<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1749 bps / non-identical: 1749 bps

Full alignment

AC009240.6	8	TTCCTTCAGATGTGTCCAGCGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTT	57
			||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
AC024250.6	41776	TTCCTTCAGATGTGTCCAGTGTTCCTTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTT	41825

AC009240.6	58	CCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACCTTACTGTTGAGTGTTACAGCAA	107
			 ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| 
AC024250.6	41826	GCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACCTTACCGGTGAGTGTTACAGCAC	41875

AC009240.6	108	TTAAAGTTGTTATATCCAGAGTTTGTTCCTTCAGATGTTTCCAGAGTTTC	157
			|||||| |||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||
AC024250.6	41876	TTAAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTGTTCCTTCAAAGTTTTCCAGAGTTTC	41925

AC009240.6	158	TTCCTTCTGGCAGGTTCGTGGTCTTGCTCACATCTTTAATGAAGCTGCAG	207
			||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AC024250.6	41926	TTCCTTCTGACAGGTTCGTGGTCTTGCTCACTTCTTTAATGAAGCTGCAG	41975

AC009240.6	208	ACCTTACTGGTGAGTCTTACAGCACTTAAAGGTGTTATGTCCAGATTTTG	257
			||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||
AC024250.6	41976	ACCTTACTGGTGAGAGTTACAGCACTTAAAGGTGTTATGTCCAGTGTTTG	42025

AC009240.6	258	TTTCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTCTTCCTTCTTGCAGTTTCGTGGTCTT	307
			|| |||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| |||||||
AC024250.6	42026	TTCCTTCAGATGTGTCCAGGGTTTCTGTCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTT	42075

AC009240.6	308	CCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACCTTACTGGTGAGTGTTACAGCAC	357
			 ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||
AC024250.6	42076	GCTCACTTCAAGAATGAACCTGCAGACCTTAGTCGTGAGTGTTACAGCAC	42125

AC009240.6	358	TTTAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTGTTCCTTCAGTTGTGTCCAGAGTGTC	407
			|| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | || ||
AC024250.6	42126	TTAAAGGTGTTATGTTCAGAGTTTTTTCCTTCAGATGTGTCCGGCGTTTC	42175

AC009240.6	408	TTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTTGCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	457
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AC024250.6	42176	TTCCTTCTGGCAGGTTCATCGTCTTGCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	42225

AC009240.6	458	ACCTTACTGGTGAGTGTTACAGCACTTAAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTG	507
			|||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC024250.6	42226	ACCTTACCTGTGAGGGTTACAGCACTTAAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTG	42275

AC009240.6	508	TTACTTCACATGTGTCCAGGGTTTCTGTCTTATGGCAGGTACATGGTCTT	557
			|| ||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||| ||
AC024250.6	42276	TTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTGTT	42325

AC009240.6	558	GCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGAGCTTACTAGTGAGTGTTACAGCAC	607
			|||||||||||||||||||||||||| | || |  |||||||||||||||
AC024250.6	42326	GCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACCCTAGTGTTGAGTGTTACAGCAC	42375

AC009240.6	608	TTGAAGGTGTTATGTGCAGAGTTTTTTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTC	657
			|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
AC024250.6	42376	TTAAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTTTTCCTTCAGATGTCTCCAGAGTTTC	42425

AC009240.6	658	TTCCTTCTTGCAGGTTCGTGGTCTTGCTCACTTCCTTAATGAAGCTGCAG	707
			|||||||| | ||||||||||||||| |||||||   ||||| |||||||
AC024250.6	42426	TTCCTTCTGGAAGGTTCGTGGTCTTGTTCACTTCAAGAATGATGCTGCAG	42475

AC009240.6	708	ACCTTACTGGTGAGTGTTACAGCACTTAAAGGTTTTAGGTCCAGAGTTTG	757
			|||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| 
AC024250.6	42476	ACCTTAGTGGTGAGTGTTACAGCACTAAAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTC	42525

AC009240.6	758	TTCCTTCAGATGTGTCCAGTGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTT	807
			||||| ||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
AC024250.6	42526	TTCCTGCAGAAATATCCAGAGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTTATGGTCTT	42575

AC009240.6	808	GCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACTTTTGTGGTGAGTGTTACAGCAG	857
			|||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||
AC024250.6	42576	GCTCACTTTAAGAATGAAGCTGCAGACCTTACTGGTGAGTGTTACAGCAG	42625

AC009240.6	858	TTAAAGTTGTTATGTCCACAATTTGTTCCTTCAGATGTGTCCAGTGTTTC	907
			|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||
AC024250.6	42626	TTAAAGTTGTTATGTCCAGAGTTTGTTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTC	42675

AC009240.6	908	TTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTTGCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	957
			|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AC024250.6	42676	TTCCTTTTGGCAGGTTCAGGGTCTTGCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	42725

AC009240.6	958	ACCTTACTGGTGAGTGTTGCAGTACTTAAAGCTGTTATGTCCAGAGTTTG	1007
			|||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| 
AC024250.6	42726	ACCTTAGTGGTGAGTGTTACAGCTCTTAAAGCTGTTATGTCCAGAGTTTT	42775

