<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2947 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL136338.4	143177	AAGCTTATTTGGATTTTGGTCTATAGATCCATTTGGAGAGGATTACTTTC	143128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168429	AAGCTTATTTGGATTTTGGTCTATAGATCCATTTGGAGAGGATTACTTTC	168478

C  AL136338.4	143127	TTAACAATCCTTGGAATGACACATATGTAAACTTATTTATGTCTTGTTTA	143078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168479	TTAACAATCCTTGGAATGACACATATGTAAACTTATTTATGTCTTGTTTA	168528

C  AL136338.4	143077	ATTCTCTTTTGCAATATTTGGTAGTTGTCACATCTTTCATTAAATTTATT	143028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168529	ATTCTCTTTTGCAATATTTGGTAGTTGTCACATCTTTCATTAAATTTATT	168578

C  AL136338.4	143027	CCTAAGTATTTTTGTGAGTGGATTTGTTTTTCAAGTTTTATTTCCTAATT	142978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168579	CCTAAGTATTTTTGTGAGTGGATTTGTTTTTCAAGTTTTATTTCCTAATT	168628

C  AL136338.4	142977	ATTTGCTGTTAGTATAGATAAATACAATAGCTTTGCTGTGTTGGTCTTAT	142928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168629	ATTTGCTGTTAGTATAGATAAATACAATAGCTTTGCTGTGTTGGTCTTAT	168678

C  AL136338.4	142927	ATCCTGTACCCCTACCACACTCATGTATTTGGTGAGTAGTTTAAAAAAAG	142878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168679	ATCCTGTACCCCTACCACACTCATGTATTTGGTGAGTAGTTTAAAAAAAG	168728

C  AL136338.4	142877	AAAAAAATATATGTATAATTGAAGGTTTTCAGTATGCACTGTTACGCCAT	142828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168729	AAAAAAATATATGTATAATTGAAGGTTTTCAGTATGCACTGTTACGCCAT	168778

C  AL136338.4	142827	TTGTGAATAAAGATAATTTTACATCTGCCTTTCCAATCTGTATGCCTTTT	142778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168779	TTGTGAATAAAGATAATTTTACATCTGCCTTTCCAATCTGTATGCCTTTT	168828

C  AL136338.4	142777	ATTTCTTTTTATTGCCTACTGCACTGGCTAGGACCTTCAGAACAATGCTA	142728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168829	ATTTCTTTTTATTGCCTACTGCACTGGCTAGGACCTTCAGAACAATGCTA	168878

C  AL136338.4	142727	AATAAAAGTGATGTGAGTGAGTGTTCTTGCCTTGTTCTTGACCTTAGGTG	142678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168879	AATAAAAGTGATGTGAGTGAGTGTTCTTGCCTTGTTCTTGACCTTAGGTG	168928

C  AL136338.4	142677	GAAAGCTTTGAGCCTTTCAGAATGTTAGACCAACCTTGCATTCCTTTATT	142628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168929	GAAAGCTTTGAGCCTTTCAGAATGTTAGACCAACCTTGCATTCCTTTATT	168978

C  AL136338.4	142627	CCTGAATTAAACCCTATTTGGTCGTAATGTATTCTTCTAAAAATATTGTT	142578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	168979	CCTGAATTAAACCCTATTTGGTCGTAATGTATTCTTCTAAAAATATTGTT	169028

C  AL136338.4	142577	GGATTCAGTTTTCTAATGTTTAGTTAGGGAGTTTTGTATCTGTGTTTTCA	142528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169029	GGATTCAGTTTTCTAATGTTTAGTTAGGGAGTTTTGTATCTGTGTTTTCA	169078

C  AL136338.4	142527	TGAGATATACTGGTCTGTAGTTTTGTTTTCTTGTGATATTTTTGTCTGGT	142478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169079	TGAGATATACTGGTCTGTAGTTTTGTTTTCTTGTGATATTTTTGTCTGGT	169128

