<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AC019173.4	181117	GAATTCAGTATTGAATCACTTACTGAGAAAATAAAAAAGTAACTAAGAAA	181068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	100885	GAATTCAGTATTGAATCACTTACTGAGAAAATAAAAAAGTAACTAAGAAA	100934

C  AC019173.4	181067	TAGGATCAATTATATCTCAAAAAAGCTAAAAAATAGGGTGAATCAGTTTG	181018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	100935	TAGGATCAATTATATCTCAAAAAAGCTAAAAAATAGGGTGAATCAGTTTG	100984

C  AC019173.4	181017	AAAAACAATGCTATACAGACTGGGAAAAGAACAAATAATGTTTCAAGTGA	180968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	100985	AAAAACAATGCTATACAGACTGGGAAAAGAACAAATAATGTTTCAAGTGA	101034

C  AC019173.4	180967	CAAACATCTTAGTAATGTGGTCATTACCACTATTACTAATAATTAAAATA	180918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101035	CAAACATCTTAGTAATGTGGTCATTACCACTATTACTAATAATTAAAATA	101084

C  AC019173.4	180917	ATGATGATGATAATTATCATCCTCGTTATTTGTACAATGATTTTTCCACT	180868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101085	ATGATGATGATAATTATCATCCTCGTTATTTGTACAATGATTTTTCCACT	101134

C  AC019173.4	180867	TGGGAGCTCAAAGTACCAAACCGCCTTCTCATTTTTATCTCTACCTAGCT	180818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101135	TGGGAGCTCAAAGTACCAAACCGCCTTCTCATTTTTATCTCTACCTAGCT	101184

C  AC019173.4	180817	CATTAGGTTAGGAGGGGTCTGGACTTATTATCCTTGTTTTTCATATGGAG	180768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101185	CATTAGGTTAGGAGGGGTCTGGACTTATTATCCTTGTTTTTCATATGGAG	101234

C  AC019173.4	180767	AAATTAAGACAGATAATTGAATCTCTGCGTACAAGACTATATAATAAATG	180718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101235	AAATTAAGACAGATAATTGAATCTCTGCGTACAAGACTATATAATAAATG	101284

C  AC019173.4	180717	AGTTGGTGGCAGGGCTCAGAAATATAATCTCTTAATTGTTTATTCAAAGT	180668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101285	AGTTGGTGGCAGGGCTCAGAAATATAATCTCTTAATTGTTTATTCAAAGT	101334

C  AC019173.4	180667	ATTTTTGACTGGATTCTCTTTTTCCTTTGTCCCATATTATCCCTTTTGTC	180618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101335	ATTTTTGACTGGATTCTCTTTTTCCTTTGTCCCATATTATCCCTTTTGTC	101384

C  AC019173.4	180617	TACTTCTAGCCACTCAGGAGAGCATGTCACTAAAATAGTTGTGAGTAATG	180568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101385	TACTTCTAGCCACTCAGGAGAGCATGTCACTAAAATAGTTGTGAGTAATG	101434

C  AC019173.4	180567	TGGAAAGGTGGGGGTCAGAAGAAGAATCACAGTGGTACCTTGGACACTGC	180518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101435	TGGAAAGGTGGGGGTCAGAAGAAGAATCACAGTGGTACCTTGGACACTGC	101484

C  AC019173.4	180517	AGTGATGTAAATTCCATGAAAATACATATATAATCTTCCTTAGTTTTTTT	180468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101485	AGTGATGTAAATTCCATGAAAATACATATATAATCTTCCTTAGTTTTTTT	101534

C  AC019173.4	180467	TTCATATTTTAAGAATGTCCTATGTCTCTCGCTCTCTTTTTTTTAATTCA	180418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101535	TTCATATTTTAAGAATGTCCTATGTCTCTCGCTCTCTTTTTTTTAATTCA	101584

C  AC019173.4	180417	AACGCCATAATGTTGTTCTTAAAAAATCCACCATAAAACAAACAAATCCA	180368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101585	AACGCCATAATGTTGTTCTTAAAAAATCCACCATAAAACAAACAAATCCA	101634

C  AC019173.4	180367	TAAATTAAAATTAAAATTTCTCACTTATTTGTTATTCGGCTTCTTACTAA	180318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101635	TAAATTAAAATTAAAATTTCTCACTTATTTGTTATTCGGCTTCTTACTAA	101684

C  AC019173.4	180317	TAAACATTGGTTGTGTCTTCTATATATTTTGTTATGCACACACATATATA	180268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101685	TAAACATTGGTTGTGTCTTCTATATATTTTGTTATGCACACACATATATA	101734

C  AC019173.4	180267	GTTTCATTATTTATGAAAACCGAAACATGAAATGCATATTATTCTATAAC	180218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101735	GTTTCATTATTTATGAAAACCGAAACATGAAATGCATATTATTCTATAAC	101784

C  AC019173.4	180217	TTTTTAAAATTGAAACTTATCATTAACCTTTTTAATGTTAATACATGAAA	180168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101785	TTTTTAAAATTGAAACTTATCATTAACCTTTTTAATGTTAATACATGAAA	101834

C  AC019173.4	180167	CCTACTTCATCAATAGAATGGCTGCATTGCTTACATTTTTGTCTTGATTA	180118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101835	CCTACTTCATCAATAGAATGGCTGCATTGCTTACATTTTTGTCTTGATTA	101884

C  AC019173.4	180117	AAACTTACTGTAGAACAAATAGAACGTGTCTAATATTTCACAATTCTATA	180068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101885	AAACTTACTGTAGAACAAATAGAACGTGTCTAATATTTCACAATTCTATA	101934

