<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 350 bps

Full alignment

AL645949.16	143152	GAATTCAATTCCATCTCAATACAAATTTCAGCAGGCTTTTTTGGGGATAG	143201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1	GAATTCAATTCCATCTCAATACAAATTTCAGCAGGCTTTTTTGGGGATAG	50

AL645949.16	143202	AAATCAATAAGGTGATTTAAAATTTATACAGAATGGCAAAATATATGGAT	143251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	51	AAATCAATAAGGTGATTTAAAATTTATACAGAATGGCAAAATATATGGAT	100

AL645949.16	143252	TAGCAAAAACAGTTTTGGAAAAGAAGAAGTTTGGAAGACTTACACTAGGT	143301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	101	TAGCAAAAACAGTTTTGGAAAAGAAGAAGTTTGGAAGACTTACACTAGGT	150

AL645949.16	143302	GACCTGAAGATTTTCTATAAAGGCACAGTAACCAAGATAATGCAGACGCA	143351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	151	GACCTGAAGATTTTCTATAAAGGCACAGTAACCAAGATAATGCAGACGCA	200

AL645949.16	143352	CAGACCAACAGGACCGAATGGTGTCTCAAAATAGACCCGCTCGGCCGGGC	143401
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
AL390059.10	201	CAGACCAACAGGACCGAATGGTGTCTCAAAATAGACCCACTCGGCCGGGT	250

AL645949.16	143402	GTGGTGCCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGAGGCGGGAGG	143451
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	251	GTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGAGGCGGGAGG	300

AL645949.16	143452	TTCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACGCAGCCAAACC	143501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	301	TTCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACGCAGCCAAACC	350

AL645949.16	143502	CCGCCTCTACTAAAAATGCAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGGCATGATGGT	143551
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL390059.10	351	CCGCCTCTACTAAAAATGCAAAAAAAAAAAA-TTAGCCAGGCATGATGGT	399

AL645949.16	143552	GGATGCCTGTAATCACAGGTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTT	143601
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	400	GGATGCCTGTAATCACAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTT	449

AL645949.16	143602	GAATCTGGGAGACGGAGGTTGCAGCGAGCTGAGATCGTGCCACTGCACTC	143651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	450	GAATCTGGGAGACGGAGGTTGCAGCGAGCTGAGATCGTGCCACTGCACTC	499

AL645949.16	143652	CAGCCTGGGTGACAAGAATGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAATAAT	143701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	500	CAGCCTGGGTGACAAGAATGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAATAAT	549

AL645949.16	143702	AATAATAATAGACCCCCTCCTGTTCTGTGAATTGCTTTTTGACAAAGGCA	143751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	550	AATAATAATAGACCCCCTCCTGTTCTGTGAATTGCTTTTTGACAAAGGCA	599

AL645949.16	143752	CCAGACACTCGCGATAGGGAAAGGGCAGGCTTTCTAACAAACAGTTCTGG	143801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	600	CCAGACACTCGCGATAGGGAAAGGGCAGGCTTTCTAACAAACAGTTCTGG	649

AL645949.16	143802	AATAACAGGGGAATCACGTGGAAAAAATGGCTCTGATATCCATTTCATTT	143851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	650	AATAACAGGGGAATCACGTGGAAAAAATGGCTCTGATATCCATTTCATTT	699

AL645949.16	143852	CCTACAAAGCAATTGAGATGGACAGAGACCCAGATGTAACCACAGCTTCT	143901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	700	CCTACAAAGCAATTGAGATGGACAGAGACCCAGATGTAACCACAGCTTCT	749

AL645949.16	143902	AGAATACAATATGGGAAAATATCTCCCTGGCCTTGGTGAAGATTTCTTAG	143951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	750	AGAATACAATATGGGAAAATATCTCCCTGGCCTTGGTGAAGATTTCTTAG	799

AL645949.16	143952	GACACAAAATGTTTTAGCCATAAAAAAAATTAGCTAAAATTTGATATTAT	144001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	800	GACACAAAATGTTTTAGCCATAAAAAAAATTAGCTAAAATTTGATATTAT	849

AL645949.16	144002	CAAAAGCAAAATCTGCCCAATTGAAAGACACCATTAATTCCACTTTCCAC	144051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	850	CAAAAGCAAAATCTGCCCAATTGAAAGACACCATTAATTCCACTTTCCAC	899

