCTGTTAATAAGGGCCTTTGT	199029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	601	AAATAAATAAATAAAGTTCCCAGTTCTCTGCTGTTAATAAGGGCCTTTGT	650

AL390059.10	199030	CCACTGTGTCAGGCCTCAAGGTTGTTAGTTACCTCAGTGGGCAGACTCAT	199079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	651	CCACTGTGTCAGGCCTCAAGGTTGTTAGTTACCTCAGTGGGCAGACTCAT	700

AL390059.10	199080	AAGATGGCCCCAGCACCCCTCACCTCCTGGTATTGACACCCTTGTATGAC	199129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	701	AAGATGGCCCCAGCACCCCTCACCTCCTGGTATTGACACCCTTGTATGAC	750

AL390059.10	199130	CCCTCCCCGTGAGCTTGGGCTGTACCTGGTGGCCTGCTTCTAACCAATGG	199179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	751	CCCTCCCCGTGAGCTTGGGCTGTACCTGGTGGCCTGCTTCTAACCAATGG	800

AL390059.10	199180	GCAAAGGTGATGGAATGTCACCCCATGACTAGGTCGCAAAAGGGTATGAC	199229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	801	GCAAAGGTGATGGAATGTCACCCCATGACTAGGTCGCAAAAGGGTATGAC	850

AL390059.10	199230	TTCAGTCTCCCTGGCCCTCTCTGTTGCCTTCTTGGCATGGATGCTCTGAT	199279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	851	TTCAGTCTCCCTGGCCCTCTCTGTTGCCTTCTTGGCATGGATGCTCTGAT	900

AL390059.10	199280	GAAGTCAGCTGCCATGTTGGAGAGGCCCACATGGCGAGGACATAAAGGCG	199329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	901	GAAGTCAGCTGCCATGTTGGAGAGGCCCACATGGCGAGGACATAAAGGCG	950

AL390059.10	199330	GCCTCTGGCCAACAGGCAGTGAGAACTGAGGTTCTCAGTCCAGCAGGCCA	199379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	951	GCCTCTGGCCAACAGGCAGTGAGAACTGAGGTTCTCAGTCCAGCAGGCCA	1000

AL390059.10	199380	TGAGGAACTGGATCCTGCCAACACCACGTGAGATTGGAAAGGGACCCTTC	199429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1001	TGAGGAACTGGATCCTGCCAACACCACGTGAGATTGGAAAGGGACCCTTC	1050

AL390059.10	199430	CCCGGCTGAGCTCTCAGGTGGGAGGCAGCTGGTATTTGACTGAACCCTGG	199479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1051	CCCGGCTGAGCTCTCAGGTGGGAGGCAGCTGGTATTTGACTGAACCCTGG	1100

AL390059.10	199480	CGAGAAGTGGAGCTGGTTAAGCTGGGTCCAAATTCCTGACCCACAGAACG	199529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1101	CGAGAAGTGGAGCTGGTTAAGCTGGGTCCAAATTCCTGACCCACAGAACG	1150

AL390059.10	199530	TGTGACGATACATATGGCTCTACACGTAACTACATATAACTCTATGACTA	199579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1151	TGTGACGATACATATGGCTCTACACGTAACTACATATAACTCTATGACTA	1200

AL390059.10	199580	GACATGTGTGCTGCCAAGCCACAGTGCTGGGGTGATTTGTTCCAGCAGCA	199629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1201	GACATGTGTGCTGCCAAGCCACAGTGCTGGGGTGATTTGTTCCAGCAGCA	1250

AL390059.10	199630	GATGACTGTATTTGTTTACTTGGGCTGCCATAACAAAGTACCACAGACCG	199679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1251	GATGACTGTATTTGTTTACTTGGGCTGCCATAACAAAGTACCACAGACCG	1300

AL390059.10	199680	GGCAGCTTAAACAACAGAAATGTATCTTCTCATGGTCCTAGAGGCTAGAA	199729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1301	GGCAGCTTAAACAACAGAAATGTATCTTCTCATGGTCCTAGAGGCTAGAA	1350

