<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

C  AC092107.5	2000	GAATTCATTATCACCAGATCTACCTTACAAGAGCTCCTGAATGAAGCACT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1	GAATTCATTATCACCAGATCTACCTTACAAGAGCTCCTGAATGAAGCACT	50

C  AC092107.5	1950	AAATATGGAAAGAAAAGACCATCACCAGCCACTACAAAAATGCACCGAAG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	51	AAATATGGAAAGAAAAGACCATCACCAGCCACTACAAAAATGCACCGAAG	100

C  AC092107.5	1900	TACACAGAACAGTGATGCTAAAAACCAACCACATACACAAGTCTGCAAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	101	TACACAGAACAGTGATGCTAAAAACCAACCACATACACAAGTCTGCAAAA	150

C  AC092107.5	1850	TAACCAGCTGACAGCATGACGACAAGATCCAATCCACACATACCATTACT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	151	TAACCAGCTGACAGCATGACGACAAGATCCAATCCACACATACCATTACT	200

C  AC092107.5	1800	AACCTTAAATGGAAATGGGCTAAATGCTCCGATTGAAAGACACAGGGGGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	201	AACCTTAAATGGAAATGGGCTAAATGCTCCGATTGAAAGACACAGGGGGG	250

C  AC092107.5	1750	CAAGCTGGATAAAGAACCAAGACCAATTTGAGTATGCCATCTCCAAGAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	251	CAAGCTGGATAAAGAACCAAGACCAATTTGAGTATGCCATCTCCAAGAAA	300

C  AC092107.5	1700	CCCATCTCACATGCAGTGCCATACATAGGCTCAAAATAAAGGAATGGAGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	301	CCCATCTCACATGCAGTGCCATACATAGGCTCAAAATAAAGGAATGGAGA	350

C  AC092107.5	1650	AAAATCTTTCAAGCAAATGGAAAACAGAAAAAAGCAGGTGTTGCCCTCCT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	351	AAAATCTTTCAAGCAAATGGAAAACAGAAAAAAGCAGGTGTTGCCCTCCT	400

C  AC092107.5	1600	AGTTTTGACAAAACGTATATACCAATAAAGATTAAAAAAGACAGAGAAGG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	401	AGTTTTGACAAAACGTATATACCAATAAAGATTAAAAAAGACAGAGAAGG	450

C  AC092107.5	1550	ACATTACAAAGATGTCCCTGACCTTTGATAAATCTCATTATTGCTTGATA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	451	ACATTACAAAGATGTCCCTGACCTTTGATAAATCTCATTATTGCTTGATA	500

C  AC092107.5	1500	CCAACCTGGGCTATCTTTATTGCCCAAATCAACAGGATAATTTGCTGAGG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	501	CCAACCTGGGCTATCTTTATTGCCCAAATCAACAGGATAATTTGCTGAGG	550

C  AC092107.5	1450	TTGTGGAGTTTCTCCCCTGCAGAGGGTCCCTGATCTCCCAAAATCTAGTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	551	TTGTGGAGTTTCTCCCCTGCAGAGGGTCCCTGATCTCCCAAAATCTAGTT	600

C  AC092107.5	1400	GAGATCTAAGTTTGATTTTGCTGTACAACTCCTTTTCTGAAGTTTTACTC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	601	GAGATCTAAGTTTGATTTTGCTGTACAACTCCTTTTCTGAAGTTTTACTC	650

C  AC092107.5	1350	ATTTCCAACAAGGAAGGCAAGTTTTCCTGCTTCCACGATGATGGAGAGCA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	651	ATTTCCAACAAGGAAGGCAAGTTTTCCTGCTTCCACGATGATGGAGAGCA	700

C  AC092107.5	1300	GGCACCTCCTTTCCTGAGTTTCAGCTTGCTTCTGACAGGGAAGGTGAGTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	701	GGCACCTCCTTTCCTGAGTTTCAGCTTGCTTCTGACAGGGAAGGTGAGTG	750

C  AC092107.5	1250	TAAGTTTTTTCCAGCTTCTAATATGGCAGAGAACGATCACCAGCCTGAGC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	751	TAAGTTTTTTCCAGCTTCTAATATGGCAGAGAACGATCACCAGCCTGAGC	800

C  AC092107.5	1200	CTTATTTCCAGGTAAGTAGCTGAATTAGAGTTTTGTCTTAAAATTTTTCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	801	CTTATTTCCAGGTAAGTAGCTGAATTAGAGTTTTGTCTTAAAATTTTTCC	850

C  AC092107.5	1150	TTAATGACTAAAATTTAAGATTACTCACCAGCTGCTTTTAATTTCTGCTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	851	TTAATGACTAAAATTTAAGATTACTCACCAGCTGCTTTTAATTTCTGCTT	900

C  AC092107.5	1100	TTAATTTCTCCTTACCATTAGAACACTCAGTAATCATATGAATTGTGCAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	901	TTAATTTCTCCTTACCATTAGAACACTCAGTAATCATATGAATTGTGCAT	950

C  AC092107.5	1050	TTGTTGTTTTGCTTAACTCTTTTTGTTTGTTTATGCTTGGGGTTTTATTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	951	TTGTTGTTTTGCTTAACTCTTTTTGTTTGTTTATGCTTGGGGTTTTATTA	1000

C  AC092107.5	1000	TTGTTGTTTCACTTTTCTCCCATCTCTTCCTGACTTGGTCAAATTCAAAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1001	TTGTTGTTTCACTTTTCTCCCATCTCTTCCTGACTTGGTCAAATTCAAAG	1050

