<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 4897 bps / non-identical: 850 bps

Full alignment

C  AC240838.2	39505	TTGGGGACCCTCCCCCAGCTCTTCCTGTGCCCATGTCCCGCTGGGGACCC	39456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33012	TTGGGGACCCTCCCCCAGCTCTTCCTGTGCCCATGTCCCGCTGGGGACCC	33061

C  AC240838.2	39455	TGTCACATCCACACTGCCAAGACTCTGGGGGGCCGAGTCTTCCAAGAGCT	39406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33062	TGTCACATCCACACTGCCAAGACTCTGGGGGGCCGAGTCTTCCAAGAGCT	33111

C  AC240838.2	39405	GGGCAGAACAAAAGCACATCGGACTCAAGAATGGGGAGTCAGTCCCTGGG	39356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33112	GGGCAGAACAAAAGCACATCGGACTCAAGAATGGGGAGTCAGTCCCTGGG	33161

C  AC240838.2	39355	CCCGGCACTCACAGCGCCCTCTGTCCTCGTCTCCTTTACTGCTCAGGTCA	39306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33162	CCCGGCACTCACAGCGCCCTCTGTCCTCGTCTCCTTTACTGCTCAGGTCA	33211

C  AC240838.2	39305	TCCAGCTGTCCCCAGAGCGCATGCCCTCTTCGAGGACAAGACCCCCACTA	39256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33212	TCCAGCTGTCCCCAGAGCGCATGCCCTCTTCGAGGACAAGACCCCCACTA	33261

C  AC240838.2	39255	TAGACCCTAGGCCAAACTGAACAAGTGCTTTTCATATGGATACAGATTTA	39206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33262	TAGACCCTAGGCCAAACTGAACAAGTGCTTTTCATATGGATACAGATTTA	33311

C  AC240838.2	39205	TGTTACTTACTCTAAAATTGTTTAGAGCTCATGATTTGTTATAGTTTTTT	39156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33312	TGTTACTTACTCTAAAATTGTTTAGAGCTCATGATTTGTTATAGTTTTTT	33361

C  AC240838.2	39155	TTTTTTTTTTTGTCTTTTTTGAGGTGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCT	39106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33362	TTTTTTTTTTTGTCTTTTTTGAGGTGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCT	33411

C  AC240838.2	39105	GGAGTGCAGATGCCTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTT	39056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33412	GGAGTGCAGATGCCTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTT	33461

C  AC240838.2	39055	CAAGCAATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACC	39006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33462	CAAGCAATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACC	33511

C  AC240838.2	39005	GGCCACCATGACTGGTTAATTTTTGTATTTTTTTTTAGTAGAGACAGGGT	38956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33512	GGCCACCATGACTGGTTAATTTTTGTATTTTTTTTTAGTAGAGACAGGGT	33561

C  AC240838.2	38955	CTTACTATGTTGCCCAGGTGGATCCTGAACTCCTGGCCTCAAGTAATCCA	38906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33562	CTTACTATGTTGCCCAGGTGGATCCTGAACTCCTGGCCTCAAGTAATCCA	33611

C  AC240838.2	38905	CCTGCCTGGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTATAGGCGTGAGCCACCATGC	38856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33612	CCTGCCTGGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTATAGGCGTGAGCCACCATGC	33661

C  AC240838.2	38855	CCGGCCTTAAGTATTTTTTACAAGTACAATGACAATAATGAAATTTTACC	38806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33662	CCGGCCTTAAGTATTTTTTACAAGTACAATGACAATAATGAAATTTTACC	33711

C  AC240838.2	38805	TGGGATTTCACCTGAGAATTCTCCAAAAGTTTACTGCCTCTTTTCCCTTA	38756
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AC242829.2	33712	TGGGATTTCACCTGAGAATTCTCCAAAAGTGTACTGCCTCTTTTCCCTTA	33761

C  AC240838.2	38755	TTTCTTAGAGTGGGGATGACACCCTCACGTTATGTTATACAGCGGTGAGT	38706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33762	TTTCTTAGAGTGGGGATGACACCCTCACGTTATGTTATACAGCGGTGAGT	33811

C  AC240838.2	38705	AAGATGTGCTTCATTGTTAGGATGGAGTGGTATTCAGTACATATCATTTA	38656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33812	AAGATGTGCTTCATTGTTAGGATGGAGTGGTATTCAGTACATATCATTTA	33861

