<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 4398 bps / non-identical: 900 bps

Full alignment

C  CR856017.2	39781	CAAAAACAAAATCAGGTGATGTATATAACCGTCCAATTAGGTGGGCTCTG	39732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33119	CAAAAACAAAATCAGGTGATGTATATAACCGTCCAATTAGGTGGGCTCTG	33168

C  CR856017.2	39731	TAAAGCCTGAAATATTTTCTATCTTGTTCTTTATACAAATATTTTGTGAG	39682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33169	TAAAGCCTGAAATATTTTCTATCTTGTTCTTTATACAAATATTTTGTGAG	33218

C  CR856017.2	39681	TTCATGACCTCCAGCATCTAAAATGGTCCAAAAGTTACCTTTTAAGTTAA	39632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33219	TTCATGACCTCCAGCATCTAAAATGGTCCAAAAGTTACCTTTTAAGTTAA	33268

C  CR856017.2	39631	ACATAAAACCAAAAGTTTCATATTATACCCTCTGTACTCTGTTGAATGTT	39582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33269	ACATAAAACCAAAAGTTTCATATTATACCCTCTGTACTCTGTTGAATGTT	33318

C  CR856017.2	39581	TAAAGACTAACAAGAAAACACCGGCCAGGCACAGTGGCTCATGACTGTAA	39532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  AC188622.2	33319	TAAAGACTAACAAGAAAACACCGGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAA	33368

C  CR856017.2	39531	TTCCAGCAATTTGAGAAGCCGAGGGAGCCGAGATTAATATGCTAAGCACT	39482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33369	TTCCAGCAATTTGAGAAGCCGAGGGAGCCGAGATTAATATGCTAAGCACT	33418

C  CR856017.2	39481	GATTTAATGTTTATAATTACAGAAATGGCACCAGGATTACTGTTTAC-AA	39433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  AC188622.2	33419	GATTTAATGTTTATAATTACAGAAATGGCACCAGGATTACTGTTTACAAA	33468

C  CR856017.2	39432	AAAAAAAAAACAGGTGATACGTGAGGTCTGTCAACCGTGGTTGTGTGTGA	39383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33469	AAAAAAAAAACAGGTGATACGTGAGGTCTGTCAACCGTGGTTGTGTGTGA	33518

C  CR856017.2	39382	CCGTGTGCCAATAACTCAGTTATTCCCATTTTCTCATCTGTAAAATGGGT	39333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33519	CCGTGTGCCAATAACTCAGTTATTCCCATTTTCTCATCTGTAAAATGGGT	33568

C  CR856017.2	39332	AAAATTAAACTTTCCTCATAAAATGTTCACGGGTATCAAGTAAAATCATA	39283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33569	AAAATTAAACTTTCCTCATAAAATGTTCACGGGTATCAAGTAAAATCATA	33618

C  CR856017.2	39282	TGTGTAAGTATCTAGCAAAATTTAAGGCCAATAACAAGCCATTGATAAAT	39233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33619	TGTGTAAGTATCTAGCAAAATTTAAGGCCAATAACAAGCCATTGATAAAT	33668

C  CR856017.2	39232	GGCAGCTCTTTTTTAAAAAATTGATCTGAAAACAAATTTTTCTTTTTTTT	39183
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AC188622.2	33669	GGCAGCTCTTTTTTAAAAAATTGATCTGAAAACAAATTTTTC-TTTTTTT	33717

C  CR856017.2	39182	TTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCGCGA	39133
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33718	TTTGAGATGGAGTCTCACTCTATCGCCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCGCGA	33767

C  CR856017.2	39132	TCTCAGCTCACTGCAAGCTCTGCTTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCC	39083
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33768	TCTCAGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCC	33817

C  CR856017.2	39082	TCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTGCAGGCACCCGCCACCATGCCCAACT	39033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33818	TCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTGCAGGCACCCGCCACCATGCCCAACT	33867

C  CR856017.2	39032	AATCTTTTGTATTTTTAGTAAAGACTGGGTTTCACGGTGTTAGCCAGGAT	38983
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33868	AATCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACTGGGTTTCACGGTGTTAGCCAGGAT	33917

C  CR856017.2	38982	GGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTG	38933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33918	GGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTG	33967

