<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL365336.20	1	CGGGTGTGTTGGGGTGCCCTGGACTGGGCGAGGTGGGAGTGCTGGTTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	188738	CGGGTGTGTTGGGGTGCCCTGGACTGGGCGAGGTGGGAGTGCTGGTTTCT	188787

AL365336.20	51	GGTGATGGTGAGTGGTCTTGGTTTCTGTTAGTAAGATCCTTCTGTTTACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	188788	GGTGATGGTGAGTGGTCTTGGTTTCTGTTAGTAAGATCCTTCTGTTTACT	188837

AL365336.20	101	TTTCGACATCTGTTATTCTCTGCAGTTAGTTGATTTAGTTGTCTCTGGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	188838	TTTCGACATCTGTTATTCTCTGCAGTTAGTTGATTTAGTTGTCTCTGGTT	188887

AL365336.20	151	AGAGCTTGTTCCTCAGGTGATTCTGTTAGCCTCTATCAGCAGACCTGGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	188888	AGAGCTTGTTCCTCAGGTGATTCTGTTAGCCTCTATCAGCAGACCTGGGA	188937

AL365336.20	201	GACTAGCTCTCTCCTCTGAGTTTCAGTGGTCAGAGATCTCTCTGCAGGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	188938	GACTAGCTCTCTCCTCTGAGTTTCAGTGGTCAGAGATCTCTCTGCAGGCA	188987

AL365336.20	251	AGCTCTCCTCTTACAGGGAAGGTGCACATATATCTGGTGTTAGGACCTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	188988	AGCTCTCCTCTTACAGGGAAGGTGCACATATATCTGGTGTTAGGACCTCC	189037

AL365336.20	301	CTCCTGGCCGAAGATGAAGGCCCAAAACAGGACCTGTCCCCGAAGCTGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189038	CTCCTGGCCGAAGATGAAGGCCCAAAACAGGACCTGTCCCCGAAGCTGAG	189087

AL365336.20	351	TTGCTTTGGCTTGTCCCAGAAGCTGTTAGCTTCTGTATTCCACACCCTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189088	TTGCTTTGGCTTGTCCCAGAAGCTGTTAGCTTCTGTATTCCACACCCTCA	189137

AL365336.20	401	CCTGTGCAGAATACTCTCGGAGGAGTCCCGGAACCAAGATGTCAAATGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189138	CCTGTGCAGAATACTCTCGGAGGAGTCCCGGAACCAAGATGTCAAATGAT	189187

AL365336.20	451	CATTTTCATTACGTTTACCATACCAAACCATGAGCATGGGAGATCTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189188	CATTTTCATTACGTTTACCATACCAAACCATGAGCATGGGAGATCTTTTT	189237

AL365336.20	501	TCTTCTAATATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAAAGACTCAAAGTTCTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189238	TCTTCTAATATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAAAGACTCAAAGTTCTTTT	189287

AL365336.20	551	CATTTAAGTCTTACTTGCTTCGTTAGAGTAACAACATGATGTTTTATACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189288	CATTTAAGTCTTACTTGCTTCGTTAGAGTAACAACATGATGTTTTATACT	189337

AL365336.20	601	ATTTAGGACTATTGTTAAGGATGTTGTTTCCCTATTTTTTTTCTCAGTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189338	ATTTAGGACTATTGTTAAGGATGTTGTTTCCCTATTTTTTTTCTCAGTCC	189387

AL365336.20	651	ATTTATTCTTTGTATGTACATTGGCTACTGAGTTTTCGAGTAATTTTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189388	ATTTATTCTTTGTATGTACATTGGCTACTGAGTTTTCGAGTAATTTTTTT	189437

AL365336.20	701	TTATCAAGCTACTTCATTGAAGGAGTTTATCAGTTATAGGAGTTTTCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189438	TTATCAAGCTACTTCATTGAAGGAGTTTATCAGTTATAGGAGTTTTCTGG	189487

AL365336.20	751	AAGGACTTTGGGATATCACTCATATATACTATCATATCATCTATAAATAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189488	AAGGACTTTGGGATATCACTCATATATACTATCATATCATCTATAAATAG	189537

AL365336.20	801	TGATATTTTGAGTTCTTCCTTCCCAATTTGTATTCCCTTGATGTTCTTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189538	TGATATTTTGAGTTCTTCCTTCCCAATTTGTATTCCCTTGATGTTCTTTA	189587

AL365336.20	851	GTTGTCTAATTGCTCTAGCTAAGTTTCTTTCCATTTAATTTGATGTTGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189588	GTTGTCTAATTGCTCTAGCTAAGTTTCTTTCCATTTAATTTGATGTTGGC	189637

AL365336.20	901	TATCAGCTTGCTGTACATTACCTTTATTGTGCCTTGCATCCATTGTCTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189638	TATCAGCTTGCTGTACATTACCTTTATTGTGCCTTGCATCCATTGTCTAT	189687

AL365336.20	951	CCAAGACTTTTATCATAAAGGGGTGTTAGATTTTTTCAAAGACTTTTCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189688	CCAAGACTTTTATCATAAAGGGGTGTTAGATTTTTTCAAAGACTTTTCTA	189737

