<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2005 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AC018630.40	167868	TTTTTTGGGAACCCCAGGAAGGCCAGTACTCTTTAAAATCTGGTTGCTGC	167819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	171731	TTTTTTGGGAACCCCAGGAAGGCCAGTACTCTTTAAAATCTGGTTGCTGC	171780

C  AC018630.40	167818	TAATACCTCTGTATAACCTTATTGGTAACAAGCCAATTAACACGTACAAA	167769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	171781	TAATACCTCTGTATAACCTTATTGGTAACAAGCCAATTAACACGTACAAA	171830

C  AC018630.40	167768	GCACCACAACCCACCCCCCCCGCCCGCCCACACACACACCACATGGATGG	167719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	171831	GCACCACAACCCACCCCCCCCGCCCGCCCACACACACACCACATGGATGG	171880

C  AC018630.40	167718	GAGAAATTATTGTCCTATAATTTTCAAAATGAAGAATAAATTTCAGGGAG	167669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	171881	GAGAAATTATTGTCCTATAATTTTCAAAATGAAGAATAAATTTCAGGGAG	171930

C  AC018630.40	167668	GTCATGTAGGTTGAAAAGTCCTTATTTTCCCACTCATGCTTTTTAGCCCA	167619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	171931	GTCATGTAGGTTGAAAAGTCCTTATTTTCCCACTCATGCTTTTTAGCCCA	171980

C  AC018630.40	167618	TTTTCAATATTTATCAAACTGATCTCTCATGCTTAGGTCTATAAGTAAGT	167569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	171981	TTTTCAATATTTATCAAACTGATCTCTCATGCTTAGGTCTATAAGTAAGT	172030

C  AC018630.40	167568	TATCCTTTTGGGTCTATTAAGTCTTTAAATATTAATTATTTAATTAAAAA	167519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172031	TATCCTTTTGGGTCTATTAAGTCTTTAAATATTAATTATTTAATTAAAAA	172080

C  AC018630.40	167518	TATTAAGCAATTTTGTAAATATTCCTTGAGCACTTAAAAAACATGTGTTT	167469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172081	TATTAAGCAATTTTGTAAATATTCCTTGAGCACTTAAAAAACATGTGTTT	172130

C  AC018630.40	167468	TCCACTGAAGAAACTAGACTTCTCTACATGTGATATTTGAATATATTTTT	167419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172131	TCCACTGAAGAAACTAGACTTCTCTACATGTGATATTTGAATATATTTTT	172180

C  AC018630.40	167418	TTCTTTTTAATTTATTTTTGATTACTTAATGGCTTAAGATTAATAGATGC	167369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172181	TTCTTTTTAATTTATTTTTGATTACTTAATGGCTTAAGATTAATAGATGC	172230

C  AC018630.40	167368	TAAAATAAGACTCCAACCTTGGATTGTATTTCTTTTCAGTTTTGATAATA	167319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172231	TAAAATAAGACTCCAACCTTGGATTGTATTTCTTTTCAGTTTTGATAATA	172280

C  AC018630.40	167318	TAATTGTTTCTAAGAAATGATCTTCAAGTCTGATGGCCAGGACAGAAACC	167269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172281	TAATTGTTTCTAAGAAATGATCTTCAAGTCTGATGGCCAGGACAGAAACC	172330

C  AC018630.40	167268	CAGATACTCTGTTTCATATAGATATGAACTTAGACTATATTTTACAACTA	167219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172331	CAGATACTCTGTTTCATATAGATATGAACTTAGACTATATTTTACAACTA	172380

C  AC018630.40	167218	CTATCAGCCTTAGGATAGCCATCTGTAAAACGCACACAATAACAATACCC	167169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172381	CTATCAGCCTTAGGATAGCCATCTGTAAAACGCACACAATAACAATACCC	172430

C  AC018630.40	167168	TCCTTGAGTAGGCTTTATGAGAAGTTAGTACACTACTTGTATAACTGCTT	167119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172431	TCCTTGAGTAGGCTTTATGAGAAGTTAGTACACTACTTGTATAACTGCTT	172480

C  AC018630.40	167118	GCAATTTCACCTGTCTGATACAGGCAGAAACCAAGTGTTGCTAGGTTTTC	167069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172481	GCAATTTCACCTGTCTGATACAGGCAGAAACCAAGTGTTGCTAGGTTTTC	172530

C  AC018630.40	167068	ATTTGATCCTGTGTTACTTGATATGTAGAAGTTACCTGTGAAAACTTCCA	167019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172531	ATTTGATCCTGTGTTACTTGATATGTAGAAGTTACCTGTGAAAACTTCCA	172580

C  AC018630.40	167018	CTCTTGAGTAGATACAGCAGGTTCCAGCAGGCAAAATATTCTTCTGCAGC	166969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172581	CTCTTGAGTAGATACAGCAGGTTCCAGCAGGCAAAATATTCTTCTGCAGC	172630

C  AC018630.40	166968	AGCTAGGATAAGATAAATAAAAGGCCAAAATTATATTTTCAATTCATCGG	166919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172631	AGCTAGGATAAGATAAATAAAAGGCCAAAATTATATTTTCAATTCATCGG	172680

C  AC018630.40	166918	AGAGCTGTGCAAACAAGGAGGGCCAGCTAAACTAAAATCCAGCACAAGGA	166869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172681	AGAGCTGTGCAAACAAGGAGGGCCAGCTAAACTAAAATCCAGCACAAGGA	172730

C  AC018630.40	166868	GAGTCTTTATAGGTGAAGAGTCAACTTATATATTTAATGCAATCTCTATC	166819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172731	GAGTCTTTATAGGTGAAGAGTCAACTTATATATTTAATGCAATCTCTATC	172780

