<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3859 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

C  AC011196.7	3859	GAATTCATCACATCATTATTGTTTCCATCACAGAGGCACACGTATCCACA	3810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1	GAATTCATCACATCATTATTGTTTCCATCACAGAGGCACACGTATCCACA	50

C  AC011196.7	3809	CATACACATACACATACAACGCTGTCTTTCCAAATTTCCTCTTAATTTAA	3760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	51	CATACACATACACATACAACGCTGTCTTTCCAAATTTCCTCTTAATTTAA	100

C  AC011196.7	3759	ACAGGTTATAAATTTTTTTCTTCTAAATGTGACTGTTTAAAACAGTCAAA	3710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	101	ACAGGTTATAAATTTTTTTCTTCTAAATGTGACTGTTTAAAACAGTCAAA	150

C  AC011196.7	3709	CTGTGGTGCTGCAGAAATACCTTTATGGGTACGAGGCTTAAAATCTAAGA	3660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	151	CTGTGGTGCTGCAGAAATACCTTTATGGGTACGAGGCTTAAAATCTAAGA	200

C  AC011196.7	3659	TAAAAAGACAAAAAAACTCTAGCATCCATAGAGAAAATTAGCAGGATGTA	3610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	201	TAAAAAGACAAAAAAACTCTAGCATCCATAGAGAAAATTAGCAGGATGTA	250

C  AC011196.7	3609	GAAAAAGTATATTATAAATTAAATGCAAAAGAAATTTTTCGTTGATTCAT	3560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	251	GAAAAAGTATATTATAAATTAAATGCAAAAGAAATTTTTCGTTGATTCAT	300

C  AC011196.7	3559	GAATCCATGTTTATTGTTTGGTTTTTCAAAAATCTGTTTCTCTGTTTTCT	3510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	301	GAATCCATGTTTATTGTTTGGTTTTTCAAAAATCTGTTTCTCTGTTTTCT	350

C  AC011196.7	3509	CGGCAATCTTAGTAAGGCCTTTATATGTTTACATGGTTAAGAATCTGTAT	3460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	351	CGGCAATCTTAGTAAGGCCTTTATATGTTTACATGGTTAAGAATCTGTAT	400

C  AC011196.7	3459	TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAATGTATGATTATGTGTATGCT	3410
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AC009878.9	401	TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAACGTATGATTATGTGTATGCT	450

C  AC011196.7	3409	AATTCTAAATGCATATTTGATGCTCCTAAAGATAAACATTAAAAATTGTT	3360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	451	AATTCTAAATGCATATTTGATGCTCCTAAAGATAAACATTAAAAATTGTT	500

C  AC011196.7	3359	CCTGAGTACACCTAAGACTTTAGTGATAATGTTTAAGTAGAAATGTAACT	3310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	501	CCTGAGTACACCTAAGACTTTAGTGATAATGTTTAAGTAGAAATGTAACT	550

C  AC011196.7	3309	CCCAAAAAGTTTATATCAAGTAATGTGGATGAAAGAAAGGAACATGAGAA	3260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	551	CCCAAAAAGTTTATATCAAGTAATGTGGATGAAAGAAAGGAACATGAGAA	600

C  AC011196.7	3259	AAGAATCAAATTTTACGTGAAACAGAAGTGGTACTGTATACACAACCTAA	3210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	601	AAGAATCAAATTTTACGTGAAACAGAAGTGGTACTGTATACACAACCTAA	650

C  AC011196.7	3209	CAGCTTCTACAGTTTCTTTTTTTAACTATCATCTTAGCTTCAAGGGTACA	3160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	651	CAGCTTCTACAGTTTCTTTTTTTAACTATCATCTTAGCTTCAAGGGTACA	700

C  AC011196.7	3159	TGTGCAGGTTTGTTATATGGCTAAAGTGCATGTCACAAGGGTTTGGTGTA	3110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	701	TGTGCAGGTTTGTTATATGGCTAAAGTGCATGTCACAAGGGTTTGGTGTA	750

C  AC011196.7	3109	CCGATTATTTCCTCACCCAGGTAATGAGCATAGTGCCCAAAAGGTAGTTT	3060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	751	CCGATTATTTCCTCACCCAGGTAATGAGCATAGTGCCCAAAAGGTAGTTT	800

