<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

AL355151.11	1	GAATTCTATATCCAGCACAAATATTCTTCAGGAATAAAGTGGAACATCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	86827	GAATTCTATATCCAGCACAAATATTCTTCAGGAATAAAGTGGAACATCAA	86876

AL355151.11	51	GAAGAAAGTAGAAACAATAAAAAGAGCAAAACTTTGGGTAAATACAGGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	86877	GAAGAAAGTAGAAACAATAAAAAGAGCAAAACTTTGGGTAAATACAGGTT	86926

AL355151.11	101	TTCCTTCTACTCTTGAATTTCCAAATTATGTTTGACTATTGAAGTAAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	86927	TTCCTTCTACTCTTGAATTTCCAAATTATGTTTGACTATTGAAGTAAAAA	86976

AL355151.11	151	TTATAATAATGTCTGATGTGATTCTCGATGTATGTAGAAAAAATATTTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	86977	TTATAATAATGTCTGATGTGATTCTCGATGTATGTAGAAAAAATATTTAA	87026

AL355151.11	201	GACCATTATATTATTATTATTATTATTATTTTTGAAACAGAGTCTCCTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87027	GACCATTATATTATTATTATTATTATTATTTTTGAAACAGAGTCTCCTTC	87076

AL355151.11	251	TGTCACCCAGGCTGGAGGCAGTGGCACGATATCGGCTCACTGCAAGCTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87077	TGTCACCCAGGCTGGAGGCAGTGGCACGATATCGGCTCACTGCAAGCTCT	87126

AL355151.11	301	GCCTCCTGGGTTCACGCCATTCCCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87127	GCCTCCTGGGTTCACGCCATTCCCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG	87176

AL355151.11	351	ACTGCAGGTGCCTGCCACTACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTTAGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87177	ACTGCAGGTGCCTGCCACTACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTTAGTA	87226

AL355151.11	401	GAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGACCTCCTGACCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87227	GAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGACCTCCTGACCTG	87276

AL355151.11	451	GTGATCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87277	GTGATCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACT	87326

AL355151.11	501	GCGCCCGGCCAAGACCATTATATTATAAATGGAGAGGGAAAGAGACACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87327	GCGCCCGGCCAAGACCATTATATTATAAATGGAGAGGGAAAGAGACACAA	87376

AL355151.11	551	AAGGGGATATAATTTCTATACTTTAACTGAACTGGTAAAATATTGATACC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87377	AAGGGGATATAATTTCTATACTTTAACTGAACTGGTAAAATATTGATACC	87426

AL355151.11	601	AGCAGAATATGCTGTTACGTGTGTATAATTTAATACCTAAAGGACTCCCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87427	AGCAGAATATGCTGTTACGTGTGTATAATTTAATACCTAAAGGACTCCCA	87476

AL355151.11	651	AAAAGCTATACAGAGAGATATACCCAATAACACTAGAGATAACAAAAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87477	AAAAGCTATACAGAGAGATATACCCAATAACACTAGAGATAACAAAAAAA	87526

AL355151.11	701	TGGAATTCAAAAAAAAAAAAAATGAAGTAGCCCACAGTGAAACAGGAGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87527	TGGAATTCAAAAAAAAAAAAAATGAAGTAGCCCACAGTGAAACAGGAGAA	87576

AL355151.11	751	AGAAAAACATAGATGTAAGAAACAAAGAATAGACACAAAACAAAAAAAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87577	AGAAAAACATAGATGTAAGAAACAAAGAATAGACACAAAACAAAAAAAGA	87626

AL355151.11	801	AGACTTAAACTCTAAAATATCAGTAATTACATTAAATGTAAATAGTTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87627	AGACTTAAACTCTAAAATATCAGTAATTACATTAAATGTAAATAGTTTAA	87676

AL355151.11	851	TTTAGAAGATTCTAAAAAAAAAAAAAACCCCAAAAAAGTATACAAATGAA	900
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87677	TTTAGAAGATTCTAAAAAAAAAAAAA-CCCCAAAAAAGTATACAAATGAA	87725

AL355151.11	901	GAAGAAATTTGAGCTTTCAAGGGATAGGAATCATGGGGGTAGGAAGGTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87726	GAAGAAATTTGAGCTTTCAAGGGATAGGAATCATGGGGGTAGGAAGGTGA	87775

AL355151.11	951	CAGTAAGGGGTTGCATGAGGGAGATCTCTGTGATGAGGGAGATCTCTGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87776	CAGTAAGGGGTTGCATGAGGGAGATCTCTGTGATGAGGGAGATCTCTGTG	87825

AL355151.11	1001	GTGAGGGAGATCTCTGTGGTGTGGGAGATCTCTGTGATGATGGAGTATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87826	GTGAGGGAGATCTCTGTGGTGTGGGAGATCTCTGTGATGATGGAGTATTT	87875

AL355151.11	1051	CTGTATTTTAATTTCTGTGGTGGTTACACAAATCTACACATGATAAAATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87876	CTGTATTTTAATTTCTGTGGTGGTTACACAAATCTACACATGATAAAATG	87925

AL355151.11	1101	ACAAAACTATACAAACCATATTATGCCATTGTCAAAATCCAAACTTTGAC	1150
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87926	GCAAAACTATACAAACCATATTATGCCATTGTCAAAATCCAAACTTTGAC	87975

