<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3122 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AC009878.9	195251	TCTTTTTAAAACAACATTTTAAAAATATTTTTAAACTCACATATAATTGT	195300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1	TCTTTTTAAAACAACATTTTAAAAATATTTTTAAACTCACATATAATTGT	50

AC009878.9	195301	GCATATTCATGGATACATAATGAGGTTGCAATGCATATAATGTATGGTGA	195350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	51	GCATATTCATGGATACATAATGAGGTTGCAATGCATATAATGTATGGTGA	100

AC009878.9	195351	TCACATCAGGATAATTGGCATATCCACCATCTAAAACATTTATTATTTCT	195400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	101	TCACATCAGGATAATTGGCATATCCACCATCTAAAACATTTATTATTTCT	150

AC009878.9	195401	TTGGGTTGGAATAATTCAATATCCTCCTTCTTGCTGTTTGAAACTATATA	195450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	151	TTGGGTTGGAATAATTCAATATCCTCCTTCTTGCTGTTTGAAACTATATA	200

AC009878.9	195451	ATATACTATTGTTGGCTATAGCCATCCTACGGTGCTGTAGAATACTAGAA	195500
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AC103969.4	201	ATATACTATTGTTGGCTATAGCCATCTTACGGTGCTGTAGAATACTAGAA	250

AC009878.9	195501	TTTACTCCTCCCATCTATCTATAATTTTGTATTCTTTCACAAATCTCCCC	195550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	251	TTTACTCCTCCCATCTATCTATAATTTTGTATTCTTTCACAAATCTCCCC	300

AC009878.9	195551	CATCTCCCCTCCCAGCTTCTAGTATCTTCTATTTTACTTTTTTTTAACTT	195600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	301	CATCTCCCCTCCCAGCTTCTAGTATCTTCTATTTTACTTTTTTTTAACTT	350

AC009878.9	195601	CTATGAGATCAAAGTTTTTAGCTTCAACATATGAGTGAGAACATGCCAGC	195650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	351	CTATGAGATCAAAGTTTTTAGCTTCAACATATGAGTGAGAACATGCCAGC	400

AC009878.9	195651	CTTGTTCTTTACTCTCCCTCTCCCCTTAGTTTTTATGGCACCCCTAAATT	195700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	401	CTTGTTCTTTACTCTCCCTCTCCCCTTAGTTTTTATGGCACCCCTAAATT	450

AC009878.9	195701	TCCCCATCAATTTCTGCTTATTGTTCCCTCGTTGTTCATCTCTACCTAAA	195750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	451	TCCCCATCAATTTCTGCTTATTGTTCCCTCGTTGTTCATCTCTACCTAAA	500

AC009878.9	195751	ATAATCTCTTTCATCACAATTTTAGGGCCTTTCTCTTCTATTTCTATTCC	195800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	501	ATAATCTCTTTCATCACAATTTTAGGGCCTTTCTCTTCTATTTCTATTCC	550

AC009878.9	195801	TGTTTATTAATAATCTCATGTACTTTTATGTCAACTATCAACTAAAAGCC	195850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	551	TGTTTATTAATAATCTCATGTACTTTTATGTCAACTATCAACTAAAAGCC	600

AC009878.9	195851	GACAACTCTAAAATTTAAAATTTGCAATTAAGACTCTACACCCAATTTAG	195900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	601	GACAACTCTAAAATTTAAAATTTGCAATTAAGACTCTACACCCAATTTAG	650

AC009878.9	195901	CCTCACATTGTTGTTCATTGCCTCATGGACACCTCTACACGGGCACACCA	195950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	651	CCTCACATTGTTGTTCATTGCCTCATGGACACCTCTACACGGGCACACCA	700

AC009878.9	195951	GTAACCTTAAGTACAACATGTTCACAGTGGAGCCCTGCCCATGTCTGGTC	196000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	701	GTAACCTTAAGTACAACATGTTCACAGTGGAGCCCTGCCCATGTCTGGTC	750

AC009878.9	196001	TTCCACCTCCGGATTTTATCTTCAGCGACACCATCACGTCGCCCAGTCTA	196050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	751	TTCCACCTCCGGATTTTATCTTCAGCGACACCATCACGTCGCCCAGTCTA	800

