<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3493 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

C  AC209298.3	3493	GAATTCCTTCTCTCTGTGGAGTTTTACCTCCTGCTCCTCTGGCCACCCTC	3444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1	GAATTCCTTCTCTCTGTGGAGTTTTACCTCCTGCTCCTCTGGCCACCCTC	50

C  AC209298.3	3443	CTGATGGATCCCTGTGGTGCCAGGCAGGAATGGGCTGCCTGGGGACCACT	3394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	51	CTGATGGATCCCTGTGGTGCCAGGCAGGAATGGGCTGCCTGGGGACCACT	100

C  AC209298.3	3393	AAGCCTTTCTGCTGCTTCCTCTACCCCTGTATTTTACTCGGCTCTCTAAC	3344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	101	AAGCCTTTCTGCTGCTTCCTCTACCCCTGTATTTTACTCGGCTCTCTAAC	150

C  AC209298.3	3343	TTGATTCAGCTCCTGGTAAAGTCAGAAACTTCTCCCACAAACAGACTTCA	3294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	151	TTGATTCAGCTCCTGGTAAAGTCAGAAACTTCTCCCACAAACAGACTTCA	200

C  AC209298.3	3293	GCCTCTCCAGTGGGGGGGTGTGTTCGGGAGAGGAGGGTCTCCCTTTCCCA	3244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	201	GCCTCTCCAGTGGGGGGGTGTGTTCGGGAGAGGAGGGTCTCCCTTTCCCA	250

C  AC209298.3	3243	CTTCCACACTTGGGGCACTCACAGTATTTGGGGTGTCTCCTGGGTCCTGC	3194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	251	CTTCCACACTTGGGGCACTCACAGTATTTGGGGTGTCTCCTGGGTCCTGC	300

C  AC209298.3	3193	AGGAGCAGTCTGCTTCCTTCAGAGGGTCTGTGGTTCCTCTCGGGATTGCT	3144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	301	AGGAGCAGTCTGCTTCCTTCAGAGGGTCTGTGGTTCCTCTCGGGATTGCT	350

C  AC209298.3	3143	GGCTTGTTCTTGCAGTTGATCTGGAGCTAAAATTCACACTGCAAGCCGCC	3094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	351	GGCTTGTTCTTGCAGTTGATCTGGAGCTAAAATTCACACTGCAAGCCGCC	400

C  AC209298.3	3093	GCATTGTCCGGGGCTGCAATCTAGTCCTGCCTCCCATCTGCCATGATCCC	3044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	401	GCATTGTCCGGGGCTGCAATCTAGTCCTGCCTCCCATCTGCCATGATCCC	450

C  AC209298.3	3043	CTAACCCTTTGCCCATTTTTTTAATCAGATTGTTTTGTGTTGAGTTATAG	2994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	451	CTAACCCTTTGCCCATTTTTTTAATCAGATTGTTTTGTGTTGAGTTATAG	500

C  AC209298.3	2993	GCATTCTTTATATATTCTGGATATTAACCACTTATTAGATACCGTCATGC	2944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	501	GCATTCTTTATATATTCTGGATATTAACCACTTATTAGATACCGTCATGC	550

C  AC209298.3	2943	ACCACATAATGATGTTTGTGTCGGTGACTGACCGCATATACGATGGTAGT	2894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	551	ACCACATAATGATGTTTGTGTCGGTGACTGACCGCATATACGATGGTAGT	600

C  AC209298.3	2893	CAAACCTAGATGGTGTAGCCTAGGTGTGTGGTAGGCTATACCATCTAGGT	2844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	601	CAAACCTAGATGGTGTAGCCTAGGTGTGTGGTAGGCTATACCATCTAGGT	650

C  AC209298.3	2843	TTGTGCAAGTACACTCTATGATGTTTGCACAACAACAAAGTCACCTACCA	2794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	651	TTGTGCAAGTACACTCTATGATGTTTGCACAACAACAAAGTCACCTACCA	700

