<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

AL161457.13	1	TTATGTGAGAAAAGTTCTGTGTGATGAGCTGGGGGCCCCAGCCAATTCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	170992	TTATGTGAGAAAAGTTCTGTGTGATGAGCTGGGGGCCCCAGCCAATTCTG	171041

AL161457.13	51	CAATAAACTGTGTTCCCCTGGAAGACTTTGGAGGGCAGCACCCTGACCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171042	CAATAAACTGTGTTCCCCTGGAAGACTTTGGAGGGCAGCACCCTGACCCA	171091

AL161457.13	101	AACCTGACATATGCAACGACTCTTCTGGAAGCAATGAAAGGAGGAGAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171092	AACCTGACATATGCAACGACTCTTCTGGAAGCAATGAAAGGAGGAGAATA	171141

AL161457.13	151	TGGATTTGGAGCTGCATTTGATGCTGATGGGGTAAGTAGGAAAGCTGTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171142	TGGATTTGGAGCTGCATTTGATGCTGATGGGGTAAGTAGGAAAGCTGTCT	171191

AL161457.13	201	GTCTGCTGACCCTTTGATCATATAATGAGCCATGCACTGGAAAGCAGAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171192	GTCTGCTGACCCTTTGATCATATAATGAGCCATGCACTGGAAAGCAGAGA	171241

AL161457.13	251	ATTAATGAACACATCTGGAGCTAACATGTATGGGACATGTGTGCCCTAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171242	ATTAATGAACACATCTGGAGCTAACATGTATGGGACATGTGTGCCCTAAC	171291

AL161457.13	301	TGGCTCTGCATCTGCCCTTCTGTTTAATGACTAAGTATTGCAATTAAATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171292	TGGCTCTGCATCTGCCCTTCTGTTTAATGACTAAGTATTGCAATTAAATA	171341

AL161457.13	351	GCGATTACTTTTCTTAGTTCCAGATTTACGTTATGGCATACAAAGGTTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171342	GCGATTACTTTTCTTAGTTCCAGATTTACGTTATGGCATACAAAGGTTGT	171391

AL161457.13	401	TTATTTAAAAATATATATTATTCCATAAACCTTTATTTATGGCTGGTGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171392	TTATTTAAAAATATATATTATTCCATAAACCTTTATTTATGGCTGGTGTT	171441

AL161457.13	451	GTTGAAAGCACCAAGTTAAGAAATCAGCTATTTCTGCAAGAACCAGTGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171442	GTTGAAAGCACCAAGTTAAGAAATCAGCTATTTCTGCAAGAACCAGTGTT	171491

AL161457.13	501	CTCTATTATGTTTGGGAGAAAGAAAGAGTTAGGTATTTGGGGACTTCTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171492	CTCTATTATGTTTGGGAGAAAGAAAGAGTTAGGTATTTGGGGACTTCTAA	171541

AL161457.13	551	AGCTTGAGCCACATTTCAACAGGTGGAACATATTCCTGGTGTGTCAAGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171542	AGCTTGAGCCACATTTCAACAGGTGGAACATATTCCTGGTGTGTCAAGAT	171591

AL161457.13	601	TCTGGGCCCTTGGTACTCAGAGATTTCGAAGAATGTTTCCCATGTTCTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171592	TCTGGGCCCTTGGTACTCAGAGATTTCGAAGAATGTTTCCCATGTTCTCT	171641

AL161457.13	651	TTGGCCTCATTCAAGTTGTTAGATTGTTAAATATAAGATGGCAGTAAAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171642	TTGGCCTCATTCAAGTTGTTAGATTGTTAAATATAAGATGGCAGTAAAGT	171691

AL161457.13	701	GGATTGTGATGATTATGGGAATGGGCTGCTAGCAGATGCTTCTGTCCGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171692	GGATTGTGATGATTATGGGAATGGGCTGCTAGCAGATGCTTCTGTCCGAT	171741

