<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 5188 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  CR956631.17	126227	AAGCTTGTATAGAAGAAATATAAGGTACCTGTTGATGATATATTTGCTGA	126178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112252	AAGCTTGTATAGAAGAAATATAAGGTACCTGTTGATGATATATTTGCTGA	112301

C  CR956631.17	126177	AGAATTTCCTTCCTATAAGCATAAATAGGCAAACCATCTTCAAGTCTCCT	126128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112302	AGAATTTCCTTCCTATAAGCATAAATAGGCAAACCATCTTCAAGTCTCCT	112351

C  CR956631.17	126127	CCTTTCCCTAACAATAAAATTACAAATCTTCTCCCAATCAAACCTTTCAC	126078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112352	CCTTTCCCTAACAATAAAATTACAAATCTTCTCCCAATCAAACCTTTCAC	112401

C  CR956631.17	126077	CAAACCTAATCACATTAACATCATCATCATCATCATTATTATTATTATTT	126028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112402	CAAACCTAATCACATTAACATCATCATCATCATCATTATTATTATTATTT	112451

C  CR956631.17	126027	TCTTCTAAATACATCAAAATATTCTCCATAGCATATTCAAATTCCTTTAA	125978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112452	TCTTCTAAATACATCAAAATATTCTCCATAGCATATTCAAATTCCTTTAA	112501

C  CR956631.17	125977	TCTTTTCTCAACCAAATTTTTTTCACCATCAAGCATTTTTTTTCTATCAA	125928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112502	TCTTTTCTCAACCAAATTTTTTTCACCATCAAGCATTTTTTTTCTATCAA	112551

C  CR956631.17	125927	TATTCTCATCTTGAACCCTAACTGGAAAAGGTTTACCTAATAAGCTATTA	125878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112552	TATTCTCATCTTGAACCCTAACTGGAAAAGGTTTACCTAATAAGCTATTA	112601

C  CR956631.17	125877	ACTTCTTTAATCTCTTTTGATAAACGATCCCATTCTTTTATCCAACGGTT	125828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112602	ACTTCTTTAATCTCTTTTGATAAACGATCCCATTCTTTTATCCAACGGTT	112651

C  CR956631.17	125827	TATTTCTTTTCCTTCCATTAGTTCTTTCACATGGCTCATGAATACGCTTC	125778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112652	TATTTCTTTTCCTTCCATTAGTTCTTTCACATGGCTCATGAATACGCTTC	112701

C  CR956631.17	125777	GGAGACGAGCTTTGAGTTCGTCTCCGTGTTTGGAATTGTCGGAGTTCATT	125728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112702	GGAGACGAGCTTTGAGTTCGTCTCCGTGTTTGGAATTGTCGGAGTTCATT	112751

C  CR956631.17	125727	TCGATGAACTCGGGCGATAATTCGTGACGGCATTCTGATAAACGTGATTC	125678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112752	TCGATGAACTCGGGCGATAATTCGTGACGGCATTCTGATAAACGTGATTC	112801

C  CR956631.17	125677	CCAGAACCAAACGACGGCGCTGATCGCATCTGTTCCGTTATTGAAATTGA	125628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112802	CCAGAACCAAACGACGGCGCTGATCGCATCTGTTCCGTTATTGAAATTGA	112851

C  CR956631.17	125627	GAGAAGCAGTGATGCTTTCGTTTGGTTGGAATGAAAATTTGTCAGGATTT	125578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112852	GAGAAGCAGTGATGCTTTCGTTTGGTTGGAATGAAAATTTGTCAGGATTT	112901

C  CR956631.17	125577	GGTTTGCAATCGGCGATCAGGGTCTCGATCTCTTCACGGCGGAGGTTAAG	125528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112902	GGTTTGCAATCGGCGATCAGGGTCTCGATCTCTTCACGGCGGAGGTTAAG	112951

C  CR956631.17	125527	GCGGTGGGTGAGGCGGAGGTTGACGATGAAATAGGGGAGGCGGGGGCGAT	125478
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112952	GCGGTGGGTGAGGCGGAGGTTGACGATAAAATAGGGGAGGCGGGGGCGAT	113001