C  AC011196.7	3059	TTTGATCCTCTTCGTCCTCTCACCCTTCACACTCAAGGGGTCCCTGGTGT	3010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	801	TTTGATCCTCTTCGTCCTCTCACCCTTCACACTCAAGGGGTCCCTGGTGT	850

C  AC011196.7	3009	CTGCTGTTTCCTTTTTTTCGTCCATTCATACTCAGTGTTTAGCTCCTACT	2960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	851	CTGCTGTTTCCTTTTTTTCGTCCATTCATACTCAGTGTTTAGCTCCTACT	900

C  AC011196.7	2959	TATAAGTGAGAACATGAGGTATTTGTTTTTCTGCTCCTGTGTTAGTTACC	2910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	901	TATAAGTGAGAACATGAGGTATTTGTTTTTCTGCTCCTGTGTTAGTTACC	950

C  AC011196.7	2909	TTAGGATAATGTCCTCCAGCTCCATCCATGTTGTTGCAGAGGACATGATC	2860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	951	TTAGGATAATGTCCTCCAGCTCCATCCATGTTGTTGCAGAGGACATGATC	1000

C  AC011196.7	2859	TTCTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCCCACTTTC	2810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1001	TTCTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTACCCCACTTTC	1050

C  AC011196.7	2809	TTTATCCGGTCCACTGTTCATGTGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC	2760
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1051	TTTATCCGGTCCACTGTTCATGGGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC	1100

C  AC011196.7	2759	TATTGTGAATAATGCTGTGATGTGTCAGGGATAGCACCTGGGATTGCATC	2710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1101	TATTGTGAATAATGCTGTGATGTGTCAGGGATAGCACCTGGGATTGCATC	1150

C  AC011196.7	2709	TCAGTGTGGCCAACAACACCCTGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG	2660
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1151	TCAGTGTGGCCAACAACACCCAGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG	1200

C  AC011196.7	2659	GCTCCACAGCAGGGACTTGGCTTGTCATTGTCTTTCTTGAGACCACTTTC	2610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1201	GCTCCACAGCAGGGACTTGGCTTGTCATTGTCTTTCTTGAGACCACTTTC	1250

C  AC011196.7	2609	TGTGTCCTGTAAGGCATCTCAAGAGAAAACAGTACCCTTATGGACACTGT	2560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1251	TGTGTCCTGTAAGGCATCTCAAGAGAAAACAGTACCCTTATGGACACTGT	1300

C  AC011196.7	2559	AGGCCACCAGCAACTGCCTCTTGGTACTATGGTTTTAGTGACCCTACTGT	2510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1301	AGGCCACCAGCAACTGCCTCTTGGTACTATGGTTTTAGTGACCCTACTGT	1350

C  AC011196.7	2509	AAAACCATGAGTAGGTTTTCCTTATATTTAGTATTTATGCCATATTTTAA	2460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1351	AAAACCATGAGTAGGTTTTCCTTATATTTAGTATTTATGCCATATTTTAA	1400

C  AC011196.7	2459	CCTAATAATTGATTCATGAATGCTTAAGACATTCACATATTCACTTAGTA	2410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1401	CCTAATAATTGATTCATGAATGCTTAAGACATTCACATATTCACTTAGTA	1450

C  AC011196.7	2409	TCTCCCCAGACTAGTGGTACCATGTAAGCCTTGACCTTAATTTATTTGTG	2360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1451	TCTCCCCAGACTAGTGGTACCATGTAAGCCTTGACCTTAATTTATTTGTG	1500

C  AC011196.7	2359	CATACCATCTGTTTGTTCCTGAGTTGTTTCTATACCCAAGAGTTCATCTT	2310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1501	CATACCATCTGTTTGTTCCTGAGTTGTTTCTATACCCAAGAGTTCATCTT	1550

C  AC011196.7	2309	TGGTTGTAATTCATGCATTATGGTTACAAGCCTTGCGATATTTTACAAGT	2260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1551	TGGTTGTAATTCATGCATTATGGTTACAAGCCTTGCGATATTTTACAAGT	1600

