<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 3859 bps / non-identical: 150 bps
Full alignment
C AC011196.7 3859 GAATTCATCACATCATTATTGTTTCCATCACAGAGGCACACGTATCCACA 3810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1 GAATTCATCACATCATTATTGTTTCCATCACAGAGGCACACGTATCCACA 50 C AC011196.7 3809 CATACACATACACATACAACGCTGTCTTTCCAAATTTCCTCTTAATTTAA 3760 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 51 CATACACATACACATACAACGCTGTCTTTCCAAATTTCCTCTTAATTTAA 100 C AC011196.7 3759 ACAGGTTATAAATTTTTTTCTTCTAAATGTGACTGTTTAAAACAGTCAAA 3710 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 101 ACAGGTTATAAATTTTTTTCTTCTAAATGTGACTGTTTAAAACAGTCAAA 150 C AC011196.7 3709 CTGTGGTGCTGCAGAAATACCTTTATGGGTACGAGGCTTAAAATCTAAGA 3660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 151 CTGTGGTGCTGCAGAAATACCTTTATGGGTACGAGGCTTAAAATCTAAGA 200 C AC011196.7 3659 TAAAAAGACAAAAAAACTCTAGCATCCATAGAGAAAATTAGCAGGATGTA 3610 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 201 TAAAAAGACAAAAAAACTCTAGCATCCATAGAGAAAATTAGCAGGATGTA 250 C AC011196.7 3609 GAAAAAGTATATTATAAATTAAATGCAAAAGAAATTTTTCGTTGATTCAT 3560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 251 GAAAAAGTATATTATAAATTAAATGCAAAAGAAATTTTTCGTTGATTCAT 300 C AC011196.7 3559 GAATCCATGTTTATTGTTTGGTTTTTCAAAAATCTGTTTCTCTGTTTTCT 3510 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 301 GAATCCATGTTTATTGTTTGGTTTTTCAAAAATCTGTTTCTCTGTTTTCT 350 C AC011196.7 3509 CGGCAATCTTAGTAAGGCCTTTATATGTTTACATGGTTAAGAATCTGTAT 3460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 351 CGGCAATCTTAGTAAGGCCTTTATATGTTTACATGGTTAAGAATCTGTAT 400 C AC011196.7 3459 TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAATGTATGATTATGTGTATGCT 3410 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| AC009878.9 401 TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAACGTATGATTATGTGTATGCT 450 C AC011196.7 3409 AATTCTAAATGCATATTTGATGCTCCTAAAGATAAACATTAAAAATTGTT 3360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 451 AATTCTAAATGCATATTTGATGCTCCTAAAGATAAACATTAAAAATTGTT 500 C AC011196.7 3359 CCTGAGTACACCTAAGACTTTAGTGATAATGTTTAAGTAGAAATGTAACT 3310 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 501 CCTGAGTACACCTAAGACTTTAGTGATAATGTTTAAGTAGAAATGTAACT 550 C AC011196.7 3309 CCCAAAAAGTTTATATCAAGTAATGTGGATGAAAGAAAGGAACATGAGAA 3260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 551 CCCAAAAAGTTTATATCAAGTAATGTGGATGAAAGAAAGGAACATGAGAA 600 C AC011196.7 3259 AAGAATCAAATTTTACGTGAAACAGAAGTGGTACTGTATACACAACCTAA 3210 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 601 AAGAATCAAATTTTACGTGAAACAGAAGTGGTACTGTATACACAACCTAA 650 C AC011196.7 3209 CAGCTTCTACAGTTTCTTTTTTTAACTATCATCTTAGCTTCAAGGGTACA 3160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 651 CAGCTTCTACAGTTTCTTTTTTTAACTATCATCTTAGCTTCAAGGGTACA 700 C AC011196.7 3159 TGTGCAGGTTTGTTATATGGCTAAAGTGCATGTCACAAGGGTTTGGTGTA 3110 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 701 TGTGCAGGTTTGTTATATGGCTAAAGTGCATGTCACAAGGGTTTGGTGTA 750 C AC011196.7 3109 CCGATTATTTCCTCACCCAGGTAATGAGCATAGTGCCCAAAAGGTAGTTT 3060 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 751 CCGATTATTTCCTCACCCAGGTAATGAGCATAGTGCCCAAAAGGTAGTTT 800 C AC011196.7 3059 TTTGATCCTCTTCGTCCTCTCACCCTTCACACTCAAGGGGTCCCTGGTGT 