C  CR956631.17	125477	AATAGAGGTGGTTGGATTGGAATCTGGGGTTCCAGTGATGGTCAGCTCGC	125428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113002	AATAGAGGTGGTTGGATTGGAATCTGGGGTTCCAGTGATGGTCAGCTCGC	113051

C  CR956631.17	125427	CACGGTGGTTGACGGCGGAGATAAGAGTCATGCCGGGTGGTGGTGCGGTG	125378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113052	CACGGTGGTTGACGGCGGAGATAAGAGTCATGCCGGGTGGTGGTGCGGTG	113101

C  CR956631.17	125377	GTTGGTGGTGGGAAAGGTTTTCTTCATCAGGGATTAAATAATTAAACCCT	125328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113102	GTTGGTGGTGGGAAAGGTTTTCTTCATCAGGGATTAAATAATTAAACCCT	113151

C  CR956631.17	125327	AATTTTAACCCTAATTGTTTTAAGTCAAAAACAAGTAAAAGTAGGTTGAT	125278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113152	AATTTTAACCCTAATTGTTTTAAGTCAAAAACAAGTAAAAGTAGGTTGAT	113201

C  CR956631.17	125277	TCTCACTAGACTTTGATTAAATAGTTTTTTTTTATTGATTAAAACTTGAT	125228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113202	TCTCACTAGACTTTGATTAAATAGTTTTTTTTTATTGATTAAAACTTGAT	113251

C  CR956631.17	125227	GTCCAAGTCTTAAATAGAGTTGGACAAACACACGACGACTCAACCTACGA	125178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113252	GTCCAAGTCTTAAATAGAGTTGGACAAACACACGACGACTCAACCTACGA	113301

C  CR956631.17	125177	GTAACTGAAAAAGAGCGAAACGGGTGGTCACGAGTCAGCAAGTTGAAGGC	125128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113302	GTAACTGAAAAAGAGCGAAACGGGTGGTCACGAGTCAGCAAGTTGAAGGC	113351

C  CR956631.17	125127	AAGTTCGAGTGGAAAGATTTAGATTGCGGATAACCAAACCTCCATGTATA	125078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113352	AAGTTCGAGTGGAAAGATTTAGATTGCGGATAACCAAACCTCCATGTATA	113401

C  CR956631.17	125077	TGGTATATCAAGCGACGTCGTTTTGATGTTAAACGCTTGCGTTTTGATTT	125028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113402	TGGTATATCAAGCGACGTCGTTTTGATGTTAAACGCTTGCGTTTTGATTT	113451

C  CR956631.17	125027	TTAGGGTTTGCATAACCCATTCATTCGCTCAAACTCGATCTTGTTGCCTT	124978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113452	TTAGGGTTTGCATAACCCATTCATTCGCTCAAACTCGATCTTGTTGCCTT	113501

C  CR956631.17	124977	GCCTCCTTAGATTCTCTCACTTCACTAACAAAAACATGGAGGCTGGTCTT	124928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113502	GCCTCCTTAGATTCTCTCACTTCACTAACAAAAACATGGAGGCTGGTCTT	113551

C  CR956631.17	124927	CAAGCTCTATCTCACTCTGAGTCACGAACACAATCGTAGAACCTTCAGTC	124878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113552	CAAGCTCTATCTCACTCTGAGTCACGAACACAATCGTAGAACCTTCAGTC	113601

C  CR956631.17	124877	ATCGTCGTTGTTTAACTCGCACTCACCACCACATCTAGCCCTCACGACTC	124828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113602	ATCGTCGTTGTTTAACTCGCACTCACCACCACATCTAGCCCTCACGACTC	113651

C  CR956631.17	124827	ACTCGATCTACGTAGAAACAATTTCGAACCCAGATCTCGATCTTTCATTC	124778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113652	ACTCGATCTACGTAGAAACAATTTCGAACCCAGATCTCGATCTTTCATTC	113701

C  CR956631.17	124777	ATCTTGTTGACTCTCTCTATGTGTAACTACGCTCAAATCAAAGGTCATAT	124728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113702	ATCTTGTTGACTCTCTCTATGTGTAACTACGCTCAAATCAAAGGTCATAT	113751