C  AC209298.3	2793	ATGCATTTCTCAGAGCATATCCCTATGGTTAAGCAACACATGACCATATG	2744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	701	ATGCATTTCTCAGAGCATATCCCTATGGTTAAGCAACACATGACCATATG	750

C  AC209298.3	2743	TGATTTGCAGATATTTTCTCCTGTTCTCTGAGTTCCCTTTTTACTCTGTT	2694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	751	TGATTTGCAGATATTTTCTCCTGTTCTCTGAGTTCCCTTTTTACTCTGTT	800

C  AC209298.3	2693	GATAGTGTCATTTTTAAAAATTATTTTAATTTTTTAGAGATAAGAACTCA	2644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	801	GATAGTGTCATTTTTAAAAATTATTTTAATTTTTTAGAGATAAGAACTCA	850

C  AC209298.3	2643	CTTTGTCACCCGACTGGAGGGCAGTGGCACAATCATAGCTCACTTCAGCC	2594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	851	CTTTGTCACCCGACTGGAGGGCAGTGGCACAATCATAGCTCACTTCAGCC	900

C  AC209298.3	2593	TTGATCTCCCAGGCTCAAGCAATCCTGTGGCTTCAGGCTCCTGAGTAGCT	2544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	901	TTGATCTCCCAGGCTCAAGCAATCCTGTGGCTTCAGGCTCCTGAGTAGCT	950

C  AC209298.3	2543	GGGACTACAGGCATGTGTCGCCATGCTGGGCTAATTTTTTAAATTTTTTT	2494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	951	GGGACTACAGGCATGTGTCGCCATGCTGGGCTAATTTTTTAAATTTTTTT	1000

C  AC209298.3	2493	CGTAAATACAGGATCTCACTATGTTGCCCAGGCTGTTCTCAAACTCCTGG	2444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1001	CGTAAATACAGGATCTCACTATGTTGCCCAGGCTGTTCTCAAACTCCTGG	1050

C  AC209298.3	2443	CCTCAAGCAATGCCCCCACCTCAGCCTATTGATCATGTCTTTTGATATAT	2394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1051	CCTCAAGCAATGCCCCCACCTCAGCCTATTGATCATGTCTTTTGATATAT	1100

C  AC209298.3	2393	AAAAGTTTTTTTTTTTTATGAAGTCCAATTTAACTATTTTTTCTTTCATT	2344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1101	AAAAGTTTTTTTTTTTTATGAAGTCCAATTTAACTATTTTTTCTTTCATT	1150

C  AC209298.3	2343	GCCCGTGCTTTTAGTGTAATATGCAAGAAATCATTGCCAAATTCAATGTC	2294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1151	GCCCGTGCTTTTAGTGTAATATGCAAGAAATCATTGCCAAATTCAATGTC	1200

C  AC209298.3	2293	ATGACGCTTTACCCCTGTGGTTTCTTCTGAGTTTTATAGGTATGCTCCTA	2244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1201	ATGACGCTTTACCCCTGTGGTTTCTTCTGAGTTTTATAGGTATGCTCCTA	1250

C  AC209298.3	2243	CATTTAGGTCTTTGATCCATTTTGAGTGAATTTTTTATAAAGATTCCATT	2194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1251	CATTTAGGTCTTTGATCCATTTTGAGTGAATTTTTTATAAAGATTCCATT	1300

C  AC209298.3	2193	TCATTTTTTTGCATGTGCATATCCAGTTTCCCCAATACTATTTATTGAAA	2144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1301	TCATTTTTTTGCATGTGCATATCCAGTTTCCCCAATACTATTTATTGAAA	1350

C  AC209298.3	2143	AGACTTTTGCTAGAGACTCTCGAAGCTACAAAGTTTAAAGTTTTTACCAT	2094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1351	AGACTTTTGCTAGAGACTCTCGAAGCTACAAAGTTTAAAGTTTTTACCAT	1400