3010 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 801 TTTGATCCTCTTCGTCCTCTCACCCTTCACACTCAAGGGGTCCCTGGTGT 850 C AC011196.7 3009 CTGCTGTTTCCTTTTTTTCGTCCATTCATACTCAGTGTTTAGCTCCTACT 2960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 851 CTGCTGTTTCCTTTTTTTCGTCCATTCATACTCAGTGTTTAGCTCCTACT 900 C AC011196.7 2959 TATAAGTGAGAACATGAGGTATTTGTTTTTCTGCTCCTGTGTTAGTTACC 2910 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 901 TATAAGTGAGAACATGAGGTATTTGTTTTTCTGCTCCTGTGTTAGTTACC 950 C AC011196.7 2909 TTAGGATAATGTCCTCCAGCTCCATCCATGTTGTTGCAGAGGACATGATC 2860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 951 TTAGGATAATGTCCTCCAGCTCCATCCATGTTGTTGCAGAGGACATGATC 1000 C AC011196.7 2859 TTCTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCCCACTTTC 2810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1001 TTCTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCCCACTTTC 1050 C AC011196.7 2809 TTTATCCGGTCCACTGTTCATGTGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC 2760 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1051 TTTATCCGGTCCACTGTTCATGGGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC 1100 C AC011196.7 2759 TATTGTGAATAATGCTGTGATGTGTCAGGGATAGCACCTGGGATTGCATC 2710 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1101 TATTGTGAATAATGCTGTGATGTGTCAGGGATAGCACCTGGGATTGCATC 1150 C AC011196.7 2709 TCAGTGTGGCCAACAACACCCTGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG 2660 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1151 TCAGTGTGGCCAACAACACCCAGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG 1200 C AC011196.7 2659 GCTCCACAGCAGGGACTTGGCTTGTCATTGTCTTTCTTGAGACCACTTTC 2610 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1201 GCTCCACAGCAGGGACTTGGCTTGTCATTGTCTTTCTTGAGACCACTTTC 1250 C AC011196.7 2609 TGTGTCCTGTAAGGCATCTCAAGAGAAAACAGTACCCTTATGGACACTGT 2560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1251 TGTGTCCTGTAAGGCATCTCAAGAGAAAACAGTACCCTTATGGACACTGT 1300 C AC011196.7 2559 AGGCCACCAGCAACTGCCTCTTGGTACTATGGTTTTAGTGACCCTACTGT 2510 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1301 AGGCCACCAGCAACTGCCTCTTGGTACTATGGTTTTAGTGACCCTACTGT 1350 C AC011196.7 2509 AAAACCATGAGTAGGTTTTCCTTATATTTAGTATTTATGCCATATTTTAA 2460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1351 AAAACCATGAGTAGGTTTTCCTTATATTTAGTATTTATGCCATATTTTAA 1400 C AC011196.7 2459 CCTAATAATTGATTCATGAATGCTTAAGACATTCACATATTCACTTAGTA 2410 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1401 CCTAATAATTGATTCATGAATGCTTAAGACATTCACATATTCACTTAGTA 1450 C AC011196.7 2409 TCTCCCCAGACTAGTGGTACCATGTAAGCCTTGACCTTAATTTATTTGTG 2360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1451 TCTCCCCAGACTAGTGGTACCATGTAAGCCTTGACCTTAATTTATTTGTG 1500 C AC011196.7 2359 CATACCATCTGTTTGTTCCTGAGTTGTTTCTATACCCAAGAGTTCATCTT 2310 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1501 CATACCATCTGTTTGTTCCTGAGTTGTTTCTATACCCAAGAGTTCATCTT 1550 C AC011196.7 2309 TGGTTGTAATTCATGCATTATGGTTACAAGCCTTGCGATATTTTACAAGT 2260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1551 TGGTTGTAATTCATGCATTATGGTTACAAGCCTTGCGATATTTTACAAGT 1600 C AC011196.7 2259 TGACCAATTAGTATTTGAATTTCATGAGGTGGTAGAGAGTCATAATTCTT 2210 