<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AC017032.3	1	GAATTCAAGACCAGCCTCACCAACATAAAGTAACCCAATCTTTACTAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65476	GAATTCAAGACCAGCCTCACCAACATAAAGTAACCCAATCTTTACTAATA	65525

AC017032.3	51	CTACAAAATTAGCCAGGCATGGTGTCCCATGTCTGTAATCCCAGCTATCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65526	CTACAAAATTAGCCAGGCATGGTGTCCCATGTCTGTAATCCCAGCTATCT	65575

AC017032.3	101	GGGAGGCTGACTCATGAGAATCACTTGATCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65576	GGGAGGCTGACTCATGAGAATCACTTGATCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGT	65625

AC017032.3	151	TGTGCTGAGCTGTGGTCGCACCATTGCTCTCTAGCCTGGGCAACAAGAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65626	TGTGCTGAGCTGTGGTCGCACCATTGCTCTCTAGCCTGGGCAACAAGAGT	65675

AC017032.3	201	GAAACTTGGTCTCAAATATATATGTGTATATATATATATACATATATGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65676	GAAACTTGGTCTCAAATATATATGTGTATATATATATATACATATATGGC	65725

AC017032.3	251	TTTCTCTGTCTCTATGTCTGTCTTTCTGTTGTTTGTTTCTGTGTGTTTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65726	TTTCTCTGTCTCTATGTCTGTCTTTCTGTTGTTTGTTTCTGTGTGTTTCT	65775

AC017032.3	301	CCTAATCCTTCTCCTTTCTCTCTTTCTATCTCACACATATCTCTTGCTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65776	CCTAATCCTTCTCCTTTCTCTCTTTCTATCTCACACATATCTCTTGCTTT	65825

AC017032.3	351	GTTTTATGCCATGGGGTTTTTCTACATATTTGATTGTCATTGATTTATAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65826	GTTTTATGCCATGGGGTTTTTCTACATATTTGATTGTCATTGATTTATAA	65875

AC017032.3	401	TTTAACATCCTTTTAGCTAGGGGATATATTTGGTATGACTCCAGTCCTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65876	TTTAACATCCTTTTAGCTAGGGGATATATTTGGTATGACTCCAGTCCTTT	65925

AC017032.3	451	GATAAGTTTTTAGACATATTTTAAGGCACAGTGTGTAATCTATTCTAATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65926	GATAAGTTTTTAGACATATTTTAAGGCACAGTGTGTAATCTATTCTAATG	65975

AC017032.3	501	AATGTGCACTTGCAAATCAGCGTAACTTCTGAAGTGGCTGGATATACTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	65976	AATGTGCACTTGCAAATCAGCGTAACTTCTGAAGTGGCTGGATATACTGT	66025

AC017032.3	551	TCAGTAAATGCCAATTAAATAAATTTGGTTGATAAGGTAGTTGAACTCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66026	TCAGTAAATGCCAATTAAATAAATTTGGTTGATAAGGTAGTTGAACTCTT	66075

AC017032.3	601	TCATATTTTTACTGAATTTTTGTCCGTTGTTTCTGTCAGTGAGAGTGAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66076	TCATATTTTTACTGAATTTTTGTCCGTTGTTTCTGTCAGTGAGAGTGAGT	66125

AC017032.3	651	GGATTTTTTCCTATTTCCCACATTACATCTATTTTTGTTTTCTACATTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66126	GGATTTTTTCCTATTTCCCACATTACATCTATTTTTGTTTTCTACATTTT	66175

AC017032.3	701	AAAGTTCCATTCTCAATATTTATTGCAGTGCAAACCTGCAAAAGAGAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66176	AAAGTTCCATTCTCAATATTTATTGCAGTGCAAACCTGCAAAAGAGAAAT	66225

AC017032.3	751	TCCTTCAACAATTTACAGTTTTCATTCCATGGTCTTCTACACACCCATGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66226	TCCTTCAACAATTTACAGTTTTCATTCCATGGTCTTCTACACACCCATGT	66275

AC017032.3	801	TTAAAGGAAACTGCAACATTTTATTTTTTGCATTTTGATAACTGCAAGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66276	TTAAAGGAAACTGCAACATTTTATTTTTTGCATTTTGATAACTGCAAGGT	66325

AC017032.3	851	GTGTTCTTATTATCTCAGACTGTAGGTTTTTTGTATAATTTCAGTTTTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66326	GTGTTCTTATTATCTCAGACTGTAGGTTTTTTGTATAATTTCAGTTTTCA	66375

AC017032.3	901	TCAGATTGACTATGGAGTGCCCAGGTGCAGCTTTCTTTGTGTGCATCCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66376	TCAGATTGACTATGGAGTGCCCAGGTGCAGCTTTCTTTGTGTGCATCCTG	66425

AC017032.3	951	CTTGAGGGTCTCACATTATTGTGGTGACATATTTTATCAATTTCAGGAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66426	CTTGAGGGTCTCACATTATTGTGGTGACATATTTTATCAATTTCAGGAAG	66475