C  CR856017.2	38932	CTGGGATTACAGGTGTGAGCCATTACGCCCGGCTAATCTTTTGTATTTTT	38883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33968	CTGGGATTACAGGTGTGAGCCATTACGCCCGGCTAATCTTTTGTATTTTT	34017

C  CR856017.2	38882	GGTAGAGACTGGGTTTCACCACGTTAGGCAGGATGGTCTCAATCTCCTGA	38833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34018	GGTAGAGACTGGGTTTCACCACGTTAGGCAGGATGGTCTCAATCTCCTGA	34067

C  CR856017.2	38832	CCTTGTCATTCACCCACGTGGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT	38783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34068	CCTTGTCATTCACCCACGTGGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT	34117

C  CR856017.2	38782	GAGCCACCGCGCCCAGCCCTGAAAACATAATTTTGTTTTCAAGTGTTGGG	38733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34118	GAGCCACCGCGCCCAGCCCTGAAAACATAATTTTGTTTTCAAGTGTTGGG	34167

C  CR856017.2	38732	GCTCAGGTTTGTCCATCGTCACAAAAACATTGTCCATAAAATGTAACAAT	38683
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34168	GCTCAGGTTTGTCCATCGTCACAAAAACGTTGTCCATAAAATGTAACAAT	34217

C  CR856017.2	38682	ACCACAACACCGGAAAAATGCTTCCACAAGTGGCTGAGGCAGTAATGAAA	38633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34218	ACCACAACACCGGAAAAATGCTTCCACAAGTGGCTGAGGCAGTAATGAAA	34267

C  CR856017.2	38632	GTAATTACACCTGTCACTTCTTTTTCTTGTTGCTGTTATTGTTGTCTAAA	38583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34268	GTAATTACACCTGTCACTTCTTTTTCTTGTTGCTGTTATTGTTGTCTAAA	34317

C  CR856017.2	38582	GTTTAGCTTGCTTCATTCTTTCCCTTAAACTTTTATCTTAGGTTTGGGGG	38533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34318	GTTTAGCTTGCTTCATTCTTTCCCTTAAACTTTTATCTTAGGTTTGGGGG	34367

C  CR856017.2	38532	TACACGTGCAGGTTTGTTGTAGGTCAATTTGTGTCACCGCAGTTTGTTGT	38483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34368	TACACGTGCAGGTTTGTTGTAGGTCAATTTGTGTCACCGCAGTTTGTTGT	34417

C  CR856017.2	38482	ACAGATGATTCCATCACCCAGGTATTAAGCCCAGTACCAATAGTTATCTT	38433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34418	ACAGATGATTCCATCACCCAGGTATTAAGCCCAGTACCAATAGTTATCTT	34467

C  CR856017.2	38432	TTCTGCCCCTCTCCCTCCTCCCACCCTCCACCCTCAAGTAGAGGTGTCTC	38383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34468	TTCTGCCCCTCTCCCTCCTCCCACCCTCCACCCTCAAGTAGAGGTGTCTC	34517

C  CR856017.2	38382	TTGCTCCCTTCTTTGTGTTCATGAGTTCTCCTCATTTAGCTCCCACTTAT	38333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34518	TTGCTCCCTTCTTTGTGTTCATGAGTTCTCCTCATTTAGCTCCCACTTAT	34567

C  CR856017.2	38332	TTATTTTTTTTATTTTTTTGAGACGGAGTGTCACCCTGTCGCCCAGGCTG	38283
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34568	TTA-TTTTTTTATTTTTTTGAGACGGAGTGTCACCCTGTCGCCCAGGCTG	34616

C  CR856017.2	38282	GAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACGTCCGCCTCCCGGGTTC	38233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34617	GAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACGTCCGCCTCCCGGGTTC	34666

C  CR856017.2	38232	AAATGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCT	38183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34667	AAATGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCT	34716

C  CR856017.2	38182	GCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATAGGGTTTCAC	38133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34717	GCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATAGGGTTTCAC	34766

C  CR856017.2	38132	CATGTTGGCCAAGCTGCTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCT	38083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34767	CATGTTGGCCAAGCTGCTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCT	34816

C  CR856017.2	38082	CGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCCTGAGTGACCGCGCCCGGCCT	38033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34817	CGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCCTGAGTGACCGCGCCCGGCCT	34866

