<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 520 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  KC877989.1	520	GAAAGGGGCTTTCTGACTTGGAGCATCTGAGGAAATAGATTATTTGAGGA	471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	149972	GAAAGGGGCTTTCTGACTTGGAGCATCTGAGGAAATAGATTATTTGAGGA	150021

C  KC877989.1	470	TCTAGTACTCCCAGAATAATCTGTAACCACAAGAAACACATTTCTTGAAC	421
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150022	TCTAGTACTCCCAGAATAATCTGTAACCACAAGAAACACATTTCTTGAAC	150071

C  KC877989.1	420	TCCAGCGCCCCAGAACAGGATATCCATATCCAATCCCATCGTATCCATCC	371
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150072	TCCAGCGCCCCAGAACAGGATATCCATATCCAATCCCATCGTATCCATCC	150121

C  KC877989.1	370	TGGATGTTATGAATTTCCAGAGAGGGCCACTTCTACCCCCCTAGGAGTCA	321
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150122	TGGATGTTATGAATTTCCAGAGAGGGCCACTTCTACCCCCCTAGGAGTCA	150171

C  KC877989.1	320	TACATCTGGCTACTTATTTGTTAAAAATAAAATTCTGTACCATTTATAAA	271
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150172	TACATCTGGCTACTTATTTGTTAAAAATAAAATTCTGTACCATTTATAAA	150221

C  KC877989.1	270	ATGGGCCTCTTATGTCTTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	221
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150222	ATGGGCCTCTTATGTCCTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	150271

C  KC877989.1	220	TTCATCATTCATTTTTGCCAATGATTTTTAAGTATTTATTTGAAAGTTAT	171
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150272	TTCATCATTCATTTTTGCCAATGATTTTTAAGTATTTATTTGAAAGTTAT	150321

C  KC877989.1	170	TTTTAAATACAAAAATATATGTATTTAATAAAGCACTTCTTTATCTTCTT	121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150322	TTTTAAATACAAAAATATATGTATTTAATAAAGCACTTCTTTATCTTCTT	150371

C  KC877989.1	120	ATTTGAACCATACTAAAAAATGTAAAACATGCCATGATTAAACTAGGTAA	71
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150372	ATTTGAACCATACTAAAAAATGTAAAACATGCCATGATTAAACTAGGTAA	150421

C  KC877989.1	70	TTCTATATATCACATTACAAGTAAGTTTTAAAAATCTATTTGGTAAATAT	21
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150422	TTCTATATATCACATTACAAGTAAGTTTTAAAAATCTATTTGGTAAATAT	150471

C  KC877989.1	20	ATTCTCATTTCATCTTGAAA	1
			||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150472	ATTCTCATTTCATCTTGAAA	150491

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

C  KC877989.1	270	ATGGGCCTCTTATGTCTTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	221
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  AJ271735.1	150222	ATGGGCCTCTTATGTCCTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	150271

skip 220 bps 100% identity alignment

Overview

Query
KC877989.1 - 520 bps
Hit
AJ271735.1 - 240000 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 520 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.807705201520-11499721504911
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