<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL162501.11	116565	GAATTCCAGTAAAATGAAAAGAGATACATGCTTTACATATTTTGAAGCTG	116614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1	GAATTCCAGTAAAATGAAAAGAGATACATGCTTTACATATTTTGAAGCTG	50

AL162501.11	116615	TTTCATTAAATGCATATAGATTGGGAATTGTTTTATCTTCCTTAAAGTTG	116664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	51	TTTCATTAAATGCATATAGATTGGGAATTGTTTTATCTTCCTTAAAGTTG	100

AL162501.11	116665	ATTTTTTGTAATTATGAAATATCCTTGTTTATTTCTAATAATGCCTCCTG	116714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	101	ATTTTTTGTAATTATGAAATATCCTTGTTTATTTCTAATAATGCCTCCTG	150

AL162501.11	116715	CCTGTAAGTCTGCATTCTCTGATGATAGTACTGTATAGCTATGCCAGATT	116764
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	151	CCTGTAAGTCTGCATTCTCTGATGATAGTACTGTATAGCTATGCCAGATT	200

AL162501.11	116765	TCTTCTGGTTAGTGTTTTCATGGAATAACTTTTTCCATTCTTTACTTTCA	116814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	201	TCTTCTGGTTAGTGTTTTCATGGAATAACTTTTTCCATTCTTTACTTTCA	250

AL162501.11	116815	AACTTTTTGTCTTCATATGTAAGGACTCTTTCTTTATTATTTAAACCAAA	116864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	251	AACTTTTTGTCTTCATATGTAAGGACTCTTTCTTTATTATTTAAACCAAA	300

AL162501.11	116865	TCTGGAAATCATTGAGTTTTAGTTGGTATATTTAGTCCACTTATATTAAA	116914
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	301	TCTGGAAATCATTGAGTTTTAGTTGGTATATTTAGTCCACTTATATTAAA	350

AL162501.11	116915	TGTAATTACTGACATATGTGAAATTGTAGCTGACATGTTACTCTCTGTTT	116964
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	351	TGTAATTACTGACATATGTGAAATTGTAGCTGACATGTTACTCTCTGTTT	400

AL162501.11	116965	TATATTTGGTTCACTTGTTTTATACTCCTTTTTCTCTCCTCTTCTTTTGG	117014
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	401	TATATTTGGTTCACTTGTTTTATACTCCTTTTTCTCTCCTCTTCTTTTGG	450

AL162501.11	117015	GTTAATCAAGTTTAATTTTTCCAGTTTTTCCACTATTGTTTGCTGTTCTA	117064
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	451	GTTAATCAAGTTTAATTTTTCCAGTTTTTCCACTATTGTTTGCTGTTCTA	500

AL162501.11	117065	ATTTTGTTCTCCTAGGTACTTGAGCTACTACTTTTATCACTTTCCAAACA	117114
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	501	ATTTTGTTCTCCTAGGTACTTGAGCTACTACTTTTATCACTTTCCAAACA	550

AL162501.11	117115	ATACTAGGATTTAAGTACAACTTATGTTAGTTTAGTTAAACTCCTCCCAC	117164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	551	ATACTAGGATTTAAGTACAACTTATGTTAGTTTAGTTAAACTCCTCCCAC	600

AL162501.11	117165	CATGTGTGCTATGTTGACACATTTTAGTTTCATACATACATGTGTATATG	117214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	601	CATGTGTGCTATGTTGACACATTTTAGTTTCATACATACATGTGTATATG	650

AL162501.11	117215	TGTACATATATTTTAATCACAAAATTTAATATAATTTTTTTTGCAATCAG	117264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	651	TGTACATATATTTTAATCACAAAATTTAATATAATTTTTTTTGCAATCAG	700

AL162501.11	117265	TATTCACTTGAATTTACTCACATATTTACTTTCTCTGCATTTTCATGCTC	117314
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	701	TATTCACTTGAATTTACTCACATATTTACTTTCTCTGCATTTTCATGCTC	750

AL162501.11	117315	TTTCTGAATCAAATTCTTTCAGCTAGAAAGACTCCTTTTAATATTTGTCT	117364
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	751	TTTCTGAATCAAATTCTTTCAGCTAGAAAGACTCCTTTTAATATTTGTCT	800

AL162501.11	117365	TAGCCCAGTTCTACTGGTAATAAATTGTCATATAGCTTTTGTTTGCCTGA	117414
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	801	TAGCCCAGTTCTACTGGTAATAAATTGTCATATAGCTTTTGTTTGCCTGA	850

AL162501.11	117415	AAATTGTCTTTATTTTATATGAACTTCTGAAGGCTGTTTCAGCTTGCTGG	117464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	851	AAATTGTCTTTATTTTATATGAACTTCTGAAGGCTGTTTCAGCTTGCTGG	900

AL162501.11	117465	AGAATACGGTCTGTAGTTATTTTCTTTCGGCCTTTTAAAGATGGCATTCT	117514
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	901	AGAATACGGTCTGTAGTTATTTTCTTTCGGCCTTTTAAAGATGGCATTCT	950

AL162501.11	117515	ATTGTTTTCATGATGTTTATTAAGAAATCAATAGGTAATTGATTTTTATC	117564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	951	ATTGTTTTCATGATGTTTATTAAGAAATCAATAGGTAATTGATTTTTATC	1000

AL162501.11	117565	CTATAAGGGAAATGTGTATTTTTCTTCTGGTTACTTTTGAGAATTTATTC	117614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
AL353729.17	1001	CTATAAGGGAAATGTGTATTTTTCTTCTGGTTACTTTTGAGAATTTATTA	1050