C  AC240838.2	38655	TTTTCTTATTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCT	38606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33862	TTTTCTTATTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCT	33911

C  AC240838.2	38605	GGAGTGTAGTGGCACCATCACACCTCACTGAAGCCTCAACCTCCTGGGCT	38556
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33912	GGAGTGTAGTGGCACCATCACACCTCAATGAAGCCTCAACCTCCTGGGCT	33961

C  AC240838.2	38555	CAAGCTATCCTTCCTCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACGGACGAG	38506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33962	CAAGCTATCCTTCCTCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACGGACGAG	34011

C  AC240838.2	38505	TGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAAAGGTGAAGTGTGT	38456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34012	TGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAAAGGTGAAGTGTGT	34061

C  AC240838.2	38455	TTTTTTTTTTTTTTTTT--GACAGAGTGTTGCTTGTCACCAAGGCTGGAG	38408
			|||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34062	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAGAGTGTTGCTTGTCACCAAGGCTGGAG	34111

C  AC240838.2	38407	TGCAGGGGTGCAATCTTGGCTCACCACAACCTTCGCCTCCTGGGTTCAAA	38358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34112	TGCAGGGGTGCAATCTTGGCTCACCACAACCTTCGCCTCCTGGGTTCAAA	34161

C  AC240838.2	38357	CGATTATCATGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCC	38308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34162	CGATTATCATGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCC	34211

C  AC240838.2	38307	ACCACACGCAGCTGGTTTTTGTACTTTTAGTAGAGATGGGGTTTAACCAT	38258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34212	ACCACACGCAGCTGGTTTTTGTACTTTTAGTAGAGATGGGGTTTAACCAT	34261

C  AC240838.2	38257	GTTGGTCAGGCTGGTCAAAACTCCTGATCTCAGGTGATCCATCCGCCTCG	38208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34262	GTTGGTCAGGCTGGTCAAAACTCCTGATCTCAGGTGATCCATCCGCCTCG	34311

C  AC240838.2	38207	GCCTCCCACAGTGCTGGGGTTACACCCATGAGCCAACACGCCCGGCCAGA	38158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34312	GCCTCCCACAGTGCTGGGGTTACACCCATGAGCCAACACGCCCGGCCAGA	34361

C  AC240838.2	38157	CAGGCCATTTCCATGATGCCCAGGCTGGCCTTGAACCCCTGGGTTCGAGC	38108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34362	CAGGCCATTTCCATGATGCCCAGGCTGGCCTTGAACCCCTGGGTTCGAGC	34411

C  AC240838.2	38107	AAACTGCCAGCCTCAGTCTCCCAATGTCCTAGGATTACAGGCGTGAGCCA	38058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34412	AAACTGCCAGCCTCAGTCTCCCAATGTCCTAGGATTACAGGCGTGAGCCA	34461

C  AC240838.2	38057	CTGCTCCCAGCCAGTATACGTAATTTAAATGTTTTACAATTAATTATTTA	38008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34462	CTGCTCCCAGCCAGTATACGTAATTTAAATGTTTTACAATTAATTATTTA	34511

C  AC240838.2	38007	AATTAAATGACTTAAACAAAATTATTCGAATGATGTAAACACCCTAGAAA	37958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34512	AATTAAATGACTTAAACAAAATTATTCGAATGATGTAAACACCCTAGAAA	34561

C  AC240838.2	37957	TAAATCCGGGTATTAAGAAGGAAGAATCACGTTCCAAGGGAAAAGGAGCT	37908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34562	TAAATCCGGGTATTAAGAAGGAAGAATCACGTTCCAAGGGAAAAGGAGCT	34611

C  AC240838.2	37907	AATATTAATCCAAAACATTTGGTGCACTATACATAGTTATTTAGTATATT	37858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34612	AATATTAATCCAAAACATTTGGTGCACTATACATAGTTATTTAGTATATT	34661

C  AC240838.2	37857	TACTAAATGTAGTGTGTATAAATAGTCACCAGATAGGTAGGTAAAGACAG	37808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34662	TACTAAATGTAGTGTGTATAAATAGTCACCAGATAGGTAGGTAAAGACAG	34711

C  AC240838.2	37807	CAAGGGAGATTGAATTAACATTACTTTTAGAAGTCAACCGGAGCTACTCA	37758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34712	CAAGGGAGATTGAATTAACATTACTTTTAGAAGTCAACCGGAGCTACTCA	34761