AC009878.9	196051	AATACTGTGTGCCATCTTTTGTCCCTCCCTCTCTCTCAATCCCCATATCT	196100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	801	AATACTGTGTGCCATCTTTTGTCCCTCCCTCTCTCTCAATCCCCATATCT	850

AC009878.9	196101	ATCCTTTAAGCCTCTAAATTTTATTGATATCCTAATAAGTTTTCCAATCT	196150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	851	ATCCTTTAAGCCTCTAAATTTTATTGATATCCTAATAAGTTTTCCAATCT	900

AC009878.9	196151	GTCTCCTTCTTTCTATCCTCATCGACATTCTCTTATTTGGAGACTTGGTT	196200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	901	GTCTCCTTCTTTCTATCCTCATCGACATTCTCTTATTTGGAGACTTGGTT	950

AC009878.9	196201	ATTATTCACCTGGATGCGTGAACTGGCTGCCTGACTGTGCCCCGGCACCC	196250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	951	ATTATTCACCTGGATGCGTGAACTGGCTGCCTGACTGTGCCCCGGCACCC	1000

AC009878.9	196251	TTCTCTCCACTCAACACAATGGCGAGTTTTAATGTATATTAAAACTTTGG	196300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1001	TTCTCTCCACTCAACACAATGGCGAGTTTTAATGTATATTAAAACTTTGG	1050

AC009878.9	196301	TCATGTCTATTAATTAGTTGTGAAAGATAATTTTACGGATAAGATAATGT	196350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1051	TCATGTCTATTAATTAGTTGTGAAAGATAATTTTACGGATAAGATAATGT	1100

AC009878.9	196351	TTAAACTCCATCTCCAAGCATACAGAATGTTACGTAATTTGAAACCTTGC	196400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1101	TTAAACTCCATCTCCAAGCATACAGAATGTTACGTAATTTGAAACCTTGC	1150

AC009878.9	196401	TAGCTTTTGACCCTCACTCTCGTGCTTCCTATGTTTCTACACACACCATT	196450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1151	TAGCTTTTGACCCTCACTCTCGTGCTTCCTATGTTTCTACACACACCATT	1200

AC009878.9	196451	GTTTCTTGCCTCTGTCATTTGGCTTCTATTGTTTTTTTCACCCTGGACTT	196500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1201	GTTTCTTGCCTCTGTCATTTGGCTTCTATTGTTTTTTTCACCCTGGACTT	1250

AC009878.9	196501	TACCCCGTTCATATGGTCATACTCTTGGCACATAAATAGTTTCAACCAAT	196550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1251	TACCCCGTTCATATGGTCATACTCTTGGCACATAAATAGTTTCAACCAAT	1300

AC009878.9	196551	ATTTATTGGAAAAGAAAGAGAAATAAAGGGGAAAAAGTAGGATGGAAGAA	196600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1301	ATTTATTGGAAAAGAAAGAGAAATAAAGGGGAAAAAGTAGGATGGAAGAA	1350

AC009878.9	196601	CACCTTTCCCCTTTCTAACTTCTTTTTGTTTCTTTTCAAACCTGGGTAAC	196650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1351	CACCTTTCCCCTTTCTAACTTCTTTTTGTTTCTTTTCAAACCTGGGTAAC	1400

AC009878.9	196651	TCGTGCCTCTCCATACTCAGCTCTAAAATCATCACTTCCTGGAAGCCTTC	196700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1401	TCGTGCCTCTCCATACTCAGCTCTAAAATCATCACTTCCTGGAAGCCTTC	1450

AC009878.9	196701	TTTGATTCCTTCCCCAAGGCCAATAAAATGGCTTCTTTTCTAGTAAAAAT	196750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1451	TTTGATTCCTTCCCCAAGGCCAATAAAATGGCTTCTTTTCTAGTAAAAAT	1500

AC009878.9	196751	TAGTGTCTACAACTCTACATTGCATTTAGCATGTCATACAGTATTGGAAT	196800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1501	TAGTGTCTACAACTCTACATTGCATTTAGCATGTCATACAGTATTGGAAT	1550