C  CR856017.2	38032	AGCTCCCACTTATAAGTGACAAAGTGCAGTATTTGATTTTCTGTTACTGC	37983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34867	AGCTCCCACTTATAAGTGACAAAGTGCAGTATTTGATTTTCTGTTACTGC	34916

C  CR856017.2	37982	ATTAGTTTGCTAAGGGTGATGGCCTCAAGCTCCATCCATATTCCTGTAAA	37933
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34917	ATTAGTTTGCTAAGGGTGATGGCCTCGAGCTCCATCCATATTCCTGTAAA	34966

C  CR856017.2	37932	AGACATGATCTCATTCCTTTTTCACAGTTGCATACTATTCCATGCATGCC	37883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34967	AGACATGATCTCATTCCTTTTTCACAGTTGCATACTATTCCATGCATGCC	35016

C  CR856017.2	37882	TGTAATTCCCAAGCATGTAGAAATATTACAACACGATCCAGCGGCATAAA	37833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35017	TGTAATTCCCAAGCATGTAGAAATATTACAACACGATCCAGCGGCATAAA	35066

C  CR856017.2	37832	ATGTGGTTTGAACCCACCCCCATCCTTTGGTTTTTCTCTTTCCTCCCTTC	37783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35067	ATGTGGTTTGAACCCACCCCCATCCTTTGGTTTTTCTCTTTCCTCCCTTC	35116

C  CR856017.2	37782	CCTTAACCTCCTACTTTTAGTTTTTAGCGTGCCTCCTTCTGTTTCTTTTT	37733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35117	CCTTAACCTCCTACTTTTAGTTTTTAGCGTGCCTCCTTCTGTTTCTTTTT	35166

C  CR856017.2	37732	TATTTTTTTTTTTATTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAG	37683
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  AC188622.2	35167	TA-TTTTTTTTTTATTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGCAG	35215

C  CR856017.2	37682	TGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACA	37633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35216	TGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACA	35265

C  CR856017.2	37632	CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCCGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCCCCC	37583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35266	CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCCGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCCCCC	35315

C  CR856017.2	37582	AACCGCGCCGGG-----TTTTTTT-TTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGT	37539
			||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35316	AACCGCGCCGGGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGT	35365

C  CR856017.2	37538	AGAGACGGGGTTTCACCGTGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCC	37489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35366	AGAGACGGGGTTTCACCGTGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCC	35415

C  CR856017.2	37488	GCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACCGCGCCCG	37439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35416	GCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACCGCGCCCG	35465

C  CR856017.2	37438	GCCTGTTTCTTGTATGCTAAGGTTTGCATTACAGCTGGGAAAGTGGAGAA	37389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35466	GCCTGTTTCTTGTATGCTAAGGTTTGCATTACAGCTGGGAAAGTGGAGAA	35515

C  CR856017.2	37388	GAGACAATGTTTCTCCTCCAACCGAGTAAACAAAATTACGGGGATTAGAA	37339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35516	GAGACAATGTTTCTCCTCCAACCGAGTAAACAAAATTACGGGGATTAGAA	35565

C  CR856017.2	37338	TGTGCCTGCTAAGAGCTCAGTAAACGTCATCTAGTGGTTACTAAGTGACC	37289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35566	TGTGCCTGCTAAGAGCTCAGTAAACGTCATCTAGTGGTTACTAAGTGACC	35615

C  CR856017.2	37288	AAACAGGAAGCTGGGTGTTCATGCAGTCATGCCTGGATTCACTCACACTG	37239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35616	AAACAGGAAGCTGGGTGTTCATGCAGTCATGCCTGGATTCACTCACACTG	35665

C  CR856017.2	37238	CAGCCGCTGGTAGGGACAGACACAGCAGGGTTGGGACAGATTTGGTGGAA	37189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35666	CAGCCGCTGGTAGGGACAGACACAGCAGGGTTGGGACAGATTTGGTGGAA	35715

C  CR856017.2	37188	GAAATCATAAGCTAAAGAGAAACCCTGGCGTGCAAAACAATCCTTCCTGG	37139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35716	GAAATCATAAGCTAAAGAGAAACCCTGGCGTGCAAAACAATCCTTCCTGG	35765

C  CR856017.2	37138	CCGGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG	37089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35766	CCGGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG	35815

C  CR856017.2	37088	CGGGCGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAATATGGTA	37039
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
  AC188622.2	35816	CGGGCGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGCCCAATATGGTA	35865