C  AC240838.2	37757	GGAAAGGCCCAGCACTAACATAAAGGGATGAATCGGCCAGGCTGGCCAGT	37708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34762	GGAAAGGCCCAGCACTAACATAAAGGGATGAATCGGCCAGGCTGGCCAGT	34811

C  AC240838.2	37707	AGGGGATAGCGAAGACTGTGGCAAAACCAAGTGTATGCCTAGCCAACATC	37658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34812	AGGGGATAGCGAAGACTGTGGCAAAACCAAGTGTATGCCTAGCCAACATC	34861

C  AC240838.2	37657	ATGTTCAGGTTACTTCTCAAACCAGCCAGCACCTAAACCACACGCCTCTG	37608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34862	ATGTTCAGGTTACTTCTCAAACCAGCCAGCACCTAAACCACACGCCTCTG	34911

C  AC240838.2	37607	TGGGCTGACAATACATATTTGGGCCAGATGAGGCCTGCAGACGGTCAGCC	37558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34912	TGGGCTGACAATACATATTTGGGCCAGATGAGGCCTGCAGACGGTCAGCC	34961

C  AC240838.2	37557	CCTAAAGAGATGTCTGGTGAGGAAGCTATTTTGAGCTGAGACTGGACAGC	37508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34962	CCTAAAGAGATGTCTGGTGAGGAAGCTATTTTGAGCTGAGACTGGACAGC	35011

C  AC240838.2	37507	TGAGAAGTGTTAGGGACTCATTAACACTTCCCAACCTAAACAACAGTTTA	37458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35012	TGAGAAGTGTTAGGGACTCATTAACACTTCCCAACCTAAACAACAGTTTA	35061

C  AC240838.2	37457	ATTCAAGCTGGACAGAGCTGAGACATGGGCAGGCCTGAAGCAGAGTGAAT	37408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  AC242829.2	35062	ATTCAAGCTGGACAGAGCTGAGACATGGGCAGGCCTGGAGCAGAGTGAAT	35111

C  AC240838.2	37407	GAGAGATGGAGAAAAGGCTGTTTATAACAATTAAGGTAGAACCCACAGAA	37358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35112	GAGAGATGGAGAAAAGGCTGTTTATAACAATTAAGGTAGAACCCACAGAA	35161

C  AC240838.2	37357	GCATTTATAAGCTTTGGAAATAAGGGTTTTAAAACTATTGCCCTGGTAGG	37308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35162	GCATTTATAAGCTTTGGAAATAAGGGTTTTAAAACTATTGCCCTGGTAGG	35211

C  AC240838.2	37307	TACTTTTTACATCATGTAAGTAAACCCTAAAATGGCCAACATATCTAGGT	37258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35212	TACTTTTTACATCATGTAAGTAAACCCTAAAATGGCCAACATATCTAGGT	35261

C  AC240838.2	37257	TTAAAGAGCAATATTAAAAAAGCTCATTTTCTCCATTTTCCCTGCAAGAG	37208
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35262	TTAAAGAGCAATATTAAAAAAGCTTATTTTCTCCATTTTCCCTGCAAGAG	35311

C  AC240838.2	37207	ATAATCCTAAACATCCATTGTATCAAGCTAGTCAGTCTCTACCTTGAACG	37158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35312	ATAATCCTAAACATCCATTGTATCAAGCTAGTCAGTCTCTACCTTGAACG	35361

C  AC240838.2	37157	TGGTTGCAACTGTAGGTGGCACAGATAATGACGTTTGGAAGAATTAAGTG	37108
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35362	TGGTTGCAACTGTAGGTGGCACAGATAACGACGTTTGGAAGAATTAAGTG	35411

C  AC240838.2	37107	ATTTTGTATTAAAAAGCCCTTATTTCTGAATATATATGGGATATTTTGGA	37058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35412	ATTTTGTATTAAAAAGCCCTTATTTCTGAATATATATGGGATATTTTGGA	35461

C  AC240838.2	37057	AAGAGGTATACACATGGATTCCTTTTTAATTGGAGATTAGATGTTTAATC	37008
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35462	AAGAGGTATACACATGGATTTCTTTTTAATTGGAGATTAGATGTTTAATC	35511

