<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3049 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AF532111.1	1	AAGCTTTCAGGCCTAGGCCTAGGGAATAGTTATAAAAGAGAAGGACAGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	23914	AAGCTTTCAGGCCTAGGCCTAGGGAATAGTTATAAAAGAGAAGGACAGCC	23963

AF532111.1	51	TCTGGGCTCAGACCAAGCCAGGAATTCCCACAGCTTGTGTCCAGCTCCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	23964	TCTGGGCTCAGACCAAGCCAGGAATTCCCACAGCTTGTGTCCAGCTCCAA	24013

AF532111.1	101	TCGTATCTTGTCATCTGGGGAAATAAAAGTTTCATTTACAAGAAACCTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24014	TCGTATCTTGTCATCTGGGGAAATAAAAGTTTCATTTACAAGAAACCTCT	24063

AF532111.1	151	ACTTAAGTGAAAATGGGACTCTAGACTTGGAAAGAAAAAAAATTAAGACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24064	ACTTAAGTGAAAATGGGACTCTAGACTTGGAAAGAAAAAAAATTAAGACT	24113

AF532111.1	201	ACCAGTATGAATCAAAGTTCAGGTTTATTAGGAAGAGACATTAACAGAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24114	ACCAGTATGAATCAAAGTTCAGGTTTATTAGGAAGAGACATTAACAGAGA	24163

AF532111.1	251	AATATGAAGTTGAAGAGAAAGAAAAGCACTCAGAAAAAGTCAGAGAAGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24164	AATATGAAGTTGAAGAGAAAGAAAAGCACTCAGAAAAAGTCAGAGAAGAC	24213

AF532111.1	301	CCAAATAATGAATTTCAACTCCTGAAGACAGAGTTTCTATTTAATTCATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24214	CCAAATAATGAATTTCAACTCCTGAAGACAGAGTTTCTATTTAATTCATC	24263

AF532111.1	351	TTGCTTTGATTGGGTTTACTCATTAAATAAACTATAGGAAAAAGTCATAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24264	TTGCTTTGATTGGGTTTACTCATTAAATAAACTATAGGAAAAAGTCATAC	24313

AF532111.1	401	ATTAAAAAATTACCCAAATCCTCATGTTAAAGATGACAGAATAAATGTAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24314	ATTAAAAAATTACCCAAATCCTCATGTTAAAGATGACAGAATAAATGTAC	24363

AF532111.1	451	AGCTTACTGTAAACTAAAGGTCAGTTTTTGCTGGAGGTCTCCCAGACCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24364	AGCTTACTGTAAACTAAAGGTCAGTTTTTGCTGGAGGTCTCCCAGACCTG	24413

AF532111.1	501	TCTCTTTTTGACAGGATACAGACACATGGACATAGGTGTCAGCCATTGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24414	TCTCTTTTTGACAGGATACAGACACATGGACATAGGTGTCAGCCATTGAA	24463

AF532111.1	551	AGAAAAGCCAGGAGTTTTTGAAGTCACAGAAGGTTTGTATCTCACTCTAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24464	AGAAAAGCCAGGAGTTTTTGAAGTCACAGAAGGTTTGTATCTCACTCTAT	24513

AF532111.1	601	AGAAGGAAAAATGAAGAACAAATTCTGATTGGTGATTGTTAAACCATGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24514	AGAAGGAAAAATGAAGAACAAATTCTGATTGGTGATTGTTAAACCATGAT	24563

AF532111.1	651	AGCAAACAAGCATCCATACTAACAACAATTCCAGTCTAGCAAGTGACCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24564	AGCAAACAAGCATCCATACTAACAACAATTCCAGTCTAGCAAGTGACCCC	24613

AF532111.1	701	AGCTCAGGAATATGTTCTCTGAATATTTCCTATCCTACTGGGAGAGATGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24614	AGCTCAGGAATATGTTCTCTGAATATTTCCTATCCTACTGGGAGAGATGC	24663

AF532111.1	751	ATCAGATCTCTGGGCACTGTCCATGCCTATGGCAGTACAACATAAGACCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24664	ATCAGATCTCTGGGCACTGTCCATGCCTATGGCAGTACAACATAAGACCT	24713

