<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3065 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

  AC231273.2	31455	AAAAATTGTTTTACTTATTTATACAAAAGTATTATATAAAATTTTAGGTA	31504
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
C  AL355493.14	33182	AAAAATTGTTTTACTTATTTATACAAAAGTATTATATAAAATTTTAGGGA	33133

  AC231273.2	31505	CCATAATTAAAAACATATTTTTTCAGATAATATTTTCTGAGATTATAAAC	31554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	33132	CCATAATTAAAAACATATTTTTTCAGATAATATTTTCTGAGATTATAAAC	33083

  AC231273.2	31555	TACCTATAACTAATTCTGAATTATAAACTAAAAAATTGAATCAAAGCTAT	31604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	33082	TACCTATAACTAATTCTGAATTATAAACTAAAAAATTGAATCAAAGCTAT	33033

  AC231273.2	31605	ATATATATATGTACACACACACATATGTATATATGTAAACACATCCTATT	31654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	33032	ATATATATATGTACACACACACATATGTATATATGTAAACACATCCTATT	32983

  AC231273.2	31655	TCCACATTGCTTTTTTAATTGCTATTGTATGATCAACATTTCCATAACCT	31704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32982	TCCACATTGCTTTTTTAATTGCTATTGTATGATCAACATTTCCATAACCT	32933

  AC231273.2	31705	TATGGTAGCACCACCAAGAGTAGTTTACTATCAGAAGTCTTACCTGGATT	31754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32932	TATGGTAGCACCACCAAGAGTAGTTTACTATCAGAAGTCTTACCTGGATT	32883

  AC231273.2	31755	GCTATTTTGAGGATTTTTAGATATCTTTTGTTTATATTCCAAAAGACATT	31804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32882	GCTATTTTGAGGATTTTTAGATATCTTTTGTTTATATTCCAAAAGACATT	32833

  AC231273.2	31805	GATGAATGCTATGTATAAAAATGTAATAAATAAAATTACTATTTTAACAT	31854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32832	GATGAATGCTATGTATAAAAATGTAATAAATAAAATTACTATTTTAACAT	32783

  AC231273.2	31855	TTACCAAATTTTCCAAATTTATTAAGTTCTTAGACTATTTCAGACAATAT	31904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32782	TTACCAAATTTTCCAAATTTATTAAGTTCTTAGACTATTTCAGACAATAT	32733

  AC231273.2	31905	CAGAGCTAACAGCAGAACATTACTTATTCCAGAGACTTTAAGTTTGTAAG	31954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32732	CAGAGCTAACAGCAGAACATTACTTATTCCAGAGACTTTAAGTTTGTAAG	32683

  AC231273.2	31955	CTCTAGGAACTTATTAAGCTGCTAATAAAAGAAGAAAGAAAGTAAGATGA	32004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32682	CTCTAGGAACTTATTAAGCTGCTAATAAAAGAAGAAAGAAAGTAAGATGA	32633

  AC231273.2	32005	AATACTCATGAATTGAGGTCAGCATAATTCCGTAAATTAACTAGAGTTAG	32054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32632	AATACTCATGAATTGAGGTCAGCATAATTCCGTAAATTAACTAGAGTTAG	32583

  AC231273.2	32055	CTTGGCATAATGGAAAATGTCCTTAATTCAGAATAAGTCCTAGTGTGGTA	32104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32582	CTTGGCATAATGGAAAATGTCCTTAATTCAGAATAAGTCCTAGTGTGGTA	32533

  AC231273.2	32105	ACCAACAGGTATTTTTTCTTGAACAAGTTGCTTGTTAGGCTCAACGTCTT	32154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32532	ACCAACAGGTATTTTTTCTTGAACAAGTTGCTTGTTAGGCTCAACGTCTT	32483

  AC231273.2	32155	CTAAAAATGAGAATTTTAGAGCCTGATTTCACTAGGTTATTATAAAGATT	32204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
C  AL355493.14	32482	CTAAAAATGAGAATTTTAGAGCCTGATTTCACTAGCTTATTATAAAGATT	32433

  AC231273.2	32205	CAACATGATAACGTTTTTAAAATGCTCGAATAAATAGTGAAGCAATGAAA	32254
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32432	CAACATGATAATGTTTTTAAAATGCTCGAATAAATAGTGAAGCAATGAAA	32383

  AC231273.2	32255	TACCTTGTTGTTCAACCTTATTGCTGAAACTATTTTAAAATTCCCAATAA	32304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32382	TACCTTGTTGTTCAACCTTATTGCTGAAACTATTTTAAAATTCCCAATAA	32333