C  AC240838.2	37007	ATACTCTCAAAATGATCCATGTAGACCAAAATGTGAAGTTGTGCTGGTCT	36958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35512	ATACTCTCAAAATGATCCATGTAGACCAAAATGTGAAGTTGTGCTGGTCT	35561

C  AC240838.2	36957	ATAGCGGTGTTTTCCAGCTCTGGATCTCCCTGCAACAGCAGCCTCAAGAC	36908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35562	ATAGCGGTGTTTTCCAGCTCTGGATCTCCCTGCAACAGCAGCCTCAAGAC	35611

C  AC240838.2	36907	CCGTGAGTTAATCAGAAACAGAACGAGCGGATCCACCCGCCCAGCGAATC	36858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35612	CCGTGAGTTAATCAGAAACAGAACGAGCGGATCCACCCGCCCAGCGAATC	35661

C  AC240838.2	36857	AGCCTCTGTGGGGCGAGGCCAGGGGGCTGAGGACAGGCTCTCCAGGTGAG	36808
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35662	AGCCTCTGTGGGGCGAGGCC-GGGGGCTGAGGACAGGCTCTCCAGGTGAG	35710

C  AC240838.2	36807	TGACCCAACGCGGCTAAAATATATGACCTGCGGTCCTGGCTGCACATCCT	36758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35711	TGACCCAACGCGGCTAAAATATATGACCTGCGGTCCTGGCTGCACATCCT	35760

C  AC240838.2	36757	CAGAGACTTCTCAGTGAAGTAATTTGGTACAGATTTTAGGAAAAGATATT	36708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35761	CAGAGACTTCTCAGTGAAGTAATTTGGTACAGATTTTAGGAAAAGATATT	35810

C  AC240838.2	36707	TATGTTGTCTTTACTAACCAGAACCAGTTTAAATACAGTCTTTTAGAAGG	36658
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35811	TACGTTGTCTTTACTAACCAGAACCAGTTTAAATACAGTCTTTTAGAAGG	35860

C  AC240838.2	36657	AGAGGAAACAGAATCCATCCTATTTTTCCAGAGGTAACTTTTGTGTGTGT	36608
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
  AC242829.2	35861	AGAGGAAACAGAATCCATCCTATTTTTCCAGAGGTAACTTT--TGTGTGT	35908

C  AC240838.2	36607	GTGTGACTCACATCTGTTTTCTGTTTCCCATTCGGAAAGTGTCTCCAGGG	36558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35909	GTGTGACTCACATCTGTTTTCTGTTTCCCATTCGGAAAGTGTCTCCAGGG	35958

C  AC240838.2	36557	TAGTGGCCTGCACCCTATGAGCATGTCCACTAACCAAATGAACGAGAGGT	36508
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35959	AAGTGGCCTGCACCCTATGAGCATGTCCACTAACCAAATGAACGAGAGGT	36008

C  AC240838.2	36507	ATTCAATCACTTAGGTTAGTTAAAGTCTGTGTGATTCCCCAAGGTTTAGC	36458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36009	ATTCAATCACTTAGGTTAGTTAAAGTCTGTGTGATTCCCCAAGGTTTAGC	36058

C  AC240838.2	36457	TCACAGGTGAAAGGGCACATGCTTTCAATGAGATCTAAAGTTTTTGGCAA	36408
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36059	TCACGGGTGAAAGGGCACATGCTTTCAATGAGATCTAAAGTTTTTGGCAA	36108

C  AC240838.2	36407	GTTGATCGTAAGCCCGAGAGACCCCATGGTTCAAATGCAAGCACATGTGT	36358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  AC242829.2	36109	GTTGATCGTAAGCCCGAGAGACCCCATGGTTCAAACGCAAGCACATGTGT	36158

C  AC240838.2	36357	AGGGCACACACATACACGTAGCTGTGGAAGCTTCGTGGATGCACTTTCTC	36308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36159	AGGGCACACACATACACGTAGCTGTGGAAGCTTCGTGGATGCACTTTCTC	36208

C  AC240838.2	36307	CATCTGCATTTTCCGGAATTTCCCTGCATCACATAGTGAAGGGGAAACCA	36258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36209	CATCTGCATTTTCCGGAATTTCCCTGCATCACATAGTGAAGGGGAAACCA	36258

C  AC240838.2	36257	GATGTGCAGAAAAGGTTCTCCTCGGGAGGCGAAGGCAAACAGAGCTGTCC	36208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36259	GATGTGCAGAAAAGGTTCTCCTCGGGAGGCGAAGGCAAACAGAGCTGTCC	36308