C  AC019173.4	180067	TAACAATCATATACTTTTGATAATTTCATGTTTTCTACAAGCACACATTC	180018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101935	TAACAATCATATACTTTTGATAATTTCATGTTTTCTACAAGCACACATTC	101984

C  AC019173.4	180017	ATTTTCTTCATCTGACATGTTTTGATATTAGTTGAGAAACCCTTCTCTCC	179968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	101985	ATTTTCTTCATCTGACATGTTTTGATATTAGTTGAGAAACCCTTCTCTCC	102034

C  AC019173.4	179967	CTGTATTCCCCCCAAAGTTTTGCTTACGTGTGTTATACCCATCTCCTTTC	179918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102035	CTGTATTCCCCCCAAAGTTTTGCTTACGTGTGTTATACCCATCTCCTTTC	102084

C  AC019173.4	179917	TTCTGTAACAGATTAATAGCAAGCATTCAGGGATGAAGGAAGAAGAGTCA	179868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102085	TTCTGTAACAGATTAATAGCAAGCATTCAGGGATGAAGGAAGAAGAGTCA	102134

C  AC019173.4	179867	GTTTTGGGGGTTTCTTAGGCTCAGTTGCACATAAAACATAATCTCATTGT	179818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102135	GTTTTGGGGGTTTCTTAGGCTCAGTTGCACATAAAACATAATCTCATTGT	102184

C  AC019173.4	179817	GGAGAAGACTTTTTATATTGCAGTAATTGACATTCTAGGAACAGGTGTTT	179768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102185	GGAGAAGACTTTTTATATTGCAGTAATTGACATTCTAGGAACAGGTGTTT	102234

C  AC019173.4	179767	GGAATTCTACTCAAGGGAAAACTGGAGATGGGAAAGGTTGAGGAGAGTAA	179718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102235	GGAATTCTACTCAAGGGAAAACTGGAGATGGGAAAGGTTGAGGAGAGTAA	102284

C  AC019173.4	179717	GATAAAAGCTTCCCTGGTTACGGCCCCGTGGAAAAATCACAGGAACAAGG	179668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102285	GATAAAAGCTTCCCTGGTTACGGCCCCGTGGAAAAATCACAGGAACAAGG	102334

C  AC019173.4	179667	CAGGAGAACAAGCAGAGCCCCTGGAGCCTTCCACTACATCTCAGTCCCTT	179618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102335	CAGGAGAACAAGCAGAGCCCCTGGAGCCTTCCACTACATCTCAGTCCCTT	102384

C  AC019173.4	179617	TCCCAGGGACAGGATTATACAGCGATGATAACACCATTGACTTCTATGCC	179568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102385	TCCCAGGGACAGGATTATACAGCGATGATAACACCATTGACTTCTATGCC	102434

C  AC019173.4	179567	AATGCTCTTTATTTTGTGTCCAGCCAGAGCCAGGATCTAATGATGGTGTG	179518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102435	AATGCTCTTTATTTTGTGTCCAGCCAGAGCCAGGATCTAATGATGGTGTG	102484

C  AC019173.4	179517	ACAGGGGCCAACATGATAATATTATCACTTCCTGATCCTATATCATCAGG	179468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102485	ACAGGGGCCAACATGATAATATTATCACTTCCTGATCCTATATCATCAGG	102534

C  AC019173.4	179467	AAACAGAGCGTTCTTGTTTTCTGTAAACAAAAGGCATTTATTGTGAAATG	179418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102535	AAACAGAGCGTTCTTGTTTTCTGTAAACAAAAGGCATTTATTGTGAAATG	102584

C  AC019173.4	179417	CTTTGCTGTTTACACGTTCATGATCTAATTTTAGGTCCCAAAGTGCTTTA	179368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102585	CTTTGCTGTTTACACGTTCATGATCTAATTTTAGGTCCCAAAGTGCTTTA	102634

C  AC019173.4	179367	GACGGAATGGTTATCCCGCCCCTTACTGATATATGGGGAAATTGAGCTCA	179318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102635	GACGGAATGGTTATCCCGCCCCTTACTGATATATGGGGAAATTGAGCTCA	102684

C  AC019173.4	179317	GAGTTTAAATGATTTTTCCGTCGCTGATCTGTTAATGAAAGGGCTGCACT	179268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102685	GAGTTTAAATGATTTTTCCGTCGCTGATCTGTTAATGAAAGGGCTGCACT	102734

C  AC019173.4	179267	TAGAATTCTCCTTATTCTGATTCAACACCCAGTACTCCTCCAGGAGAATA	179218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102735	TAGAATTCTCCTTATTCTGATTCAACACCCAGTACTCCTCCAGGAGAATA	102784

C  AC019173.4	179217	CCATGTTTTCCTCAAGTCCTCATGTAGCAGACAGTTAGCACTCTAGAAAA	179168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102785	CCATGTTTTCCTCAAGTCCTCATGTAGCAGACAGTTAGCACTCTAGAAAA	102834

C  AC019173.4	179167	AAGAAAAAAGCATAGCACACACTGGCGTAAATACCTCAAGAAATCTAAAA	179118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC140484.1	102835	AAGAAAAAAGCATAGCACACACTGGCGTAAATACCTCAAGAAATCTAAAA	102884

Overview

Query
AC019173.4 - 181117 bps
Hit
AC140484.1 - 102884 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000179118181117-11008851028841
Short-link