AC009240.6	1008	ATCCTTCAGATGTTTCCAGAGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCGTGGTCTT	1057
			 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC024250.6	42776	TTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCGTGGTCTT	42825

AC009240.6	1058	GCTCACTTCTTTAATGAAGCTGCAGACCATACTGGTGAGTGTTACAGCAC	1107
			 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
AC024250.6	42826	CCTCACTTCCTTAATGAAGCTGCAGACCATACTGGTGAGTGTTACAACAC	42875

AC009240.6	1108	TTAAAGGTGTTATGTCCAGAGATTGTTTCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTC	1157
			|||||| ||||||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||
AC024250.6	42876	TTAAAGCTGTTATGTCCAGAGATTTTTGCTTTACATATGTCCAGAGTTTC	42925

AC009240.6	1158	TTCCTTCTGGCAGTTTCGTGGTCTTCCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	1207
			||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||
AC024250.6	42926	TTCCTTCTGACAGTTTCATGGTCTTGCTCACTTTATGAATGAAGCTGCAG	42975

AC009240.6	1208	ACCTTAGTGTTGAGTGTTACAGCACGTAAAGGTGTTATGTCCAGAGTTTG	1257
			|||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
AC024250.6	42976	ACCTTACTGGTGAGTGTTACAGCACTTAAAGGTGTTATTTCCAGAGTTTG	43025

AC009240.6	1258	TTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTGTCTTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTT	1307
			||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
AC024250.6	43026	TTCCTTCAGATATGTCCAGAGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCCTGGTCTT	43075

AC009240.6	1308	GCTCACTTCACTAATGAAGCTGCAGACCTTACTGGGGAGTGTTACAGCAC	1357
			||||||||||  ||||||||||||||||||   || |||||||||| |||
AC024250.6	43076	GCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACCTTTGCGGTGAGTGTTACAACAC	43125

AC009240.6	1358	TTTAAGGTGTTTTGTGCAGAGTTTCTTCCTTCAGATGTGTCCAGTGTTTC	1407
			 | |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||
AC024250.6	43126	CTAAAGGTGTTATATCCAGAGTTTCTTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTC	43175

AC009240.6	1408	TTCCTTCTGGCAGGTTCATGGTCTTGCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	1457
			||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AC024250.6	43176	TTCCTTCTGTCAGGTTCACGGTCTTGCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAG	43225

AC009240.6	1458	ACTTTTGTGGTGAGTGTTACAGCAGTTAACGTTGTTATGTCCACAATTTG	1507
			|| ||  || | ||||| |||||| |||| | |||||| |||| | ||||
AC024250.6	43226	ACCTTACTGTTTAGTGTAACAGCACTTAAAGGTGTTATTTCCAGAGTTTG	43275

AC009240.6	1508	TTCCTTCAGATGTGTCCAGTGTTTCTTCCTTCTGGCAGTTTCGTGGTCTT	1557
			||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || | ||
AC024250.6	43276	TTCCTTCAGATGTGTCCAGAGTTTCTTCCTTCTGGCAGGTTCATGTTATT	43325

AC009240.6	1558	CCTCACTTCAAGAATGAAGCTGCAGACCTTAGTGTTGAGTGTTACAGCAC	1607
			 ||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
AC024250.6	43326	GCTCCCTTCCCGAATGAAGCTGCAGACCTTACTGTTGAGTGTTAAAGCAC	43375

AC009240.6	1608	TTAAATGTGTTATGTCCAGAGTTTTTTCCTTCAGATATGTCCAGCGTTTC	1657
			| ||  ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||
AC024250.6	43376	TGAACGGTGATATGTCCAGAGTTTGTTCCTTCAGATCTGTCCAGAGTTTC	43425

AC009240.6	1658	TTCCTTCTGACAAGTTCATGGTGTTGCTCACTTCAAGAGTGAAGCTGCAG	1707
			||| ||||  ||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
AC024250.6	43426	TTC-TTCTTGCAGATTCATGGTGTTGCTCACTTGAAGAATGAAGCTGCAG	43474

AC009240.6	1708	ACCTTACTGTTGAGTTTTAAAGCACTTAAAGCTGTTATGTCCAGAGTTT	1756
			|||||  || ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||
AC024250.6	43475	ACCTTTGTGATGAGTGTTACAGCACTTTAAGATGTTATGTCCAGAGTTT	43523

Overview

Query
AC009240.6 - 101290 bps
Hit
AC024250.6 - 43523 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1749 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
190.331204174981756141776435231
288.9932565097269093200511150951
390.36220493233983234615096373691
490.07418461562084927004137373435231
589.162936449684503139030435201
689.462892437484381139154435231
788.952753424984256139277435231
889.332718412574131139401435231
988.632549399984006139527435231
1088.652472387073876139651435181
1188.72398374593753139778435201
1289.762435362573631139901435231
1388.752249350413504140020435211
1489.122202337483381140152435231
1588.912104325613256140270435231
1688.732002312483131140402435231
1788.921940300073006140526435231
1889.231883287192879140653435211
1989.451820275072756140776435231
2090.041784262482631140902435231
2189.591667249982506141026435231
Short-link