<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 571 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

KC877984.1	1	GTAACCTCTTATGTTGCTTTCAGATCCTTCAATTTTAAGTAACTTTTTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	144794	GTAACCTCTTATGTTGCTTTCAGATCCTTCAATTTTAAGTAACTTTTTAA	144843

KC877984.1	51	TCTTACAAGTCTGCTTGATTGTACTTTACACTTATCTACCCTGAAAAGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	144844	TCTTACAAGTCTGCTTGATTGTACTTTACACTTATCTACCCTGAAAAGCT	144893

KC877984.1	101	CTGCCCAGTTCTCTGGGTCAAGCTGGATGGTGATGAGTAGCAACACACAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	144894	CTGCCCAGTTCTCTGGGTCAAGCTGGATGGTGATGAGTAGCAACACACAC	144943

KC877984.1	151	TTCTCTGCTTCTGCCTGAAATGTGCTTAGAGCTCAGTTATCTAAGGATTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	144944	TTCTCTGCTTCTGCCTGAAATGTGCTTAGAGCTCAGTTATCTAAGGATTC	144993

KC877984.1	201	TCTGACACTAGTGCATTGTTCCTGGAGCTAAATTATTCTATGGATGTTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	144994	TCTGACACTAGTGCATTGTTCCTGGAGCTAAATTATTCTATGGATGTTTG	145043

KC877984.1	251	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCTCCTTGATAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AJ271735.1	145044	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCACCTTGATAGC	145093

KC877984.1	301	TCCTTGATATCCCAATCTTGCAGTCCTAACTCAGGCAAATTGTGCACTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	145094	TCCTTGATATCCCAATCTTGCAGTCCTAACTCAGGCAAATTGTGCACTGC	145143

KC877984.1	351	CAGAGGGGCCCTGGGTTCTGCCATATACCCAGAGGAGCCTTTCTCAGTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	145144	CAGAGGGGCCCTGGGTTCTGCCATATACCCAGAGGAGCCTTTCTCAGTGT	145193

KC877984.1	401	GTTTCTAAATGGCCTTACACTTGGTAGAAGAAATTGAAGGGTTACTCAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	145194	GTTTCTAAATGGCCTTACACTTGGTAGAAGAAATTGAAGGGTTACTCAAA	145243

KC877984.1	451	TACAGTTGCAATCTGCAATCTGCTGTTGAGTCAGGGCTTTCACTTGTGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	145244	TACAGTTGCAATCTGCAATCTGCTGTTGAGTCAGGGCTTTCACTTGTGTC	145293

KC877984.1	501	CAAGTTGGCCTGATATGGACTGCATCTGCTTTACGTATAGATGGGTCCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AJ271735.1	145294	CAAGTTGGCCTGATATGGACTGCATCTGCTTTACGTATAGATGGGTCCTG	145343

KC877984.1	551	TTGGGATATGCGCATGGACGT	571
			|||||||||||||||||||||
AJ271735.1	145344	TTGGGATATGCGCATGGACGT	145364

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

KC877984.1	251	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCTCCTTGATAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AJ271735.1	145044	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCACCTTGATAGC	145093

skip 271 bps 100% identity alignment

Overview

Query
KC877984.1 - 571 bps
Hit
AJ271735.1 - 240000 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 571 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.82490571157111447941453641
Short-link