C  AC209298.3	2093	GTAAATGGCACATTAGTTACCTGATAATTTAAACATTTCCTTAAGTTAAA	2044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1401	GTAAATGGCACATTAGTTACCTGATAATTTAAACATTTCCTTAAGTTAAA	1450

C  AC209298.3	2043	ACAAATACAGATTTATAATAGAATGAAATGTACAATTGGCATTTATTGAA	1994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1451	ACAAATACAGATTTATAATAGAATGAAATGTACAATTGGCATTTATTGAA	1500

C  AC209298.3	1993	AAACCAAAAAGATGATCTCTACCTTCATACCAGAAATGATTGTGCTCCTG	1944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1501	AAACCAAAAAGATGATCTCTACCTTCATACCAGAAATGATTGTGCTCCTG	1550

C  AC209298.3	1943	GGGAGGCCTGGTGGTATAGCCCCAAAACCTATGACTACAGGTCAGGCCAG	1894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1551	GGGAGGCCTGGTGGTATAGCCCCAAAACCTATGACTACAGGTCAGGCCAG	1600

C  AC209298.3	1893	CACTGGGATTGGGGATTTCCAGGGATGTCAACCCAACCAACTGCCTGATT	1844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1601	CACTGGGATTGGGGATTTCCAGGGATGTCAACCCAACCAACTGCCTGATT	1650

C  AC209298.3	1843	TGGAAAGTACATCAGGGAGTGTCTCCGTCTCAGGCGCCCCTGGACACACT	1794
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1651	TGGAAAGTACATCAGGGAGTGTCTCTGTCTCAGGCGCCCCTGGACACACT	1700

C  AC209298.3	1793	CTCATGAAAATGGCAACACCACAGCCTGGTAGCCCAGGACATAGGGGGCA	1744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1701	CTCATGAAAATGGCAACACCACAGCCTGGTAGCCCAGGACATAGGGGGCA	1750

C  AC209298.3	1743	AAGCAGAGGTATAGGATGGGGGCCTGGGTCCCTGCCCCTGGCCTGGGACA	1694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1751	AAGCAGAGGTATAGGATGGGGGCCTGGGTCCCTGCCCCTGGCCTGGGACA	1800

C  AC209298.3	1693	GGTGAGGGGTCCCAAAAGGAGATAGGCAGGGCCAGATGGGGGTGTGTGTG	1644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1801	GGTGAGGGGTCCCAAAAGGAGATAGGCAGGGCCAGATGGGGGTGTGTGTG	1850

C  AC209298.3	1643	GCCCACCACATGTGTCAGCTAGGAAGGGCCACTGCCAAAACTTTAGGGCT	1594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1851	GCCCACCACATGTGTCAGCTAGGAAGGGCCACTGCCAAAACTTTAGGGCT	1900

C  AC209298.3	1593	CCTCCCAGCAAGGGAGTAAGGAGAATGAATGAATGAGAGGTGGAGGGAGG	1544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1901	CCTCCCAGCAAGGGAGTAAGGAGAATGAATGAATGAGAGGTGGAGGGAGG	1950

C  AC209298.3	1543	CGGGAAGAAAGAAGCATGATGAGGGGCCACGATTTGGAGGAGGAAGGTGA	1494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1951	CGGGAAGAAAGAAGCATGATGAGGGGCCACGATTTGGAGGAGGAAGGTGA	2000

C  AC209298.3	1493	TGGTGATTTGTGCTCCCGCTGTGTGCAAATGCTTCACGTAAACAGTCCCT	1444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2001	TGGTGATTTGTGCTCCCGCTGTGTGCAAATGCTTCACGTAAACAGTCCCT	2050

C  AC209298.3	1443	CCGCACCGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCT	1394
			|||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||
  AC011847.9	2051	CCGCACCGCCCTTTTTTTTTTTTTT---------TTTTGAGACAGAGTCT	2091

C  AC209298.3	1393	TGCTCCATCTTGCTGGAATACAGAATACAGTGGCACGATCTTGGCTCACT	1344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2092	TGCTCCATCTTGCTGGAATACAGAATACAGTGGCACGATCTTGGCTCACT	2141