C  AC011196.7	2259	TGACCAATTAGTATTTGAATTTCATGAGGTGGTAGAGAGTCATAATTCTT	2210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1601	TGACCAATTAGTATTTGAATTTCATGAGGTGGTAGAGAGTCATAATTCTT	1650

C  AC011196.7	2209	GGCAAGGAATCAGAGCTGCAGACTCAACATCATTCTTACTAAAGAGCAAG	2160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1651	GGCAAGGAATCAGAGCTGCAGACTCAACATCATTCTTACTAAAGAGCAAG	1700

C  AC011196.7	2159	ATTTCATTCTTCACGTGGCAAGTCCTTTCTCATTCTTCTAAAACGACAGT	2110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1701	ATTTCATTCTTCACGTGGCAAGTCCTTTCTCATTCTTCTAAAACGACAGT	1750

C  AC011196.7	2109	ATTTTACTTAACTAGAAGCTGGAAGAAAATTAGAGAATGAGATATCAACT	2060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1751	ATTTTACTTAACTAGAAGCTGGAAGAAAATTAGAGAATGAGATATCAACT	1800

C  AC011196.7	2059	GTGTGCCAATCTGGTGACATATTTTAGGAAAAAACAAAAAATCTCTCTGT	2010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1801	GTGTGCCAATCTGGTGACATATTTTAGGAAAAAACAAAAAATCTCTCTGT	1850

C  AC011196.7	2009	GCTATATTCTGAATGAGATGTTTTTAGTCGTTGAATGTTTGCACCTGTCA	1960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1851	GCTATATTCTGAATGAGATGTTTTTAGTCGTTGAATGTTTGCACCTGTCA	1900

C  AC011196.7	1959	AGGTTATAGAGCAGGAAGAAAAACTTCATTGAAATCAATGGTTCTAATTA	1910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1901	AGGTTATAGAGCAGGAAGAAAAACTTCATTGAAATCAATGGTTCTAATTA	1950

C  AC011196.7	1909	TAGTAGATATGAGATGAACCCTTCAAAATAAAGAGTATTCATGAAATGAT	1860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1951	TAGTAGATATGAGATGAACCCTTCAAAATAAAGAGTATTCATGAAATGAT	2000

C  AC011196.7	1859	TTAAAAATTGCAAGTCATCTGTCATTCTATGAAGGGCATTTCAGCCTTGT	1810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2001	TTAAAAATTGCAAGTCATCTGTCATTCTATGAAGGGCATTTCAGCCTTGT	2050

C  AC011196.7	1809	ATTTCACCCACAATCGCTTCTTTCTACTTTAAGACGTAAACTCTAGATGA	1760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2051	ATTTCACCCACAATCGCTTCTTTCTACTTTAAGACGTAAACTCTAGATGA	2100

C  AC011196.7	1759	TAGAAAAAGACTTTCTCTTGGAAATATCTGTTTAAGTTATTTGGCTCCTA	1710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2101	TAGAAAAAGACTTTCTCTTGGAAATATCTGTTTAAGTTATTTGGCTCCTA	2150

C  AC011196.7	1709	AGATTTAACAGATTTTTAGTAACCCTTTAGTTCTTTCAGAAAAAAAAATC	1660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2151	AGATTTAACAGATTTTTAGTAACCCTTTAGTTCTTTCAGAAAAAAAAATC	2200

C  AC011196.7	1659	CATGAGTAATTTTTGTGGAAATTTTCTACATACTGGTTCATGCTTAAATG	1610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2201	CATGAGTAATTTTTGTGGAAATTTTCTACATACTGGTTCATGCTTAAATG	2250

C  AC011196.7	1609	AAAACCATACAAACATAAAACCATAAATAAAGCAGCCAAACTATTTAACA	1560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2251	AAAACCATACAAACATAAAACCATAAATAAAGCAGCCAAACTATTTAACA	2300

C  AC011196.7	1559	CTAAGATCTTATTAATTCAATATATATTCAGGTTCCTTTTCACACTAGAA	1510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2301	CTAAGATCTTATTAATTCAATATATATTCAGGTTCCTTTTCACACTAGAA	2350