AL355151.11	1151	ATTGTGCTACAGTTATGTAAGATACATCTATTAGGGAAATTGAGTGAAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87976	ATTGTGCTACAGTTATGTAAGATACATCTATTAGGGAAATTGAGTGAAGG	88025

AL355151.11	1201	GTATGAGGAAACTGTATTATCTGTGAAACTTTCTGCAAACCTATAATTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88026	GTATGAGGAAACTGTATTATCTGTGAAACTTTCTGCAAACCTATAATTAT	88075

AL355151.11	1251	TTCCAAGTAAAAGTTTAAAAGACTCTTACAAAGAAACACAGAGATAAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88076	TTCCAAGTAAAAGTTTAAAAGACTCTTACAAAGAAACACAGAGATAAAAA	88125

AL355151.11	1301	TATCAATGATTCAATAAAAGGATGGCAAATATACTCTCAGATAAACAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88126	TATCAATGATTCAATAAAAGGATGGCAAATATACTCTCAGATAAACAAGA	88175

AL355151.11	1351	CTAGGAAAATTTTGCCATAATCATATTATTCTACATCACTAAAGGAATTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88176	CTAGGAAAATTTTGCCATAATCATATTATTCTACATCACTAAAGGAATTT	88225

AL355151.11	1401	CTTATAAAAAGAAGGGAAGTGACATCAGATGGATGTTCCAGAATGCAAGA	1450
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88226	CTTATAAAAAGAAGGGAAGTGACAACAGATGGATGTTCCAGAATGCAAGA	88275

AL355151.11	1451	ATAATTAAAGCACTGAGACTGATAAATATAGGAGTTAATCTAAGTGAACG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88276	ATAATTAAAGCACTGAGACTGATAAATATAGGAGTTAATCTAAGTGAACG	88325

AL355151.11	1501	TTGGCCATTGAAAAGCAATAGCATTTTACACACCTAGTAACAGATCCTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88326	TTGGCCATTGAAAAGCAATAGCATTTTACACACCTAGTAACAGATCCTCA	88375

AL355151.11	1551	AAATAGATGAAAGAAAAGTTGACAGAACTGAAAAGATAAATATGCAATTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88376	AAATAGATGAAAGAAAAGTTGACAGAACTGAAAAGATAAATATGCAATTC	88425

AL355151.11	1601	TACAATAATAATAATTGGAGACTTCAACACCCCACATTCAATAAGAAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88426	TACAATAATAATAATTGGAGACTTCAACACCCCACATTCAATAAGAAATA	88475

AL355151.11	1651	TATAACAAACAGAACATACGTAAGAAAATGGAGGACTTGAACAACACTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88476	TATAACAAACAGAACATACGTAAGAAAATGGAGGACTTGAACAACACTAT	88525

AL355151.11	1701	AAACCAGGTGGATCTAAGAGGCATACACAGAATACTCTACCCAACAACAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88526	AAACCAGGTGGATCTAAGAGGCATACACAGAATACTCTACCCAACAACAA	88575

AL355151.11	1751	CAGCAAACAAATTCTTAAAGGCACATGAGACATTTCTCCAAGACAGACCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88576	CAGCAAACAAATTCTTAAAGGCACATGAGACATTTCTCCAAGACAGACCA	88625

AL355151.11	1801	TATGTTAGGCCACAAATTAAATCTCAATAGATTTTAGAAGATAGTTGCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88626	TATGTTAGGCCACAAATTAAATCTCAATAGATTTTAGAAGATAGTTGCCA	88675

AL355151.11	1851	TACAAATGGTATCTTCTCAGACCACAACAGGATGAAGTTAGATATCAATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88676	TACAAATGGTATCTTCTCAGACCACAACAGGATGAAGTTAGATATCAATA	88725

AL355151.11	1901	ACAGAAAGCAAACAAAAAAGAAATGGAGATCTGCTATTACATGAAATGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88726	ACAGAAAGCAAACAAAAAAGAAATGGAGATCTGCTATTACATGAAATGGA	88775

AL355151.11	1951	CACTGCATTTCAAAAACTTAGTGTAATGGGAAAAGTTTCCTTATCCCCCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88776	CACTGCATTTCAAAAACTTAGTGTAATGGGAAAAGTTTCCTTATCCCCCA	88825

AL355151.11	2001	G	2001
			|
AL354874.14	88826	G	88826

Compact alignment

skip 850 bps 100% identity alignment

AL355151.11	851	TTTAGAAGATTCTAAAAAAAAAAAAAACCCCAAAAAAGTATACAAATGAA	900
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87677	TTTAGAAGATTCTAAAAAAAAAAAAA-CCCCAAAAAAGTATACAAATGAA	87725

skip 200 bps 100% identity alignment

AL355151.11	1101	ACAAAACTATACAAACCATATTATGCCATTGTCAAAATCCAAACTTTGAC	1150
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	87926	GCAAAACTATACAAACCATATTATGCCATTGTCAAAATCCAAACTTTGAC	87975

skip 250 bps 100% identity alignment

AL355151.11	1401	CTTATAAAAAGAAGGGAAGTGACATCAGATGGATGTTCCAGAATGCAAGA	1450
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
AL354874.14	88226	CTTATAAAAAGAAGGGAAGTGACAACAGATGGATGTTCCAGAATGCAAGA	88275

skip 551 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL355151.11 - 95128 bps
Hit
AL354874.14 - 88826 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link