<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

AL161631.20	1	TATGTTGCAGAATTGTGCAGAAGTCTCTGCCCAGCAATAAATGAAGGCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167049	TATGTTGCAGAATTGTGCAGAAGTCTCTGCCCAGCAATAAATGAAGGCAA	167098

AL161631.20	51	ACTTGGAAAGGTTAGCTGCAGGGTCTGCAGGCAGAGAAGAAGGCCTGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167099	ACTTGGAAAGGTTAGCTGCAGGGTCTGCAGGCAGAGAAGAAGGCCTGGAA	167148

AL161631.20	101	CCTGGAAGGGGACTTCTTAGGAGATGATATGAGGAAGCACAGATAAGGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
AL357935.14	167149	CCTGGAAGGGGACTTCTTAGGAGATGATATGAGGAAGCACAGATAGGGAA	167198

AL161631.20	151	GGAGGGAAAGACAGTGACAGGCAGAAAATAGGGACAGTTCAGATGGTCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167199	GGAGGGAAAGACAGTGACAGGCAGAAAATAGGGACAGTTCAGATGGTCTG	167248

AL161631.20	201	AAGCATTAAAAAAAGTGTAGGCGTTTTCCTTTCAAATGAAGTCAGAGAGA	250
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167249	AAGCATTAAAAAA-GTGTAGGCGTTTTCCTTTCAAATGAAGTCAGAGAGA	167297

AL161631.20	251	AAGAATAGGAATGAGAGAATGAATGAGGCCAATCTGAGGCTAAAAAAAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167298	AAGAATAGGAATGAGAGAATGAATGAGGCCAATCTGAGGCTAAAAAAAGA	167347

AL161631.20	301	GGAATCTTCTCAAACTGAGCTTCTGTAATAACAGTAGTTAATATTTCATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167348	GGAATCTTCTCAAACTGAGCTTCTGTAATAACAGTAGTTAATATTTCATT	167397

AL161631.20	351	GAACACTGTTCTAACTGCTTTAATGTATCATTTCATCCTCACAACACCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167398	GAACACTGTTCTAACTGCTTTAATGTATCATTTCATCCTCACAACACCCT	167447

AL161631.20	401	TGTGACCAGGGTACTACTATCATCCCCAACATAAATGAGCAGCCTAAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167448	TGTGACCAGGGTACTACTATCATCCCCAACATAAATGAGCAGCCTAAGAC	167497

AL161631.20	451	CCAGACAGGTTAAGTAACTCACCAAAATCACATCCTAGTAAATGGTGTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167498	CCAGACAGGTTAAGTAACTCACCAAAATCACATCCTAGTAAATGGTGTAT	167547

AL161631.20	501	CAGGCAGGATCCCAACAGGGGACAGATAGCACACTTGTATTTGTCTGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167548	CAGGCAGGATCCCAACAGGGGACAGATAGCACACTTGTATTTGTCTGATT	167597

AL161631.20	551	TAAGGAGACCTTAAACCTGAAGATCCAGGAAATAGATATGGCTGTGTGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167598	TAAGGAGACCTTAAACCTGAAGATCCAGGAAATAGATATGGCTGTGTGGA	167647

AL161631.20	601	TAGGGTCATCTACAAAAGACTGAGATCTTTAGATAAGGAATGTAGCTGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167648	TAGGGTCATCTACAAAAGACTGAGATCTTTAGATAAGGAATGTAGCTGGC	167697

AL161631.20	651	CCAAGGTCACTCTGCAGGGAGAGAGGTAGGAGTATCAGACCTCACTCTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167698	CCAAGGTCACTCTGCAGGGAGAGAGGTAGGAGTATCAGACCTCACTCTCC	167747

AL161631.20	701	TTTCTTCCTGTCTCCTGCCATTGCTCCCCACTGGGAGGCAGGAAGGTAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167748	TTTCTTCCTGTCTCCTGCCATTGCTCCCCACTGGGAGGCAGGAAGGTAAG	167797

AL161631.20	751	GAAGCCAGCTGATGTGACTCGCACAGGCCAACGCCTCAGGACACAGCACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167798	GAAGCCAGCTGATGTGACTCGCACAGGCCAACGCCTCAGGACACAGCACA	167847