C  CR956631.17	124727	CTTCTGCTTTTAATGTTTGTCATTTTTTTTTCTAATTTTTTTTTCGATTT	124678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113752	CTTCTGCTTTTAATGTTTGTCATTTTTTTTTCTAATTTTTTTTTCGATTT	113801

C  CR956631.17	124677	AGGGTTTCTGACCATTTGCTTTTGTTTCTTGTTTCATGATTCACATCTCT	124628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113802	AGGGTTTCTGACCATTTGCTTTTGTTTCTTGTTTCATGATTCACATCTCT	113851

C  CR956631.17	124627	ACTCTGCATATGTTACAAATCTAAAGGTAAAATCTTCTGTTCTTAATGTC	124578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113852	ACTCTGCATATGTTACAAATCTAAAGGTAAAATCTTCTGTTCTTAATGTC	113901

C  CR956631.17	124577	TACTATTTATTTTATTTCTTGATTTAGGGTTTTTTACTATTTGTTTTTGT	124528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113902	TACTATTTATTTTATTTCTTGATTTAGGGTTTTTTACTATTTGTTTTTGT	113951

C  CR956631.17	124527	TTTTGTTTTTTGTTTCATGATTCACATCTTTGCCCTCCATGATCTGCTGC	124478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	113952	TTTTGTTTTTTGTTTCATGATTCACATCTTTGCCCTCCATGATCTGCTGC	114001

C  CR956631.17	124477	AGAATGAAGGTACATATTTAGACTAAAAAAAATTATTAGGTTTTGTCCCT	124428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114002	AGAATGAAGGTACATATTTAGACTAAAAAAAATTATTAGGTTTTGTCCCT	114051

C  CR956631.17	124427	TGTTTTAGAATTTAAGATACACGTTCACACTAAAAAAAGTTAGTGTTGTT	124378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114052	TGTTTTAGAATTTAAGATACACGTTCACACTAAAAAAAGTTAGTGTTGTT	114101

C  CR956631.17	124377	TGTCCAATTATTTAAAATGAAAATAATTCATTAATCTTTTCTTGGTTATA	124328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114102	TGTCCAATTATTTAAAATGAAAATAATTCATTAATCTTTTCTTGGTTATA	114151

C  CR956631.17	124327	TTGATAATATTCAATAAGTGTCATACCATAAAAAGTTTTCTATAAAAAAA	124278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114152	TTGATAATATTCAATAAGTGTCATACCATAAAAAGTTTTCTATAAAAAAA	114201

C  CR956631.17	124277	AATTCTTAGCTGATTTGGAGAAAACTTGGTTGACACTTGAATCATTGGTA	124228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114202	AATTCTTAGCTGATTTGGAGAAAACTTGGTTGACACTTGAATCATTGGTA	114251

C  CR956631.17	124227	CATTTTTTTTTTAAAAATACTAAGGATTATATGTCAAATAGGTTATTGGT	124178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114252	CATTTTTTTTTTAAAAATACTAAGGATTATATGTCAAATAGGTTATTGGT	114301

C  CR956631.17	124177	TAAAACTTTAGAACTGATATCATCTAATTGTGATTATGTAGAACCAAAAG	124128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114302	TAAAACTTTAGAACTGATATCATCTAATTGTGATTATGTAGAACCAAAAG	114351

C  CR956631.17	124127	TTTAATTTGAGTGAATTTGTGCGTTCACATTTGTTGAAAATACATAGGTA	124078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114352	TTTAATTTGAGTGAATTTGTGCGTTCACATTTGTTGAAAATACATAGGTA	114401

C  CR956631.17	124077	TTCTTGCTCAATGTCTTGTGGTTTGAAATTGATTCAATATTTTCACCGTT	124028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114402	TTCTTGCTCAATGTCTTGTGGTTTGAAATTGATTCAATATTTTCACCGTT	114451

C  CR956631.17	124027	TTCATGTTTGTGGTTTACCGTTTTTGCATCTGCAGCTTTAATTAAGCATG	123978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114452	TTCATGTTTGTGGTTTACCGTTTTTGCATCTGCAGCTTTAATTAAGCATG	114501