C  AC092107.5	950	GAATGTTCCAAATTGTGGGGAGCAAGGCCTCTGAATTGGCTAAAACTCCT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1051	GAATGTTCCAAATTGTGGGGAGCAAGGCCTCTGAATTGGCTAAAACTCCT	1100

C  AC092107.5	900	ATGGCTGCAAAAAAACAAACAAATAAACAACAACAAAAAACATTCCAGTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1101	ATGGCTGCAAAAAAACAAACAAATAAACAACAACAAAAAACATTCCAGTT	1150

C  AC092107.5	850	AGCAGAAATTATTTTTTAAAACTTTTTTTTTACGTAAGTGGTCTCATCTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1151	AGCAGAAATTATTTTTTAAAACTTTTTTTTTACGTAAGTGGTCTCATCTA	1200

C  AC092107.5	800	CATAAAAAGGCCATTCTTTTGCTAGCCAAGGCCAAAGTGAAGGAGTACTG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1201	CATAAAAAGGCCATTCTTTTGCTAGCCAAGGCCAAAGTGAAGGAGTACTG	1250

C  AC092107.5	750	GTGGTGACCTAATGTGAAGATTCTGCCCTGTTCACTACAGTAACCTGAGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1251	GTGGTGACCTAATGTGAAGATTCTGCCCTGTTCACTACAGTAACCTGAGT	1300

C  AC092107.5	700	TTGATTCCTAAGTCTAGTTCTTTCTGTTTGATATTTGTGTTACTTTTAGA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1301	TTGATTCCTAAGTCTAGTTCTTTCTGTTTGATATTTGTGTTACTTTTAGA	1350

C  AC092107.5	650	ACGTCAGCAGTTTGTCCCAGCTATGATGTGGTAGTAAAAGATTCGAAAGG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1351	ACGTCAGCAGTTTGTCCCAGCTATGATGTGGTAGTAAAAGATTCGAAAGG	1400

C  AC092107.5	600	ATTTTCTTTACAAGTTCTATGATTAAAGGCTTAATTAAAAGCAAATTTCT	551
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1401	ATTTTCTTTACAAGTTCTATGATTAAAAGCTTAATTAAAAGCAAATTTCT	1450

C  AC092107.5	550	TTTTTTTTTAATTATACTTTAAGTTCTGGGGTACATGTGCAGACATGCAG	501
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1451	TTTTTTTT-AATTATACTTTAAGTTCTGGGGTACATGTGCAGACATGCAG	1499

C  AC092107.5	500	GTTTGTTACATAGGTATACACATGCCATGGTGGCTTGCTGCATCCATCAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1500	GTTTGTTACATAGGTATACACATGCCATGGTGGCTTGCTGCATCCATCAA	1549

C  AC092107.5	450	CCCATGATCTACATTAGTTATTTCTCCTAATGCCGTCCCTCTCCTAGCCC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1550	CCCATGATCTACATTAGTTATTTCTCCTAATGCCGTCCCTCTCCTAGCCC	1599

C  AC092107.5	400	CCCACCCTGACAGGCCCTGGTGTGTGGTGTTCCCCTTCCTGAGTCCATGT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1600	CCCACCCTGACAGGCCCTGGTGTGTGGTGTTCCCCTTCCTGAGTCCATGT	1649

C  AC092107.5	350	GTTCCCATTGTTCTACTCCCAGTTATGAATGAGAACATGTGGTGTTTGGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1650	GTTCCCATTGTTCTACTCCCAGTTATGAATGAGAACATGTGGTGTTTGGT	1699

C  AC092107.5	300	TTTCTGTTCTTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGCTTTCCAGCTTCATTC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1700	TTTCTGTTCTTGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGCTTTCCAGCTTCATTC	1749

C  AC092107.5	250	ATGTCCCAGCAAAGGACGTGAATTCATCCTTGTTTATGGCTGCATAGTAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1750	ATGTCCCAGCAAAGGACGTGAATTCATCCTTGTTTATGGCTGCATAGTAT	1799

C  AC092107.5	200	TCCATGGTGTATATATGCCACATTTTCTTTATTCAGTCTATCATTGGTGG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1800	TCCATGGTGTATATATGCCACATTTTCTTTATTCAGTCTATCATTGGTGG	1849

C  AC092107.5	150	GCATTTTGGTTGGTTCCAAGTCTTTGGTGTTGTGAACAGTGCCGCCATAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1850	GCATTTTGGTTGGTTCCAAGTCTTTGGTGTTGTGAACAGTGCCGCCATAA	1899

C  AC092107.5	100	ACAGACAGGTGCATGTGTCTTTATATTAGAATGATTTATAATTTTGGGTG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1900	ACAGACAGGTGCATGTGTCTTTATATTAGAATGATTTATAATTTTGGGTG	1949

C  AC092107.5	50	TATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGATATTTCTAGCTGTAG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1950	TATATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATGATATTTCTAGCTGTAG	1999

Compact alignment

skip 1400 bps 100% identity alignment

C  AC092107.5	600	ATTTTCTTTACAAGTTCTATGATTAAAGGCTTAATTAAAAGCAAATTTCT	551
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1401	ATTTTCTTTACAAGTTCTATGATTAAAAGCTTAATTAAAAGCAAATTTCT	1450

C  AC092107.5	550	TTTTTTTTTAATTATACTTTAAGTTCTGGGGTACATGTGCAGACATGCAG	501
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC018688.9	1451	TTTTTTTT-AATTATACTTTAAGTTCTGGGGTACATGTGCAGACATGCAG	1499

skip 500 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC092107.5 - 137617 bps
Hit
AC018688.9 - 170204 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link