C  AL136338.4	142477	TTTGAAATCAGGATAAAATTGGCTTCATAAAATGAGTTGGGAAGTGTTTC	142428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169129	TTTGAAATCAGGATAAAATTGGCTTCATAAAATGAGTTGGGAAGTGTTTC	169178

C  AL136338.4	142427	CTTTTCTATAGTTTCTGAAAGGGTTTGTGTAGAATTGATAACGATTCCTT	142378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169179	CTTTTCTATAGTTTCTGAAAGGGTTTGTGTAGAATTGATAACGATTCCTT	169228

C  AL136338.4	142377	GATTTTTTGATAAATTCACCATTGAAGCCATTAGAGCCTGGAGGTTCTTT	142328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169229	GATTTTTTGATAAATTCACCATTGAAGCCATTAGAGCCTGGAGGTTCTTT	169278

C  AL136338.4	142327	TTTTGGGGGAAGGTTTCAAATTTTAAATTCAGTTTCTTCAGTTCATAAAG	142278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169279	TTTTGGGGGAAGGTTTCAAATTTTAAATTCAGTTTCTTCAGTTCATAAAG	169328

C  AL136338.4	142277	ATTTCACAATTTTTGTTTGCTTTAAATTCTTCTTAAGTCAGTTATGGTTA	142228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169329	ATTTCACAATTTTTGTTTGCTTTAAATTCTTCTTAAGTCAGTTATGGTTA	169378

C  AL136338.4	142227	TTTGTGTCTTTTAAGGAATTTGTCCATTTTGTCCATTTGACAAATTTGTC	142178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169379	TTTGTGTCTTTTAAGGAATTTGTCCATTTTGTCCATTTGACAAATTTGTC	169428

C  AL136338.4	142177	TAGTTGCCATTTACTGGTATAAAGTTATTTGTAATAATCCCTTATAATTC	142128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169429	TAGTTGCCATTTACTGGTATAAAGTTATTTGTAATAATCCCTTATAATTC	169478

C  AL136338.4	142127	TTTTTATATCTATAGAATTTGTTGCTATGTTCCTCTTTTATTTCTGATAT	142078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169479	TTTTTATATCTATAGAATTTGTTGCTATGTTCCTCTTTTATTTCTGATAT	169528

C  AL136338.4	142077	TGGCAATTTATGTCTCTTTTTTTCCTGACCTGTCTGGTTAGAGGTTTATA	142028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169529	TGGCAATTTATGTCTCTTTTTTTCCTGACCTGTCTGGTTAGAGGTTTATA	169578

C  AL136338.4	142027	CATTTTACTGATGAACCAACTTTTGGTTTCAATGATTTTCTCTATTGTTT	141978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169579	CATTTTACTGATGAACCAACTTTTGGTTTCAATGATTTTCTCTATTGTTT	169628

C  AL136338.4	141977	CTCTGTTTCCTATTTTATTGATTTTTGTACATAATTATTTATACCATTTC	141928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169629	CTCTGTTTCCTATTTTATTGATTTTTGTACATAATTATTTATACCATTTC	169678

C  AL136338.4	141927	CTTCCTTTGGTTTGTTTGGGTTTTAATTAGCTCTTCTTTTTTCTAGCTTC	141878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169679	CTTCCTTTGGTTTGTTTGGGTTTTAATTAGCTCTTCTTTTTTCTAGCTTC	169728

C  AL136338.4	141877	TGAAAGTGAAAACTATATTATTAATTTGAAATCTTTCTTCTTTTCTAATA	141828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169729	TGAAAGTGAAAACTATATTATTAATTTGAAATCTTTCTTCTTTTCTAATA	169778

C  AL136338.4	141827	CAGGCACTTGAAAGCCGTGCATTGCTTCATAAGTCCTGCTTTAGGCGCAT	141778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169779	CAGGCACTTGAAAGCCGTGCATTGCTTCATAAGTCCTGCTTTAGGCGCAT	169828

C  AL136338.4	141777	TCCACCAGTTTTGTATTTTCATTATTCAGTTTAAAATATTCTCTAATTTA	141728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169829	TCCACCAGTTTTGTATTTTCATTATTCAGTTTAAAATATTCTCTAATTTA	169878

