<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005214.7	2000	GAATTCTCCCTTCTATTTTTCTACCTCCTTGCTGCAGGATGTTCTAATCC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1	GAATTCTCCCTTCTATTTTTCTACCTCCTTGCTGCAGGATGTTCTAATCC	50

C  BX005214.7	1950	TGAGCCCATGATGTGGTTTGTGCACTGTCGGGTAGTTTATTCTCTCCATC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	51	TGAGCCCATGATGTGGTTTGTGCACTGTCGGGTAGTTTATTCTCTCCATC	100

C  BX005214.7	1900	TATTTAGCAAGTTTGTTCTCCTTTAAGGGAGGCTATGACCACCCTTTATA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	101	TATTTAGCAAGTTTGTTCTCCTTTAAGGGAGGCTATGACCACCCTTTATA	150

C  BX005214.7	1850	ATTTACCTCAGTATCTTTTCCATCCCCTTAATTTTTATCTCTATGAGTCT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	151	ATTTACCTCAGTATCTTTTCCATCCCCTTAATTTTTATCTCTATGAGTCT	200

C  BX005214.7	1800	TCAAATTTAAAATGAGCTTCTTGTAGACAGCTGGGTCTTGTTTTTTGATT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	201	TCAAATTTAAAATGAGCTTCTTGTAGACAGCTGGGTCTTGTTTTTTGATT	250

C  BX005214.7	1750	TACTATGACAGTCTCTGTATTTTAATTGGTGTGTTTTAGACCATTGACAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	251	TACTATGACAGTCTCTGTATTTTAATTGGTGTGTTTTAGACCATTGACAG	300

C  BX005214.7	1700	TTAAGATGATTATTGATATAGCAATTAATATGTACCATCTGTGTTAATGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	301	TTAAGATGATTATTGATATAGCAATTAATATGTACCATCTGTGTTAATGA	350

C  BX005214.7	1650	TTTTTCTTTGCCGTCCTTGCTCTTAGTTATTTTTGTCGCGCATAGTTTTC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	351	TTTTTCTTTGCCGTCCTTGCTCTTAGTTATTTTTGTCGCGCATAGTTTTC	400

C  BX005214.7	1600	TACTTTTTGTGTTTTAATTGAGCACTTTATATAATTTCATTTTCTCTCCT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	401	TACTTTTTGTGTTTTAATTGAGCACTTTATATAATTTCATTTTCTCTCCT	450

C  BX005214.7	1550	CCCTTAGCATATCAATTATACTTTTTTAAAGTTTTAAAACATTAGTCCTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	451	CCCTTAGCATATCAATTATACTTTTTTAAAGTTTTAAAACATTAGTCCTA	500

C  BX005214.7	1500	GAGTTCGCAGTATATTTTTACAACTAATCCAAGTACACTTTCAAATGACA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	501	GAGTTCGCAGTATATTTTTACAACTAATCCAAGTACACTTTCAAATGACA	550

C  BX005214.7	1450	CTATACCACTTCACAGGTAGAAGATATATTAATAACACAATATTCCTAAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	551	CTATACCACTTCACAGGTAGAAGATATATTAATAACACAATATTCCTAAT	600

C  BX005214.7	1400	TCTTCCTTCCTTTCCCTTTTATCATTGCTATCTCTCACTTCATGTCTACA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	601	TCTTCCTTCCTTTCCCTTTTATCATTGCTATCTCTCACTTCATGTCTACA	650

C  BX005214.7	1350	AAAGTATACAAAAGCATATATATATGCATACATAACCATATATTGTTGCT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	651	AAAGTATACAAAAGCATATATATATGCATACATAACCATATATTGTTGCT	700

C  BX005214.7	1300	GTTATTATTTTGAACAAACTATTATGTCTTTGATCAATTAAGAACAAAAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	701	GTTATTATTTTGAACAAACTATTATGTCTTTGATCAATTAAGAACAAAAA	750

C  BX005214.7	1250	AAGAATGTTTTACTTTACTTTTACTTATTAATTCATTGACTCTCTTCTTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	751	AAGAATGTTTTACTTTACTTTTACTTATTAATTCATTGACTCTCTTCTTT	800

C  BX005214.7	1200	TATTTATGTAGATTGGAGTGTCTGACCTACATCATTTTCTTTCTGAACTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	801	TATTTATGTAGATTGGAGTGTCTGACCTACATCATTTTCTTTCTGAACTT	850

C  BX005214.7	1150	CCGTTAACATTTCTTGCAAGGTAGGTCTACCAGTAACAATGCCTTCAGGT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	851	CCGTTAACATTTCTTGCAAGGTAGGTCTACCAGTAACAATGCCTTCAGGT	900

C  BX005214.7	1100	TTTGTTTGTCTGAGAAGAACTTTAGTTCTTATTACTTTTGAAGGATAATT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	901	TTTGTTTGTCTGAGAAGAACTTTAGTTCTTATTACTTTTGAAGGATAATT	950

C  BX005214.7	1050	TTACAGGGTGCAGAAATCTAGGCTGGTGGTTTTTCTCTCAACCTCACTCT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	951	TTACAGGGTGCAGAAATCTAGGCTGGTGGTTTTTCTCTCAACCTCACTCT	1000