C  AC240838.2	36207	TGTTTGCTCCCCACTGAAGCCACTTACACATAACTCTGTAGTCCATAGTC	36158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36309	TGTTTGCTCCCCACTGAAGCCACTTACACATAACTCTGTAGTCCATAGTC	36358

C  AC240838.2	36157	AACAAGATGACTCCAAGGGGAAGGAGGGAGGAGGAAAGGAAAAAGTCAAG	36108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36359	AACAAGATGACTCCAAGGGGAAGGAGGGAGGAGGAAAGGAAAAAGTCAAG	36408

C  AC240838.2	36107	GCAGAGGAGATTAGCTTGGCAACACACAGCCGAGCATCCATCCATATTCT	36058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36409	GCAGAGGAGATTAGCTTGGCAACACACAGCCGAGCATCCATCCATATTCT	36458

C  AC240838.2	36057	GTATCATATTATCCCGCCTGCTACACAAGTACCTCACAGCAGATAGCACT	36008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36459	GTATCATATTATCCCGCCTGCTACACAAGTACCTCACAGCAGATAGCACT	36508

C  AC240838.2	36007	GACTGCCTGACTACACACGCCAGGGGCATGTTGCTGGATAGCTGTGCTTT	35958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36509	GACTGCCTGACTACACACGCCAGGGGCATGTTGCTGGATAGCTGTGCTTT	36558

C  AC240838.2	35957	TTCTCCATGTCTGCTTACATTTAATCTTCAAATCACTTATACACAGATTT	35908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36559	TTCTCCATGTCTGCTTACATTTAATCTTCAAATCACTTATACACAGATTT	36608

C  AC240838.2	35907	ATATACACAAATGCACATATACACATATACATAAACACACCTGTGCAGGT	35858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36609	ATATACACAAATGCACATATACACATATACATAAACACACCTGTGCAGGT	36658

C  AC240838.2	35857	ATACACACAAGGACGTATACATGATAAAGTCTAGTTGAACTACATTAATC	35808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36659	ATACACACAAGGACGTATACATGATAAAGTCTAGTTGAACTACATTAATC	36708

C  AC240838.2	35807	ATGGGTACATGCATGTACATACATGCACACATAAGTACATGCTAGAATCC	35758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36709	ATGGGTACATGCATGTACATACATGCACACATAAGTACATGCTAGAATCC	36758

C  AC240838.2	35757	ACTTATGCTGATTACATTAATCATGGGTGTATTAGTCCGTTTCCACACTG	35708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36759	ACTTATGCTGATTACATTAATCATGGGTGTATTAGTCCGTTTCCACACTG	36808

C  AC240838.2	35707	CTATAAAAAATGCCCGAGACTCGGTAATTTATAAAGGAAGATGGTTTATT	35658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36809	CTATAAAAAATGCCCGAGACTCGGTAATTTATAAAGGAAGATGGTTTATT	36858

C  AC240838.2	35657	TGACTCATAGTTCCACATGGCTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTACAATCAT	35608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36859	TGACTCATAGTTCCACATGGCTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTACAATCAT	36908

C  AC240838.2	35607	GGCAGAAGGTGAAAGGGAAGCAAGGCACCTTACTCACAGGGTGGCAGGAG	35558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36909	GGCAGAAGGTGAAAGGGAAGCAAGGCACCTTACTCACAGGGTGGCAGGAG	36958

C  AC240838.2	35557	AGAGAAATGCAAGCAGGGGAAATGCTAGACGCTCATGAAATCACCAGATC	35508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36959	AGAGAAATGCAAGCAGGGGAAATGCTAGACGCTCATGAAATCACCAGATC	37008

C  AC240838.2	35507	TCATGAGACTCACTCATCATCACAAGAACAGCATGGCGGAAACCACCTCC	35458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37009	TCATGAGACTCACTCATCATCACAAGAACAGCATGGCGGAAACCACCTCC	37058

C  AC240838.2	35457	ACGATCCAATCACCTCCCTCCCTCGGCATGTGGGGATTGCAATTCAAGAT	35408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37059	ACGATCCAATCACCTCCCTCCCTCGGCATGTGGGGATTGCAATTCAAGAT	37108