AL645949.16	144052	CAGGATGGAGTGACAAGCTCTGGATTCACCTCTCCTCCATCCCTGCTTCA	144101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	900	CAGGATGGAGTGACAAGCTCTGGATTCACCTCTCCTCCATCCCTGCTTCA	949

AL645949.16	144102	AATGACTGGAAAACTGGACAGAACATGGGGAATGACTGTTTCCGGGCCTT	144151
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	950	AATGACTGGAAAACTGGACACAACATGGGGAATGACTGTTTCCGGGCCTT	999

AL645949.16	144152	GGACTGTAATTCTAAGGACAAGAGGAAGGAGTGAGGGCGCCTTCCGTCTG	144201
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1000	GGACTGTAATTCTAAGGTCAAGAGGAAGGAGTGAGGGCGCCTTCCGTCTG	1049

AL645949.16	144202	AGGGCCTGGGGCTCCCCCGGCTTGCAGATTTGCTCAGAGTGGAAGGTCTT	144251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1050	AGGGCCTGGGGCTCCCCCGGCTTGCAGATTTGCTCAGAGTGGAAGGTCTT	1099

AL645949.16	144252	GGTCAGCCCAGGCTGCCGAGGCCCAGAGTGGGTGGGCTCCCCAGAGGGCA	144301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1100	GGTCAGCCCAGGCTGCCGAGGCCCAGAGTGGGTGGGCTCCCCAGAGGGCA	1149

AL645949.16	144302	CAGTCTGAGGTCGCAGGCTCAGCTCCAAGCCCTGAGGCTGTGGCTGTGGG	144351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1150	CAGTCTGAGGTCGCAGGCTCAGCTCCAAGCCCTGAGGCTGTGGCTGTGGG	1199

AL645949.16	144352	GCAGGTGGACCTGGGGCTGCATTGCAGGGGTAATGGGCTGGCCTCGGGGT	144401
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
AL390059.10	1200	GCAGGTGGACCTGGGGCTGCATTGCAGGGGGAATGGGCTGGCCTCGGGGT	1249

AL645949.16	144402	CCAAAGTCCAGGACACAGGTCTCCTCCACCTGACCAGGACGGTCCCATTT	144451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1250	CCAAAGTCCAGGACACAGGTCTCCTCCACCTGACCAGGACGGTCCCATTT	1299

AL645949.16	144452	TCTCCCTTACAGGCAGCTGCTGAAGGTTCACCCAGGGCCTGCCTCCCGCA	144501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1300	TCTCCCTTACAGGCAGCTGCTGAAGGTTCACCCAGGGCCTGCCTCCCGCA	1349

AL645949.16	144502	GCCCACACCAGGTGCCCCGGCTCCCTGGGCACGGCTCCCACATGGAGGCT	144551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1350	GCCCACACCAGGTGCCCCGGCTCCCTGGGCACGGCTCCCACATGGAGGCT	1399

AL645949.16	144552	GGCGCCCACTCAGGGCCCTGCTGCAGCCGCTCGGTGGAGCGCTGCTATTC	144601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1400	GGCGCCCACTCAGGGCCCTGCTGCAGCCGCTCGGTGGAGCGCTGCTATTC	1449

AL645949.16	144602	TTAGCTGTAACCTAAGCAGCTGCCCATTAAAATTCCATTAGTTTCGAAGG	144651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1450	TTAGCTGTAACCTAAGCAGCTGCCCATTAAAATTCCATTAGTTTCGAAGG	1499

AL645949.16	144652	CTGAGCGGCAGTTGATATTTCTAATTATCATGAAATTAAAATTGTCCCTG	144701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1500	CTGAGCGGCAGTTGATATTTCTAATTATCATGAAATTAAAATTGTCCCTG	1549

AL645949.16	144702	TAATTTAATGATAATTGCACAAGATGCCAGCTGGCACCCTGGGGAGCCAC	144751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1550	TAATTTAATGATAATTGCACAAGATGCCAGCTGGCACCCTGGGGAGCCAC	1599