C  AL136338.4	141727	TCTTGCAATTTTTTTCTTTGACCCAAAATTTCTTTAGACATGTGTGTGGT	141678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169879	TCTTGCAATTTTTTTCTTTGACCCAAAATTTCTTTAGACATGTGTGTGGT	169928

C  AL136338.4	141677	TTTTTTTTTTTTTGGTGGGGGATGGAGTTTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGG	141628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169929	TTTTTTTTTTTTTGGTGGGGGATGGAGTTTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGG	169978

C  AL136338.4	141627	AGTGCAGTGGCACGATCTTAGCTCACTGCAAACTCCACCTCCCAGGTTTA	141578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	169979	AGTGCAGTGGCACGATCTTAGCTCACTGCAAACTCCACCTCCCAGGTTTA	170028

C  AL136338.4	141577	AGCGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAGGCACCCG	141528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170029	AGCGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAGGCACCCG	170078

C  AL136338.4	141527	CCACCATGCTTGGCCAATTTGCATTTTTAGTAGAGAAGGGGATTCATCAC	141478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170079	CCACCATGCTTGGCCAATTTGCATTTTTAGTAGAGAAGGGGATTCATCAC	170128

C  AL136338.4	141477	GTTGGCCAGTCTGGTCTCAGATTCCTGACCTCAAATGATCCTCCTGCCTT	141428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170129	GTTGGCCAGTCTGGTCTCAGATTCCTGACCTCAAATGATCCTCCTGCCTT	170178

C  AL136338.4	141427	GGTCTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTA	141378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170179	GGTCTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTA	170228

C  AL136338.4	141377	GAAGTGTGTTGTTTAATTTCCAAATATTTGGGATTTTCCTGGTTATCTTG	141328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170229	GAAGTGTGTTGTTTAATTTCCAAATATTTGGGATTTTCCTGGTTATCTTG	170278

C  AL136338.4	141327	TTTTTGATTTCTAACTTAATTCTATTTTTGTTAGAGAATATATTCTGTAT	141278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170279	TTTTTGATTTCTAACTTAATTCTATTTTTGTTAGAGAATATATTCTGTAT	170328

C  AL136338.4	141277	GCTTTCAATCTTTTGACATTTATTAAGACTTGTTTTATGGCCTCAAATAT	141228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170329	GCTTTCAATCTTTTGACATTTATTAAGACTTGTTTTATGGCCTCAAATAT	170378

C  AL136338.4	141227	AGTCTATACTGGTAAACATTCTATGTGCCAATTGAAAACAAAATGTATTT	141178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170379	AGTCTATACTGGTAAACATTCTATGTGCCAATTGAAAACAAAATGTATTT	170428

C  AL136338.4	141177	TTAAATTGTTGGGTAATGTGTTGAAATCTTCTACGCATTTGCGGATTTTT	141128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170429	TTAAATTGTTGGGTAATGTGTTGAAATCTTCTACGCATTTGCGGATTTTT	170478

C  AL136338.4	141127	GTCTAATTTTTCTAATAGTTGCTGTTAAAGCATATTGCAGTCTTTAGATT	141078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170479	GTCTAATTTTTCTAATAGTTGCTGTTAAAGCATATTGCAGTCTTTAGATT	170528

C  AL136338.4	141077	ATGGAATTCCTTTTCCCTTTAAATCTGTCATTTTTTGCTTCATGTGTTTG	141028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170529	ATGGAATTCCTTTTCCCTTTAAATCTGTCATTTTTTGCTTCATGTGTTTG	170578

C  AL136338.4	141027	GAAGCTCTGTTACTGGGTTCATATACATTTATGATTGTTATGTTTTCCTG	140978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170579	GAAGCTCTGTTACTGGGTTCATATACATTTATGATTGTTATGTTTTCCTG	170628

C  AL136338.4	140977	TTGAATACCCCTTTTATTTTTATGAAGTGTCTTTTTTATCCTTGTTAATA	140928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170629	TTGAATACCCCTTTTATTTTTATGAAGTGTCTTTTTTATCCTTGTTAATA	170678