C  AC240838.2	35407	GAAATTTGAGTGGGCCACAGAGCTAAACCATATGAATGGGTATATGTGAG	35358
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AC242829.2	37109	GAAATTTGAGTGGGCCACAGAGCTAAACCATATCAATGGGTATATGTGAG	37158

C  AC240838.2	35357	TACATAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	35308
			|||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37159	TACATAG----ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	37204

C  AC240838.2	35307	TGCACAGACATGCTAGAGTCCAGCTACACTGATTACATTAATACATTAAT	35258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37205	TGCACAGACATGCTAGAGTCCAGCTACACTGATTACATTAATACATTAAT	37254

C  AC240838.2	35257	CACGGGTGTATGCGTGTGTGTGTATATATAC--ATATATATATATGTATA	35210
			|||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
  AC242829.2	37255	CACGGGTGTATGCGTGTGTGTGTATATATACATATATATATATATGTATA	37304

C  AC240838.2	35209	TATACACACACTATGACATGCTAGAGTCCAGTTACACTGATTACATTGAC	35160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37305	TATACACACACTATGACATGCTAGAGTCCAGTTACACTGATTACATTGAC	37354

C  AC240838.2	35159	CATGGGTGTACGCGTGTACATATATACATACACAAGGACATGCTAGAGTC	35110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37355	CATGGGTGTACGCGTGTACATATATACATACACAAGGACATGCTAGAGTC	37404

C  AC240838.2	35109	TAATTACACTGATTATATTAACCATGGTGTATGCCTGTACATATATATAC	35060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37405	TAATTACACTGATTATATTAACCATGGTGTATGCCTGTACATATATATAC	37454

C  AC240838.2	35059	ACACACAAGGACAAACTAGAATCTAGTTACACTGATTATATTAACCATGG	35010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37455	ACACACAAGGACAAACTAGAATCTAGTTACACTGATTATATTAACCATGG	37504

C  AC240838.2	35009	TGTATTCCTGTACATAGATACAAACACAAGGACATGCTAGAATCTAGTTA	34960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37505	TGTATTCCTGTACATAGATACAAACACAAGGACATGCTAGAATCTAGTTA	37554

C  AC240838.2	34959	CACTGATTATATTAAGCATGGTGTATTCCTGTACATAGATACACACACAA	34910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37555	CACTGATTATATTAAGCATGGTGTATTCCTGTACATAGATACACACACAA	37604

C  AC240838.2	34909	GGACGTGCTAGGGTCCAGTGACACTGATCACATTAATCAAGCTTCAACGC	34860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37605	GGACGTGCTAGGGTCCAGTGACACTGATCACATTAATCAAGCTTCAACGC	37654

C  AC240838.2	34859	ACCCTCTAAAGTCAGTATTACCCACACCAAATGTTAAATGTCATATTTCA	34810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37655	ACCCTCTAAAGTCAGTATTACCCACACCAAATGTTAAATGTCATATTTCA	37704

C  AC240838.2	34809	ACAATATAACAAAATTCTCAGACAAAATGTATCCAAACCTCAAAACCATG	34760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37705	ACAATATAACAAAATTCTCAGACAAAATGTATCCAAACCTCAAAACCATG	37754

C  AC240838.2	34759	CTCTTTCCACCCAAAGTACTACCTCCTCTGTGGATACCCTTGATATACTT	34710
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37755	CTCTTTCCACACAAAGTACTACCTCCTCTGTGGATACCCTTGATATACTT	37804

C  AC240838.2	34709	TATATTCTTTTTTTTTTTTTTCCATTTCAGGGTTAATTATACTTGTTAGG	34660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37805	TATATTCTTTTTTTTTTTTTTCCATTTCAGGGTTAATTATACTTGTTAGG	37854

C  AC240838.2	34659	CACATTTTTACTTTTTGTTAAACATAAAAATGTTTGTAAATAGATAAAAA	34610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37855	CACATTTTTACTTTTTGTTAAACATAAAAATGTTTGTAAATAGATAAAAA	37904

C  AC240838.2	34609	T	34609
			|
  AC242829.2	37905	T	37905

Compact alignment

skip 700 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	38805	TGGGATTTCACCTGAGAATTCTCCAAAAGTTTACTGCCTCTTTTCCCTTA	38756
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AC242829.2	33712	TGGGATTTCACCTGAGAATTCTCCAAAAGTGTACTGCCTCTTTTCCCTTA	33761

