<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 668 bps / non-identical: 600 bps

Full alignment

C  CT009653.2	115642	CATACCCCAAATTTTGACCACTTTTATCTATTTTTACACATTTCGTTCGT	115593
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
  AC133864.32	75401	CATACCCCAAATTTTGACCACTTTTCTCTATTTTTACACATTTTGTTCGT	75450

C  CT009653.2	115592	ACTTTTAAAACCGGAAATGTCCGTCGTTTTAGACGAAATTTCGGCGGAGA	115543
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
  AC133864.32	75451	ACTTTTAAAACCGGAAATGTCCGTCGTTTTAGACAAAATTTCGGCAGAGA	75500

C  CT009653.2	115542	TACCCAATTTTTGACCTAAGATTATATAATGGGGGTACATAATTGTGTGA	115493
			||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AC133864.32	75501	TACCCAA-TTTTGACCTAAGATTATATAATGGGGGTACATAAGTGTGTGA	75549

C  CT009653.2	115492	ACGAAGTAAGCACTAGAAAAATTTTATTTGCAAATGATAAATTAAATAAT	115443
			|||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||
  AC133864.32	75550	ACGAAGTAAGCACTAGAAAAA--TTATTTGGAAATGATAAATTAAATAAT	75597

C  CT009653.2	115442	TAATTTGGTCATTATTAAAAAGTGCTTTCTT-GTCCCCAAGTTTTGCTAA	115394
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  AC133864.32	75598	TAATTTGGTCATTATTAAAAAGTGCTTTCTTGGTCCCCAAGTTTTGCTAA	75647

C  CT009653.2	115393	ATTATTTTAGAACGCAATCTAGAATATTTTGGAACACAATCTAAAATATT	115344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC133864.32	75648	ATTATTTTAGAACGCAATCTAGAATATTTTGGAACACAATCTAAAATATT	75697

C  CT009653.2	115343	TTGGTAGGCAATCTAATATATTTTAGTGTTTGATCTGAAATATATTTTGA	115294
			||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  AC133864.32	75698	TTGGTAAACAATCTAATATATTTTAGTGCTTGATCTGAAATATATTTTGA	75747

C  CT009653.2	115293	TACTCAATAATATATATTTATGTACTGAATAACATATTTATGTATTGAAT	115244
			|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  AC133864.32	75748	TATTCAATAATATAAATTTATGTACTGAATAACATATTTATGTACTGAAT	75797

C  CT009653.2	115243	AATATATTTTTGTACTCAATATGATATATTTTGGTAGGCAATCTAATATA	115194
			||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
  AC133864.32	75798	AATATATTTTTGTACTCAATATGATATATTTTGATAGGCAATCTAATAAA	75847

C  CT009653.2	115193	TTTTAGTACTTGATCTGAAATATATTTTGATACTCAATAATATATATTTA	115144
			||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  AC133864.32	75848	TTTTAGTGCTTGATCTGAAATATATTTTGATACTCAATAATATAAATTTA	75897

C  CT009653.2	115143	TGTACTGGATAACATATTTATGTACTGAATAATATATTTTTGTACTCAAT	115094
			||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AC133864.32	75898	TGTACTGAATAACATATTTATGCACTGAATAATATATTTTTGTACTCAAT	75947

C  CT009653.2	115093	ATGATATATTTTGGTAGACAATTGACATATTTTTGTACTAGATGAATTAC	115044
			|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||
  AC133864.32	75948	ATGATATATTTTGGTAGATAATTGGCATATTTTTGTATTAGATGAATTAC	75997

C  CT009653.2	115043	TTGTTCCCAAAGTTTATCACCTATTAGTTGGGAAGTTTCTCTATAAATAG	114994
			||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AC133864.32	75998	TTGTTCCCAAAGTTTCTCACCTATTAGTTGTGAAGTTTCTCTATAAATAG	76047