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1601 TGACCAATTAGTATTTGAATTTCATGAGGTGGTAGAGAGTCATAATTCTT 1650 C AC011196.7 2209 GGCAAGGAATCAGAGCTGCAGACTCAACATCATTCTTACTAAAGAGCAAG 2160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1651 GGCAAGGAATCAGAGCTGCAGACTCAACATCATTCTTACTAAAGAGCAAG 1700 C AC011196.7 2159 ATTTCATTCTTCACGTGGCAAGTCCTTTCTCATTCTTCTAAAACGACAGT 2110 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1701 ATTTCATTCTTCACGTGGCAAGTCCTTTCTCATTCTTCTAAAACGACAGT 1750 C AC011196.7 2109 ATTTTACTTAACTAGAAGCTGGAAGAAAATTAGAGAATGAGATATCAACT 2060 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1751 ATTTTACTTAACTAGAAGCTGGAAGAAAATTAGAGAATGAGATATCAACT 1800 C AC011196.7 2059 GTGTGCCAATCTGGTGACATATTTTAGGAAAAAACAAAAAATCTCTCTGT 2010 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1801 GTGTGCCAATCTGGTGACATATTTTAGGAAAAAACAAAAAATCTCTCTGT 1850 C AC011196.7 2009 GCTATATTCTGAATGAGATGTTTTTAGTCGTTGAATGTTTGCACCTGTCA 1960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1851 GCTATATTCTGAATGAGATGTTTTTAGTCGTTGAATGTTTGCACCTGTCA 1900 C AC011196.7 1959 AGGTTATAGAGCAGGAAGAAAAACTTCATTGAAATCAATGGTTCTAATTA 1910 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1901 AGGTTATAGAGCAGGAAGAAAAACTTCATTGAAATCAATGGTTCTAATTA 1950 C AC011196.7 1909 TAGTAGATATGAGATGAACCCTTCAAAATAAAGAGTATTCATGAAATGAT 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1951 TAGTAGATATGAGATGAACCCTTCAAAATAAAGAGTATTCATGAAATGAT 2000 C AC011196.7 1859 TTAAAAATTGCAAGTCATCTGTCATTCTATGAAGGGCATTTCAGCCTTGT 1810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2001 TTAAAAATTGCAAGTCATCTGTCATTCTATGAAGGGCATTTCAGCCTTGT 2050 C AC011196.7 1809 ATTTCACCCACAATCGCTTCTTTCTACTTTAAGACGTAAACTCTAGATGA 1760 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2051 ATTTCACCCACAATCGCTTCTTTCTACTTTAAGACGTAAACTCTAGATGA 2100 C AC011196.7 1759 TAGAAAAAGACTTTCTCTTGGAAATATCTGTTTAAGTTATTTGGCTCCTA 1710 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2101 TAGAAAAAGACTTTCTCTTGGAAATATCTGTTTAAGTTATTTGGCTCCTA 2150 C AC011196.7 1709 AGATTTAACAGATTTTTAGTAACCCTTTAGTTCTTTCAGAAAAAAAAATC 1660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2151 AGATTTAACAGATTTTTAGTAACCCTTTAGTTCTTTCAGAAAAAAAAATC 2200 C AC011196.7 1659 CATGAGTAATTTTTGTGGAAATTTTCTACATACTGGTTCATGCTTAAATG 1610 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2201 CATGAGTAATTTTTGTGGAAATTTTCTACATACTGGTTCATGCTTAAATG 2250 C AC011196.7 1609 AAAACCATACAAACATAAAACCATAAATAAAGCAGCCAAACTATTTAACA 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2251 AAAACCATACAAACATAAAACCATAAATAAAGCAGCCAAACTATTTAACA 2300 C AC011196.7 1559 CTAAGATCTTATTAATTCAATATATATTCAGGTTCCTTTTCACACTAGAA 1510 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2301 CTAAGATCTTATTAATTCAATATATATTCAGGTTCCTTTTCACACTAGAA 2350 C AC011196.7 1509 TGAGAGTTACCTGCACTGTTGTTTCCGTTACAAGTGTTCACCCACTCTGA 1460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2351 TGAGAGTTACCTGCACTGTTGTTTCCGTTACAAGTGTTCACCCACTCTGA 2400 C AC011196.7 1459 AATAAGAATAATGTAAAATTGTATTGGTTCTTGAGTTCTTTCTCACATGT 1410 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2401 AATAAGAATAATGTAAAATTGTATTGGTTCTTGAGTTCTTTCTCACATGT 2450 C AC011196.7 1409 GCTATGTCCTAAGACAGCTACCAGTTAGTCATACATGTCCAAAGCCCCCA 1360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2451 