C  AC018630.40	166818	AAATTCTGGCGGGCTTTTTTGGTAGACCATAAAAAACTACTCCTAAAATG	166769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172781	AAATTCTGGCGGGCTTTTTTGGTAGACCATAAAAAACTACTCCTAAAATG	172830

C  AC018630.40	166768	TATCTGGAAATGCCAAGTGACAAGAGCACCTAGAGAAATAATTTAAAAAG	166719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172831	TATCTGGAAATGCCAAGTGACAAGAGCACCTAGAGAAATAATTTAAAAAG	172880

C  AC018630.40	166718	AACAAAGTGGGGGGATTACAGTTTCTCATTTCAAAGTTTGCTAAAAGCTG	166669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172881	AACAAAGTGGGGGGATTACAGTTTCTCATTTCAAAGTTTGCTAAAAGCTG	172930

C  AC018630.40	166668	GACTAATCATCAGGACACTGGCATTTTTAATACTATAGACAAGAATAATG	166619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172931	GACTAATCATCAGGACACTGGCATTTTTAATACTATAGACAAGAATAATG	172980

C  AC018630.40	166618	AAACACAATTAAGAGTCCACAAATTAGTAACAACATTTATTATCAGCTAA	166569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	172981	AAACACAATTAAGAGTCCACAAATTAGTAACAACATTTATTATCAGCTAA	173030

C  AC018630.40	166568	TTTCAAAAACCATACCATTTCAATTAAATAAGAATCATTTTTATCAATAA	166519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173031	TTTCAAAAACCATACCATTTCAATTAAATAAGAATCATTTTTATCAATAA	173080

C  AC018630.40	166518	ATGATGCTAGACAAAATGAATATTCTCATGCATAAAGATGAATTTAGGCT	166469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173081	ATGATGCTAGACAAAATGAATATTCTCATGCATAAAGATGAATTTAGGCT	173130

C  AC018630.40	166468	ACTGCCAATGTCCATATAGAGGCTAGCAGCCTTGGATCCACCTGCACCCC	166419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173131	ACTGCCAATGTCCATATAGAGGCTAGCAGCCTTGGATCCACCTGCACCCC	173180

C  AC018630.40	166418	ACCCCAGTCTACGAGTGTGTACTCTGCCACACTACTGATGCTGCTGGCAT	166369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173181	ACCCCAGTCTACGAGTGTGTACTCTGCCACACTACTGATGCTGCTGGCAT	173230

C  AC018630.40	166368	GTGTGAACAAGGATGAGCCACAATGCCACTGCCCAACAAAGTGCTTAGGC	166319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173231	GTGTGAACAAGGATGAGCCACAATGCCACTGCCCAACAAAGTGCTTAGGC	173280

C  AC018630.40	166318	TGGCACCATCCTTCAGAGTATCGTAACCAGCAATCCAGGAACACAATAGC	166269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173281	TGGCACCATCCTTCAGAGTATCGTAACCAGCAATCCAGGAACACAATAGC	173330

C  AC018630.40	166268	CCTTCCAGCATAGCAGATTCCCAACCTTAAGGGGAAAGAGAGCAAAGCCA	166219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173331	CCTTCCAGCATAGCAGATTCCCAACCTTAAGGGGAAAGAGAGCAAAGCCA	173380

C  AC018630.40	166218	GGGGCCCAATACTAGCCTCCCAGAGTTACGGCATTCAGCGCGGGAGTGCT	166169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173381	GGGGCCCAATACTAGCCTCCCAGAGTTACGGCATTCAGCGCGGGAGTGCT	173430

C  AC018630.40	166168	GAGCTGATCCTTGGCACCCCCAAAATCTACCATAAACAAAGCTAGTAAAT	166119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173431	GAGCTGATCCTTGGCACCCCCAAAATCTACCATAAACAAAGCTAGTAAAT	173480

C  AC018630.40	166118	GAAACCCACCTTATTCCGAAATCAAACCCCCAAGGGTATCAAAGAAGATA	166069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173481	GAAACCCACCTTATTCCGAAATCAAACCCCCAAGGGTATCAAAGAAGATA	173530

C  AC018630.40	166068	AAAGAAAAAAAAAGAACCCATCCAAAGTACAGCAATTTCAAAGATTCAAG	166019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173531	AAAGAAAAAAAAAGAACCCATCCAAAGTACAGCAATTTCAAAGATTCAAG	173580

C  AC018630.40	166018	GAACATCAGCCCACACAGATGAGAAAGAATTAGCACAAGAACTCTGGCAA	165969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173581	GAACATCAGCCCACACAGATGAGAAAGAATTAGCACAAGAACTCTGGCAA	173630

C  AC018630.40	165968	CACGAAAAGCCAGAGAATGTCTTCTTACCTCCAAACAACCACACTAGTTC	165919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173631	CACGAAAAGCCAGAGAATGTCTTCTTACCTCCAAACAACCACACTAGTTC	173680

C  AC018630.40	165918	AGCAGCAATGGTTCTTGACCAGGCTGAAAAGGCAGAAATGACAGAAATAG	165869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC006518.17	173681	AGCAGCAATGGTTCTTGACCAGGCTGAAAAGGCAGAAATGACAGAAATAG	173730

C  AC018630.40	165868	AATTC	165864
			|||||
  AC006518.17	173731	AATTC	173735

Overview

Query
AC018630.40 - 167868 bps
Hit
AC006518.17 - 173735 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2005 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002005165864167868-11717311737351
Short-link