<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps
Full alignment
AL591721.7 1 GATCCCACATCGCAGTTAAGTCATCATGCCACTTTAGTCTCTCCAATCTA 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181307 GATCCCACATCGCAGTTAAGTCATCATGCCACTTTAGTCTCTCCAATCTA 181356 AL591721.7 51 TGAGTGTTCCATCATCATTCTTTGCCTATCATGAGGCTAACACTTTTAAA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181357 TGAGTGTTCCATCATCATTCTTTGCCTATCATGAGGCTAACACTTTTAAA 181406 AL591721.7 101 GTTATCAGGCCAGGTATTTCGAGGAATGTCCCTCCCTGTGAGTTCTTCAG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181407 GTTATCAGGCCAGGTATTTCGAGGAATGTCCCTCCCTGTGAGTTCTTCAG 181456 AL591721.7 151 GTTTCCTCATGATTATACTGAGGTTATGCATCTTGGAGGAGAGCACTTCA 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181457 GTTTCCTCATGATTATACTGAGGTTATGCATCTTGGAGGAGAGCACTTCA 181506 AL591721.7 201 AAAGTACTGTGCCCTTCTCAGAGCATCTTATCATGGGTTCCATGAAGTCA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181507 AAAGTACTGTGCCCTTCTCAGAGCATCTTATCATGGGTTCCATGAAGTCA 181556 AL591721.7 251 ACATCTTACTTACTGGTGATGTTAACCGTGATCACTTGGTTAAAACTGTG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181557 ACATCTTACTTACTGGTGATGTTAACCGTGATCACTTGGTTAAAACTGTG 181606 AL591721.7 301 TTTTCCAGATCTCTCCACTGTAAAGTTAGTCATTTTACCTTTGTAAATGA 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181607 TTTTCCAGATCTCTCCACTGTAAAGTTAGTCATTTTACCTTTGTAAATGA 181656 AL591721.7 351 TAAATGTTCACAGGGAGATATCTTGAGAGTATGGAAATATCCTCTTTCCT 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181657 TAAATGTTCACAGGGAGATATCTTGAGAGTATGGAAATATCCTCTTTCCT 181706 AL591721.7 401 AAACTTTTGCTTACTAATTTTAATATTCATAGGTGAATTCTGAATGAGCA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181707 AAACTTTTGCTTACTAATTTTAATATTCATAGGTGAATTCTGAATGAGCA 181756 AL591721.7 451 ATTTTCACTCTGGAGTTCTAATGGTGATTTGATTTTCTACTCTACTCACC 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181757 ATTTTCACTCTGGAGTTCTAATGGTGATTTGATTTTCTACTCTACTCACC 181806 AL591721.7 501 TCTTTTACATTAATTGGAATTCATCTGTAAGGAAGACATGTCCCTCTCAA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181807 TCTTTTACATTAATTGGAATTCATCTGTAAGGAAGACATGTCCCTCTCAA 181856 AL591721.7 551 CACTTTATTTAGACAATCAATCACTTATTTATGCAATATAGACTCATGAT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181857 CACTTTATTTAGACAATCAATCACTTATTTATGCAATATAGACTCATGAT 181906 AL591721.7 601 TACATATTTCATCCTTTGGATCATAAACTAACACTATATTTACTTTATTA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181907 TACATATTTCATCCTTTGGATCATAAACTAACACTATATTTACTTTATTA 181956 AL591721.7 651 CTGAAATTGTTTCAGCTTCTGCTACAGGACCCTTCAGCTTGGGCTGTTTT 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 181957 CTGAAATTGTTTCAGCTTCTGCTACAGGACCCTTCAGCTTGGGCTGTTTT 182006 AL591721.7 701 CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTT-AAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA 749 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182007 CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTTTAAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA 182056 AL591721.7 750 CAAAATTCTCCACGCTCATCTTTTTTTCTCCCCCTATACTAGTGCTGAAA 799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182057 CAAAATTCTCCACGCTCATCTTTTTTTCTCCCCCTATACTAGTGCTGAAA 182106 AL591721.7 800 TCAGTCGCGTCCTCAAGGAGCCTTGGTTCCTTTTATTGGAGAATAATAGT 849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182107 TCAGTCGCGTCCTCAAGGAGCCTTGGTTCCTTTTATTGGAGAATAATAGT 182156 AL591721.7 850 TAGAAACCCAGATCTGGCTGCTAGATGTGCTCATTAACATCATATTTAAT 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182157 TAGAAACCCAGATCTGGCTGCTAGATGTGCTCATTAACATCATATTTAAT 182206 AL591721.7 900 GGTAAAAGGTGCTTTTCTCCCTAAGACTAGAAACAAAGTCAGGATGCTCA 949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182207 GGTAAAAGGTGCTTTTCTCCCTAAGACTAGAAACAAAGTCAGGATGCTCA 182256 AL591721.7 950 CTCTTACCACTATTCAACATTATAATGAAGGTCTTAGCCAATACAGCAAG 999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182257 CTCTTACCACTATTCAACATTATAATGAAGGTCTTAGCCAATACAGCAAG 182306 AL591721.7 1000 GCAAAAGAAGAAAGGAAATGCATACAGATTAGAAATGAAGTAAAACTTTA 1049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182307 GCAAAAGAAGAAAGGAAATGCATACAGATTAGAAATGAAGTAAAACTTTA 