AF532111.1	801	GTTAAGGGCCCACAGCAATAGGGCCCAGAGGGAAAATGTGTGAGCACACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24714	GTTAAGGGCCCACAGCAATAGGGCCCAGAGGGAAAATGTGTGAGCACACA	24763

AF532111.1	851	CAATGGGTTCCTGGCTTCCCTTTTGCAAGGGGCTCAGGAAACAACTCGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24764	CAATGGGTTCCTGGCTTCCCTTTTGCAAGGGGCTCAGGAAACAACTCGGA	24813

AF532111.1	901	CTTAATTACTGGCAGCTGAATTATAGGTGCCTCTTTCCCACCTGTGGAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24814	CTTAATTACTGGCAGCTGAATTATAGGTGCCTCTTTCCCACCTGTGGAAA	24863

AF532111.1	951	GAACACAGCCAGTGAGAGACTGTGGAAGCAGTAAAGTTGTGGGAGTGGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24864	GAACACAGCCAGTGAGAGACTGTGGAAGCAGTAAAGTTGTGGGAGTGGAA	24913

AF532111.1	1001	AATCTCCTGGTCAAACCCCAGGGAAGTTTCTTGAACTGGGACTTGCAGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24914	AATCTCCTGGTCAAACCCCAGGGAAGTTTCTTGAACTGGGACTTGCAGCT	24963

AF532111.1	1051	CCGTGGATGCAGAAGAAAACACAATGGAAAATAGTAAATAAAAGGACTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	24964	CCGTGGATGCAGAAGAAAACACAATGGAAAATAGTAAATAAAAGGACTTA	25013

AF532111.1	1101	GTAGCCTTCTGTAGGTCTGTTCTCAGCAGGGACCTTCTCTGTGACATCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25014	GTAGCCTTCTGTAGGTCTGTTCTCAGCAGGGACCTTCTCTGTGACATCTT	25063

AF532111.1	1151	TCTGTCTGTGGGGAATCACAATCAGGTCTCCATCTCCTGCATCAAGAGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25064	TCTGTCTGTGGGGAATCACAATCAGGTCTCCATCTCCTGCATCAAGAGGG	25113

AF532111.1	1201	CAGTGGACCTTTCTATATTTCCCTTATGCTTTATGATAGAGTTAATGTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25114	CAGTGGACCTTTCTATATTTCCCTTATGCTTTATGATAGAGTTAATGTCA	25163

AF532111.1	1251	GCACACAATTCCCAGTGCCTGAGTGGATACATCTTTCCTCTAATGAGGCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25164	GCACACAATTCCCAGTGCCTGAGTGGATACATCTTTCCTCTAATGAGGCA	25213

AF532111.1	1301	GGGTTCATTTATAGCTTGGTCTGCAGATCTGTAGAGAGACAAGCATTCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25214	GGGTTCATTTATAGCTTGGTCTGCAGATCTGTAGAGAGACAAGCATTCAG	25263

AF532111.1	1351	ACCCTTTCTTACCTTTATTTCCTCCACACCAGAAAAATCACCACAGTTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25264	ACCCTTTCTTACCTTTATTTCCTCCACACCAGAAAAATCACCACAGTTCC	25313

AF532111.1	1401	CACCACCAAGGTTCCAAGAACCAGGCCGATGAGAATTGCTATGATGGGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25314	CACCACCAAGGTTCCAAGAACCAGGCCGATGAGAATTGCTATGATGGGGA	25363

AF532111.1	1451	TGGTGTGTGGAGGCTCTGAGGATGGAAAAGAAGGAAGAGTGAGGAGTCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25364	TGGTGTGTGGAGGCTCTGAGGATGGAAAAGAAGGAAGAGTGAGGAGTCTG	25413

AF532111.1	1501	ACCCTAGCTCTCAACCCTGATCCTGCTCTAGTTCATCAAAGAGCTCACAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25414	ACCCTAGCTCTCAACCCTGATCCTGCTCTAGTTCATCAAAGAGCTCACAC	25463