C  AC011196.7	1509	TGAGAGTTACCTGCACTGTTGTTTCCGTTACAAGTGTTCACCCACTCTGA	1460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2351	TGAGAGTTACCTGCACTGTTGTTTCCGTTACAAGTGTTCACCCACTCTGA	2400

C  AC011196.7	1459	AATAAGAATAATGTAAAATTGTATTGGTTCTTGAGTTCTTTCTCACATGT	1410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2401	AATAAGAATAATGTAAAATTGTATTGGTTCTTGAGTTCTTTCTCACATGT	2450

C  AC011196.7	1409	GCTATGTCCTAAGACAGCTACCAGTTAGTCATACATGTCCAAAGCCCCCA	1360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2451	GCTATGTCCTAAGACAGCTACCAGTTAGTCATACATGTCCAAAGCCCCCA	2500

C  AC011196.7	1359	AGAGCACTGTAGTTTTGTAAATTATTAACAACATAGGTGGGGAGGTGGGT	1310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2501	AGAGCACTGTAGTTTTGTAAATTATTAACAACATAGGTGGGGAGGTGGGT	2550

C  AC011196.7	1309	TTGACTTCCCTCAGTCTAAGTTTCCTTCACTAGAGTTCAAGGGCACAGCC	1260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2551	TTGACTTCCCTCAGTCTAAGTTTCCTTCACTAGAGTTCAAGGGCACAGCC	2600

C  AC011196.7	1259	TTAGAGACCCACGTTCGTGAGGTCGTCTCCCAAACACAACAGTGGCCACA	1210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2601	TTAGAGACCCACGTTCGTGAGGTCGTCTCCCAAACACAACAGTGGCCACA	2650

C  AC011196.7	1209	GCGCTGGGGAAGACAGGACATGGATTCATACAGATTTGTATCTAAATCTT	1160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2651	GCGCTGGGGAAGACAGGACATGGATTCATACAGATTTGTATCTAAATCTT	2700

C  AC011196.7	1159	GAAAACTCAAGTCAACATTCATTTTACCCGATGTCTTGTGTCTTCATTCT	1110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2701	GAAAACTCAAGTCAACATTCATTTTACCCGATGTCTTGTGTCTTCATTCT	2750

C  AC011196.7	1109	CCCTGTGCAGTTCCTGAAGTCCCCACCTACATGATGACCCATTCCCCTTC	1060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2751	CCCTGTGCAGTTCCTGAAGTCCCCACCTACATGATGACCCATTCCCCTTC	2800

C  AC011196.7	1059	CATTGTCCTGTCCTCTCTACCTAGAATGCCTTTCTTCTTGGTCCACATTT	1010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2801	CATTGTCCTGTCCTCTCTACCTAGAATGCCTTTCTTCTTGGTCCACATTT	2850

C  AC011196.7	1009	TCCCTCCAAGATCTAAGCCAGATGTTTTCCTCCATGACATTTTCCTTGGT	960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2851	TCCCTCCAAGATCTAAGCCAGATGTTTTCCTCCATGACATTTTCCTTGGT	2900

C  AC011196.7	959	TGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTATGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCA	910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2901	TGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTATGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCA	2950

C  AC011196.7	909	GGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTG	860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	2951	GGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTG	3000

C  AC011196.7	859	GGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGGACTACAGG	810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3001	GGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAACTGGGACTACAGG	3050

C  AC011196.7	809	CACCTGCCACCACACCCAGCTAATTTATATATATATATTTTTAGTAGAGA	760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3051	CACCTGCCACCACACCCAGCTAATTTATATATATATATTTTTAGTAGAGA	3100

C  AC011196.7	759	CAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGATCTTGATCTCCTGACCTCGTGA	710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3101	CAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGATCTTGATCTCCTGACCTCGTGA	3150

C  AC011196.7	709	TCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCGTGAGCCACT	660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3151	TCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCGTGAGCCACT	3200

C  AC011196.7	659	GTGCCCAGCCAACAGTTTCCTTGACTTTTTTTGCCTACCACTTATCTGCA	610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3201	GTGCCCAGCCAACAGTTTCCTTGACTTTTTTTGCCTACCACTTATCTGCA	3250