C  AC209298.3	1343	GCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTTCTTCAGCTTCCCCAGTA	1294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2142	GCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTTCTTCAGCTTCCCCAGTA	2191

C  AC209298.3	1293	GCTGGGACTACAGGTACACACCACCACACCTGGCTAATTTATTTATAGAT	1244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2192	GCTGGGACTACAGGTACACACCACCACACCTGGCTAATTTATTTATAGAT	2241

C  AC209298.3	1243	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA---------------	1209
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||               
  AC011847.9	2242	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTTTTTT	2291

C  AC209298.3	1208	---TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTT	1162
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2292	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTT	2341

C  AC209298.3	1161	TTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTCACCTCGGGTGATCTGC	1112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2342	TTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTCACCTCGGGTGATCTGC	2391

C  AC209298.3	1111	CCCTGCTAGGCCTCCCAAGTGTTGCAATTACAGGCATGAGCCACCACGCC	1062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2392	CCCTGCTAGGCCTCCCAAGTGTTGCAATTACAGGCATGAGCCACCACGCC	2441

C  AC209298.3	1061	TGGCCAACTGTCCCATTTCATCTGCCCAGCAGCCTGGGGAGGACATATGT	1012
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2442	TGGCCAACTATCCCATTTCATCTGCCCAGCAGCCTGGGGAGGACATATGT	2491

C  AC209298.3	1011	GTTATTCTATTCCACAAATGAAGAAATCAAAGCTCAGGGAGGTGGAGTCA	962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2492	GTTATTCTATTCCACAAATGAAGAAATCAAAGCTCAGGGAGGTGGAGTCA	2541

C  AC209298.3	961	CTTCTGATATTCACCCAACTATCAAGCAGCAGATCTGGGATCAGAACCCA	912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2542	CTTCTGATATTCACCCAACTATCAAGCAGCAGATCTGGGATCAGAACCCA	2591

C  AC209298.3	911	GAACTTGTGTTCTTCCCTAAGTTCCATGCTGCCCCTGAAGGGGTGGAAGT	862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2592	GAACTTGTGTTCTTCCCTAAGTTCCATGCTGCCCCTGAAGGGGTGGAAGT	2641

C  AC209298.3	861	TGCCTTAGCTAGTTCAGGCTGCTGTAACAAGACTTGGTGGCTTCCACGGA	812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2642	TGCCTTAGCTAGTTCAGGCTGCTGTAACAAGACTTGGTGGCTTCCACGGA	2691

C  AC209298.3	811	AAAGTGTTTCTCACAGTTCTGGAGGCTCGGAGGTCCAAGACCAAGGTTCT	762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2692	AAAGTGTTTCTCACAGTTCTGGAGGCTCGGAGGTCCAAGACCAAGGTTCT	2741

C  AC209298.3	761	GGCTGACTCTATTTCTGGCGAGGGCCTGCCTTCTCACGGTGTCTTCCAGA	712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2742	GGCTGACTCTATTTCTGGCGAGGGCCTGCCTTCTCACGGTGTCTTCCAGA	2791

C  AC209298.3	711	GTGGAGAAGGGGGTCGTGTCCCTCATGTCTCTTCTTTAGATCAGTGCCCT	662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2792	GTGGAGAAGGGGGTCGTGTCCCTCATGTCTCTTCTTTAGATCAGTGCCCT	2841

C  AC209298.3	661	CTAAGGGGACTGATTACCTCCCACAGACTCGACACAGGTCCCACCTCCAC	612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2842	CTAAGGGGACTGATTACCTCCCACAGACTCGACACAGGTCCCACCTCCAC	2891

C  AC209298.3	611	ACAGCACTACATTGGGGATTAGGGTTTCAATATGAATTTAGGGGGGACTT	562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2892	ACAGCACTACATTGGGGATTAGGGTTTCAATATGAATTTAGGGGGGACTT	2941