AC009878.9	196801	TACACCAGATTGATTGTTTAAAGGCAGGGCAACCATACATTTTCCATCTT	196850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1551	TACACCAGATTGATTGTTTAAAGGCAGGGCAACCATACATTTTCCATCTT	1600

AC009878.9	196851	TTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGC	196900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1601	TTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGC	1650

AC009878.9	196901	CCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCTATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTC	196950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1651	CCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCTATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTC	1700

AC009878.9	196951	CAGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGTTTCCCAAGTAGCTGAGACTAC	197000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1701	CAGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGTTTCCCAAGTAGCTGAGACTAC	1750

AC009878.9	197001	AGGTGCCCGGCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACG	197050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1751	AGGTGCCCGGCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACG	1800

AC009878.9	197051	GGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTGTCGATCTCATGACCTCGTGATC	197100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1801	GGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTGTCGATCTCATGACCTCGTGATC	1850

AC009878.9	197101	CGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAC	197150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1851	CGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAC	1900

AC009878.9	197151	GCCCAGCCACATTTTCCATCTTAATATCACAAATAGGCTTTACATGTACA	197200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1901	GCCCAGCCACATTTTCCATCTTAATATCACAAATAGGCTTTACATGTACA	1950

AC009878.9	197201	GAAACTTGGTGAATGTTTTGAGAATCAATCAATTCTTAAATTTTACAGAT	197250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	1951	GAAACTTGGTGAATGTTTTGAGAATCAATCAATTCTTAAATTTTACAGAT	2000

AC009878.9	197251	AGTACCAAGACAAATGACAAGTGAAAAAGCTGAATAGTAACTTCAGAAAC	197300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2001	AGTACCAAGACAAATGACAAGTGAAAAAGCTGAATAGTAACTTCAGAAAC	2050

AC009878.9	197301	CTGAGATGCTTCCCCAGAGCAGTAGGTTGTTGGGGAGCTTTGCCATCTGA	197350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2051	CTGAGATGCTTCCCCAGAGCAGTAGGTTGTTGGGGAGCTTTGCCATCTGA	2100

AC009878.9	197351	CCTCAGGCCATTCCACACTAAAGGACCACAGAAGATAAGAAGATTCTCAT	197400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2101	CCTCAGGCCATTCCACACTAAAGGACCACAGAAGATAAGAAGATTCTCAT	2150

AC009878.9	197401	CAGATAAGCAAGCATCATTTATACATCTATAAAACCTGTGTTAATTTAAA	197450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2151	CAGATAAGCAAGCATCATTTATACATCTATAAAACCTGTGTTAATTTAAA	2200

AC009878.9	197451	GATCTTTAAAATTCCAGATGAAGTCTTTTTGAAAATCAAAACAATTGAAG	197500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2201	GATCTTTAAAATTCCAGATGAAGTCTTTTTGAAAATCAAAACAATTGAAG	2250

AC009878.9	197501	CAGCATAATTTTGAGAACTTAATAGATTCAGGAAATACAATCTGTGACCG	197550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2251	CAGCATAATTTTGAGAACTTAATAGATTCAGGAAATACAATCTGTGACCG	2300

AC009878.9	197551	TGTTTATTAGTCATGACAGGTTATAGAGATAATAGAATAATACATGCTTC	197600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2301	TGTTTATTAGTCATGACAGGTTATAGAGATAATAGAATAATACATGCTTC	2350

AC009878.9	197601	AAAAGGACAAATAGATGCAATATCTTCAGGGCTCAGCATAAGTCATTTAA	197650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2351	AAAAGGACAAATAGATGCAATATCTTCAGGGCTCAGCATAAGTCATTTAA	2400

AC009878.9	197651	GATAACATTATAATCATTGATTTTATTTTTATTGCATTTCCATCATCAAA	197700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2401	GATAACATTATAATCATTGATTTTATTTTTATTGCATTTCCATCATCAAA	2450

