<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2643 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AC152943.1	198492	AATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATGT	198443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	187899	AATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATGT	187948

C  AC152943.1	198442	TCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATT	198393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	187949	TCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATT	187998

C  AC152943.1	198392	CCACCTCACACCAGTCAGAATGTCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCA	198343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	187999	CCACCTCACACCAGTCAGAATGTCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCA	188048

C  AC152943.1	198342	GATGCTGGCGTGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGG	198293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188049	GATGCTGGCGTGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGG	188098

C  AC152943.1	198292	GATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCAGTTCCTCAG	198243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188099	GATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCAGTTCCTCAG	188148

C  AC152943.1	198242	AAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCACTCCTGGGCA	198193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188149	AAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCACTCCTGGGCA	188198

C  AC152943.1	198192	TATATCCAGAAGATGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATG	198143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188199	TATATCCAGAAGATGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATG	188248

C  AC152943.1	198142	TTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATG	198093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188249	TTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATG	188298

C  AC152943.1	198092	CCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGG	198043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188299	CCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGG	188348

C  AC152943.1	198042	AGTACTACTCAGCTGTTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAA	197993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188349	AGTACTACTCAGCTGTTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAA	188398

C  AC152943.1	197992	TGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAG	197943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188399	TGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAG	188448

C  AC152943.1	197942	GAACTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAACCT	197893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188449	GAACTCACACAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAACCT	188498

C  AC152943.1	197892	AGGATACCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGA	197843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188499	AGGATACCCAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGA	188548

C  AC152943.1	197842	AGAATGAAGACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAAC	197793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188549	AGAATGAAGACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAATTGGGAAC	188598

C  AC152943.1	197792	AAAACACCCATGGAAGGAGTTACAAAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAA	197743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188599	AAAACACCCATGGAAGGAGTTACAAAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAA	188648

C  AC152943.1	197742	AGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAATCA	197693
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188649	AGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATAATCA	188698

C  AC152943.1	197692	GCATCCAAACGCTGACACCATTGCATATACTAGCAAGATTTTATTGAAAG	197643
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188699	GCATCCAAACGCTGACACCATTGCATATACTAGCAAGATTTTATTGAAAG	188748

C  AC152943.1	197642	GACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCTGGGGCCTAGCAAACA	197593
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188749	GACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCTGGGGCCTAGCAAACA	188798

C  AC152943.1	197592	CAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAA	197543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188799	CAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAA	188848

C  AC152943.1	197542	TGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTA	197493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188849	TGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTA	188898

C  AC152943.1	197492	TAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCT	197443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188899	TAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCT	188948

C  AC152943.1	197442	AGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGA	197393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188949	AGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGA	188998

C  AC152943.1	197392	GGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAG	197343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	188999	GGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAG	189048

C  AC152943.1	197342	GGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGTGGAGTGGGGGTGGGTGGGTATG	197293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189049	GGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGTGGAGTGGGGGTGGGTGGGTATG	189098

C  AC152943.1	197292	GGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATA	197243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189099	GGGGACTTTTGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATA	189148

C  AC152943.1	197242	AAAAATGGAAAAAAAAAGTTGAAAGTTTGAAAAGCACAGTGTTACGACTG	197193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189149	AAAAATGGAAAAAAAAAGTTGAAAGTTTGAAAAGCACAGTGTTACGACTG	189198

C  AC152943.1	197192	GTGAATGAGAAGAGCCAATTAATGCTTTAGATATTTGCACTGTGCTGGGC	197143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189199	GTGAATGAGAAGAGCCAATTAATGCTTTAGATATTTGCACTGTGCTGGGC	189248

C  AC152943.1	197142	AGTGGTGGTACACACCTTTAACCCCAGCAGTGGCAGAGTCGGGTGGATCC	197093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189249	AGTGGTGGTACACACCTTTAACCCCAGCAGTGGCAGAGTCGGGTGGATCC	189298

C  AC152943.1	197092	CTGTGTGTTCGAGGCTAGCTGGGTCTACAGAGTCAGTTCCAGGGCAGTCA	197043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189299	CTGTGTGTTCGAGGCTAGCTGGGTCTACAGAGTCAGTTCCAGGGCAGTCA	189348

C  AC152943.1	197042	GGGCTATGTATTAAGATCCTATCTTGAAAGAAAGAAAAAAGAAAAAAACC	196993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189349	GGGCTATGTATTAAGATCCTATCTTGAAAGAAAGAAAAAAGAAAAAAACC	189398

C  AC152943.1	196992	TTGCACTGTATCTTTCTGGGGTTCAGGAAGCAAGCTCACCAGCACACACA	196943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189399	TTGCACTGTATCTTTCTGGGGTTCAGGAAGCAAGCTCACCAGCACACACA	189448

C  AC152943.1	196942	CACACACATGCACACACACACACACACACACACACACACATGCACACATG	196893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189449	CACACACATGCACACACACACACACACACACACACACACATGCACACATG	189498

C  AC152943.1	196892	CACACACACACACACACACACACACACATGCACACACACACACACACACA	196843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189499	CACACACACACACACACACACACACACATGCACACACACACACACACACA	189548

C  AC152943.1	196842	CACACATGCACACACACACACACACACACACACATGCACACACACACACA	196793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189549	CACACATGCACACACACACACACACACACACACATGCACACACACACACA	189598