AF532111.1	1551	AATTCCTGACAGCAGTGTGTGTGCTCACACCCACTCCTTACCCCATTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25464	AATTCCTGACAGCAGTGTGTGTGCTCACACCCACTCCTTACCCCATTTTA	25513

AF532111.1	1601	GAGTGAGAGGCTCAGGTAACCCTTCATGGTGCACATGACATGTGTATCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25514	GAGTGAGAGGCTCAGGTAACCCTTCATGGTGCACATGACATGTGTATCTT	25563

AF532111.1	1651	AGCTCTTCTCCAGAGGGAACCACCACAGCTGCCCACTTCTGGAAGGTTCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25564	AGCTCTTCTCCAGAGGGAACCACCACAGCTGCCCACTTCTGGAAGGTTCC	25613

AF532111.1	1701	ATCCCCTGCAGGCCTGGTGTCTGGCAGCTCCATGTCCTGGGTGTAGTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25614	ATCCCCTGCAGGCCTGGTGTCTGGCAGCTCCATGTCCTGGGTGTAGTTTT	25663

AF532111.1	1751	TCCCATCTCTCTTCCAGGTCAGGGTGATGTCAGCTGGGTAGAAGCCCAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25664	TCCCATCTCTCTTCCAGGTCAGGGTGATGTCAGCTGGGTAGAAGCCCAAG	25713

AF532111.1	1801	GCCCAGCACCTCAGGGTGACATTCCCTTCAGGTCTTACATGGTGGGTCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25714	GCCCAGCACCTCAGGGTGACATTCCCTTCAGGTCTTACATGGTGGGTCAC	25763

AF532111.1	1851	ATGTGTTTGGGGGGCATCTGATGGGAACAATTGGAAAATTCAGGTATTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25764	ATGTGTTTGGGGGGCATCTGATGGGAACAATTGGAAAATTCAGGTATTTT	25813

AF532111.1	1901	GTACTCCTCTGGGGGCCTGAGCAGTGCTCATGGGACCATCCCTGGAAAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25814	GTACTCCTCTGGGGGCCTGAGCAGTGCTCATGGGACCATCCCTGGAAAGG	25863

AF532111.1	1951	GTGGGAGACGTGGATGAGGGAGGGAGCAGAGTCCACACAGAAGCCTACAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25864	GTGGGAGACGTGGATGAGGGAGGGAGCAGAGTCCACACAGAAGCCTACAC	25913

AF532111.1	2001	TCAGGATCTGGATGATCTATTCCTTGGAATATTTTACAATAAACATGAGC	2050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25914	TCAGGATCTGGATGATCTATTCCTTGGAATATTTTACAATAAACATGAGC	25963

AF532111.1	2051	CAACACAGAACAGGAAATTCTAGACAAATAGACTTCTCTTTTTGATTGGG	2100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	25964	CAACACAGAACAGGAAATTCTAGACAAATAGACTTCTCTTTTTGATTGGG	26013

AF532111.1	2101	GAGGGGGTCTAGGGACTCAGCAACCCTGGAGTCAGACATTCAATGTCATC	2150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26014	GAGGGGGTCTAGGGACTCAGCAACCCTGGAGTCAGACATTCAATGTCATC	26063

AF532111.1	2151	GTGCATGGACAGTGATCAGGCCTGAGATGGAAGTGAACTGCTGTTAATGG	2200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26064	GTGCATGGACAGTGATCAGGCCTGAGATGGAAGTGAACTGCTGTTAATGG	26113

AF532111.1	2201	ACACACTGAATTGTCCTGGGAGAAGGCGGAATCCTCTGGAGAGTCCCTCT	2250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26114	ACACACTGAATTGTCCTGGGAGAAGGCGGAATCCTCTGGAGAGTCCCTCT	26163

AF532111.1	2251	CTCATGTTGAGTCAGGAAACCTAGGAGCCCTCTTTCCCACTTTGATGCAA	2300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26164	CTCATGTTGAGTCAGGAAACCTAGGAGCCCTCTTTCCCACTTTGATGCAA	26213

AF532111.1	2301	GACAGTGTAAGCATTCCAGCTGCTCCCTGCTGAGGAGGAGGCCTCAGGGA	2350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26214	GACAGTGTAAGCATTCCAGCTGCTCCCTGCTGAGGAGGAGGCCTCAGGGA	26263