AL161457.13	751	CATTTTTACGCATTCCTTCCTACAGGACCGTTATATGATCCTAGGCCAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171742	CATTTTTACGCATTCCTTCCTACAGGACCGTTATATGATCCTAGGCCAAA	171791

AL161457.13	801	ATGGCTTCTTTGTGAGCCCTTCTGACTCCCTGGCCATCATTGCTGCCAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171792	ATGGCTTCTTTGTGAGCCCTTCTGACTCCCTGGCCATCATTGCTGCCAAC	171841

AL161457.13	851	CTCTCTTGCATTCCATATTTCCGTCAGATGGGGGTCCGCGGGTTTGGGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171842	CTCTCTTGCATTCCATATTTCCGTCAGATGGGGGTCCGCGGGTTTGGGAG	171891

AL161457.13	901	GAGTATGCCAACCAGCATGGCCCTGGACAGGTAAGCAAGGATGTCACCGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171892	GAGTATGCCAACCAGCATGGCCCTGGACAGGTAAGCAAGGATGTCACCGT	171941

AL161457.13	951	GAAAAACTTTATGGTAGACCTTTGGCGTCGATGTCTCCTTTGTTGGTTGC	1000
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL353608.20	171942	GAAAAACTTTATGGTAGACCTTTGGCGTTGATGTCTCCTTTGTTGGTTGC	171991

AL161457.13	1001	TGGCGCTTATTCTCCCCTGCTCCATTTGGGAATGCGTTGAAAGCATGGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	171992	TGGCGCTTATTCTCCCCTGCTCCATTTGGGAATGCGTTGAAAGCATGGGA	172041

AL161457.13	1051	ACACGGTATAGTGTACTGGGTAGAAGCTGGAGAATCAGGTGGCCTGAGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172042	ACACGGTATAGTGTACTGGGTAGAAGCTGGAGAATCAGGTGGCCTGAGCT	172091

AL161457.13	1101	TAATTCTTGGTTCTGCCACTTACTAGCTGTGGGAATTTAGACTTATTTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172092	TAATTCTTGGTTCTGCCACTTACTAGCTGTGGGAATTTAGACTTATTTAG	172141

AL161457.13	1151	TCTCTGTGCCTCAGTTTTCTTATCTGTAAAATGTGGATAATAATAGTGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172142	TCTCTGTGCCTCAGTTTTCTTATCTGTAAAATGTGGATAATAATAGTGGT	172191

AL161457.13	1201	ATCTTTATATGGATTGTCATGAAGTACAAATGAGGTGCTTCATGTAGAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172192	ATCTTTATATGGATTGTCATGAAGTACAAATGAGGTGCTTCATGTAGAAC	172241

AL161457.13	1251	ATTTAACATGGTGCCTGGTACATAGTAAATACTACATAAATGTTTAGCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172242	ATTTAACATGGTGCCTGGTACATAGTAAATACTACATAAATGTTTAGCAA	172291

AL161457.13	1301	CAGAACTTATTAACCTGAAAGTGTGTATGTATAAGTGAGGGAAAAAAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172292	CAGAACTTATTAACCTGAAAGTGTGTATGTATAAGTGAGGGAAAAAAAGC	172341

AL161457.13	1351	ATGGGTTTTGAGGTCAGATTATATTATGTTCAAATGCTGACTTATAGCCT	1400
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL353608.20	172342	ATGGGTTTTGAGGTCAGATTATATTATGTTCAAATGCTAACTTATAGCCT	172391

AL161457.13	1401	TATTAGCACTGTACAAATAGAAAAATGATACTTCATAGGTTTATTGTAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172392	TATTAGCACTGTACAAATAGAAAAATGATACTTCATAGGTTTATTGTAAG	172441

AL161457.13	1451	AATGAAACGAGACAGTGCATGGAAAATACCCAACAAGAGATTCACTCAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172442	AATGAAACGAGACAGTGCATGGAAAATACCCAACAAGAGATTCACTCAGT	172491