C  CR856017.2	37038	AAACCCCGTCTCTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGCCAGGC	36989
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  AC188622.2	35866	AAACCCCGTCTCTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-TCGCCAGGC	35914

C  CR856017.2	36988	GTGGTGGCGGATGCCTGTCGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG	36939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35915	GTGGTGGCGGATGCCTGTCGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAG	35964

C  CR856017.2	36938	AATCGCTTGAACCCGGGAAGCGGAGGTTGTAGTGAGCCGAGATCGGCCCA	36889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  AC188622.2	35965	AATCGCTTGAACCCGGGAAGCGGAGGTTGTAGTGAGCTGAGATCGGCCCA	36014

C  CR856017.2	36888	CTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCTGTCGGAAAAAAAAAAC	36839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36015	CTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCTGTCGGAAAAAAAAAAC	36064

C  CR856017.2	36838	AAAAACAAAAACAAAAAAACCATTCCTTCCTGGTAGCAGGCCTCATTCAT	36789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36065	AAAAACAAAAACAAAAAAACCATTCCTTCCTGGTAGCAGGCCTCATTCAT	36114

C  CR856017.2	36788	CAGCAGCCCATAAAGGACTCTACTGACTTTTTGTCCTAGGTTAACTACAA	36739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36115	CAGCAGCCCATAAAGGACTCTACTGACTTTTTGTCCTAGGTTAACTACAA	36164

C  CR856017.2	36738	CCTGTGTCCCAGAAACTGCAGAGAGGCTCCCTTCAGGGTTCCCACGCTCA	36689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36165	CCTGTGTCCCAGAAACTGCAGAGAGGCTCCCTTCAGGGTTCCCACGCTCA	36214

C  CR856017.2	36688	TCCACATACACATACACTCACGCATGCACACGGCTATTCACACTCGTGCA	36639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36215	TCCACATACACATACACTCACGCATGCACACGGCTATTCACACTCGTGCA	36264

C  CR856017.2	36638	TACACATACACATATACATTGCAGGTGTGCACAGGTTTTCACACGCATCT	36589
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36265	TACACATATACATATACATTGCAGGTGTGCACAGGTTTTCACACGCATCT	36314

C  CR856017.2	36588	GCACACGCACGCACGCAGCTAAAAGCATATGTGCATTTTACACACGCACA	36539
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36315	GCACACGCACGCATGCAGCTAAAAGCATATGTGCATTTTACACACGCACA	36364

C  CR856017.2	36538	CATGCATTCACGCACACATGAGGCATTTGCACACGTGCACGGGTGCACTC	36489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36365	CATGCATTCACGCACACATGAGGCATTTGCACACGTGCACGGGTGCACTC	36414

C  CR856017.2	36488	TGTGGTCTCTGCCCTTCCTCTCGGCACTGCTTCTCCTTCATGGATCCCTT	36439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36415	TGTGGTCTCTGCCCTTCCTCTCGGCACTGCTTCTCCTTCATGGATCCCTT	36464

C  CR856017.2	36438	CCTTTTGTGATTTCAAGAAAGCCTCTTTGGAGAAGGTCTTCCACTCCAAC	36389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36465	CCTTTTGTGATTTCAAGAAAGCCTCTTTGGAGAAGGTCTTCCACTCCAAC	36514

C  CR856017.2	36388	ACCAACCTGTCAACCAAAATCCTGCCCCGTGTCGGCAGCACGGCCTTTGT	36339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36515	ACCAACCTGTCAACCAAAATCCTGCCCCGTGTCGGCAGCACGGCCTTTGT	36564

C  CR856017.2	36338	AGATTGCATGCTGGGTCCAAATCACATTCTATGTTGTTTTCAGCAGTGCT	36289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36565	AGATTGCATGCTGGGTCCAAATCACATTCTATGTTGTTTTCAGCAGTGCT	36614

C  CR856017.2	36288	CCCCTCGATGTGTGCCACAGCCCTCATCAAGAGGAGTCCAGAGCTGTCGT	36239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36615	CCCCTCGATGTGTGCCACAGCCCTCATCAAGAGGAGTCCAGAGCTGTCGT	36664

C  CR856017.2	36238	CATCAGCGCTACGATGCTGATCCTGTCTTTGTCCTCTATTCTCCTCTTTG	36189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36665	CATCAGCGCTACGATGCTGATCCTGTCTTTGTCCTCTATTCTCCTCTTTG	36714

