<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL591721.7	1	GATCCCACATCGCAGTTAAGTCATCATGCCACTTTAGTCTCTCCAATCTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181307	GATCCCACATCGCAGTTAAGTCATCATGCCACTTTAGTCTCTCCAATCTA	181356

AL591721.7	51	TGAGTGTTCCATCATCATTCTTTGCCTATCATGAGGCTAACACTTTTAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181357	TGAGTGTTCCATCATCATTCTTTGCCTATCATGAGGCTAACACTTTTAAA	181406

AL591721.7	101	GTTATCAGGCCAGGTATTTCGAGGAATGTCCCTCCCTGTGAGTTCTTCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181407	GTTATCAGGCCAGGTATTTCGAGGAATGTCCCTCCCTGTGAGTTCTTCAG	181456

AL591721.7	151	GTTTCCTCATGATTATACTGAGGTTATGCATCTTGGAGGAGAGCACTTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181457	GTTTCCTCATGATTATACTGAGGTTATGCATCTTGGAGGAGAGCACTTCA	181506

AL591721.7	201	AAAGTACTGTGCCCTTCTCAGAGCATCTTATCATGGGTTCCATGAAGTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181507	AAAGTACTGTGCCCTTCTCAGAGCATCTTATCATGGGTTCCATGAAGTCA	181556

AL591721.7	251	ACATCTTACTTACTGGTGATGTTAACCGTGATCACTTGGTTAAAACTGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181557	ACATCTTACTTACTGGTGATGTTAACCGTGATCACTTGGTTAAAACTGTG	181606

AL591721.7	301	TTTTCCAGATCTCTCCACTGTAAAGTTAGTCATTTTACCTTTGTAAATGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181607	TTTTCCAGATCTCTCCACTGTAAAGTTAGTCATTTTACCTTTGTAAATGA	181656

AL591721.7	351	TAAATGTTCACAGGGAGATATCTTGAGAGTATGGAAATATCCTCTTTCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181657	TAAATGTTCACAGGGAGATATCTTGAGAGTATGGAAATATCCTCTTTCCT	181706

AL591721.7	401	AAACTTTTGCTTACTAATTTTAATATTCATAGGTGAATTCTGAATGAGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181707	AAACTTTTGCTTACTAATTTTAATATTCATAGGTGAATTCTGAATGAGCA	181756

AL591721.7	451	ATTTTCACTCTGGAGTTCTAATGGTGATTTGATTTTCTACTCTACTCACC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181757	ATTTTCACTCTGGAGTTCTAATGGTGATTTGATTTTCTACTCTACTCACC	181806

AL591721.7	501	TCTTTTACATTAATTGGAATTCATCTGTAAGGAAGACATGTCCCTCTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181807	TCTTTTACATTAATTGGAATTCATCTGTAAGGAAGACATGTCCCTCTCAA	181856

AL591721.7	551	CACTTTATTTAGACAATCAATCACTTATTTATGCAATATAGACTCATGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181857	CACTTTATTTAGACAATCAATCACTTATTTATGCAATATAGACTCATGAT	181906

AL591721.7	601	TACATATTTCATCCTTTGGATCATAAACTAACACTATATTTACTTTATTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181907	TACATATTTCATCCTTTGGATCATAAACTAACACTATATTTACTTTATTA	181956

AL591721.7	651	CTGAAATTGTTTCAGCTTCTGCTACAGGACCCTTCAGCTTGGGCTGTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	181957	CTGAAATTGTTTCAGCTTCTGCTACAGGACCCTTCAGCTTGGGCTGTTTT	182006

AL591721.7	701	CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTT-AAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA	749
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182007	CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTTTAAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA	182056

AL591721.7	750	CAAAATTCTCCACGCTCATCTTTTTTTCTCCCCCTATACTAGTGCTGAAA	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182057	CAAAATTCTCCACGCTCATCTTTTTTTCTCCCCCTATACTAGTGCTGAAA	182106

AL591721.7	800	TCAGTCGCGTCCTCAAGGAGCCTTGGTTCCTTTTATTGGAGAATAATAGT	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182107	TCAGTCGCGTCCTCAAGGAGCCTTGGTTCCTTTTATTGGAGAATAATAGT	182156

AL591721.7	850	TAGAAACCCAGATCTGGCTGCTAGATGTGCTCATTAACATCATATTTAAT	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182157	TAGAAACCCAGATCTGGCTGCTAGATGTGCTCATTAACATCATATTTAAT	182206

AL591721.7	900	GGTAAAAGGTGCTTTTCTCCCTAAGACTAGAAACAAAGTCAGGATGCTCA	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182207	GGTAAAAGGTGCTTTTCTCCCTAAGACTAGAAACAAAGTCAGGATGCTCA	182256

AL591721.7	950	CTCTTACCACTATTCAACATTATAATGAAGGTCTTAGCCAATACAGCAAG	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182257	CTCTTACCACTATTCAACATTATAATGAAGGTCTTAGCCAATACAGCAAG	182306

AL591721.7	1000	GCAAAAGAAGAAAGGAAATGCATACAGATTAGAAATGAAGTAAAACTTTA	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182307	GCAAAAGAAGAAAGGAAATGCATACAGATTAGAAATGAAGTAAAACTTTA	182356