  AC231273.2	32305	AATCCAATGTTTTGGCCTGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTGATGCAAGCAC	32354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32332	AATCCAATGTTTTGGCCTGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTGATGCAAGCAC	32283

  AC231273.2	32355	TTTAGGATGCTGAGACAGGATGACAACTTGAGCCCAGAAATTCAAGACCA	32404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32282	TTTAGGATGCTGAGACAGGATGACAACTTGAGCCCAGAAATTCAAGACCA	32233

  AC231273.2	32405	GCCTGGGCAACATAGGGATACCCTGTCTCTACAAAACATAAATAAATTTC	32454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32232	GCCTGGGCAACATAGGGATACCCTGTCTCTACAAAACATAAATAAATTTC	32183

  AC231273.2	32455	AAAAAAAAGTTTCTTCGTAGGTTATAATGTTCAAAAGTTGCACTTTTCTG	32504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32182	AAAAAAAAGTTTCTTCGTAGGTTATAATGTTCAAAAGTTGCACTTTTCTG	32133

  AC231273.2	32505	TTATTAACTCCTACTTTTGGTTATTAGATGTTCTATTCTTTGTGGCTTGT	32554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32132	TTATTAACTCCTACTTTTGGTTATTAGATGTTCTATTCTTTGTGGCTTGT	32083

  AC231273.2	32555	AATTCAAGGCATCTAAGCTATTTTATAATTTGTAATGAAATTTATTTATA	32604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32082	AATTCAAGGCATCTAAGCTATTTTATAATTTGTAATGAAATTTATTTATA	32033

  AC231273.2	32605	AATATATGAATTCATTAAATTGGATAACCTGATTAGCCTCTATTACTGAG	32654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32032	AATATATGAATTCATTAAATTGGATAACCTGATTAGCCTCTATTACTGAG	31983

  AC231273.2	32655	CTCATCAATCACACCAAGGGCAGAAAACTAATAGATGTCAGCATCTGGCT	32704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31982	CTCATCAATCACACCAAGGGCAGAAAACTAATAGATGTCAGCATCTGGCT	31933

  AC231273.2	32705	TGGACTATTACTACTCTTTATCTACCTCCTGAAACTCTGAATCAACAAAT	32754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31932	TGGACTATTACTACTCTTTATCTACCTCCTGAAACTCTGAATCAACAAAT	31883

  AC231273.2	32755	CTTTGTTAGAATGATGCTTAGTCACTATGCTCATTTCCAGCTGCTGTGGA	32804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31882	CTTTGTTAGAATGATGCTTAGTCACTATGCTCATTTCCAGCTGCTGTGGA	31833

  AC231273.2	32805	AGAAAAAACGCTACCTTTATTTTTTGTAAGTTCCACAAGGAAGATGCAAG	32854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31832	AGAAAAAACGCTACCTTTATTTTTTGTAAGTTCCACAAGGAAGATGCAAG	31783

  AC231273.2	32855	TTGGTATTTCCTCATTTCTGAGATGCACTAACAGCATATTGCACACAAGA	32904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31782	TTGGTATTTCCTCATTTCTGAGATGCACTAACAGCATATTGCACACAAGA	31733

  AC231273.2	32905	TCCTATGTGTTACCACATCTCATTTCATATATCACCTTGCATCAATATTT	32954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31732	TCCTATGTGTTACCACATCTCATTTCATATATCACCTTGCATCAATATTT	31683

  AC231273.2	32955	CTTGTATGAAAATCACAACTGCAATACTGGGTGACAACCATTTTGCTTTG	33004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31682	CTTGTATGAAAATCACAACTGCAATACTGGGTGACAACCATTTTGCTTTG	31633

  AC231273.2	33005	ACTCACACCATTTCCTTGGAGCTAGTTAGAAAGTAGTCACATGCCCTTTT	33054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31632	ACTCACACCATTTCCTTGGAGCTAGTTAGAAAGTAGTCACATGCCCTTTT	31583

  AC231273.2	33055	GGAAACTGCAAGAAATATACAACACTTCACAGATCTGTGTGTCATCCTCG	33104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31582	GGAAACTGCAAGAAATATACAACACTTCACAGATCTGTGTGTCATCCTCG	31533

  AC231273.2	33105	TGCAGGGGCCATGCTGATCTTCTCAAAGTTGTTTCAATTTTACTATATGT	33154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31532	TGCAGGGGCCATGCTGATCTTCTCAAAGTTGTTTCAATTTTACTATATGT	31483