AC017032.3	1001	GTATTGACCATTTTGTTTTTCAATATTATTTGGCTCTTTTCTCAATTTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66476	GTATTGACCATTTTGTTTTTCAATATTATTTGGCTCTTTTCTCAATTTTA	66525

AC017032.3	1051	TGTCTTTTTGAAGCTCCAATTACACACACAACTTTTGATACTGTCTATCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66526	TGTCTTTTTGAAGCTCCAATTACACACACAACTTTTGATACTGTCTATCA	66575

AC017032.3	1101	GCTGACACCTGCTCCTTTTTGTTTATCTACTTTTTTACTTAAAAAAAAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66576	GCTGACACCTGCTCCTTTTTGTTTATCTACTTTTTTACTTAAAAAAAAGT	66625

AC017032.3	1151	GTCTGCGCCGGGCGCCGTGGCTCACGCCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66626	GTCTGCGCCGGGCGCCGTGGCTCACGCCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAG	66675

AC017032.3	1201	GCCAAGACAGGAGGATCATGAGGTCTGGCGATCGAGACCATCCTGGCTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66676	GCCAAGACAGGAGGATCATGAGGTCTGGCGATCGAGACCATCCTGGCTAA	66725

AC017032.3	1251	CATGACGAAGCCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGTCGGACGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66726	CATGACGAAGCCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGTCGGACGTG	66775

AC017032.3	1301	GTGGCGGGCGCCTGTAGCCCCAGCTACTCCGGAGCTGAGGCAGGAGAAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66776	GTGGCGGGCGCCTGTAGCCCCAGCTACTCCGGAGCTGAGGCAGGAGAAGG	66825

AC017032.3	1351	GCGTGAACCCGGGAGGTGGGGCTTGCCATGAGCCGAGATCGCGCCACTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66826	GCGTGAACCCGGGAGGTGGGGCTTGCCATGAGCCGAGATCGCGCCACTGC	66875

AC017032.3	1401	ATTCCATCCCGGCGAAAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66876	ATTCCATCCCGGCGAAAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAGA	66925

AC017032.3	1451	AAAAAAAATCTGTCTGTTTGGATATTTTTTATAGACCTATGCCAAAGGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66926	AAAAAAAATCTGTCTGTTTGGATATTTTTTATAGACCTATGCCAAAGGGC	66975

AC017032.3	1501	ACACAGAGGCACTCAATTTGCTTTTCAAGTTTCCTGTTGAGTAACTCTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	66976	ACACAGAGGCACTCAATTTGCTTTTCAAGTTTCCTGTTGAGTAACTCTAA	67025

AC017032.3	1551	TAAATATGTCATTTCTAACAACTTTTAAAAATCTCTAGCTTAAAAATACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67026	TAAATATGTCATTTCTAACAACTTTTAAAAATCTCTAGCTTAAAAATACT	67075

AC017032.3	1601	GATACCAGAAATAATTAAATATTTTATAAATAATATATAAATTTGTAATC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67076	GATACCAGAAATAATTAAATATTTTATAAATAATATATAAATTTGTAATC	67125

AC017032.3	1651	ATACCTAATAAAAACTTTTGGTGTCACTTTACATTTTTACCTTTTTACTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67126	ATACCTAATAAAAACTTTTGGTGTCACTTTACATTTTTACCTTTTTACTA	67175

AC017032.3	1701	AAATATACACTCTTATTTTCCTTCTTCTACATGAGTTCCTGTAACATAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67176	AAATATACACTCTTATTTTCCTTCTTCTACATGAGTTCCTGTAACATAAA	67225

AC017032.3	1751	TACCTTCTCTCATAGTGAAAAGTATTCTCTGATAATCCTACTATTTCTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67226	TACCTTCTCTCATAGTGAAAAGTATTCTCTGATAATCCTACTATTTCTAG	67275

AC017032.3	1801	ATCTGCTTTTATTCACTATTTCCTCTATTGTTCATTGGTTACACATTTAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67276	ATCTGCTTTTATTCACTATTTCCTCTATTGTTCATTGGTTACACATTTAT	67325

AC017032.3	1851	AATTATTTGGAAGTCTCATTATGTTTGATTTGTAAGTCAGACATTTTGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67326	AATTATTTGGAAGTCTCATTATGTTTGATTTGTAAGTCAGACATTTTGCA	67375

AC017032.3	1901	TAAAAGCCTAGTAGCATGTGAAATATGTAATTTTTTGCTCCAGGAGAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67376	TAAAAGCCTAGTAGCATGTGAAATATGTAATTTTTTGCTCCAGGAGAAAA	67425

AC017032.3	1951	CCGGTCATTTTTTTTCTCTTTCAAGCCCCTAAAGTGTGGATTTGTGCCAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC011903.4	67426	CCGGTCATTTTTTTTCTCTTTCAAGCCCCTAAAGTGTGGATTTGTGCCAA	67475

Overview

Query
AC017032.3 - 45123 bps
Hit
AC011903.4 - 67475 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link