C  CR956631.17	123977	CCAATGTTGTCTATGGATGATGTTAAGTTGCAAATTTGCTTTGAATCTTA	123928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114502	CCAATGTTGTCTATGGATGATGTTAAGTTGCAAATTTGCTTTGAATCTTA	114551

C  CR956631.17	123927	AAGCATCATGATCCATTTTACTTTGGATGATGTAAGTATTTTATCATGTT	123878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114552	AAGCATCATGATCCATTTTACTTTGGATGATGTAAGTATTTTATCATGTT	114601

C  CR956631.17	123877	TATTTTATCTAGTTTGTTGATAAAATTATAGTTTATCAAATATCTTGTTT	123828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114602	TATTTTATCTAGTTTGTTGATAAAATTATAGTTTATCAAATATCTTGTTT	114651

C  CR956631.17	123827	TTCATGGTGCGATGGTGCCCCATTGTGAATTAACTTGTATAATGCATACA	123778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114652	TTCATGGTGCGATGGTGCCCCATTGTGAATTAACTTGTATAATGCATACA	114701

C  CR956631.17	123777	CCTACATCTGTTACATAGTTGAATTATAATGACTTTTCTTTCCCCATCTA	123728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114702	CCTACATCTGTTACATAGTTGAATTATAATGACTTTTCTTTCCCCATCTA	114751

C  CR956631.17	123727	GATGACTGTATTAAATTTTTAATATTTACATTGGTAAAGATGATTTTAAA	123678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114752	GATGACTGTATTAAATTTTTAATATTTACATTGGTAAAGATGATTTTAAA	114801

C  CR956631.17	123677	ATTTCAGTTTTAATCTAGTATAAATTTAAATTTCATTGTTATGTTTGATA	123628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114802	ATTTCAGTTTTAATCTAGTATAAATTTAAATTTCATTGTTATGTTTGATA	114851

C  CR956631.17	123627	ATTTGAAAGTTAATCAACAATTGATACATTTTTAATTTCAAACACCTACT	123578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114852	ATTTGAAAGTTAATCAACAATTGATACATTTTTAATTTCAAACACCTACT	114901

C  CR956631.17	123577	TCAATTTTTATTCATAGACGATTTCGCAAAATAAGTTAAAAATCAAGATA	123528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114902	TCAATTTTTATTCATAGACGATTTCGCAAAATAAGTTAAAAATCAAGATA	114951

C  CR956631.17	123527	AATTAAAGAGTTTTCAACTTGGTAGATTTTGGCACCATTTTTATAATAAA	123478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	114952	AATTAAAGAGTTTTCAACTTGGTAGATTTTGGCACCATTTTTATAATAAA	115001

C  CR956631.17	123477	AAAACACAGTAAGTTTGATAAAAAAAATTAAAAATTTCAATTGGGTTGAC	123428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115002	AAAACACAGTAAGTTTGATAAAAAAAATTAAAAATTTCAATTGGGTTGAC	115051

C  CR956631.17	123427	AATGTCAGTTTGGGTCAAATATGGTCTAACCTAAATATAATCGTTCGTAG	123378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115052	AATGTCAGTTTGGGTCAAATATGGTCTAACCTAAATATAATCGTTCGTAG	115101

C  CR956631.17	123377	ACCTAAAGAATTCATAAACCCAAACCCGCACCAGCCACACATCACTTTGA	123328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115102	ACCTAAAGAATTCATAAACCCAAACCCGCACCAGCCACACATCACTTTGA	115151

C  CR956631.17	123327	GGTAGAATTGGGACATATGTCTCAACATTTGGTTTGGACTAGGTTGCTAT	123278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115152	GGTAGAATTGGGACATATGTCTCAACATTTGGTTTGGACTAGGTTGCTAT	115201

C  CR956631.17	123277	TATGGGTCCGAACCCGCCCCGTGTCCACACCTAGTCTTAAGTAGGCATTA	123228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115202	TATGGGTCCGAACCCGCCCCGTGTCCACACCTAGTCTTAAGTAGGCATTA	115251