AL645949.16	144752	ACTGTTCCCGAACAAAACTTGGAAAGTCTCTTGAAAGTTCTTTGAACAGG	144801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1600	ACTGTTCCCGAACAAAACTTGGAAAGTCTCTTGAAAGTTCTTTGAACAGG	1649

AL645949.16	144802	AAAAGACAAAGGCGTTTTGGAAAATGAGGGAGGTGGGGGGTCAGCCCCGT	144851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1650	AAAAGACAAAGGCGTTTTGGAAAATGAGGGAGGTGGGGGGTCAGCCCCGT	1699

AL645949.16	144852	GGTTGAATCCAAATTCCGAGCGTGAATGGGCTCTCCAAACTAGGGCCTCT	144901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1700	GGTTGAATCCAAATTCCGAGCGTGAATGGGCTCTCCAAACTAGGGCCTCT	1749

AL645949.16	144902	GCGCCAGGCGGCCGGGCGGGGAGCAGGTGGGCTGTTGGGGGAGGCCGGAC	144951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1750	GCGCCAGGCGGCCGGGCGGGGAGCAGGTGGGCTGTTGGGGGAGGCCGGAC	1799

AL645949.16	144952	TCCAGACCCCACCCGCCCTGAGCTGAGGATTAAACAAGGGAATAAGTCAG	145001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1800	TCCAGACCCCACCCGCCCTGAGCTGAGGATTAAACAAGGGAATAAGTCAG	1849

AL645949.16	145002	GAGTCTAACCCTGCGGGGAACTAAGGAACACGTGGTCAGTGCAGCACTGT	145051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1850	GAGTCTAACCCTGCGGGGAACTAAGGAACACGTGGTCAGTGCAGCACTGT	1899

AL645949.16	145052	GGGGAAGGTTCTAGAAGCTGGCAGAAGCCCTCTGTGGGGTGGAGGGGCGG	145101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1900	GGGGAAGGTTCTAGAAGCTGGCAGAAGCCCTCTGTGGGGTGGAGGGGCGG	1949

AL645949.16	145102	TGCCTGCAGGAGGAGGAGCAGGAGGAACCCGCTGCCCCTGTGCTTCCCCT	145151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1950	TGCCTGCAGGAGGAGGAGCAGGAGGAACCCGCTGCCCCTGTGCTTCCCCT	1999

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

AL645949.16	143352	CAGACCAACAGGACCGAATGGTGTCTCAAAATAGACCCGCTCGGCCGGGC	143401
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
AL390059.10	201	CAGACCAACAGGACCGAATGGTGTCTCAAAATAGACCCACTCGGCCGGGT	250

AL645949.16	143402	GTGGTGCCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGAGGCGGGAGG	143451
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	251	GTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGAGGCGGGAGG	300

skip 50 bps 100% identity alignment

AL645949.16	143502	CCGCCTCTACTAAAAATGCAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGGCATGATGGT	143551
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL390059.10	351	CCGCCTCTACTAAAAATGCAAAAAAAAAAAA-TTAGCCAGGCATGATGGT	399

AL645949.16	143552	GGATGCCTGTAATCACAGGTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTT	143601
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	400	GGATGCCTGTAATCACAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTT	449

skip 500 bps 100% identity alignment

AL645949.16	144102	AATGACTGGAAAACTGGACAGAACATGGGGAATGACTGTTTCCGGGCCTT	144151
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	950	AATGACTGGAAAACTGGACACAACATGGGGAATGACTGTTTCCGGGCCTT	999

AL645949.16	144152	GGACTGTAATTCTAAGGACAAGAGGAAGGAGTGAGGGCGCCTTCCGTCTG	144201
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
AL390059.10	1000	GGACTGTAATTCTAAGGTCAAGAGGAAGGAGTGAGGGCGCCTTCCGTCTG	1049

skip 150 bps 100% identity alignment

AL645949.16	144352	GCAGGTGGACCTGGGGCTGCATTGCAGGGGTAATGGGCTGGCCTCGGGGT	144401
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
AL390059.10	1200	GCAGGTGGACCTGGGGCTGCATTGCAGGGGGAATGGGCTGGCCTCGGGGT	1249

skip 750 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645949.16 - 145151 bps
Hit
AL390059.10 - 200379 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.6498020001431521451511119991
Short-link