<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2004 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AC097314.27	78498	AATTCCCCTGAGGAATACCAACTCTTCATGTGCAGAGAAGTGGAAGTATA	78547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1	AATTCCCCTGAGGAATACCAACTCTTCATGTGCAGAGAAGTGGAAGTATA	50

AC097314.27	78548	GAAATTCAATTATCCATCTTCTCTCAGCCGATGAACAGCTAGAGGCTGGA	78597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	51	GAAATTCAATTATCCATCTTCTCTCAGCCGATGAACAGCTAGAGGCTGGA	100

AC097314.27	78598	AACGCAGGTTCAATTGAAAGTTAGAAGCTGCTGCCCTGGAAATGTACACA	78647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	101	AACGCAGGTTCAATTGAAAGTTAGAAGCTGCTGCCCTGGAAATGTACACA	150

AC097314.27	78648	CTATCGCTGAGCGAGGACCTTTTCATGCACTGTGTGGGCACGTGCACACA	78697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	151	CTATCGCTGAGCGAGGACCTTTTCATGCACTGTGTGGGCACGTGCACACA	200

AC097314.27	78698	CACCCACCCACACACACGGGTACGCGCGCGCGCACACACACACAATTGAT	78747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	201	CACCCACCCACACACACGGGTACGCGCGCGCGCACACACACACAATTGAT	250

AC097314.27	78748	TTCCTCTCTAAAGTGGCAAGAAGAAGCTGCCTGGCTGCAAGCCTTGCTGG	78797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	251	TTCCTCTCTAAAGTGGCAAGAAGAAGCTGCCTGGCTGCAAGCCTTGCTGG	300

AC097314.27	78798	CATGGGTCATGCCATCTACAAAACTGTTCCCTTGCTCCCCACTTCTGCTC	78847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	301	CATGGGTCATGCCATCTACAAAACTGTTCCCTTGCTCCCCACTTCTGCTC	350

AC097314.27	78848	GAAAACCTTTCACAGACTGCAGATTCAAGGGAAAGCCACGCCAGCCACCC	78897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	351	GAAAACCTTTCACAGACTGCAGATTCAAGGGAAAGCCACGCCAGCCACCC	400

AC097314.27	78898	GGCTATCTGCTGGGAGACCCTGAGGTGGGCTCTTCTCTTTGCCGTCAGCA	78947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	401	GGCTATCTGCTGGGAGACCCTGAGGTGGGCTCTTCTCTTTGCCGTCAGCA	450

AC097314.27	78948	GGAAGAGGGTCTCCTCCCTCCCACCTGTGTCATCCTGGGGGAAGAGCTGT	78997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	451	GGAAGAGGGTCTCCTCCCTCCCACCTGTGTCATCCTGGGGGAAGAGCTGT	500

AC097314.27	78998	CTCTGGAATGGAAACACCGGGTAGAAGGGTGCAGAGGAGAGATTGCATCG	79047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	501	CTCTGGAATGGAAACACCGGGTAGAAGGGTGCAGAGGAGAGATTGCATCG	550

AC097314.27	79048	CCACTTTAGTGCTTGATGAATTCCTTTTTCCCCGACCCACACAGCCCTCT	79097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	551	CCACTTTAGTGCTTGATGAATTCCTTTTTCCCCGACCCACACAGCCCTCT	600

AC097314.27	79098	GATATCATGGTCCATTTTCCTGGCATCCTTCCTCAGCTGCAAATCCATCC	79147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	601	GATATCATGGTCCATTTTCCTGGCATCCTTCCTCAGCTGCAAATCCATCC	650

AC097314.27	79148	TAGACCATAGCAGGGGAGGCTATTTTTACCTGGGTCAGGTCCTATCTTCT	79197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	651	TAGACCATAGCAGGGGAGGCTATTTTTACCTGGGTCAGGTCCTATCTTCT	700