C  CR956631.17	123227	AAAAAAAGTTGAGTTTTTTTCGAATATCTTTCCCTACCTTACTCATCTCT	123178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115252	AAAAAAAGTTGAGTTTTTTTCGAATATCTTTCCCTACCTTACTCATCTCT	115301

C  CR956631.17	123177	CGCGCGCCCTCGAAATGACTAATTTTACTTCTGCTCGAAAGGAACCTTCT	123128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115302	CGCGCGCCCTCGAAATGACTAATTTTACTTCTGCTCGAAAGGAACCTTCT	115351

C  CR956631.17	123127	TCAAGGAAATAGTTCTAATTGACAAACAGGAGCAAACATATTAAGTCAAG	123078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115352	TCAAGGAAATAGTTCTAATTGACAAACAGGAGCAAACATATTAAGTCAAG	115401

C  CR956631.17	123077	ACAGTTAGATAAACACAAAATGTGGAAATGCATAAATGATATTCATTGAA	123028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115402	ACAGTTAGATAAACACAAAATGTGGAAATGCATAAATGATATTCATTGAA	115451

C  CR956631.17	123027	TTAATAAACTAGAGAAATATCTCAAAGACTCACCTAGACATGAAACTTAT	122978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115452	TTAATAAACTAGAGAAATATCTCAAAGACTCACCTAGACATGAAACTTAT	115501

C  CR956631.17	122977	GTGATCAGTTCGTCATCAATAATTATGGCAGGCACGTGAGCAATTTTACA	122928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115502	GTGATCAGTTCGTCATCAATAATTATGGCAGGCACGTGAGCAATTTTACA	115551

C  CR956631.17	122927	CCACTTCTTCCCTCGCTTCCTCCGCAAACTTGCTTCAAGTAATGGACATG	122878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115552	CCACTTCTTCCCTCGCTTCCTCCGCAAACTTGCTTCAAGTAATGGACATG	115601

C  CR956631.17	122877	AGTTTGGGAGCGTTAACAATCTCAAAGTTTTTGGAGAGAAGTGAGATGTT	122828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115602	AGTTTGGGAGCGTTAACAATCTCAAAGTTTTTGGAGAGAAGTGAGATGTT	115651

C  CR956631.17	122827	GAAGCCACTTCCCATCGATGCTTGTATTAATAAGACCACAAATGCATAGT	122778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115652	GAAGCCACTTCCCATCGATGCTTGTATTAATAAGACCACAAATGCATAGT	115701

C  CR956631.17	122777	GTCATGAGAGATGCAGGTAGCAATGGCACCATCAACGAGTTCACCGTATC	122728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115702	GTCATGAGAGATGCAGGTAGCAATGGCACCATCAACGAGTTCACCGTATC	115751

C  CR956631.17	122727	ATTACCGTTAATTTGCAACACAAAAAGACAAGTGAGTTGTTCCCAATTTT	122678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115752	ATTACCGTTAATTTGCAACACAAAAAGACAAGTGAGTTGTTCCCAATTTT	115801

C  CR956631.17	122677	GCTCAGTATTCCACATAATCCCTCCAACAGAGCCAACAGTCAGCTCATGT	122628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115802	GCTCAGTATTCCACATAATCCCTCCAACAGAGCCAACAGTCAGCTCATGT	115851

C  CR956631.17	122627	AAACTGCTAGGCAAATCATCTACGAAGATTTGGTAGATTATTAATTTCCA	122578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115852	AAACTGCTAGGCAAATCATCTACGAAGATTTGGTAGATTATTAATTTCCA	115901

C  CR956631.17	122577	TTTCTTGAAGGCTAGCTTTAGACTGTTCATTGCTTCTGGCAGTGAATAAA	122528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115902	TTTCTTGAAGGCTAGCTTTAGACTGTTCATTGCTTCTGGCAGTGAATAAA	115951

C  CR956631.17	122527	GCTTTTCACACTTCCACAATGCAATATAAACAAGGTTTGAAGTCGCCAAT	122478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	115952	GCTTTTCACACTTCCACAATGCAATATAAACAAGGTTTGAAGTCGCCAAT	116001