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	38605	GGAGTGTAGTGGCACCATCACACCTCACTGAAGCCTCAACCTCCTGGGCT	38556
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	33912	GGAGTGTAGTGGCACCATCACACCTCAATGAAGCCTCAACCTCCTGGGCT	33961

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	38455	TTTTTTTTTTTTTTTTT--GACAGAGTGTTGCTTGTCACCAAGGCTGGAG	38408
			|||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	34062	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAGAGTGTTGCTTGTCACCAAGGCTGGAG	34111

skip 950 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	37457	ATTCAAGCTGGACAGAGCTGAGACATGGGCAGGCCTGAAGCAGAGTGAAT	37408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  AC242829.2	35062	ATTCAAGCTGGACAGAGCTGAGACATGGGCAGGCCTGGAGCAGAGTGAAT	35111

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	37257	TTAAAGAGCAATATTAAAAAAGCTCATTTTCTCCATTTTCCCTGCAAGAG	37208
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35262	TTAAAGAGCAATATTAAAAAAGCTTATTTTCTCCATTTTCCCTGCAAGAG	35311

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	37157	TGGTTGCAACTGTAGGTGGCACAGATAATGACGTTTGGAAGAATTAAGTG	37108
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35362	TGGTTGCAACTGTAGGTGGCACAGATAACGACGTTTGGAAGAATTAAGTG	35411

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	37057	AAGAGGTATACACATGGATTCCTTTTTAATTGGAGATTAGATGTTTAATC	37008
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35462	AAGAGGTATACACATGGATTTCTTTTTAATTGGAGATTAGATGTTTAATC	35511

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	36857	AGCCTCTGTGGGGCGAGGCCAGGGGGCTGAGGACAGGCTCTCCAGGTGAG	36808
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35662	AGCCTCTGTGGGGCGAGGCC-GGGGGCTGAGGACAGGCTCTCCAGGTGAG	35710

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	36707	TATGTTGTCTTTACTAACCAGAACCAGTTTAAATACAGTCTTTTAGAAGG	36658
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35811	TACGTTGTCTTTACTAACCAGAACCAGTTTAAATACAGTCTTTTAGAAGG	35860

C  AC240838.2	36657	AGAGGAAACAGAATCCATCCTATTTTTCCAGAGGTAACTTTTGTGTGTGT	36608
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
  AC242829.2	35861	AGAGGAAACAGAATCCATCCTATTTTTCCAGAGGTAACTTT--TGTGTGT	35908

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	36557	TAGTGGCCTGCACCCTATGAGCATGTCCACTAACCAAATGAACGAGAGGT	36508
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	35959	AAGTGGCCTGCACCCTATGAGCATGTCCACTAACCAAATGAACGAGAGGT	36008

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	36457	TCACAGGTGAAAGGGCACATGCTTTCAATGAGATCTAAAGTTTTTGGCAA	36408
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	36059	TCACGGGTGAAAGGGCACATGCTTTCAATGAGATCTAAAGTTTTTGGCAA	36108

C  AC240838.2	36407	GTTGATCGTAAGCCCGAGAGACCCCATGGTTCAAATGCAAGCACATGTGT	36358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  AC242829.2	36109	GTTGATCGTAAGCCCGAGAGACCCCATGGTTCAAACGCAAGCACATGTGT	36158

skip 950 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	35407	GAAATTTGAGTGGGCCACAGAGCTAAACCATATGAATGGGTATATGTGAG	35358
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AC242829.2	37109	GAAATTTGAGTGGGCCACAGAGCTAAACCATATCAATGGGTATATGTGAG	37158

C  AC240838.2	35357	TACATAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	35308
			|||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37159	TACATAG----ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	37204

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	35257	CACGGGTGTATGCGTGTGTGTGTATATATAC--ATATATATATATGTATA	35210
			|||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
  AC242829.2	37255	CACGGGTGTATGCGTGTGTGTGTATATATACATATATATATATATGTATA	37304

skip 450 bps 100% identity alignment

C  AC240838.2	34759	CTCTTTCCACCCAAAGTACTACCTCCTCTGTGGATACCCTTGATATACTT	34710
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC242829.2	37755	CTCTTTCCACACAAAGTACTACCTCCTCTGTGGATACCCTTGATATACTT	37804

skip 101 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC240838.2 - 39505 bps
Hit
AC242829.2 - 37905 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 4897 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7546048973460939505-133012379051
Short-link