GCTATGTCCTAAGACAGCTACCAGTTAGTCATACATGTCCAAAGCCCCCA 2500 C AC011196.7 1359 AGAGCACTGTAGTTTTGTAAATTATTAACAACATAGGTGGGGAGGTGGGT 1310 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2501 AGAGCACTGTAGTTTTGTAAATTATTAACAACATAGGTGGGGAGGTGGGT 2550 C AC011196.7 1309 TTGACTTCCCTCAGTCTAAGTTTCCTTCACTAGAGTTCAAGGGCACAGCC 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2551 TTGACTTCCCTCAGTCTAAGTTTCCTTCACTAGAGTTCAAGGGCACAGCC 2600 C AC011196.7 1259 TTAGAGACCCACGTTCGTGAGGTCGTCTCCCAAACACAACAGTGGCCACA 1210 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2601 TTAGAGACCCACGTTCGTGAGGTCGTCTCCCAAACACAACAGTGGCCACA 2650 C AC011196.7 1209 GCGCTGGGGAAGACAGGACATGGATTCATACAGATTTGTATCTAAATCTT 1160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2651 GCGCTGGGGAAGACAGGACATGGATTCATACAGATTTGTATCTAAATCTT 2700 C AC011196.7 1159 GAAAACTCAAGTCAACATTCATTTTACCCGATGTCTTGTGTCTTCATTCT 1110 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2701 GAAAACTCAAGTCAACATTCATTTTACCCGATGTCTTGTGTCTTCATTCT 2750 C AC011196.7 1109 CCCTGTGCAGTTCCTGAAGTCCCCACCTACATGATGACCCATTCCCCTTC 1060 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2751 CCCTGTGCAGTTCCTGAAGTCCCCACCTACATGATGACCCATTCCCCTTC 2800 C AC011196.7 1059 CATTGTCCTGTCCTCTCTACCTAGAATGCCTTTCTTCTTGGTCCACATTT 1010 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2801 CATTGTCCTGTCCTCTCTACCTAGAATGCCTTTCTTCTTGGTCCACATTT 2850 C AC011196.7 1009 TCCCTCCAAGATCTAAGCCAGATGTTTTCCTCCATGACATTTTCCTTGGT 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2851 TCCCTCCAAGATCTAAGCCAGATGTTTTCCTCCATGACATTTTCCTTGGT 2900 C AC011196.7 959 TGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTATGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCA 910 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2901 TGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTATGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCA 2950 C AC011196.7 909 GGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTG 860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 2951 GGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTG 3000 C AC011196.7 859 GGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGGACTACAGG 810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3001 GGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGGACTACAGG 3050 C AC011196.7 809 CACCTGCCACCACACCCAGCTAATTTATATATATATATTTTTAGTAGAGA 760 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3051 CACCTGCCACCACACCCAGCTAATTTATATATATATATTTTTAGTAGAGA 3100 C AC011196.7 759 CAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGATCTTGATCTCCTGACCTCGTGA 710 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3101 CAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGATCTTGATCTCCTGACCTCGTGA 3150 C AC011196.7 709 TCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCGTGAGCCACT 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3151 TCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCGTGAGCCACT 3200 C AC011196.7 659 GTGCCCAGCCAACAGTTTCCTTGACTTTTTTTGCCTACCACTTATCTGCA 610 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3201 GTGCCCAGCCAACAGTTTCCTTGACTTTTTTTGCCTACCACTTATCTGCA 3250 C AC011196.7 609 TCCTGCCCCATCACTCCCTGCTCTAAGCAGTTGGTTTTATTTCTGTTCTC 