C  CR956631.17	122477	CCACCTGAAGGAAATGACTCCAGTTCATTATAGTCCCATATTTTAATGCT	122428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116002	CCACCTGAAGGAAATGACTCCAGTTCATTATAGTCCCATATTTTAATGCT	116051

C  CR956631.17	122427	TCTAAGATATGAAAGACTCTTTTCTAATGCATTTTCTGCAATTGATATCG	122378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116052	TCTAAGATATGAAAGACTCTTTTCTAATGCATTTTCTGCAATTGATATCG	116101

C  CR956631.17	122377	ATTTCAAATTTCTACAGCCCTCAATAAACAGACTCTTGAGAACAGGGAGA	122328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116102	ATTTCAAATTTCTACAGCCCTCAATAAACAGACTCTTGAGAACAGGGAGA	116151

C  CR956631.17	122327	GCACCCAAGTTAAATGATATCATTGAATTATAGCTATAAGATATTTTCAA	122278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116152	GCACCCAAGTTAAATGATATCATTGAATTATAGCTATAAGATATTTTCAA	116201

C  CR956631.17	122277	TTCCTCAAGTGATGTGTAATTGTCCAAGTATTCATGAGGAAGGAATGTTA	122228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116202	TTCCTCAAGTGATGTGTAATTGTCCAAGTATTCATGAGGAAGGAATGTTA	116251

C  CR956631.17	122227	GATTCTCACAGTTACATATTATGAGAAATTTCTACGTATTTGGTAGACCG	122178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116252	GATTCTCACAGTTACATATTATGAGAAATTTCTACGTATTTGGTAGACCG	116301

C  CR956631.17	122177	TCTGCTGGGAAAAACATCGGAGACGAAAAACCATCTATGGTAAACTGTTG	122128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116302	TCTGCTGGGAAAAACATCGGAGACGAAAAACCATCTATGGTAAACTGTTG	116351

C  CR956631.17	122127	AAGCGAATTAAAAGGGAACATCAGTAGCCTCAATACATGATTTGATGAAG	122078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116352	AAGCGAATTAAAAGGGAACATCAGTAGCCTCAATACATGATTTGATGAAG	116401

C  CR956631.17	122077	GCATTTGGAAGTGATAACTAGAAAAATATTTTTTTTATAAAAATGAATAA	122028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116402	GCATTTGGAAGTGATAACTAGAAAAATATTTTTTTTATAAAAATGAATAA	116451

C  CR956631.17	122027	ATTAATTTTTTTTATCTTAGAAAATGACATTATATACCCATCAACAAAAA	121978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116452	ATTAATTTTTTTTATCTTAGAAAATGACATTATATACCCATCAACAAAAA	116501

C  CR956631.17	121977	AAAAAAATTATAAATAGTCAAATTAAATAAAAGAGTTTTTTTAAACAAGT	121928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116502	AAAAAAATTATAAATAGTCAAATTAAATAAAAGAGTTTTTTTAAACAAGT	116551

C  CR956631.17	121927	AAATAAAAGAGTTTAATGGTGGTGGGTTGACAGCCCAAAACAATTTTGCA	121878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116552	AAATAAAAGAGTTTAATGGTGGTGGGTTGACAGCCCAAAACAATTTTGCA	116601

C  CR956631.17	121877	CAGCACGACCGATCAAAACATTTTTAAATTGTCATATCAATTAAATTATT	121828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116602	CAGCACGACCGATCAAAACATTTTTAAATTGTCATATCAATTAAATTATT	116651

C  CR956631.17	121827	GCTCTAATTTTAATTGACGTGACAATTGAAAATATTTTGATCAGTCATAT	121778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116652	GCTCTAATTTTAATTGACGTGACAATTGAAAATATTTTGATCAGTCATAT	116701

C  CR956631.17	121777	GTAAAATTGTTTTTGACAATCAATCCACCACGATTAAACTATAAATGAAA	121728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116702	GTAAAATTGTTTTTGACAATCAATCCACCACGATTAAACTATAAATGAAA	116751

C  CR956631.17	121727	CTAATATCTTGTAAAAAAACATTAATATGATGATTATGAGTATTTTTTTA	121678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116752	CTAATATCTTGTAAAAAAACATTAATATGATGATTATGAGTATTTTTTTA	116801