AL591721.7	1050	TTTACAGAAGATATGATTGTCTGTGCAGAGAATTGTAAGTAATCTACAAA	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182357	TTTACAGAAGATATGATTGTCTGTGCAGAGAATTGTAAGTAATCTACAAA	182406

AL591721.7	1100	AAAGGTTACTACAACTAATTCTTGCAAGCCTGCAGGAGAAAAGGTCAATA	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182407	AAAGGTTACTACAACTAATTCTTGCAAGCCTGCAGGAGAAAAGGTCAATA	182456

AL591721.7	1150	TGAAAAAACCAACTGTATTTCTATATACTGGCAGTAAAACAAAGTGAAAA	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182457	TGAAAAAACCAACTGTATTTCTATATACTGGCAGTAAAACAAAGTGAAAA	182506

AL591721.7	1200	TGAAATTTTAAATATCATTTCCCTTGGAAGACATGAAACACACGTAAGGA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182507	TGAAATTTTAAATATCATTTCCCTTGGAAGACATGAAACACACGTAAGGA	182556

AL591721.7	1250	TAAACCTAACAAAATTTGTGTAAGACTTAAACATTGAAAATTACAAAACA	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182557	TAAACCTAACAAAATTTGTGTAAGACTTAAACATTGAAAATTACAAAACA	182606

AL591721.7	1300	TTACTGTGAGAAATTAAAGACCACCTAAATAAATGGAGAAATAAATTGCA	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182607	TTACTGTGAGAAATTAAAGACCACCTAAATAAATGGAGAAATAAATTGCA	182656

AL591721.7	1350	TTCATGGATCTGAAGACTCATTGTTAAGATGTCAGCTCTTCCTAAATTTA	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182657	TTCATGGATCTGAAGACTCATTGTTAAGATGTCAGCTCTTCCTAAATTTA	182706

AL591721.7	1400	TCTACAGATTCAACACAATCTCACACAAAATCTTAGCAGACTGACAGAGT	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182707	TCTACAGATTCAACACAATCTCACACAAAATCTTAGCAGACTGACAGAGT	182756

AL591721.7	1450	GTAAAATTTACGTAGAAATCTATATAGACATTAATCTAGATAAATTCATG	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182757	GTAAAATTTACGTAGAAATCTATATAGACATTAATCTAGATAAATTCATG	182806

AL591721.7	1500	CTATAAAACACCCTGCTAGAGAATCTTAAAAGCTTGAAGGTAGTTAAAGG	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182807	CTATAAAACACCCTGCTAGAGAATCTTAAAAGCTTGAAGGTAGTTAAAGG	182856

AL591721.7	1550	ATCATATCTTTTGCATGAGTAAATGACCTGTCCATTTCCACAAAGAAAGC	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182857	ATCATATCTTTTGCATGAGTAAATGACCTGTCCATTTCCACAAAGAAAGC	182906

AL591721.7	1600	AAGAAGCAAATCCAGGACCAGGATCCAACTTTGTTCTTTCATGTTTTGAT	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182907	AAGAAGCAAATCCAGGACCAGGATCCAACTTTGTTCTTTCATGTTTTGAT	182956

AL591721.7	1650	ACTGTGCTCTTTAGAGTGGTACATCATGCTACTTGTAATTAAGATTACTT	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182957	ACTGTGCTCTTTAGAGTGGTACATCATGCTACTTGTAATTAAGATTACTT	183006

AL591721.7	1700	TCACTTTTTACTTTGCCTAGAAAGAGATTCAGATCTCCTCAACAGATGCC	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	183007	TCACTTTTTACTTTGCCTAGAAAGAGATTCAGATCTCCTCAACAGATGCC	183056

AL591721.7	1750	AGAATCTCTAGATGTGCCATCACCTCTCGATGTGCAGCAATAAGTAGAAA	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	183057	AGAATCTCTAGATGTGCCATCACCTCTCGATGTGCAGCAATAAGTAGAAA	183106

AL591721.7	1800	AATAACCAATAATTATGTGATAATAAATTAAGAATAAATTTATCAAAACA	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	183107	AATAACCAATAATTATGTGATAATAAATTAAGAATAAATTTATCAAAACA	183156

AL591721.7	1850	ATAAAAATGTAACAATAATCCCTGATCTTAGGAATGAATTGACTTTTACA	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	183157	ATAAAAATGTAACAATAATCCCTGATCTTAGGAATGAATTGACTTTTACA	183206

AL591721.7	1900	ATAAATTACACATTTTAAAGATATAAGGACTCCATTAAAATGTTTTATTT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	183207	ATAAATTACACATTTTAAAGATATAAGGACTCCATTAAAATGTTTTATTT	183256

AL591721.7	1950	TATAAATTATTTAGTAATTTACACTAAAACACTGAAATTTTAACTGAATT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	183257	TATAAATTATTTAGTAATTTACACTAAAACACTGAAATTTTAACTGAATT	183306

AL591721.7	2000	C	2000
			|
AC096539.2	183307	C	183307

Compact alignment

skip 700 bps 100% identity alignment

AL591721.7	701	CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTT-AAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA	749
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AC096539.2	182007	CTAGGTCTTGCCTTTTTTTTTTAAGGCTCCCTCCTTACTTTCTGACACCA	182056

skip 1251 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL591721.7 - 83114 bps
Hit
AC096539.2 - 183307 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link