C  AL136338.4	140927	TATTTTGCTTTGAAATGTATTTTATCTGATATTAATATTGCTACTCCAGA	140878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170679	TATTTTGCTTTGAAATGTATTTTATCTGATATTAATATTGCTACTCCAGA	170728

C  AL136338.4	140877	CTACCTTCACATGCTGTTTATCTGGCTTATGTTTCCCATTCATTTCCTTT	140828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170729	CTACCTTCACATGCTGTTTATCTGGCTTATGTTTCCCATTCATTTCCTTT	170778

C  AL136338.4	140827	CACCCTTTAAAGTTTTCCTACTGTCTTTTTAAATATTCTTTTTTGCATTT	140778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170779	CACCCTTTAAAGTTTTCCTACTGTCTTTTTAAATATTCTTTTTTGCATTT	170828

C  AL136338.4	140777	TTAAACTACTGGTTGACTGAGCAATTATTATGTACTTCCTTAATTTTTCA	140728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170829	TTAAACTACTGGTTGACTGAGCAATTATTATGTACTTCCTTAATTTTTCA	170878

C  AL136338.4	140727	CAGTTAATAACGTACTACCTTATTTAAAATATAGAAATCTTGCAACTTTA	140678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170879	CAGTTAATAACGTACTACCTTATTTAAAATATAGAAATCTTGCAACTTTA	170928

C  AL136338.4	140677	TAGGCCCATATCCCTCTTTATTTTATACTTATTTTATGTAATACATCTAC	140628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170929	TAGGCCCATATCCCTCTTTATTTTATACTTATTTTATGTAATACATCTAC	170978

C  AL136338.4	140627	ATATGTTATAAACCCCACAAGATAATGCTGTAACTTTAATTTTAAAATTA	140578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	170979	ATATGTTATAAACCCCACAAGATAATGCTGTAACTTTAATTTTAAAATTA	171028

C  AL136338.4	140577	CATGGTTAATAAAGAAATTAACAGAAAAAAGAAAGTATAGTCTTTTGCAT	140528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171029	CATGGTTAATAAAGAAATTAACAGAAAAAAGAAAGTATAGTCTTTTGCAT	171078

C  AL136338.4	140527	TTACCAAGATATTTACCATTTCTGGTGCTCTTTGTTTTTTTTTTCTGAGG	140478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171079	TTACCAAGATATTTACCATTTCTGGTGCTCTTTGTTTTTTTTTTCTGAGG	171128

C  AL136338.4	140477	ACTCAAGTTTCTATCTGAAATTTATTTCTCTTTAGCCTGAAAAACTTTCC	140428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171129	ACTCAAGTTTCTATCTGAAATTTATTTCTCTTTAGCCTGAAAAACTTTCC	171178

C  AL136338.4	140427	TTCGCATATTTTGTAGTGTAGCTCTACTTGTGACCAAATGTTTTAGATTT	140378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171179	TTCGCATATTTTGTAGTGTAGCTCTACTTGTGACCAAATGTTTTAGATTT	171228

C  AL136338.4	140377	CTTTTGTCTGAAAAAGTCTTTATTTTGCTTTTATTCTTGAATAATATTTT	140328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171229	CTTTTGTCTGAAAAAGTCTTTATTTTGCTTTTATTCTTGAATAATATTTT	171278

C  AL136338.4	140327	TGCTGAATACAGGATTTTGCTTCGACAGTTTTTTTTTTCCTTTGAGTACT	140278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171279	TGCTGAATACAGGATTTTGCTTCGACAGTTTTTTTTTTCCTTTGAGTACT	171328

C  AL136338.4	140277	TTAAAAATGTTATTCCCTCTGGCCTTCTTGGTTTCAGAGGTGAATTC	140231
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL122023.3	171329	TTAAAAATGTTATTCCCTCTGGCCTTCTTGGTTTCAGAGGTGAATTC	171375

Overview

Query
AL136338.4 - 143177 bps
Hit
AL122023.3 - 171375 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2947 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002947140231143177-11684291713751
Short-link