  AC231273.2	33155	ACTGCTGATGCCAGCATGAATCCCTACTTTTATACCTGAAGACTGATCAG	33204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31482	ACTGCTGATGCCAGCATGAATCCCTACTTTTATACCTGAAGACTGATCAG	31433

  AC231273.2	33205	TGATGGATGAGGCTTAGCTCTGTTAAATCTAACCAACTTACCTGGGGTTT	33254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31432	TGATGGATGAGGCTTAGCTCTGTTAAATCTAACCAACTTACCTGGGGTTT	31383

  AC231273.2	33255	TGTGAAGTCTATTGAATGGCTTCATGGTGATGCAGAATTTGAAAATATTT	33304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31382	TGTGAAGTCTATTGAATGGCTTCATGGTGATGCAGAATTTGAAAATATTT	31333

  AC231273.2	33305	TAAAAACTTGAGGTAGAGATGCAGGTAGCATGGGAGATTTTTACTTTTAG	33354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31332	TAAAAACTTGAGGTAGAGATGCAGGTAGCATGGGAGATTTTTACTTTTAG	31283

  AC231273.2	33355	GAAAAAAAGAATCACTTGAGGGGACAAGCACAAGTTGGAACCCACTGTAA	33404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31282	GAAAAAAAGAATCACTTGAGGGGACAAGCACAAGTTGGAACCCACTGTAA	31233

  AC231273.2	33405	CTTGAGAAAGATGACATGGGATCTTCCAGAATAAGATGAGACCTTCCACT	33454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31232	CTTGAGAAAGATGACATGGGATCTTCCAGAATAAGATGAGACCTTCCACT	31183

  AC231273.2	33455	ACCTACAAAATGGTGCTATACAGATTATAAAGGTCCAGGGATATAGATGT	33504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31182	ACCTACAAAATGGTGCTATACAGATTATAAAGGTCCAGGGATATAGATGT	31133

  AC231273.2	33505	GGTAACAAAATAAAAAGGATCTCTAATTTCTTCCTGTAATTATTTCAACC	33554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31132	GGTAACAAAATAAAAAGGATCTCTAATTTCTTCCTGTAATTATTTCAACC	31083

  AC231273.2	33555	TGACTTACAGTTTCCAACTATCACAACTAATATTTGCTAGAGAAAACAGA	33604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31082	TGACTTACAGTTTCCAACTATCACAACTAATATTTGCTAGAGAAAACAGA	31033

  AC231273.2	33605	AAAAAGCCACTCAAAGGATAACTTACCATGAAGGTCTAGGCCAAGTCCAG	33654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	31032	AAAAAGCCACTCAAAGGATAACTTACCATGAAGGTCTAGGCCAAGTCCAG	30983

  AC231273.2	33655	GCTAAGATGTGGGTTTCACATCAGGTTTTGAGTGGGAGGAGAAGGGTCAA	33704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30982	GCTAAGATGTGGGTTTCACATCAGGTTTTGAGTGGGAGGAGAAGGGTCAA	30933

  AC231273.2	33705	TTTGCTTACTATGTGTGTGGCTAAAGCTAAACGTCCTAGCTGCCAGAGCA	33754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30932	TTTGCTTACTATGTGTGTGGCTAAAGCTAAACGTCCTAGCTGCCAGAGCA	30883

  AC231273.2	33755	GGGTGCTGGTACTTTGGAAACAATGGCTGAGAATATGTATGTGAACTTTA	33804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30882	GGGTGCTGGTACTTTGGAAACAATGGCTGAGAATATGTATGTGAACTTTA	30833

  AC231273.2	33805	AAAAAATGAAATAACTTTGAAGTCTACATATGGATCACTATGAAGACTGA	33854
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
C  AL355493.14	30832	AAAAAATGAAATAACTTTGAAGTCTACATATGGATCACCATGAAGACTGA	30783

  AC231273.2	33855	GGGATCTGTATTAGTAAGAGCATCCTGGTGGCAAAGGTCAATCATTACCA	33904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30782	GGGATCTGTATTAGTAAGAGCATCCTGGTGGCAAAGGTCAATCATTACCA	30733

  AC231273.2	33905	GACTGCAAGAGTAGTTTCAATGGCACCAATGCAGCAACAGAATCAATGGA	33954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30732	GACTGCAAGAGTAGTTTCAATGGCACCAATGCAGCAACAGAATCAATGGA	30683