560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3251 TCCTGCCCCATCACTCCCTGCTCTAAGCAGTTGGTTTTATTTCTGTTCTC 3300 C AC011196.7 559 CCAACTTATGGGGCACATGCTTTATACTTGTGAAAATGGCAGATCACTCA 510 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3301 CCAACTTATGGGGCACATGCTTTATACTTGTGAAAATGGCAGATCACTCA 3350 C AC011196.7 509 CGTCCCATGTGCCCAGCAAGCTTTGCCTCCTAGACAGCATCTGACTCTCT 460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3351 CGTCCCATGTGCCCAGCAAGCTTTGCCTCCTAGACAGCATCTGACTCTCT 3400 C AC011196.7 459 GCATCTTCCAAAATATGCACACCCATGACGCGGACGTGGTACACGTGCTC 410 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3401 GCATCTTCCAAAATATGCACACCCATGACGCGGACGTGGTACACGTGCTC 3450 C AC011196.7 409 TTGTAACATCTGTCCATGAATGAGTGCTATTTGTCATGGATTTGGTCACA 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3451 TTGTAACATCTGTCCATGAATGAGTGCTATTTGTCATGGATTTGGTCACA 3500 C AC011196.7 359 CTGGAGAGGTATGTTTTTTCCACTTTCCTAGTGGGAAGAGAGGACAAGGC 310 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3501 CTGGAGAGGTATGTTTTTTCCACTTTCCTAGTGGGAAGAGAGGACAAGGC 3550 C AC011196.7 309 TTATAAATGTCATCTTTATAAAGCCGGGTAAAACTGAGTCATTAGAATCG 260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3551 TTATAAATGTCATCTTTATAAAGCCGGGTAAAACTGAGTCATTAGAATCG 3600 C AC011196.7 259 TCAAAGTTCATCTGACTAAACAGATTGCAAAATACTCCCCTTTCTTCCTT 210 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3601 TCAAAGTTCATCTGACTAAACAGATTGCAAAATACTCCCCTTTCTTCCTT 3650 C AC011196.7 209 TAAGAAAAGACATTCCTCCCCTTGGTATTTCACTCCACGAATTTGTTAAT 160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3651 TAAGAAAAGACATTCCTCCCCTTGGTATTTCACTCCACGAATTTGTTAAT 3700 C AC011196.7 159 TCTGGTCTACTAGATTTTGATAAAAGGAGCTTTTTATATGTTATCACTAG 110 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3701 TCTGGTCTACTAGATTTTGATAAAAGGAGCTTTTTATATGTTATCACTAG 3750 C AC011196.7 109 AAAAGAGATGGTATTTAAAACTGTGTTTAGGCCAGGTGCGGTGGCTCAAG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3751 AAAAGAGATGGTATTTAAAACTGTGTTTAGGCCAGGTGCGGTGGCTCAAG 3800 C AC011196.7 59 CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGTTGGAGGCGGGAGGATCACTTGAGCC 10 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 3801 CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGTTGGAGGCGGGAGGATCACTTGAGCC 3850 C AC011196.7 9 TGGGAATTC 1 ||||||||| AC009878.9 3851 TGGGAATTC 3859
Compact alignment
skip 400 bps 100% identity alignment C AC011196.7 3459 TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAATGTATGATTATGTGTATGCT 3410 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| AC009878.9 401 TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAACGTATGATTATGTGTATGCT 450 skip 600 bps 100% identity alignment C AC011196.7 2809 TTTATCCGGTCCACTGTTCATGTGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC 2760 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1051 TTTATCCGGTCCACTGTTCATGGGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC 1100 skip 50 bps 100% identity alignment C AC011196.7 2709 TCAGTGTGGCCAACAACACCCTGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG 2660 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| AC009878.9 1151 TCAGTGTGGCCAACAACACCCAGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG 1200 skip 2659 bps 100% identity alignment