C  CT009653.2	114993	AGGGCTCACACAATGCATT	114975
			|||||||||||||||||||
  AC133864.32	76048	AGGGCTCACACAATGCATT	76066

Compact alignment

C  CT009653.2	115642	CATACCCCAAATTTTGACCACTTTTATCTATTTTTACACATTTCGTTCGT	115593
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
  AC133864.32	75401	CATACCCCAAATTTTGACCACTTTTCTCTATTTTTACACATTTTGTTCGT	75450

C  CT009653.2	115592	ACTTTTAAAACCGGAAATGTCCGTCGTTTTAGACGAAATTTCGGCGGAGA	115543
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
  AC133864.32	75451	ACTTTTAAAACCGGAAATGTCCGTCGTTTTAGACAAAATTTCGGCAGAGA	75500

C  CT009653.2	115542	TACCCAATTTTTGACCTAAGATTATATAATGGGGGTACATAATTGTGTGA	115493
			||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AC133864.32	75501	TACCCAA-TTTTGACCTAAGATTATATAATGGGGGTACATAAGTGTGTGA	75549

C  CT009653.2	115492	ACGAAGTAAGCACTAGAAAAATTTTATTTGCAAATGATAAATTAAATAAT	115443
			|||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||
  AC133864.32	75550	ACGAAGTAAGCACTAGAAAAA--TTATTTGGAAATGATAAATTAAATAAT	75597

C  CT009653.2	115442	TAATTTGGTCATTATTAAAAAGTGCTTTCTT-GTCCCCAAGTTTTGCTAA	115394
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  AC133864.32	75598	TAATTTGGTCATTATTAAAAAGTGCTTTCTTGGTCCCCAAGTTTTGCTAA	75647

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009653.2	115343	TTGGTAGGCAATCTAATATATTTTAGTGTTTGATCTGAAATATATTTTGA	115294
			||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  AC133864.32	75698	TTGGTAAACAATCTAATATATTTTAGTGCTTGATCTGAAATATATTTTGA	75747

C  CT009653.2	115293	TACTCAATAATATATATTTATGTACTGAATAACATATTTATGTATTGAAT	115244
			|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  AC133864.32	75748	TATTCAATAATATAAATTTATGTACTGAATAACATATTTATGTACTGAAT	75797

C  CT009653.2	115243	AATATATTTTTGTACTCAATATGATATATTTTGGTAGGCAATCTAATATA	115194
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  AC133864.32	75798	AATATATTTTTGTACTCAATATGATATATTTTGATAGGCAATCTAATAAA	75847

C  CT009653.2	115193	TTTTAGTACTTGATCTGAAATATATTTTGATACTCAATAATATATATTTA	115144
			||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  AC133864.32	75848	TTTTAGTGCTTGATCTGAAATATATTTTGATACTCAATAATATAAATTTA	75897

C  CT009653.2	115143	TGTACTGGATAACATATTTATGTACTGAATAATATATTTTTGTACTCAAT	115094
			||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AC133864.32	75898	TGTACTGAATAACATATTTATGCACTGAATAATATATTTTTGTACTCAAT	75947

C  CT009653.2	115093	ATGATATATTTTGGTAGACAATTGACATATTTTTGTACTAGATGAATTAC	115044
			|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||
  AC133864.32	75948	ATGATATATTTTGGTAGATAATTGGCATATTTTTGTATTAGATGAATTAC	75997

C  CT009653.2	115043	TTGTTCCCAAAGTTTATCACCTATTAGTTGGGAAGTTTCTCTATAAATAG	114994
			||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AC133864.32	75998	TTGTTCCCAAAGTTTCTCACCTATTAGTTGTGAAGTTTCTCTATAAATAG	76047

skip 19 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009653.2 - 115799 bps
Hit
AC133864.32 - 125734 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 668 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
195.95522668114975115642-175401760661
294.061471813007530255125287254711
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