AC097314.27	79198	CCTTTGTTCCTGTTTCTGAAGGTCAGGAATGCCTTACCCTCGGGAGCCAG	79247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	701	CCTTTGTTCCTGTTTCTGAAGGTCAGGAATGCCTTACCCTCGGGAGCCAG	750

AC097314.27	79248	GCTCTCAGACAAAGGCTCTCCAACCCTGAAGCTCTTTCTGTCTCCCAGAA	79297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	751	GCTCTCAGACAAAGGCTCTCCAACCCTGAAGCTCTTTCTGTCTCCCAGAA	800

AC097314.27	79298	CCATGGGGCATCGGTGCTGGGGTCACTGCATGCAGGTATAAAATTTTCCC	79347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	801	CCATGGGGCATCGGTGCTGGGGTCACTGCATGCAGGTATAAAATTTTCCC	850

AC097314.27	79348	TCAGTAGTGTCTCACTGCAGGCAGGCGAAGACTTCTACCAGGCATCGTGG	79397
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	851	TCAGTAGTGTGTCACTGCAGGCAGGCGAAGACTTCTACCAGGCATCGTGG	900

AC097314.27	79398	AACAGCTCCTGCTCACCGGTGTTAGGGGCCACAGGGAGCGGAGACAAAAA	79447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	901	AACAGCTCCTGCTCACCGGTGTTAGGGGCCACAGGGAGCGGAGACAAAAA	950

AC097314.27	79448	TCAGGGCATGAAAGGCCTGAATTGTGTATTTGCTGGGAAACTGGGTGGTC	79497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	951	TCAGGGCATGAAAGGCCTGAATTGTGTATTTGCTGGGAAACTGGGTGGTC	1000

AC097314.27	79498	CCTGTTCTTACCATGTCATGGATTCCTGGTGCAAGCCCTATGCCCCTGTC	79547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1001	CCTGTTCTTACCATGTCATGGATTCCTGGTGCAAGCCCTATGCCCCTGTC	1050

AC097314.27	79548	CAACAGCCCCAGCTCCCTCCCTCCCTTAAAGAGAGTATTCAGGATGCCCA	79597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1051	CAACAGCCCCAGCTCCCTCCCTCCCTTAAAGAGAGTATTCAGGATGCCCA	1100

AC097314.27	79598	GCTAGGGAGGAACTACCTCCTTTCCCAAGAATTTGGGCTCCTTCGGCCTT	79647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1101	GCTAGGGAGGAACTACCTCCTTTCCCAAGAATTTGGGCTCCTTCGGCCTT	1150

AC097314.27	79648	CTGTGCTGTGCCCTGACCTGTTCGTGTCTCCACCAGACATCAGCCCTAAA	79697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1151	CTGTGCTGTGCCCTGACCTGTTCGTGTCTCCACCAGACATCAGCCCTAAA	1200

AC097314.27	79698	CACAGCTCACACTTCAGGAAAAATGTGTGTGCACCCACGTGCCACCATGC	79747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1201	CACAGCTCACACTTCAGGAAAAATGTGTGTGCACCCACGTGCCACCATGC	1250

AC097314.27	79748	CTGTCTCTCCATTCCCCAGGGCTAAGCCCCAGAGAGTAAGGGACAAACGT	79797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1251	CTGTCTCTCCATTCCCCAGGGCTAAGCCCCAGAGAGTAAGGGACAAACGT	1300

AC097314.27	79798	GGGGTGGAGGGCTTTCTGTGATGCGAGGGCAGAAACCTGGATCCTTACAC	79847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1301	GGGGTGGAGGGCTTTCTGTGATGCGAGGGCAGAAACCTGGATCCTTACAC	1350

AC097314.27	79848	TAAGGCGTCTGTGTGCATCGCCCCTTTATCACGGGACTGAGTCTCACACC	79897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1351	TAAGGCGTCTGTGTGCATCGCCCCTTTATCACGGGACTGAGTCTCACACC	1400

