<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 539 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AC005413.1	123371	CTACCCTCCTGAAATTACTCTGAACTGGGAGAGAGATGGATGCAACAAGA	123322
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	177716	CTACCCTCCTGAAATTACTCTGAACTGGGAGAGAGATGGATGCAACAAGA	177765

C  AC005413.1	123321	TACAGTACATAGACGTGGTAGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAATTTTC	123272
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	177766	TACAGTACATAGACGTGGTAGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAATTTTC	177815

C  AC005413.1	123271	CAGAAGTAGGCAGCTTTGGTGGTCTCTTCCAGGGAAGAGCAGAGATACAA	123222
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	177816	CAGAAGTAGGCAGCTTTGGTGGTCTCTTCCAGGGAAGAGCAGAGATACAA	177865

C  AC005413.1	123221	AAATCATGTGAATCATGAATGGCTGCCTGAGGTCATCACCCTGAGATGGG	123172
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	177866	AAATCATGTGAATCATGAATGGCTGCCTGAGGTCATCACCCTGAGATGGG	177915

C  AC005413.1	123171	GTAAGGATGGGGAGTGAGCACAGAGACTATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAG	123122
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	177916	GTAAGGATGGGGAGTGAGCACAGAGACTATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAG	177965

C  AC005413.1	123121	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGGCACTCCTCAGGGA	123072
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	177966	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGGCACTCCTCAGGGA	178015

C  AC005413.1	123071	CAACTGGAAACAGTCAAGACAGAGAGCCAGAAGTCAGATGCGTACTCTCC	123022
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	178016	CAACTGGAAACAGTCAAGACAGAGAGCCAGAAGTCAGATGCGTACTCTCC	178065

C  AC005413.1	123021	TTTTCTTCATTCCCTTCACCGAGCCTCTTGGGCCCACCATACACTTCATG	122972
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	178066	TTTTCTTCATTCCCTTCACCGAGCCTCTTGGGCCCACCATACACTTCATG	178115

C  AC005413.1	122971	GCTATTGTTGTTCCTGTGCTTCTTGGAGCTCTGCTTATGGGAGAAGTGAC	122922
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	178116	GCTATTGTTGTTCCTGTGCTTCTTGGAGCTCTGCTTATGGGAGAAGTGAC	178165

C  AC005413.1	122921	AACTTTTCTGTTATGGAAGAAGAGTACTAGAGGTAAGGAAGAGGTAGGAT	122872
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	178166	AACTTTTCTGTTATGGAAGAAGAGTACTAGAGGTAAGGAAGAGGTAGGAT	178215

C  AC005413.1	122871	CTTAGTTCATGTCTTCCTAGAAACAACAAGCCTAAGCTT	122833
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AF532111.1	178216	CTTAGTTCATGTCTTCCTAGAAACAACAAGCCTAAGCTT	178254

Overview

Query
AC005413.1 - 123371 bps
Hit
AF532111.1 - 178254 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 539 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11000539122833123371-11777161782541
Short-link