AL365336.20	1001	CATCTAATGAAAAGACCATGTGTTTTACTTTTGTTCTGTTTGATTATATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189738	CATCTAATGAAAAGACCATGTGTTTTACTTTTGTTCTGTTTGATTATATG	189787

AL365336.20	1051	GTGGGGCTACATTGACGGATTTTCATATTTTAACCTTCTCTGCATCTGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189788	GTGGGGCTACATTGACGGATTTTCATATTTTAACCTTCTCTGCATCTGTA	189837

AL365336.20	1101	GAATGAAGCCTACTTGATCACAGAGGATAATGATTTTTTATGTATTGTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189838	GAATGAAGCCTACTTGATCACAGAGGATAATGATTTTTTATGTATTGTTG	189887

AL365336.20	1151	AATTCAGTTTGCCAGCCATTTATTGATTATTTTTGCATCAATATTCATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189888	AATTCAGTTTGCCAGCCATTTATTGATTATTTTTGCATCAATATTCATAA	189937

AL365336.20	1201	GGCAAATTGTCCTGAAATTTTTATCCTTGTTTAAGTGTTTGTGTGGTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189938	GGCAAATTGTCCTGAAATTTTTATCCTTGTTTAAGTGTTTGTGTGGTTTT	189987

AL365336.20	1251	AGTATTAGGGTCATTTTGCTATCATAGAAAGAATATGTCAGTGTTCCTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	189988	AGTATTAGGGTCATTTTGCTATCATAGAAAGAATATGTCAGTGTTCCTTA	190037

AL365336.20	1301	TGTGTCTATTTTGTGGAATATTTTGAGGATTATTATTATTGACTGTTCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190038	TGTGTCTATTTTGTGGAATATTTTGAGGATTATTATTATTGACTGTTCTT	190087

AL365336.20	1351	TGAAATTCTGGTAGTATTCTGTACTAAAAGTATCTGGCAGTATGTTTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190088	TGAAATTCTGGTAGTATTCTGTACTAAAAGTATCTGGCAGTATGTTTTTT	190137

AL365336.20	1401	ATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTGGTTAGAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190138	ATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTGGTTAGAAG	190187

AL365336.20	1451	ATTTTTTAATGACTGCTTTTATTTCCTTAGTGGTTATAGACCTACTTAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190188	ATTTTTTAATGACTGCTTTTATTTCCTTAGTGGTTATAGACCTACTTAAG	190237

AL365336.20	1501	GTGTTTACATAATATTTATTTAACTTGGGTAAGTGGTATTTATAATGAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190238	GTGTTTACATAATATTTATTTAACTTGGGTAAGTGGTATTTATAATGAAC	190287

AL365336.20	1551	ACTGTCTATTTCATTTAAATTTTTCAAATTTTTGAAGTACATGTTTTTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190288	ACTGTCTATTTCATTTAAATTTTTCAAATTTTTGAAGTACATGTTTTTGA	190337

AL365336.20	1601	TGTAACACCTAATGATTCTTTGAATTTATTTGTTGTCTGGTGCTGTAGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190338	TGTAACACCTAATGATTCTTTGAATTTATTTGTTGTCTGGTGCTGTAGCT	190387

AL365336.20	1651	GCCTTTTTACTTTTGATTTTATTGATTTATATATTTTTCTTTGCCTTTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190388	GCCTTTTTACTTTTGATTTTATTGATTTATATATTTTTCTTTGCCTTTTA	190437

AL365336.20	1701	GTTAGTTGGGCCAAGGGTTTGTCTATCTTACTGATTTTCTGAAAGAACCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190438	GTTAGTTGGGCCAAGGGTTTGTCTATCTTACTGATTTTCTGAAAGAACCA	190487

AL365336.20	1751	GCTCTCTCTTTGTTTTATTGAGTCTATCTACTGTTCTCTTTGTTTCTAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190488	GCTCTCTCTTTGTTTTATTGAGTCTATCTACTGTTCTCTTTGTTTCTAAT	190537

AL365336.20	1801	TTATTGATTTCAACTCTGAATTTGGTTGTTACTTAGCACTCAATCCTCTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190538	TTATTGATTTCAACTCTGAATTTGGTTGTTACTTAGCACTCAATCCTCTT	190587

AL365336.20	1851	GAGTGTGTTTGCTTCTTTTTGTTCAAGAACTTTCATGTGTGCTTTTAAGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190588	GAGTGTGTTTGCTTCTTTTTGTTCAAGAACTTTCATGTGTGCTTTTAAGT	190637

AL365336.20	1901	CATTAAGATGAGGAATTTTTGGAGGACTGTGTTTGAGGATAGGCATTGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190638	CATTAAGATGAGGAATTTTTGGAGGACTGTGTTTGAGGATAGGCATTGGT	190687

AL365336.20	1951	TAAATTTGGTTTTGTCATGTAATATGCTATTTTCTCCATTTATAGTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL136158.25	190688	TAAATTTGGTTTTGTCATGTAATATGCTATTTTCTCCATTTATAGTGATC	190737

Overview

Query
AL365336.20 - 58434 bps
Hit
AL136158.25 - 190737 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link