<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1040 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AC149790.1	1	AGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACACGGTGAAACCCCATCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	141852	AGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACACGGTGAAACCCCATCTCT	141901

AC149790.1	51	ATAAAAAAAAATTTTTAAAGGAGGCTAGAATTAGAACACCTGGTTTCCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	141902	ATAAAAAAAAATTTTTAAAGGAGGCTAGAATTAGAACACCTGGTTTCCTG	141951

AC149790.1	101	CTCTAGCCATCTAGTCCCCTGCCTTATTAGGTACAGGCTAAAACATTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	141952	CTCTAGCCATCTAGTCCCCTGCCTTATTAGGTACAGGCTAAAACATTTGA	142001

AC149790.1	151	AAAGATCATTTTCCTATTTGAAATAACATTTCACATGGATTAGAGAAATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142002	AAAGATCATTTTCCTATTTGAAATAACATTTCACATGGATTAGAGAAATG	142051

AC149790.1	201	CTAAAGGAAAAATGTGTTATTTTCACACCTCCATTTGTAATTATTAACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142052	CTAAAGGAAAAATGTGTTATTTTCACACCTCCATTTGTAATTATTAACAC	142101

AC149790.1	251	ACATACCACCCTTCCCTTTTGCTTCCTGCTGCTCTTCTGATCCTTGGGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142102	ACATACCACCCTTCCCTTTTGCTTCCTGCTGCTCTTCTGATCCTTGGGTA	142151

AC149790.1	301	ATCATCATAACCTCAGGAGTGATTATCTTGCCTGTCCCTTCATTCTGACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142152	ATCATCATAACCTCAGGAGTGATTATCTTGCCTGTCCCTTCATTCTGACT	142201

AC149790.1	351	TCTTTGGTAGGAGGACCTGTTCCAGACCCCTGGAATGCAGGAAGAGCTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142202	TCTTTGGTAGGAGGACCTGTTCCAGACCCCTGGAATGCAGGAAGAGCTCC	142251

AC149790.1	401	AGCAGATCATTGATTGTCTGGATACCAGCATTCCTGAGACAATCCGTATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142252	AGCAGATCATTGATTGTCTGGATACCAGCATTCCTGAGACAATCCGTATC	142301

AC149790.1	451	CTTTGCGACCAAAGCTTAAGAAGCTGGATGAGTACTTGGTCAAACTCTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142302	CTTTGCGACCAAAGCTTAAGAAGCTGGATGAGTACTTGGTCAAACTCTTC	142351

AC149790.1	501	TTCGCACCTATATTTGATTTTTGTGGTTCTATATTTATTTTCTTTGTAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142352	TTCGCACCTATATTTGATTTTTGTGGTTCTATATTTATTTTCTTTGTAAT	142401

AC149790.1	551	ATGTTTTATTAGAAGATAACCACTGACTATCCAGTTGTTTCTCATTTCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142402	ATGTTTTATTAGAAGATAACCACTGACTATCCAGTTGTTTCTCATTTCCT	142451

AC149790.1	601	TTGAGGAACTTTTGACCTCTTTCCATATCCAGCTCTTACTAAAAGGAAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142452	TTGAGGAACTTTTGACCTCTTTCCATATCCAGCTCTTACTAAAAGGAAGC	142501

AC149790.1	651	AAGGGGTAGATAACGATGACTTAAAAGCATGGGACATAGAAGCCACAGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142502	AAGGGGTAGATAACGATGACTTAAAAGCATGGGACATAGAAGCCACAGCA	142551

AC149790.1	701	CTGGTACTATTCTCCTTCAGGTGATCAGTCACTCCTGCCACCACACGTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142552	CTGGTACTATTCTCCTTCAGGTGATCAGTCACTCCTGCCACCACACGTAC	142601

AC149790.1	751	TGTTGACAGGGCAGGGAGAAGGATGGGAAACATGGGCACCTGGTTTATAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142602	TGTTGACAGGGCAGGGAGAAGGATGGGAAACATGGGCACCTGGTTTATAG	142651

AC149790.1	801	GACTGCTCCAGTGTCAACTGTCACTCTGCAGGCTATATTCCCCTGACCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142652	GACTGCTCCAGTGTCAACTGTCACTCTGCAGGCTATATTCCCCTGACCCT	142701

AC149790.1	851	GAAGCTGGGCCAAAGCTGCCAAGAGTCTTTGACCAATTCTGTAACAACTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142702	GAAGCTGGGCCAAAGCTGCCAAGAGTCTTTGACCAATTCTGTAACAACTC	142751

AC149790.1	901	ACCTGCAGGGCACTTGAATCAATAAAATATCAAACCCCCATTAGGATCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142752	ACCTGCAGGGCACTTGAATCAATAAAATATCAAACCCCCATTAGGATCAA	142801

AC149790.1	951	TGTGCCCTGAATAAGAGGAGGGAAACAGTCCCTGTAGGAGCTTGAGGAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142802	TGTGCCCTGAATAAGAGGAGGGAAACAGTCCCTGTAGGAGCTTGAGGAAA	142851

AC149790.1	1001	GGAGCTGGTCGGGGCTCTGTGTGGCCTTTCTCCTGGAGCT	1040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC152456.1	142852	GGAGCTGGTCGGGGCTCTGTGTGGCCTTTCTCCTGGAGCT	142891

Overview

Query
AC149790.1 - 47909 bps
Hit
AC152456.1 - 142891 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1040 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100103310401104011418521428911
288.451933031741717719-1644967511
386.316429414655149481644967401
485.7116129739378396741645067501
588.89192296875690511645567511
688.1117828515454157381645567401
789.681892833651936801-1645967391
886.811642881465114938144269445561
987.11592771743717713-144279445571
1085.91673031741717719-154885551891
1188.4418929487589051154896551891
1287.891812891545615744154896551841
1386.671692852521325497-156024563081
1486.741652801741617695-156359566371
1589.641682491549315741-158728589781
1686.961642771546215738162285625601
1787.81762853939139675162285625711
1885.7116029187579047-163629639221
1986.7317129387599051-11016191019121
2086.99174292174171770811016191019101
2187.191722881545715744-11016241019121
2289.59192290365123680111016241019111
2385.72165302239012420211057971060971
2486.481712971545415750-11095211098161
2586.2716228587569040-11095331098161
2677.83216823381013892311182001190201
Short-link