AL161631.20	801	GTGTAATTAAGGTAGATCTTGGGGTAAGCAACAGTGGAAAAGGGATTTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167848	GTGTAATTAAGGTAGATCTTGGGGTAAGCAACAGTGGAAAAGGGATTTGA	167897

AL161631.20	851	ACTTTATCTGGTTCTGGGACAGATGCTCTTAACAATTACATATCTGCCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167898	ACTTTATCTGGTTCTGGGACAGATGCTCTTAACAATTACATATCTGCCTC	167947

AL161631.20	901	TCTAAGTGCAAAGTGCTTAGGTAGAGCTGGTCCCAATTTAATGAAGACCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167948	TCTAAGTGCAAAGTGCTTAGGTAGAGCTGGTCCCAATTTAATGAAGACCT	167997

AL161631.20	951	GAATGGTCAGCGAGGGGTTACTGTTTCTCCAGCACTCCTTAAAAGCACAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167998	GAATGGTCAGCGAGGGGTTACTGTTTCTCCAGCACTCCTTAAAAGCACAG	168047

AL161631.20	1001	TAGGTGGATGCTGGTAGACATGCATCTCTATAAAGGGGAGAGCTTAGGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168048	TAGGTGGATGCTGGTAGACATGCATCTCTATAAAGGGGAGAGCTTAGGAC	168097

AL161631.20	1051	AATTTGTTAATGGTCTGGTTTAGATGAACTTATTCAGTACCTTTGAGAGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168098	AATTTGTTAATGGTCTGGTTTAGATGAACTTATTCAGTACCTTTGAGAGG	168147

AL161631.20	1101	TGGTGGAGAGGTCTCCTTTTTATTTTGTTATCTCTTGTAGCTAATTATGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL357935.14	168148	TGGTGGAGAGGTCTCCTTTTTATTTTGTTATCTCTTGTATCTAATTATGT	168197

AL161631.20	1151	TTCTCAGCATAGTGTGAGCCCTGCAGTTGCTGGAGATGACTCTCCAGGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168198	TTCTCAGCATAGTGTGAGCCCTGCAGTTGCTGGAGATGACTCTCCAGGTA	168247

AL161631.20	1201	ACTTCAGCATGACACTCTGGGGCCAGACTGCATTTGATTTTGCTGCCTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168248	ACTTCAGCATGACACTCTGGGGCCAGACTGCATTTGATTTTGCTGCCTTC	168297

AL161631.20	1251	TCACATTCTGTCCCATCTCCACAGTACAGAAAGTACATTCATTTATGACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168298	TCACATTCTGTCCCATCTCCACAGTACTGAAAGTACATTCATTTATGACA	168347

AL161631.20	1301	CCTCAATCCATTTCCACTCCAAAACCCTAGTGAAACGAAGTGCCCCACTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168348	CCTCAATCCATTTCCACTCCAAAACCCTAGTGAAACGAAGTGCCCCACTC	168397

AL161631.20	1351	ACTTCTGGAAGATGGCTTTCTTCTTTCCAAATGGAGCTTCAGGAATGCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168398	ACTTCTGGAAGATGGCTTTCTTCTTTCCAAATGGAGCTTCAGGAATGCAC	168447

AL161631.20	1401	GGGAAAAGAGGCAGCCTAAGCATTTACATGTATCCGTGCTCCCAGGCTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168448	GGGAAAAGAGGCAGCCTAAGCATTTACATGTATCCGTGCTCCCAGGCTGA	168497

AL161631.20	1451	TTCACACAAAGCATCAGCAACCTGCATAAATTTAGCCTGTGAGGGCGATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168498	TTCACACAAAGCATCAGCAACCTGCATAAATTTAGCCTGTGAGGGCGATT	168547

AL161631.20	1501	GTGATAGTTGTGAGAGTGATGACTGATTTCAATATGCAAGTATTTATTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168548	GTGATAGTTGTGAGAGTGATGACTGATTTCAATATGCAAGTATTTATTGG	168597

AL161631.20	1551	GTGCCTAAATGGGCAAACATTGGGGTTATAGTGATGAACACAACAGATGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168598	GTGCCTAAATGGGCAAACATTGGGGTTATAGTGATGAACACAACAGATGT	168647