C  AC152943.1	196792	CACACACACACACACATGCACACACACACACACACACATGCACACACACA	196743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189599	CACACACACACACACATGCACACACACACACACACACATGCACACACACA	189648

C  AC152943.1	196742	CACACACACACACACACACACATGCACACACACACACACACACACACACA	196693
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189649	CACACACACACACACACACACATGCACACACACACACACACACACACACA	189698

C  AC152943.1	196692	CACACACACAGCCTTGTTCTCCTTTCTTAGCTGAACTCCTAAAATTCTTT	196643
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189699	CACACACACAGCCTTGTTCTCCTTTCTTAGCTGAACTCCTAAAATTCTTT	189748

C  AC152943.1	196642	GTGTTTCCTAATTGGAGTGTCTTGTTATTTATAACAAGCTCCCAGTCTCC	196593
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189749	GTGTTTCCTAATTGGAGTGTCTTGTTATTTATAACAAGCTCCCAGTCTCC	189798

C  AC152943.1	196592	AGCTGGAAGATTCCTCACTAGAAAGACTCACAGAACTCTGCCCTGGGTTT	196543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189799	AGCTGGAAGATTCCTCACTAGAAAGACTCACAGAACTCTGCCCTGGGTTT	189848

C  AC152943.1	196542	TATTGAGGACATAACTCAGGAACAGTCAAATGGAAAGCTAAGGGAAAAAG	196493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189849	TATTGAGGACATAACTCAGGAACAGTCAAATGGAAAGCTAAGGGAAAAAG	189898

C  AC152943.1	196492	GACAATGGTGCAGCAGACAGAGATCCTGTGCCCTCCACGTACCCCTGCCT	196443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189899	GACAATGGTGCAGCAGACAGAGATCCTGTGCCCTCCACGTACCCCTGCCT	189948

C  AC152943.1	196442	GGCATAGTACGTGGTACTATTCAAGAAAAAAAATGAAAATCCTGCATTCT	196393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189949	GGCATAGTACGTGGTACTATTCAAGAAAAAAAATGAAAATCCTGCATTCT	189998

C  AC152943.1	196392	TTCAGGCCTTTGGAGATCCTGTCCATCCCCTCTTTTGGAGACCCCCTCTA	196343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	189999	TTCAGGCCTTTGGAGATCCTGTCCATCCCCTCTTTTGGAGACCCCCTCTA	190048

C  AC152943.1	196342	CCCTCTTCTCACACTGAAGTCAAAGGCATGGAGATGGTCAGGAAGTGACC	196293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190049	CCCTCTTCTCACACTGAAGTCAAAGGCATGGAGATGGTCAGGAAGTGACC	190098

C  AC152943.1	196292	TGGGCAGCCGCCTCACAGCTAGGACAGAATGGCTGTCAGAACCCAAGGCT	196243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190099	TGGGCAGCCGCCTCACAGCTAGGACAGAATGGCTGTCAGAACCCAAGGCT	190148

C  AC152943.1	196242	ATTGCCCCCCAGATCAGTTGTGGAGGTCCCCCCCCCAGAATATATACCTC	196193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190149	ATTGCCCCCCAGATCAGTTGTGGAGGTCCCCCCCCCAGAATATATACCTC	190198

C  AC152943.1	196192	TCTGATGTGGAGTTCAGACAATGGCCTTGAGCCAGTAGTCTGTGAGAGCA	196143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190199	TCTGATGTGGAGTTCAGACAATGGCCTTGAGCCAGTAGTCTGTGAGAGCA	190248

C  AC152943.1	196142	AGCGGAGCTCCCACGCTAACAAAAAAATCACTACAAAGCCAGCGCTGTGC	196093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190249	AGCGGAGCTCCCACGCTAACAAAAAAATCACTACAAAGCCAGCGCTGTGC	190298

C  AC152943.1	196092	ATTTTCTTCCTTTCTTTTTAAAGATTTATTTGTATTTATGTGCCTGTGTG	196043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190299	ATTTTCTTCCTTTCTTTTTAAAGATTTATTTGTATTTATGTGCCTGTGTG	190348

C  AC152943.1	196042	TTGGTGGATGCCTGCTAAGGCCAGAAGACAGAGTCAGAGCTGGAGCTGGA	195993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190349	TTGGTGGATGCCTGCTAAGGCCAGAAGACAGAGTCAGAGCTGGAGCTGGA	190398

C  AC152943.1	195992	GTTACAGGTGGTTGTGAGCCACCAGACACGAATGCTAGGAACTGAACTTG	195943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190399	GTTACAGGTGGTTGTGAGCCACCAGACACGAATGCTAGGAACTGAACTTG	190448

C  AC152943.1	195942	GTTCTCTGCAAGAGCAACAAGCACCCTTTAGCTGCTAAGCCAGCTCGCCA	195893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190449	GTTCTCTGCAAGAGCAACAAGCACCCTTTAGCTGCTAAGCCAGCTCGCCA	190498

C  AC152943.1	195892	GCCCAGTTACCTCACTTCACATGTGATTTGTGATTATGGAATT	195850
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC153841.1	190499	GCCCAGTTACCTCACTTCACATGTGATTTGTGATTATGGAATT	190541

Overview

Query
AC152943.1 - 198492 bps
Hit
AC153841.1 - 190541 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2643 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002643195850198492-11878991905411
Short-link