<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 543 bps / non-identical: 50 bps
Full alignment
KC877652.1 1 AGGGGAGTCCCATTCTCCTCACCCACTCCCTTCTCATTTCCATAGGCTGA 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176248 AGGGGAGTCCCATTCTCCTCACCCACTCCCTTCTCATTTCCATAGGCTGA 176297 KC877652.1 51 GTCTCCAGAATTCCATGGTGGTATCTATCCAGAAGCACCTTCCTGAAGCG 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176298 GTCTCCAGAATTCCATGGTGGTATCTATCCAGAAGCACCTTCCTGAAGCG 176347 KC877652.1 101 CCCAGCCCAGCCGGTGTTTCCCTGGCCCTCAGAGCTGTCCATTTCACAGA 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176348 CCCAGCCCAGCCGGTGTTTCCCTGGCCCTCAGAGCTGTCCATTTCACAGA 176397 KC877652.1 151 GAGCAAAATCAAGGCTCTGAGAGTGGTGCCAGCTGCCTAACGACCCCTCG 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176398 GAGCAAAATCAAGGCTCTGAGAGTGGTGCCAGCTGCCTAACGACCCCTCG 176447 KC877652.1 201 CCCCCATTTCCCCTTTCCCATCCCAACAAGAGCACAAATCACGAGCCTTC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176448 CCCCCATTTCCCCTTTCCCATCCCAACAAGAGCACAAATCACGAGCCTTC 176497 KC877652.1 251 AGGTTTTGCACAATTTTGCTCAATTTCCTGCCTGAATGGCACAGGGCCTG 300 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176498 AGGTTTTGCACAATTTTGCTAAATTTCCTGCCTGAATGGCACAGGGCCTG 176547 KC877652.1 301 ACCCTCTGCAGGTGCTCAGGAAATGTTCGTGGAATCAATAAAGGACAGCT 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176548 ACCCTCTGCAGGTGCTCAGGAAATGTTCGTGGAATCAATAAAGGACAGCT 176597 KC877652.1 351 AAATCTCCCATCTTCTGAAAGCTCTTTGTCTCCTCCCTCCCTCCTGCTCC 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176598 AAATCTCCCATCTTCTGAAAGCTCTTTGTCTCCTCCCTCCCTCCTGCTCC 176647 KC877652.1 401 CCACACTCCATCAGGGTGGCTGGTGGCCTCCTCCTCTGGAAAGCCTCTCG 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176648 CCACACTCCATCAGGGTGGCTGGTGGCCTCCTCCTCTGGAAAGCCTCTCG 176697 KC877652.1 451 AATGGCTCCTTTCTCTTCTTTGCCCCTGCTGCTGCTCTAGTGGAGTCCTT 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176698 AATGGCTCCTTTCTCTTCTTTGCCCCTGCTGCTGCTCTAGTGGAGTCCTT 176747 KC877652.1 501 GCTAGCACTTACGCGGGCCACTGCACTAGGCTGCTCAGAGGTC 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176748 GCTAGCACTTACGCGGGCCACTGCACTAGGCTGCTCAGAGGTC 176790
Compact alignment
skip 250 bps 100% identity alignment KC877652.1 251 AGGTTTTGCACAATTTTGCTCAATTTCCTGCCTGAATGGCACAGGGCCTG 300 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| AC015938.17 176498 AGGTTTTGCACAATTTTGCTAAATTTCCTGCCTGAATGGCACAGGGCCTG 176547 skip 243 bps 100% identity alignment