  AC231273.2	33955	AACAACAAAATGAAGAGAACGGGCATTTCCCACCCGCCCCCAATCCTTCT	34004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30682	AACAACAAAATGAAGAGAACGGGCATTTCCCACCCGCCCCCAATCCTTCT	30633

  AC231273.2	34005	GACTTAAACAAAAGGAATGTCTTCCTTGGACTTAGGGAACCCCTTAGATT	34054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30632	GACTTAAACAAAAGGAATGTCTTCCTTGGACTTAGGGAACCCCTTAGATT	30583

  AC231273.2	34055	CTTTTTAAAAATTCAAGGATGAAGGTATGGAAGACAGCCCCCAGGGACAC	34104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30582	CTTTTTAAAAATTCAAGGATGAAGGTATGGAAGACAGCCCCCAGGGACAC	30533

  AC231273.2	34105	TATCAGGTTTTCTGCTGAAGTGGACATTTCAAGACCCAAATAACTAATTA	34154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30532	TATCAGGTTTTCTGCTGAAGTGGACATTTCAAGACCCAAATAACTAATTA	30483

  AC231273.2	34155	GAAAAATCAAAATTGTGACACTATGTTTATCCCATGGATGGGGGTTATAC	34204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30482	GAAAAATCAAAATTGTGACACTATGTTTATCCCATGGATGGGGGTTATAC	30433

  AC231273.2	34205	TGCAAATCAAGTAGACAACATTAGGATCCCTAGGGATAAAGTTGTTGGAA	34254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30432	TGCAAATCAAGTAGACAACATTAGGATCCCTAGGGATAAAGTTGTTGGAA	30383

  AC231273.2	34255	GTCCTAAAATAAAGAATCCTGGACCCATTACTCCTTCCGACTAGTTTAGC	34304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30382	GTCCTAAAATAAAGAATCCTGGACCCATTACTCCTTCCGACTAGTTTAGC	30333

  AC231273.2	34305	TTTTTGCCTAGTTTCTGGCTGATGAAGTGAACTAACTCACTGACATTCAA	34354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30332	TTTTTGCCTAGTTTCTGGCTGATGAAGTGAACTAACTCACTGACATTCAA	30283

  AC231273.2	34355	AAATTACCTGAAACAAACTATGAAATCTCACCTACCCTTTAAATATAAAC	34404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30282	AAATTACCTGAAACAAACTATGAAATCTCACCTACCCTTTAAATATAAAC	30233

  AC231273.2	34405	ACTAATGGATTAAATCTACTAGCAACAGCATAACCTCCTGCAGTCATTCC	34454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30232	ACTAATGGATTAAATCTACTAGCAACAGCATAACCTCCTGCAGTCATTCC	30183

  AC231273.2	34455	ACACATATCTTCAGCACAGATGTCAATATTTTGCTGAAGAAGAATGCCGA	34504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	30182	ACACATATCTTCAGCACAGATGTCAATATTTTGCTGAAGAAGAATGCCGA	30133

  AC231273.2	34505	CTATCTCTGATGATC	34519
			|||||||||||||||
C  AL355493.14	30132	CTATCTCTGATGATC	30118

Compact alignment

  AC231273.2	31455	AAAAATTGTTTTACTTATTTATACAAAAGTATTATATAAAATTTTAGGTA	31504
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
C  AL355493.14	33182	AAAAATTGTTTTACTTATTTATACAAAAGTATTATATAAAATTTTAGGGA	33133

skip 650 bps 100% identity alignment

  AC231273.2	32155	CTAAAAATGAGAATTTTAGAGCCTGATTTCACTAGGTTATTATAAAGATT	32204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
C  AL355493.14	32482	CTAAAAATGAGAATTTTAGAGCCTGATTTCACTAGCTTATTATAAAGATT	32433

  AC231273.2	32205	CAACATGATAACGTTTTTAAAATGCTCGAATAAATAGTGAAGCAATGAAA	32254
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL355493.14	32432	CAACATGATAATGTTTTTAAAATGCTCGAATAAATAGTGAAGCAATGAAA	32383

skip 1550 bps 100% identity alignment

  AC231273.2	33805	AAAAAATGAAATAACTTTGAAGTCTACATATGGATCACTATGAAGACTGA	33854
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
C  AL355493.14	30832	AAAAAATGAAATAACTTTGAAGTCTACATATGGATCACCATGAAGACTGA	30783

skip 665 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC231273.2 - 34519 bps
Hit
AL355493.14 - 133954 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3065 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.869503065314553451913011833182-1
Short-link