C  AC011196.7	609	TCCTGCCCCATCACTCCCTGCTCTAAGCAGTTGGTTTTATTTCTGTTCTC	560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3251	TCCTGCCCCATCACTCCCTGCTCTAAGCAGTTGGTTTTATTTCTGTTCTC	3300

C  AC011196.7	559	CCAACTTATGGGGCACATGCTTTATACTTGTGAAAATGGCAGATCACTCA	510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3301	CCAACTTATGGGGCACATGCTTTATACTTGTGAAAATGGCAGATCACTCA	3350

C  AC011196.7	509	CGTCCCATGTGCCCAGCAAGCTTTGCCTCCTAGACAGCATCTGACTCTCT	460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3351	CGTCCCATGTGCCCAGCAAGCTTTGCCTCCTAGACAGCATCTGACTCTCT	3400

C  AC011196.7	459	GCATCTTCCAAAATATGCACACCCATGACGCGGACGTGGTACACGTGCTC	410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3401	GCATCTTCCAAAATATGCACACCCATGACGCGGACGTGGTACACGTGCTC	3450

C  AC011196.7	409	TTGTAACATCTGTCCATGAATGAGTGCTATTTGTCATGGATTTGGTCACA	360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3451	TTGTAACATCTGTCCATGAATGAGTGCTATTTGTCATGGATTTGGTCACA	3500

C  AC011196.7	359	CTGGAGAGGTATGTTTTTTCCACTTTCCTAGTGGGAAGAGAGGACAAGGC	310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3501	CTGGAGAGGTATGTTTTTTCCACTTTCCTAGTGGGAAGAGAGGACAAGGC	3550

C  AC011196.7	309	TTATAAATGTCATCTTTATAAAGCCGGGTAAAACTGAGTCATTAGAATCG	260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3551	TTATAAATGTCATCTTTATAAAGCCGGGTAAAACTGAGTCATTAGAATCG	3600

C  AC011196.7	259	TCAAAGTTCATCTGACTAAACAGATTGCAAAATACTCCCCTTTCTTCCTT	210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3601	TCAAAGTTCATCTGACTAAACAGATTGCAAAATACTCCCCTTTCTTCCTT	3650

C  AC011196.7	209	TAAGAAAAGACATTCCTCCCCTTGGTATTTCACTCCACGAATTTGTTAAT	160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3651	TAAGAAAAGACATTCCTCCCCTTGGTATTTCACTCCACGAATTTGTTAAT	3700

C  AC011196.7	159	TCTGGTCTACTAGATTTTGATAAAAGGAGCTTTTTATATGTTATCACTAG	110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3701	TCTGGTCTACTAGATTTTGATAAAAGGAGCTTTTTATATGTTATCACTAG	3750

C  AC011196.7	109	AAAAGAGATGGTATTTAAAACTGTGTTTAGGCCAGGTGCGGTGGCTCAAG	60
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3751	AAAAGAGATGGTATTTAAAACTGTGTTTAGGCCAGGTGCGGTGGCTCAAG	3800

C  AC011196.7	59	CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGTTGGAGGCGGGAGGATCACTTGAGCC	10
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	3801	CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGTTGGAGGCGGGAGGATCACTTGAGCC	3850

C  AC011196.7	9	TGGGAATTC	1
			|||||||||
  AC009878.9	3851	TGGGAATTC	3859

Compact alignment

skip 400 bps 100% identity alignment

C  AC011196.7	3459	TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAATGTATGATTATGTGTATGCT	3410
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  AC009878.9	401	TGTAGATCGGTACTTAAGGTTTGAAGTCAACGTATGATTATGTGTATGCT	450

skip 600 bps 100% identity alignment

C  AC011196.7	2809	TTTATCCGGTCCACTGTTCATGTGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC	2760
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1051	TTTATCCGGTCCACTGTTCATGGGCATTTAGATTGATACTCTGTCTTTAC	1100

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC011196.7	2709	TCAGTGTGGCCAACAACACCCTGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG	2660
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  AC009878.9	1151	TCAGTGTGGCCAACAACACCCAGCAGCTTCGCCCTGACTGACAGCTGCTG	1200

skip 2659 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC011196.7 - 144138 bps
Hit
AC009878.9 - 198372 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3859 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link