AL161631.20	1601	AGTCTTATCATACTTTTGGGATTTTACTTTTAAAAGTACAAATTGCCAGT	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL357935.14	168648	AGTCTTATCATACTTTTGGGATTTTACTTTTAAAAGCACAAATTGCCAGT	168697

AL161631.20	1651	TGAGATTGAAAGATGTGTCTTTTCTTCCCTTAGGGAATATAAGAGAGGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168698	TGAGATTGAAAGATGTGTCTTTTCTTCCCTTAGGGAATATAAGAGAGGAC	168747

AL161631.20	1701	AAAGAATTGAGCTTAAAAGAAAATCATTGATGTAAGAGACATAAAAAACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168748	AAAGAATTGAGCTTAAAAGAAAATCATTGATGTAAGAGACATAAAAAACC	168797

AL161631.20	1751	ATATTGCATAATAGCCTTTTTAGCAACCGTTACTTAAAACCTGACAGTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168798	ATATTGCATAATAGCCTTTTTAGCAACCGTTACTTAAAACCTGACAGTGA	168847

AL161631.20	1801	AATGAGCATATATACCATATGGCATGTGTGTATTATGCCTTTATCATATT	1850
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL357935.14	168848	AATGAGCATATATACCATATGGCATGTGTGTATTATGCTTTTATCATATT	168897

AL161631.20	1851	ACTTGAATGTACACTTAGCTGCATCCCATTTTAATGAAAGGGATTTCTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168898	ACTTGAATGTACACTTAGCTGCATCCCATTTTAATGAAAGGGATTTCTTG	168947

AL161631.20	1901	CTTTCTTTATACTCAGAGAATTCCCTCAGATTCAACTACACTTAGCTGCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168948	CTTTCTTTATACTCAGAGAATTCCCTCAGATTCAACTACACTTAGCTGCA	168997

AL161631.20	1951	TCCCATTTTAATGAAAGGGATTTCTTGCTTTCCTTATTCTCATAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168998	TCCCATTTTAATGAAAGGGATTTCTTGCTTTCCTTATTCTCATAGAATTC	169047

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

AL161631.20	101	CCTGGAAGGGGACTTCTTAGGAGATGATATGAGGAAGCACAGATAAGGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
AL357935.14	167149	CCTGGAAGGGGACTTCTTAGGAGATGATATGAGGAAGCACAGATAGGGAA	167198

skip 50 bps 100% identity alignment

AL161631.20	201	AAGCATTAAAAAAAGTGTAGGCGTTTTCCTTTCAAATGAAGTCAGAGAGA	250
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL357935.14	167249	AAGCATTAAAAAA-GTGTAGGCGTTTTCCTTTCAAATGAAGTCAGAGAGA	167297

skip 850 bps 100% identity alignment

AL161631.20	1101	TGGTGGAGAGGTCTCCTTTTTATTTTGTTATCTCTTGTAGCTAATTATGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL357935.14	168148	TGGTGGAGAGGTCTCCTTTTTATTTTGTTATCTCTTGTATCTAATTATGT	168197

skip 100 bps 100% identity alignment

AL161631.20	1251	TCACATTCTGTCCCATCTCCACAGTACAGAAAGTACATTCATTTATGACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL357935.14	168298	TCACATTCTGTCCCATCTCCACAGTACTGAAAGTACATTCATTTATGACA	168347

skip 300 bps 100% identity alignment

AL161631.20	1601	AGTCTTATCATACTTTTGGGATTTTACTTTTAAAAGTACAAATTGCCAGT	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL357935.14	168648	AGTCTTATCATACTTTTGGGATTTTACTTTTAAAAGCACAAATTGCCAGT	168697

skip 150 bps 100% identity alignment

AL161631.20	1801	AATGAGCATATATACCATATGGCATGTGTGTATTATGCCTTTATCATATT	1850
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL357935.14	168848	AATGAGCATATATACCATATGGCATGTGTGTATTATGCTTTTATCATATT	168897

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL161631.20 - 119819 bps
Hit
AL357935.14 - 169047 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7499020001200011670491690471
Short-link