C  CR956631.17	121677	TTCTAGTACCGTAGATAGATAATAGCTATAGAATTTAAAAAGAAAATATA	121628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116802	TTCTAGTACCGTAGATAGATAATAGCTATAGAATTTAAAAAGAAAATATA	116851

C  CR956631.17	121627	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATAAGCTATAGA	121578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116852	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATAAGCTATAGA	116901

C  CR956631.17	121577	AATTCACGCCATTTCCTTGATCCTCTTTTCATTTCAAGTGAAAACCCAGG	121528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116902	AATTCACGCCATTTCCTTGATCCTCTTTTCATTTCAAGTGAAAACCCAGG	116951

C  CR956631.17	121527	AAATCAGTTCCCCCGCCGGAGAACAGCCAACACCGCTGCGGCTATCTTTT	121478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	116952	AAATCAGTTCCCCCGCCGGAGAACAGCCAACACCGCTGCGGCTATCTTTT	117001

C  CR956631.17	121477	CGTCACCGTCGCTTTCTTCCTCTTCTCTCATCGGTAAGCTCTCTTCATCA	121428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117002	CGTCACCGTCGCTTTCTTCCTCTTCTCTCATCGGTAAGCTCTCTTCATCA	117051

C  CR956631.17	121427	TCCTTCTTCATTTATCTCTTTTGTGTATTAAAAGGTTCATTTGATCAATT	121378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117052	TCCTTCTTCATTTATCTCTTTTGTGTATTAAAAGGTTCATTTGATCAATT	117101

C  CR956631.17	121377	TTATGGTTTTCCCTCTTCTGGTATAAACCTTAACTCTTCAAATCTCAAAT	121328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117102	TTATGGTTTTCCCTCTTCTGGTATAAACCTTAACTCTTCAAATCTCAAAT	117151

C  CR956631.17	121327	TGGTGCTTTCACTTTCATTCTACACTGTTCTATTTGCATCTTCCCTAAAA	121278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117152	TGGTGCTTTCACTTTCATTCTACACTGTTCTATTTGCATCTTCCCTAAAA	117201

C  CR956631.17	121277	AAATTATGATTAGCCTTATCTTCCTTAATTTGCATCTTGTGCACATTATA	121228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117202	AAATTATGATTAGCCTTATCTTCCTTAATTTGCATCTTGTGCACATTATA	117251

C  CR956631.17	121227	TGTTTGATAAAATGCCACAACGGCTTTTACTTCAAAATGTTTGTCACATA	121178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117252	TGTTTGATAAAATGCCACAACGGCTTTTACTTCAAAATGTTTGTCACATA	117301

C  CR956631.17	121177	CTATTTTTCTAAGCTACGTATCTATGCATTCTTTTTTTTTCTCTCTATCA	121128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117302	CTATTTTTCTAAGCTACGTATCTATGCATTCTTTTTTTTTCTCTCTATCA	117351

C  CR956631.17	121127	TTTTGATTGATTAATTAGTTGCTTTGTGTCTATTCAGTTAACTGTTATAT	121078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117352	TTTTGATTGATTAATTAGTTGCTTTGTGTCTATTCAGTTAACTGTTATAT	117401

C  CR956631.17	121077	CGTTTTTATAATTTCAAAGTTGAATGTGGGTTTTTATA	121040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	117402	CGTTTTTATAATTTCAAAGTTGAATGTGGGTTTTTATA	117439

Compact alignment

skip 700 bps 100% identity alignment

C  CR956631.17	125527	GCGGTGGGTGAGGCGGAGGTTGACGATGAAATAGGGGAGGCGGGGGCGAT	125478
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AC122163.20	112952	GCGGTGGGTGAGGCGGAGGTTGACGATAAAATAGGGGAGGCGGGGGCGAT	113001

skip 4438 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956631.17 - 126227 bps
Hit
AC122163.20 - 117439 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 5188 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9849625188121040126227-11122521174391
287.87195328114645114972123892242211
388.97168272117617117888123892241631
Short-link