AL162501.11	117615	TTTGTCTTTGATTTTCAGCAGTTTTGCCTTGATGTGGCTATTTTAGTTTT	117664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1051	TTTGTCTTTGATTTTCAGCAGTTTTGCCTTGATGTGGCTATTTTAGTTTT	1100

AL162501.11	117665	CATTGAATTTGTCCTCTTTGGATTTCACTAAATTTCTTTTTTCTATGCAG	117714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1101	CATTGAATTTGTCCTCTTTGGATTTCACTAAATTTCTTTTTTCTATGCAG	1150

AL162501.11	117715	TGATTATTAGATTGGGTAATTCTTCACTGTTACTTCTTCAAAATATTGCT	117764
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1151	TGATTATTAGATTGGGTAATTCTTCACTGTTACTTCTTCAAAATATTGCT	1200

AL162501.11	117765	TCTGTCTCGCATTTCCTTTCCTCCTTTCTGAGACTCCAATTACATCTGTC	117814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1201	TCTGTCTCGCATTTCCTTTCCTCCTTTCTGAGACTCCAATTACATCTGTC	1250

AL162501.11	117815	TGAGATGTTTGTATCTTATTTTCTTTCTTTGTCTCTCTCTTTCTCCCTCC	117864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1251	TGAGATGTTTGTATCTTATTTTCTTTCTTTGTCTCTCTCTTTCTCCCTCC	1300

AL162501.11	117865	TCCTGCTTCTCTCTCTCCCTCTCCTCTTTCATCTTTTCTTTCTATTTATG	117914
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1301	TCCTGCTTCTCTCTCTCCCTCTCCTCTTTCATCTTTTCTTTCTATTTATG	1350

AL162501.11	117915	CTGCAGTCTAGACATTGTGTACTGCTTTATCTTCTATACTACTAATCAGA	117964
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1351	CTGCAGTCTAGACATTGTGTACTGCTTTATCTTCTATACTACTAATCAGA	1400

AL162501.11	117965	TCTTCTGCTGTGACCAATCTGTTGTTGAATATGCCAGTGAGCTATTAATT	118014
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1401	TCTTCTGCTGTGACCAATCTGTTGTTGAATATGCCAGTGAGCTATTAATT	1450

AL162501.11	118015	TTAGTTACTGTGATTTTCAGTTTGGGAATTTCTGTTCATGTATCCTAGTG	118064
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1451	TTAGTTACTGTGATTTTCAGTTTGGGAATTTCTGTTCATGTATCCTAGTG	1500

AL162501.11	118065	AAACTCCTTATCTTGCTGCCTATTTTCCTGGAAATATTAATTACAGTTAT	118114
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1501	AAACTCCTTATCTTGCTGCCTATTTTCCTGGAAATATTAATTACAGTTAT	1550

AL162501.11	118115	TTTAAAGATTTTTCGTTAACTTCAATATCTGGATTATCTCTTGATCTTTT	118164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1551	TTTAAAGATTTTTCGTTAACTTCAATATCTGGATTATCTCTTGATCTTTT	1600

AL162501.11	118165	CCATTGTCTGGTTTTTGTTTCCGTTTTGATGTCTGATAATTTTGGCTGAA	118214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1601	CCATTGTCTGGTTTTTGTTTCCGTTTTGATGTCTGATAATTTTGGCTGAA	1650

AL162501.11	118215	TTCTGGACATGTTGGACAGAAATTTGTAGAGGCTAGAGAAGACAAAGTGA	118264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1651	TTCTGGACATGTTGGACAGAAATTTGTAGAGGCTAGAGAAGACAAAGTGA	1700

AL162501.11	118265	TCCCCCAGCGAATCCCCACCACAGCCTCTGTTAGGCTTCTAGATTAGGCA	118314
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1701	TCCCCCAGCGAATCCCCACCACAGCCTCTGTTAGGCTTCTAGATTAGGCA	1750

AL162501.11	118315	CAGATGTTAATTCAAATAAGCATTTAACTGACTCAGTGCAGCGTCTCAGT	118364
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1751	CAGATGTTAATTCAAATAAGCATTTAACTGACTCAGTGCAGCGTCTCAGT	1800

AL162501.11	118365	CCCCATGAGGCCTAGTTGATATCTTATATCTGGAGTACAATGCTTCACTA	118414
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1801	CCCCATGAGGCCTAGTTGATATCTTATATCTGGAGTACAATGCTTCACTA	1850

AL162501.11	118415	GTCCCAACTGAGATTTGAAGGCCTTTGCCAAAACATTTTTTTGAAAATCT	118464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1851	GTCCCAACTGAGATTTGAAGGCCTTTGCCAAAACATTTTTTTGAAAATCT	1900

AL162501.11	118465	CTGAATTCTGCCATCTGACTCCTAATTATGATGAGTCTACAGAGACCCCT	118514
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1901	CTGAATTCTGCCATCTGACTCCTAATTATGATGAGTCTACAGAGACCCCT	1950

AL162501.11	118515	GCTTCGTGACCCAGCCTCATAGCTGTCCTGTCACTTTCTGCTTGGCCACC	118564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353729.17	1951	GCTTCGTGACCCAGCCTCATAGCTGTCCTGTCACTTTCTGCTTGGCCACC	2000

Compact alignment

skip 1000 bps 100% identity alignment

AL162501.11	117565	CTATAAGGGAAATGTGTATTTTTCTTCTGGTTACTTTTGAGAATTTATTC	117614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
AL353729.17	1001	CTATAAGGGAAATGTGTATTTTTCTTCTGGTTACTTTTGAGAATTTATTA	1050

skip 950 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL162501.11 - 118564 bps
Hit
AL353729.17 - 195668 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95020001165651185641120001
Short-link