AC097314.27	79898	AAGACGTCTGCCTCACCCCTTCATCACAGAACCCAGTCTCCCCCTTCCCC	79947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1401	AAGACGTCTGCCTCACCCCTTCATCACAGAACCCAGTCTCCCCCTTCCCC	1450

AC097314.27	79948	TTATAGAAGCTGTGACTCTGGGCAAGGGTGTGTACTTTTTTCCTGCCTGG	79997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1451	TTATAGAAGCTGTGACTCTGGGCAAGGGTGTGTACTTTTTTCCTGCCTGG	1500

AC097314.27	79998	GCCCATCCTGCTTGGTATCAGCAATGAGTTAGTTGCAACTTGAAACCCCC	80047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1501	GCCCATCCTGCTTGGTATCAGCAATGAGTTAGTTGCAACTTGAAACCCCC	1550

AC097314.27	80048	TTCCCTGTACAAGAGACACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAAGGGGCAG	80097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1551	TTCCCTGTACAAGAGACACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAAGGGGCAG	1600

AC097314.27	80098	CTTCTCTCCATGAGCACCTTCATTCTTTGATGAGAATATCGCAGCTCACC	80147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1601	CTTCTCTCCATGAGCACCTTCATTCTTTGATGAGAATATCGCAGCTCACC	1650

AC097314.27	80148	CATACCGGGGTGCAGGGTGAGAGTGAGGAAAAGAGGAAAGGAAGGGGACT	80197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1651	CATACCGGGGTGCAGGGTGAGAGTGAGGAAAAGAGGAAAGGAAGGGGACT	1700

AC097314.27	80198	CCCAAAGAAGGGGTGAGATGCAAGACCTGGACGAGAGAGATATCCACCGC	80247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1701	CCCAAAGAAGGGGTGAGATGCAAGACCTGGACGAGAGAGATATCCACCGC	1750

AC097314.27	80248	TGCGCTGGAGAGAGGGGGCCGGGAAAAGCAGAGAGGTGGGAGAGGTGATG	80297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1751	TGCGCTGGAGAGAGGGGGCCGGGAAAAGCAGAGAGGTGGGAGAGGTGATG	1800

AC097314.27	80298	GAAAGGCGCGCAGTCGGGGACGCCTGCTCTCCCCCGACCCTCCCCATCTG	80347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1801	GAAAGGCGCGCAGTCGGGGACGCCTGCTCTCCCCCGACCCTCCCCATCTG	1850

AC097314.27	80348	CAAAGGGAGGCCCCCCGCCCAGTGCCGCAGCCCCTCCCCGCGCGCTCGCC	80397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1851	CAAAGGGAGGCCCCCCGCCCAGTGCCGCAGCCCCTCCCCGCGCGCTCGCC	1900

AC097314.27	80398	CCCGCGCCTCCCTCCCGCGCCCCCGCGCCCCCCGCCGCCAGTGGACGGCT	80447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1901	CCCGCGCCTCCCTCCCGCGCCCCCGCGCCCCCCGCCGCCAGTGGACGGCT	1950

AC097314.27	80448	GCGCGCTGCTGCCCGCGGGGCTGGCGTTTCCACCTGTCACCGCGCCGCCT	80497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	1951	GCGCGCTGCTGCCCGCGGGGCTGGCGTTTCCACCTGTCACCGCGCCGCCT	2000

AC097314.27	80498	CCGC	80501
			||||
AC079176.15	2001	CCGC	2004

Compact alignment

skip 850 bps 100% identity alignment

AC097314.27	79348	TCAGTAGTGTCTCACTGCAGGCAGGCGAAGACTTCTACCAGGCATCGTGG	79397
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC079176.15	851	TCAGTAGTGTGTCACTGCAGGCAGGCGAAGACTTCTACCAGGCATCGTGG	900

skip 1104 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC097314.27 - 80501 bps
Hit
AC079176.15 - 186278 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2004 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95010200478498805011120041
Short-link