C  AC209298.3	561	GAACATTCAGTTCATAGCAGAAGTCCTGTGCCTTAACATACAGGAAAGCT	512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2942	GAACATTCAGTTCATAGCAGAAGTCCTGTGCCTTAACATACAGGAAAGCT	2991

C  AC209298.3	511	GGCTTTGTTCCAGGTCTTCCCTGGGGGACCCTGGTCCTTTCCTTTCTGTG	462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2992	GGCTTTGTTCCAGGTCTTCCCTGGGGGACCCTGGTCCTTTCCTTTCTGTG	3041

C  AC209298.3	461	GGCCTCAGTTTTCTCATCTTTAAAGTGGGAAGGGCCAGGCGCAGTCGCTC	412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3042	GGCCTCAGTTTTCTCATCTTTAAAGTGGGAAGGGCCAGGCGCAGTCGCTC	3091

C  AC209298.3	411	ATACCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCTGAGGCAGGTGGATCACTTGA	362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3092	ATACCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCTGAGGCAGGTGGATCACTTGA	3141

C  AC209298.3	361	GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTA	312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3142	GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTA	3191

C  AC209298.3	311	CTAAAAATACAGAAATTAGCTGGGCATGGTGGAGGGCGCCTGTAATCCCA	262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3192	CTAAAAATACAGAAATTAGCTGGGCATGGTGGAGGGCGCCTGTAATCCCA	3241

C  AC209298.3	261	GCTACTTGGAAGGCTAAGGCAGGAGAATAGCTTGAACCCGGGAGGCGGAG	212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3242	GCTACTTGGAAGGCTAAGGCAGGAGAATAGCTTGAACCCGGGAGGCGGAG	3291

C  AC209298.3	211	GTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAG	162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3292	GTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAG	3341

C  AC209298.3	161	TGAGACTCTATCTCAAGAAAGAAAAAAGAAAGTGGGAAGGTAAACAGGGC	112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3342	TGAGACTCTATCTCAAGAAAGAAAAAAGAAAGTGGGAAGGTAAACAGGGC	3391

C  AC209298.3	111	TATTTCCACTGTGACAGCTCATGATGTTTTATTTCTAAGGAGTCAAAGTC	62
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3392	TATTTCCACTGTGACAGCTCATGATGTTTTATTTCTAAGGAGTCAAAGTC	3441

C  AC209298.3	61	CAGGACTGGCTCACCTAATCCGAGGCCCTGGTGACCTCCCTGCTGCCCCC	12
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	3442	CAGGACTGGCTCACCTAATCCGAGGCCCTGGTGACCTCCCTGCTGCCCCC	3491

C  AC209298.3	11	TGATGGAGGAT	1
			|||||||||||
  AC011847.9	3492	TGATGGAGGAT	3502

Compact alignment

skip 1650 bps 100% identity alignment

C  AC209298.3	1843	TGGAAAGTACATCAGGGAGTGTCTCCGTCTCAGGCGCCCCTGGACACACT	1794
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	1651	TGGAAAGTACATCAGGGAGTGTCTCTGTCTCAGGCGCCCCTGGACACACT	1700

skip 350 bps 100% identity alignment

C  AC209298.3	1443	CCGCACCGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCT	1394
			|||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||
  AC011847.9	2051	CCGCACCGCCCTTTTTTTTTTTTTT---------TTTTGAGACAGAGTCT	2091

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AC209298.3	1243	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA---------------	1209
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||               
  AC011847.9	2242	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTTTTTT	2291

C  AC209298.3	1208	---TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTT	1162
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2292	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTT	2341

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AC209298.3	1061	TGGCCAACTGTCCCATTTCATCTGCCCAGCAGCCTGGGGAGGACATATGT	1012
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC011847.9	2442	TGGCCAACTATCCCATTTCATCTGCCCAGCAGCCTGGGGAGGACATATGT	2491

skip 1011 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC209298.3 - 42538 bps
Hit
AC011847.9 - 178862 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3493 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link