182356 AL591721.7 1050 TTTACAGAAGATATGATTGTCTGTGCAGAGAATTGTAAGTAATCTACAAA 1099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182357 TTTACAGAAGATATGATTGTCTGTGCAGAGAATTGTAAGTAATCTACAAA 182406 AL591721.7 1100 AAAGGTTACTACAACTAATTCTTGCAAGCCTGCAGGAGAAAAGGTCAATA 1149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182407 AAAGGTTACTACAACTAATTCTTGCAAGCCTGCAGGAGAAAAGGTCAATA 182456 AL591721.7 1150 TGAAAAAACCAACTGTATTTCTATATACTGGCAGTAAAACAAAGTGAAAA 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182457 TGAAAAAACCAACTGTATTTCTATATACTGGCAGTAAAACAAAGTGAAAA 182506 AL591721.7 1200 TGAAATTTTAAATATCATTTCCCTTGGAAGACATGAAACACACGTAAGGA 1249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182507 TGAAATTTTAAATATCATTTCCCTTGGAAGACATGAAACACACGTAAGGA 182556 AL591721.7 1250 TAAACCTAACAAAATTTGTGTAAGACTTAAACATTGAAAATTACAAAACA 1299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182557 TAAACCTAACAAAATTTGTGTAAGACTTAAACATTGAAAATTACAAAACA 182606 AL591721.7 1300 TTACTGTGAGAAATTAAAGACCACCTAAATAAATGGAGAAATAAATTGCA 1349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182607 TTACTGTGAGAAATTAAAGACCACCTAAATAAATGGAGAAATAAATTGCA 182656 AL591721.7 1350 TTCATGGATCTGAAGACTCATTGTTAAGATGTCAGCTCTTCCTAAATTTA 1399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182657 TTCATGGATCTGAAGACTCATTGTTAAGATGTCAGCTCTTCCTAAATTTA 182706 AL591721.7 1400 TCTACAGATTCAACACAATCTCACACAAAATCTTAGCAGACTGACAGAGT 1449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182707 TCTACAGATTCAACACAATCTCACACAAAATCTTAGCAGACTGACAGAGT 182756 AL591721.7 1450 GTAAAATTTACGTAGAAATCTATATAGACATTAATCTAGATAAATTCATG 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182757 GTAAAATTTACGTAGAAATCTATATAGACATTAATCTAGATAAATTCATG 182806 AL591721.7 1500 CTATAAAACACCCTGCTAGAGAATCTTAAAAGCTTGAAGGTAGTTAAAGG 1549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182807 CTATAAAACACCCTGCTAGAGAATCTTAAAAGCTTGAAGGTAGTTAAAGG 182856 AL591721.7 1550 ATCATATCTTTTGCATGAGTAAATGACCTGTCCATTTCCACAAAGAAAGC 1599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182857 ATCATATCTTTTGCATGAGTAAATGACCTGTCCATTTCCACAAAGAAAGC 182906 AL591721.7 1600 AAGAAGCAAATCCAGGACCAGGATCCAACTTTGTTCTTTCATGTTTTGAT 1649 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182907 AAGAAGCAAATCCAGGACCAGGATCCAACTTTGTTCTTTCATGTTTTGAT 182956 AL591721.7 1650 ACTGTGCTCTTTAGAGTGGTACATCATGCTACTTGTAATTAAGATTACTT 1699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182957 ACTGTGCTCTTTAGAGTGGTACATCATGCTACTTGTAATTAAGATTACTT 183006 AL591721.7 1700 TCACTTTTTACTTTGCCTAGAAAGAGATTCAGATCTCCTCAACAGATGCC 1749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 183007 TCACTTTTTACTTTGCCTAGAAAGAGATTCAGATCTCCTCAACAGATGCC 183056 AL591721.7 1750 AGAATCTCTAGATGTGCCATCACCTCTCGATGTGCAGCAATAAGTAGAAA 1799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 183057 AGAATCTCTAGATGTGCCATCACCTCTCGATGTGCAGCAATAAGTAGAAA 183106 AL591721.7 1800 AATAACCAATAATTATGTGATAATAAATTAAGAATAAATTTATCAAAACA 1849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 183107 AATAACCAATAATTATGTGATAATAAATTAAGAATAAATTTATCAAAACA 183156 AL591721.7 1850 ATAAAAATGTAACAATAATCCCTGATCTTAGGAATGAATTGACTTTTACA 1899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 183157 ATAAAAATGTAACAATAATCCCTGATCTTAGGAATGAATTGACTTTTACA 183206 AL591721.7 1900 ATAAATTACACATTTTAAAGATATAAGGACTCCATTAAAATGTTTTATTT 1949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 183207 ATAAATTACACATTTTAAAGATATAAGGACTCCATTAAAATGTTTTATTT 183256 AL591721.7 1950 TATAAATTATTTAGTAATTTACACTAAAACACTGAAATTTTAACTGAATT 1999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 183257 TATAAATTATTTAGTAATTTACACTAAAACACTGAAATTTTAACTGAATT 183306 AL591721.7 2000 C 2000 | AC096539.2 183307 C 183307
Compact alignment
skip 700 bps 100% identity alignment AL591721.7 701 CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTT-AAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA 749 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| AC096539.2 182007 CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTTTAAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA 182056 skip 1251 bps 100% identity alignment