C  CR856017.2	36188	CATACACAGCCAGCTCATCTACCGAAATGAGAACTCTTGTGTGTCAGGGT	36139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36715	CATACACAGCCAGCTCATCTACCGAAATGAGAACTCTTGTGTGTCAGGGT	36764

C  CR856017.2	36138	CTAAGTGTTTCTCCTCTTTGCAGCCCTGCTTCCACTGAAACCCAGGCATA	36089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36765	CTAAGTGTTTCTCCTCTTTGCAGCCCTGCTTCCACTGAAACCCAGGCATA	36814

C  CR856017.2	36088	CACATGCATGTACAGATACACTCACACCTGCATGTACACACGTGCGTATA	36039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36815	CACATGCATGTACAGATACACTCACACCTGCATGTACACACGTGCGTATA	36864

C  CR856017.2	36038	CATGCATTGCACACATCGATTCACACATAGGTATGTACACCCATGCACAT	35989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36865	CATGCATTGCACACATCGATTCACACATAGGTATGTACACCCATGCACAT	36914

C  CR856017.2	35988	ACACACTGCATATATGTGCAGATTTTCACACATACATGAGGCATCTGCAC	35939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36915	ACACACTGCATATATGTGCAGATTTTCACACATACATGAGGCATCTGCAC	36964

C  CR856017.2	35938	ACGTGCACAGGTGCACTCAGTTTTTCACACTCATGCACATGCAGGCACAC	35889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  AC188622.2	36965	ACGTGCACAGGTGCACTCAGTTTTTCACACTCATGCACACGCAGGCACAC	37014

C  CR856017.2	35888	ATGCATGCACACATATGCACATACATCAATAAATGCATAGCCCACACACA	35839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37015	ATGCATGCACACATATGCACATACATCAATAAATGCATAGCCCACACACA	37064

C  CR856017.2	35838	TATTTACACATGCACGAAGCATTCTCATACCCATGAATACACGTTCATAC	35789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37065	TATTTACACATGCACGAAGCATTCTCATACCCATGAATACACGTTCATAC	37114

C  CR856017.2	35788	ATGCACACACAAGCATCCACTCAAGTACACATATTCACACATGCATGTAC	35739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37115	ATGCACACACAAGCATCCACTCAAGTACACATATTCACACATGCATGTAC	37164

C  CR856017.2	35738	ACACATGCACAGAAACACACATGCATGATACACATGCAACCCTTTCACAG	35689
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37165	ACACATGCACAGAAACACACATACATGATACACATGCAACCCTTTCACAG	37214

C  CR856017.2	35688	TGCATGCACGGTGCACACACACATGCACACATTCACACATGCATGTGTGC	35639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37215	TGCATGCACGGTGCACACACACATGCACACATTCACACATGCATGTGTGC	37264

C  CR856017.2	35638	ATTGAACACGCATTTGCGCATGCACAAGGCATTCACACAATCGTGCATAC	35589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37265	ATTGAACACGCATTTGCGCATGCACAAGGCATTCACACAATCGTGCATAC	37314

C  CR856017.2	35588	ACATTCACACCTTCATGCACACAAATTCACATATGCATTTGCAGGCATGC	35539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37315	ACATTCACACCTTCATGCACACAAATTCACATATGCATTTGCAGGCATGC	37364

C  CR856017.2	35538	AGTGATGTGTGCACACGTGCATTCAGATGCGTGAATTCATGCAAACACAC	35489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37365	AGTGATGTGTGCACACGTGCATTCAGATGCGTGAATTCATGCAAACACAC	37414

C  CR856017.2	35488	ACAAACAACACGCACACATATGGATGCATACACACACATGCATGCATACT	35439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37415	ACAAACAACACGCACACATATGGATGCATACACACACATGCATGCATACT	37464

C  CR856017.2	35438	GAGACACCCTGAGGCACAGTGAGATGTCTGTAACATAATACAAATTGGGT	35389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37465	GAGACACCCTGAGGCACAGTGAGATGTCTGTAACATAATACAAATTGGGT	37514