AF532111.1	2351	GGCAGGAGCTCCAATCTCAGAAAGCAGAAGGGGTTGTCAAGGGCCTCTCT	2400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26264	GGCAGGAGCTCCAATCTCAGAAAGCAGAAGGGGTTGTCAAGGGCCTCTCT	26313

AF532111.1	2401	TACCAGAGCGCAGCAAGGTCTCCTTTCCAAGGTCCAGGTATCTAAGAAGC	2450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26314	TACCAGAGCGCAGCAAGGTCTCCTTTCCAAGGTCCAGGTATCTAAGAAGC	26363

AF532111.1	2451	CTTTGTACACACTCCCCTTGCAGGTAAGTCTTCCTCCGTTTTGCTTCACC	2500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26364	CTTTGTACACACTCCCCTTGCAGGTAAGTCTTCCTCCGTTTTGCTTCACC	26413

AF532111.1	2501	TGCATCCTCCCACCTGCTCTTCGCGTGTTGAGCTCCCTTGCCCTCTGCAG	2550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26414	TGCATCCTCCCACCTGCTCTTCGCGTGTTGAGCTCCCTTGCCCTCTGCAG	26463

AF532111.1	2551	TCCAAGAGCTCAGGTCCTCATTTAGGGTTAAGTAATCATAGCCATAGTAG	2600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26464	TCCAAGAGCTCAGGTCCTCATTTAGGGTTAAGTAATCATAGCCATAGTAG	26513

AF532111.1	2601	GTGAGTCGGTAGTGACCGCCGAGGAAGCTCCCATCATTAGCCACATTGCA	2650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26514	GTGAGTCGGTAGTGACCGCCGAGGAAGCTCCCATCATTAGCCACATTGCA	26563

AF532111.1	2651	ACCATATACTTCCTGCAGGGTGTGATAACCTGCCCCACCCCCATTCAGCC	2700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26564	ACCATATACTTCCTGCAGGGTGTGATAACCTGCCCCACCCCCATTCAGCC	26613

AF532111.1	2701	CCTGGTCACTGTGAGGCTTCTACCCCCCCCCCCCCGGGATTTTGTCCCCA	2750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26614	CCTGGTCACTGTGAGGCTTCTACCCCCCCCCCCCCGGGATTTTGTCCCCA	26663

AF532111.1	2751	ACTAAACCCCTAACCAGGTCACAATCTATGGTTCTCTTGGGTCTAAGGTC	2800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26664	ACTAAACCCCTAACCAGGTCACAATCTATGGTTCTCTTGGGTCTAAGGTC	26713

AF532111.1	2801	TCCAGGGGTCCCTTTGTCTATGGATGCATCTCTGACTTGGGGACCTAGAG	2850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26714	TCCAGGGGTCCCTTTGTCTATGGATGCATCTCTGACTTGGGGACCTAGAG	26763

AF532111.1	2851	TCGAGCTTATTGGGGTCAGATCATGAGGACATTGAGATGTCATGACCTCA	2900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26764	TCGAGCTTATTGGGGTCAGATCATGAGGACATTGAGATGTCATGACCTCA	26813

AF532111.1	2901	GAGCTGAGGTGACTCACCATCCATTTTGTGTCCATTTTTTTTCACCATTA	2950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26814	GAGCTGAGGTGACTCACCATCCATTTTGTGTCCATTTTTTTTCACCATTA	26863

AF532111.1	2951	ACCGAAGAACTTGTCTCTCTACCTGTGACAATTCCAGAACTCTTGATGTC	3000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26864	ACCGAAGAACTTGTCTCTCTACCTGTGACAATTCCAGAACTCTTGATGTC	26913

AF532111.1	3001	TCCTTTTCCCAATATTCAGGTGGCTCCAGCTCTATCCATGCAGCTCGAG	3049
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AF532113.1	26914	TCCTTTTCCCAATATTCAGGTGGCTCCAGCTCTATCCATGCAGCTCGAG	26962

Overview

Query
AF532111.1 - 178254 bps
Hit
AF532113.1 - 26962 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3049 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link