AL390059.10	199730	GTCCGAGATGAAGGTGTTGGCAAGGTTGGTTTCCCCTGAGCCCTGTCCTT	199779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1351	GTCCGAGATGAAGGTGTTGGCAAGGTTGGTTTCCCCTGAGCCCTGTCCTT	1400

AL390059.10	199780	GACTTGCAGACAGCTGCCTTTCTTGGTGTCCTCACGTGGCCGTCCCTCTG	199829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1401	GACTTGCAGACAGCTGCCTTTCTTGGTGTCCTCACGTGGCCGTCCCTCTG	1450

AL390059.10	199830	AGCATGTCCGTGTCCTAATCTCTTCTTGTAAGACATCAGTCGGATTATGG	199879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1451	AGCATGTCCGTGTCCTAATCTCTTCTTGTAAGACATCAGTCGGATTATGG	1500

AL390059.10	199880	CCCACCCTAATGATCTCATTTTAGCCTCCTTACCTCCTTAAAGAACCTGT	199929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1501	CCCACCCTAATGATCTCATTTTAGCCTCCTTACCTCCTTAAAGAACCTGT	1550

AL390059.10	199930	CTCCAAATACAATCCCATTCTGAGGTTCTGGGGCTTAGGACATCAACCTG	199979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1551	CTCCAAATACAATCCCATTCTGAGGTTCTGGGGCTTAGGACATCAACCTG	1600

AL390059.10	199980	AATGAGGGACACAGTTCGTCCCATAACAATAAGTAATAGAGTTGCACCCT	200029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1601	AATGAGGGACACAGTTCGTCCCATAACAATAAGTAATAGAGTTGCACCCT	1650

AL390059.10	200030	AGCAGCCGCTCTGACCTTCTTTAGAGACCTTTTTATCTAAGCAGTTTGCC	200079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1651	AGCAGCCGCTCTGACCTTCTTTAGAGACCTTTTTATCTAAGCAGTTTGCC	1700

AL390059.10	200080	TCTTAGCTAGTGTATGACAGTCCCTGTCCTTCCTTCAGCTAGCTATGGCC	200129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1701	TCTTAGCTAGTGTATGACAGTCCCTGTCCTTCCTTCAGCTAGCTATGGCC	1750

AL390059.10	200130	ATATAACTAAGTAAGTGCTAGCCAGGGAGATGCAAGCAGAAGTAATGAGT	200179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1751	ATATAACTAAGTAAGTGCTAGCCAGGGAGATGCAAGCAGAAGTAATGAGT	1800

AL390059.10	200180	AGTACTTCTAGAAAGGAATCACATAAAATGAAGGGAAAGACACACCTTTT	200229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1801	AGTACTTCTAGAAAGGAATCACATAAAATGAAGGGAAAGACACACCTTTT	1850

AL390059.10	200230	TCCTGCTCCCTGGAATGGGATGTGTTGGCTGGGACTTGAGCAGCCATTTT	200279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1851	TCCTGCTCCCTGGAATGGGATGTGTTGGCTGGGACTTGAGCAGCCATTTT	1900

AL390059.10	200280	GGATCATCTGCATAAAAGCCACATCCTGGGGTGATGGGAGCTGGAAGGAG	200329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1901	GGATCATCTGCATAAAAGCCACATCCTGGGGTGATGGGAGCTGGAAGGAG	1950

AL390059.10	200330	GGGGCCCAGATGACTGTGTGCAGTTGTCATTCCAGCCTGGCCTGGAATTC	200379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	1951	GGGGCCCAGATGACTGTGTGCAGTTGTCATTCCAGCCTGGCCTGGAATTC	2000

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

AL390059.10	198530	GAGAAGGACAGCAGAGAAACAGCTGTTAGTTCCCAGTTCTTGGGAGGCTG	198579
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL390065.20	151	GAGAAGGACAGCAGAGAAACAGCCGTTAGTTCCCAGTTCTTGGGAGGCTG	200

skip 1800 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL390059.10 - 200379 bps
Hit
AL390065.20 - 157119 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95020001983802003791120001
Short-link