AC009878.9	197701	GGAAATTCTTGTGCTTGCCGGATACACAAATTCAATACTTTCTAAGCAAT	197750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2451	GGAAATTCTTGTGCTTGCCGGATACACAAATTCAATACTTTCTAAGCAAT	2500

AC009878.9	197751	TTCACTCCAAGTTAGCATTAAATAATGTACAGAAAAAAACATTAAAATTG	197800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2501	TTCACTCCAAGTTAGCATTAAATAATGTACAGAAAAAAACATTAAAATTG	2550

AC009878.9	197801	CAGTTGTTTTAAATTATTTACTCCAAGATTTGTGGCATGGTTATTACGCT	197850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2551	CAGTTGTTTTAAATTATTTACTCCAAGATTTGTGGCATGGTTATTACGCT	2600

AC009878.9	197851	TTCCCCAATGAGTTAGTATACGAAAAACAGTGTATAAGGCAATAGAATAA	197900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2601	TTCCCCAATGAGTTAGTATACGAAAAACAGTGTATAAGGCAATAGAATAA	2650

AC009878.9	197901	AGTATTAGTAAGGGAAATTTCCAACATTCTATTATTTCAGCCATCAGACT	197950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2651	AGTATTAGTAAGGGAAATTTCCAACATTCTATTATTTCAGCCATCAGACT	2700

AC009878.9	197951	AGACAGAACAGAACTGAACTTTGCCATCTTTTAAACATAGTCAGAACTAC	198000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2701	AGACAGAACAGAACTGAACTTTGCCATCTTTTAAACATAGTCAGAACTAC	2750

AC009878.9	198001	ATGCAAGCAATCTGAACACACCGTGCTTAAAACAGTCAATGCATGTTCTA	198050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2751	ATGCAAGCAATCTGAACACACCGTGCTTAAAACAGTCAATGCATGTTCTA	2800

AC009878.9	198051	TTAATAGATGATGCTCCCTACTTCAGTGGTGGCTGAATGGCTGTTTTTAG	198100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2801	TTAATAGATGATGCTCCCTACTTCAGTGGTGGCTGAATGGCTGTTTTTAG	2850

AC009878.9	198101	CCTGGTCAATGTTTCTGATGGTACTCTCCTTCCCCAGCCTTGATTCTTTC	198150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2851	CCTGGTCAATGTTTCTGATGGTACTCTCCTTCCCCAGCCTTGATTCTTTC	2900

AC009878.9	198151	CTAGCTGTTTTCTGCCTCTCTGTTCTCCACGTGATAGCTATCTACTCAGC	198200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2901	CTAGCTGTTTTCTGCCTCTCTGTTCTCCACGTGATAGCTATCTACTCAGC	2950

AC009878.9	198201	TGTCTAGCTTGGGAATTCAATGCCAACGATGCCACCATAGCAAGATAGAA	198250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	2951	TGTCTAGCTTGGGAATTCAATGCCAACGATGCCACCATAGCAAGATAGAA	3000

AC009878.9	198251	GGAATGAATCGATGTTAAATAAATGCCAACCTTTGAAGCAAGAAAATTTG	198300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	3001	GGAATGAATCGATGTTAAATAAATGCCAACCTTTGAAGCAAGAAAATTTG	3050

AC009878.9	198301	CTTTGGCAGTTTGCTGAGAATAGCTTGCTCAGAATATGCATTGTCATTTG	198350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC103969.4	3051	CTTTGGCAGTTTGCTGAGAATAGCTTGCTCAGAATATGCATTGTCATTTG	3100

AC009878.9	198351	CTTAGTGTGTAAAAGGGAATTC	198372
			||||||||||||||||||||||
AC103969.4	3101	CTTAGTGTGTAAAAGGGAATTC	3122

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

AC009878.9	195451	ATATACTATTGTTGGCTATAGCCATCCTACGGTGCTGTAGAATACTAGAA	195500
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AC103969.4	201	ATATACTATTGTTGGCTATAGCCATCTTACGGTGCTGTAGAATACTAGAA	250

skip 2872 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC009878.9 - 198372 bps
Hit
AC103969.4 - 121054 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3122 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.968031221952511983721131221
Short-link