C  BX005214.7	1000	TCTTGCTTGCATGGTTTCTAAGAAAATTTAAGAAGTAATTCTTATTTTTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1001	TCTTGCTTGCATGGTTTCTAAGAAAATTTAAGAAGTAATTCTTATTTTTG	1050

C  BX005214.7	950	CTCCTTTATATGTAAGGTATTTTTCCTCTCTGGCTTCTTTCAAGACTTTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1051	CTCCTTTATATGTAAGGTATTTTTCCTCTCTGGCTTCTTTCAAGACTTTT	1100

C  BX005214.7	900	TTTTTCTTATTTTTGATTTTCTGAAGTTGAATATGAAATGCCTAGGTGTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1101	TTTTTCTTATTTTTGATTTTCTGAAGTTGAATATGAAATGCCTAGGTGTA	1150

C  BX005214.7	850	ATTTTTCTTTTCATGTATCCTGTTTGGTGTACTCTGAGCTTTCTTGATCT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1151	ATTTTTCTTTTCATGTATCCTGTTTGGTGTACTCTGAGCTTTCTTGATCT	1200

C  BX005214.7	800	CTGGTTTGGTGTCTGACACTAGTTTGGAAGGAATTTTCAGTCATTATTGT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1201	CTGGTTTGGTGTCTGACACTAGTTTGGAAGGAATTTTCAGTCATTATTGT	1250

C  BX005214.7	750	TTCAAATATTGCTTCCATTTTTTTCTCTCTTTCCTGTCCTTTTAAAATTC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1251	TTCAAATATTGCTTCCATTTTTTTCTCTCTTTCCTGTCCTTTTAAAATTC	1300

C  BX005214.7	700	CCAATATATGTATTAACTCCTTTTGTAGTTTTGTTACAGTTCTTTGATAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1301	CCAATATATGTATTAACTCCTTTTGTAGTTTTGTTACAGTTCTTTGATAT	1350

C  BX005214.7	650	TCTATTCTGTTTTTACTGAGTAATTTTTTTCCTTGCTCTTTAGTTTTGGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1351	TCTATTCTGTTTTTACTGAGTAATTTTTTTCCTTGCTCTTTAGTTTTGGA	1400

C  BX005214.7	600	AATTTCTATTATCATATCATCAAACTCAAAGATTCTTTTTTGGCTATGTC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1401	AATTTCTATTATCATATCATCAAACTCAAAGATTCTTTTTTGGCTATGTC	1450

C  BX005214.7	550	CAGTCTATTAATGAGCCCATCAAAGCCCTTCTTTATGTCTATTACAATGT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1451	CAGTCTATTAATGAGCCCATCAAAGCCCTTCTTTATGTCTATTACAATGT	1500

C  BX005214.7	500	CTTTGATCTCCAGCAATTCTTTTTTGATTTTTTTCTTTGTATCCCCATCT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1501	CTTTGATCTCCAGCAATTCTTTTTTGATTTTTTTCTTTGTATCCCCATCT	1550

C  BX005214.7	450	CTCTGTTTACATAATTCATCTGTTCTTGCATGTTGTCTGTTTACTAGAGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1551	CTCTGTTTACATAATTCATCTGTTCTTGCATGTTGTCTGTTTACTAGAGT	1600

C  BX005214.7	400	CCTTAGCACATTAATCACAATTATTTAAAATATCTGCTTTGATAATTCCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1601	CCTTAGCACATTAATCACAATTATTTAAAATATCTGCTTTGATAATTCCA	1650

C  BX005214.7	350	ACATTCCTGCCATACTTGACTCTGCTTATGATGCTTGTTCATACTTTTCA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1651	ACATTCCTGCCATACTTGACTCTGCTTATGATGCTTGTTCATACTTTTCA	1700

C  BX005214.7	300	AACTGTTTTTTTCTTTGCATTTCAGTCTATCTTGGAATTTTTTTTGTTGA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1701	AACTGTTTTTTTCTTTGCATTTCAGTCTATCTTGGAATTTTTTTTGTTGA	1750

C  BX005214.7	250	AAAGTGAACACAATGTACTAAGTAAAAGCAGCTATAGTAAATAGGCCTTT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1751	AAAGTGAACACAATGTACTAAGTAAAAGCAGCTATAGTAAATAGGCCTTT	1800

C  BX005214.7	200	AGTAATGTAGTGATAGAGTGTAAGGGGAAGGGGAGCATTCTATAGTCCTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1801	AGTAATGTAGTGATAGAGTGTAAGGGGAAGGGGAGCATTCTATAGTCCTA	1850

C  BX005214.7	150	TGATTAGGGCTCAGTCTTTTGGTGAGACTGTGCCCCTTGACTGTGAACTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1851	TGATTAGGGCTCAGTCTTTTGGTGAGACTGTGCCCCTTGACTGTGAACTT	1900

C  BX005214.7	100	CATCAGTGCTTCTCAGTTCCTCCCCGACTTTAGATGAGACATAATGGCTG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1901	CATCAGTGCTTCTCAGTTCCTCCCCGACTTTAGATGAGACATAATGGCTG	1950

C  BX005214.7	50	AAGGGAGGACGAAGTTGTATATTTCCCTTTTTCCATGTGGAAATCTAAAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL162501.11	1951	AAGGGAGGACGAAGTTGTATATTTCCCTTTTTCCATGTGGAAATCTAAAA	2000

Overview

Query
BX005214.7 - 143520 bps
Hit
AL162501.11 - 118564 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link