<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 490 bps / non-identical: 50 bps
Full alignment
KC877655.1 1 GAATGGACTCTGAAATGATACAGATTCAAATCACAGACTTGTCAGTTTCA 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107223 GAATGGACTCTGAAATGATACAGATTCAAATCACAGACTTGTCAGTTTCA 107272 KC877655.1 51 GTCAAGTTTCATCTTCTCAAAGCCCTAATTTCTTCACCTGTAAAACTGAA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107273 GTCAAGTTTCATCTTCTCAAAGCCCTAATTTCTTCACCTGTAAAACTGAA 107322 KC877655.1 101 AATTATACATCTAGAATATAATCTAGCTTCTAGAGATGGCCTCTGCACTT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107323 AATTATACATCTAGAATATAATCTAGCTTCTAGAGATGGCCTCTGCACTT 107372 KC877655.1 151 CTTGGCTCGTGGTCCTATCTCAAAGCCAGCAGGTAGCATCTGCCACTCTC 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107373 CTTGGCTCGTGGTCCTATCTCAAAGCCAGCAGGTAGCATCTGCCACTCTC 107422 KC877655.1 201 TTCTTCTGTCTACTTCTGTTGTCACATCACTTTCTCCCACTCTTCCCCTC 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107423 TTCTTCTGTCTACTTCTGTTGTCACATCACTTTCTCCCACTCTTCCCCTC 107472 KC877655.1 251 CTACCTTCCCCTTATAAGGACTCATCATGTGATTACATGGGGTTACCAGG 300 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107473 CTACTTTCCCCTTATAAGGACTCATCATGTGATTACATGGGGTTACCAGG 107522 KC877655.1 301 ATTAAATTAGAATGAATGTAAAGCATATAGCACAAGGATCGGCAGGCCCT 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107523 ATTAAATTAGAATGAATGTAAAGCATATAGCACAAGGATCGGCAGGCCCT 107572 KC877655.1 351 AGGTGCAAAATATTAATAAATGGTAACCAGTAGTAGTAGTAATAATAGTA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107573 AGGTGCAAAATATTAATAAATGGTAACCAGTAGTAGTAGTAATAATAGTA 107622 KC877655.1 401 ATAGTAATAGTAGTAGTATGGAATCAAAGGGCCTCACTGTGGCAATATAG 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107623 ATAGTAATAGTAGTAGTATGGAATCAAAGGGCCTCACTGTGGCAATATAG 107672 KC877655.1 451 TTCATTTAGGAAGTCATTTACCTGAAATGAAGCAATAGTG 490 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107673 TTCATTTAGGAAGTCATTTACCTGAAATGAAGCAATAGTG 107712
Compact alignment
skip 250 bps 100% identity alignment KC877655.1 251 CTACCTTCCCCTTATAAGGACTCATCATGTGATTACATGGGGTTACCAGG 300 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AC004099.1 107473 CTACTTTCCCCTTATAAGGACTCATCATGTGATTACATGGGGTTACCAGG 107522 skip 190 bps 100% identity alignment