C  CR856017.2	35388	GGTTA	35384
			|||||
  AC188622.2	37515	GGTTA	37519

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	39581	TAAAGACTAACAAGAAAACACCGGCCAGGCACAGTGGCTCATGACTGTAA	39532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  AC188622.2	33319	TAAAGACTAACAAGAAAACACCGGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAA	33368

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	39481	GATTTAATGTTTATAATTACAGAAATGGCACCAGGATTACTGTTTAC-AA	39433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  AC188622.2	33419	GATTTAATGTTTATAATTACAGAAATGGCACCAGGATTACTGTTTACAAA	33468

skip 200 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	39232	GGCAGCTCTTTTTTAAAAAATTGATCTGAAAACAAATTTTTCTTTTTTTT	39183
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AC188622.2	33669	GGCAGCTCTTTTTTAAAAAATTGATCTGAAAACAAATTTTTC-TTTTTTT	33717

C  CR856017.2	39182	TTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCGCGA	39133
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33718	TTTGAGATGGAGTCTCACTCTATCGCCCAGGCTGGAGGGCAGTGGCGCGA	33767

C  CR856017.2	39132	TCTCAGCTCACTGCAAGCTCTGCTTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCC	39083
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33768	TCTCAGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCC	33817

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	39032	AATCTTTTGTATTTTTAGTAAAGACTGGGTTTCACGGTGTTAGCCAGGAT	38983
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	33868	AATCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACTGGGTTTCACGGTGTTAGCCAGGAT	33917

skip 250 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	38732	GCTCAGGTTTGTCCATCGTCACAAAAACATTGTCCATAAAATGTAACAAT	38683
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34168	GCTCAGGTTTGTCCATCGTCACAAAAACGTTGTCCATAAAATGTAACAAT	34217

skip 350 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	38332	TTATTTTTTTTATTTTTTTGAGACGGAGTGTCACCCTGTCGCCCAGGCTG	38283
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34568	TTA-TTTTTTTATTTTTTTGAGACGGAGTGTCACCCTGTCGCCCAGGCTG	34616

skip 300 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	37982	ATTAGTTTGCTAAGGGTGATGGCCTCAAGCTCCATCCATATTCCTGTAAA	37933
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	34917	ATTAGTTTGCTAAGGGTGATGGCCTCGAGCTCCATCCATATTCCTGTAAA	34966

skip 200 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	37732	TATTTTTTTTTTTATTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAG	37683
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
  AC188622.2	35167	TA-TTTTTTTTTTATTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGCAG	35215

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	37582	AACCGCGCCGGG-----TTTTTTT-TTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGT	37539
			||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	35316	AACCGCGCCGGGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGT	35365

skip 450 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	37088	CGGGCGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAATATGGTA	37039
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
  AC188622.2	35816	CGGGCGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGCCCAATATGGTA	35865

C  CR856017.2	37038	AAACCCCGTCTCTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGCCAGGC	36989
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  AC188622.2	35866	AAACCCCGTCTCTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-TCGCCAGGC	35914

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	36938	AATCGCTTGAACCCGGGAAGCGGAGGTTGTAGTGAGCCGAGATCGGCCCA	36889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  AC188622.2	35965	AATCGCTTGAACCCGGGAAGCGGAGGTTGTAGTGAGCTGAGATCGGCCCA	36014

skip 250 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	36638	TACACATACACATATACATTGCAGGTGTGCACAGGTTTTCACACGCATCT	36589
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36265	TACACATATACATATACATTGCAGGTGTGCACAGGTTTTCACACGCATCT	36314

C  CR856017.2	36588	GCACACGCACGCACGCAGCTAAAAGCATATGTGCATTTTACACACGCACA	36539
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	36315	GCACACGCACGCATGCAGCTAAAAGCATATGTGCATTTTACACACGCACA	36364

skip 600 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	35938	ACGTGCACAGGTGCACTCAGTTTTTCACACTCATGCACATGCAGGCACAC	35889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  AC188622.2	36965	ACGTGCACAGGTGCACTCAGTTTTTCACACTCATGCACACGCAGGCACAC	37014

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CR856017.2	35738	ACACATGCACAGAAACACACATGCATGATACACATGCAACCCTTTCACAG	35689
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AC188622.2	37165	ACACATGCACAGAAACACACATACATGATACACATGCAACCCTTTCACAG	37214

skip 305 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR856017.2 - 39781 bps
Hit
AC188622.2 - 37519 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 4398 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7041043983538439781-133119375191
Short-link