AL161457.13	1501	AGGGCTCTAACTAACCCTATTAGGTTTCATTCTTCTTGCTCTATCCATCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172492	AGGGCTCTAACTAACCCTATTAGGTTTCATTCTTCTTGCTCTATCCATCC	172541

AL161457.13	1551	CTCTTGTCTATCACCCTATATTATAAAACATTGAATTTCAGAGTCTGACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172542	CTCTTGTCTATCACCCTATATTATAAAACATTGAATTTCAGAGTCTGACA	172591

AL161457.13	1601	TGTTCAACCAGCACGTGTTATTATAGAAACAGTGTATGTGCCTGGTGGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172592	TGTTCAACCAGCACGTGTTATTATAGAAACAGTGTATGTGCCTGGTGGAA	172641

AL161457.13	1651	AGTTAGAAAACACAAATAAAAGAATGTAAATATCATATCCCCTACCTTGG	1700
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172642	AGTTAGAAAACACAAATAAGAGAATGTAAATATCATATCCCCTACCTTGG	172691

AL161457.13	1701	GTTACCTATGTTAATAGAAAAACTTATATTCCTTACTGTATCTCTTTCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172692	GTTACCTATGTTAATAGAAAAACTTATATTCCTTACTGTATCTCTTTCTA	172741

AL161457.13	1751	TACATATACATTATATGCATATAATTAAAATACATAATATAATATACATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172742	TACATATACATTATATGCATATAATTAAAATACATAATATAATATACATA	172791

AL161457.13	1801	ATATATATACATATATAATTTATTTGCCTGTGATAATACCAAAGACATCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172792	ATATATATACATATATAATTTATTTGCCTGTGATAATACCAAAGACATCA	172841

AL161457.13	1851	AAAAGCACATTGCTTGTAACCTGCTTTTTCTTTTCCATCAACAATTGCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172842	AAAAGCACATTGCTTGTAACCTGCTTTTTCTTTTCCATCAACAATTGCCA	172891

AL161457.13	1901	ACTACCAATTAATAAATTTTGGCCGGGTGTGGCGACTCACACCTGTAATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172892	ACTACCAATTAATAAATTTTGGCCGGGCGTGGCGACTCACACCTGTAATC	172941

AL161457.13	1951	CTAGAACTTTGAGTGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAATTC	2000
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172942	CTAGAGCTTTGAGTGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAATTC	172991

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

AL161457.13	951	GAAAAACTTTATGGTAGACCTTTGGCGTCGATGTCTCCTTTGTTGGTTGC	1000
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL353608.20	171942	GAAAAACTTTATGGTAGACCTTTGGCGTTGATGTCTCCTTTGTTGGTTGC	171991

skip 350 bps 100% identity alignment

AL161457.13	1351	ATGGGTTTTGAGGTCAGATTATATTATGTTCAAATGCTGACTTATAGCCT	1400
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL353608.20	172342	ATGGGTTTTGAGGTCAGATTATATTATGTTCAAATGCTAACTTATAGCCT	172391

skip 250 bps 100% identity alignment

AL161457.13	1651	AGTTAGAAAACACAAATAAAAGAATGTAAATATCATATCCCCTACCTTGG	1700
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172642	AGTTAGAAAACACAAATAAGAGAATGTAAATATCATATCCCCTACCTTGG	172691

skip 200 bps 100% identity alignment

AL161457.13	1901	ACTACCAATTAATAAATTTTGGCCGGGTGTGGCGACTCACACCTGTAATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172892	ACTACCAATTAATAAATTTTGGCCGGGCGTGGCGACTCACACCTGTAATC	172941

AL161457.13	1951	CTAGAACTTTGAGTGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAATTC	2000
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL353608.20	172942	CTAGAGCTTTGAGTGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGGCCAGGAATTC	172991

Overview

Query
AL161457.13 - 124388 bps
Hit
AL353608.20 - 172991 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.75020001200011709921729911
Short-link