High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 42446
Chr: 7
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ317o15 : RP24-263G24 : RP24-105L1 : RP24-573A3 : RP24-301M14 : RP24-210O7 : RP24-456C3 : RP24-186I18 : RP24-95M16 :
Instance: Plate 36: Well E05: BACs RP24-263G24 RP24-301M14 RP24-105L1 RP24-573A3
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 119693443 119693492 50 ATTGTTAGGGCTAAGCTGGTGACATGCAGAATTAAGAAACATTCAGTAGT
U5 119698043 119698092 50 CTGTACCTTTTACATATCTATTATTTGCTTTTCTCATTCCCAGATAAATT
U3 119698185 119698234 50 ATTAAATATCACACAATCATTACACAATCACCTTTCAAGCCTGACATGAA
D5 119698866 119698915 50 CTTCCCAAAACAGAATGTTTTTAAGAGTATGAGCTTATGAGTACATGTGT
D3 119699025 119699074 50 GAACATATGTCCTCTGTAATAATAATAGGTACTCTTAGACCCTAGACCAT
G3 119703937 119703986 50 ATTACTCTCAATCATCAACCCAATAAAGTCTAGAATACCCAAGGGATTGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 119474192 119505223 31032 GTGCCCACGGACCTGGAAAAGAGGTTTTGATTAATTAATGTAGCATCTCAGAGTCCCCTTGCCCCCCCCCAATGTCTCTGATGTTATAGTAGTGATTAGGGGCATTCTGTCCTGGGCAATGTATCACTAAGGCCAAGAAGGCTCACCAGACAGAGCTGGAAGTCTGTGGTACCACAGACCTTGACTCGAACTGATCTACCTGAATAAAAAAGACAACTCATATACTTCTTTGTTTTGTTTCCATATGTGTTCTTTAGTCCCAGAGGGGACAAATATGGGATTTCACAGATCTCTCCCATTATTCCAGTTGCCATGGGCTGTTATGTCTGTCTCTGTGTATCTCTGGAGCTCTGCACGTAGTCTGATTCAAAGTATATTAATTTTTAAGTATTTGAGACACAATGGATCATAAATAAGATAAACCTGTCTAGGTGGACAGATACAGACCTGGGGCACAGATAACTATCAGCCAGGAGACCACTTGACTCACTGTCCTGTGGGTCATTTCTATACTGTAGACTAAAATGTCACTTGCCTAGCTGGATACGGGGCCCCTTTAATCCCAGCATTCCAGGGCAAAGGTGTCTCTGTGAGTTTGAAGCAAGCCTGGACTACATAGTGAGTTCCAGGCCAGTCAGGGCTACACAGATAGACTGTCTCAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGTCACTTTCCTAATACAAAAGACCAAACCTGGTTAGTCATTCTTTTTATTCATTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCCCTTTGGTTTTTGAGACCAGGTCTCATTATAAAGACTAGGTGTCATTATTTAGTCCAGATCTATCATGTAACAGGACTTGAACTCACAATTCTGCCTCTGTCAGGATTATACAACATGTGCCACCTTGCCAAGCTAATCATTCATATATAGCAAAACACTACAACAAATGATAGTTGATTACCTCATCACCAAATACCATTTCTCACTCCAAGAACCCACAGTGGTATGTTCCAGGCAGCCAAGGCTACAGGGTGAGACTTGCCTCAATTCCAACCACCACTCAGAAAAGACATCCCTTGAAGAAGGGACATATTTTAGTGCTGCAATGGAAAGTGTACAAGATGAATCTAGGACATCATTTCAGGAGAGGAAATAAGCTCTCAAAGGTCCATAGGATTGTGTGAAAAGGACTTGAGGCCACACTAGGAAGACTTTGAGCAATTTGAGCATGTAAAAAAATGCACTGGATTTAAATACTGAGTATTATATATATGTACATACATATATACATAATAATCATATTGATGAGCTCAGAATCATAATTTAAAAATTCACTAATTAGGACTGGAAAGATTGCTCAGTGGTTAAAAGCATTTCGTGATCTTGCACGAAAGATCTATCTAGGTTTAGTTTCCAGAACCCATATGGTGGCTAACAATCATCTGTAACTCCTGTCTTGGGGGATTCAATGCCCTCTTCTGACTTCCAAACACCAGACACATACGTGGTGCACATACAAACATACAGGTGAGACACTCATGCATGTGAAATAAATGAAACTGCCCCAATCACTTGTATTACAAGCTGCAGGAGCACAAACCAAGCTGAAGACAGATGAAGATAACAAAGAGAAAGAATCAAGGATTAAGATAAGACGCATCTCCAGACAACATATGAGCCTCTCAGAATCTTCTTTATATAAATAGTAGCGCTGCCTGTGCCACCTCCACCAAATTTGTGAGCATTACAATGAAGTGATATGAGATCCCAGATAACTGAAAAATAGTATGACCATGTAAAGTATAGCTGCTATGTTTATGTAGATAGTCCTAAGTGAGATGGGTATTTAAGGACTGGTTAATGCTGCAGAACTAGGGGTGACTCAGGCCCTCAGTCCTTATCAAGGAGATGACCCACCTACAAGGTTAAGTGTAGATTCTCTACCTGACATAACTTGTCATCTTCTCCTTGAAAGCTAAGCTTGCTTATAGGTACTGGAGATCTACCCTTGCCAGGAACGGAGGACACTCCCTAGAGCCCAGAGAACGATCTAAACTCTACCCTGTCTGCTCCCGAGGCTTTGCTGCATAATGAGGTCCCTGTGGCTCACCAACACTGGGAGAGCTCTCAGCTCTTTCAGATGCTATGTTGAGGGCTGGCCTCTATCCAACTGTGACTTATTATCTTACCTTCTTACTTGAAGTAAGAAGTCCCTGCCCAACAACCATGCAGTCAAGGAAACAACCCAACCTGTTTTTTGTAAGGAGGGAGAATCAAGTCTTAAATCCAGAGGAGTCACTCAAAGATATGAGTCACAAAAAGTCTATAAGATTACAAGCTGCCTCCCCCCCCAGAGCTGTGTGAAAGTGAGAAAATACAAAGGAGTTAAATATATAGGAACAAGTTACCCAAACGTTAGGGATATTTTCCTGGTCACACTGAGAGAGAAAATGGGGTACTATCTCATATTCCCATCTCTTTGAACTGAGTGTGGCACACATATGTCATTTACTAAGTGAGCCATAAGTCTGTGCAATAACAAAATTCTTGAAATAGTGTGTTATCAACTATGTAATCACCACGATAGCATCTGAGCTGTCTTAATCTCATCCTTCTCTCCTGCTCACCTCCTCCTCATCCCTCATTTTCTGATTGGTCTTGTGAGTGGCACTTAACCTCATTCACACGTCTTCTCCTGACTTTTTCAAATTACAGACAGAATAGCCAATCTCTTTAGGGATAGGGTTAGGTTAAATAAAACACACATACACATATATATGCATATGTATATGTGCATATACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCAGTAATAAGAGCTTGTGTTTTCTGCTAGGTAAGGAAAAGCAATTCTCAGGAAAAGTCAATTTAGTCAAGCTATATGGGAATAAAAGAAGCCCAAAAGGACCCCTGATGATAGCTGAGCTCTGTATGTCCTAAGATGTACCTGTACCCTGATCATCCTATGATGTGACTAAGCAATATATTCTTGAGTAGGCAAGCCAGTAAGTTTCTTTTCTTTTCTAAGCCATAGTATAGACTGGGTTCTATAACTTAGAGCCAAGCAAATGTAATTAATACAAATATATGTTTCATCTATTTATTCATTTTCTCTAATGTGGATGATGTTTTGCTTGCATTTATGTATATGCACTGTGTGAATGCCTGTTGCCCACAGAGGCCAGAAGAAGGTGTCAGGTCCCTAGGAAGCAGAGTTACAGCTGCCATGTGAGTACTGAGCACCAAACCTAGGTCCTCCCCAAGAGCAACAAGTATCCTTAATCACTGGACATCTCTCTGGCCCCTTAAATAATATATAATTGATTATTAGCTGATTGGAAATATCATTTGATAGGAGCAGAAATGGAACTCACTAGCCACCTAACTTTTCTACATCACCTTTGTATCAATTCCTAATTCTTCCCTCCTCTCCTTCCCTCCCCCGCCCGGCTCTATGCAACCACCATGTCACTGCTAGAGTGAATGTCTTTGCTTGTGGCCATGCCACCTGAATGTAGCTGGTTATGTCTAAATGCCTCTTCTTTGAAAGATACTCTCTATCCTTCATATGTCCTTCCCAACCTCCACTACATGTTTCTTCCATAAACCTGTTTTCCTGGTTATCACAACACATATAACAATTCATCCACTAACTTCTTTACAAATCTCTCTCCAGCCAAAATGTAACAGTTTCCAGAGGGGGGGGGGAACATGACTTACTCATATTGACACCACAGTTCCTAGTGCATTCCTGAACTACTGTAGTTGCCCACAGACTATTCACTCCCTTGGCATATAATCACTGTGTCGTCAATATAGTCTTTGCCAGACTTCCCTCAACTTTCTACAGAGAATTGATCACCATGTCAGCAGAGCATTTGACTTGTATAGATGTCACCCACCCAATTCTCTGCTCCTAAATCACTTGATAAAATGATAAAATAGCTTGATAAAATATGAGTTTATCAAGCTATTTTGTTGATGGCTTAGATACAAAAACAAAAGATACTTGTTCCTGGGACAGGGAGATGGCTCAGTTGGTAATGTGCCTGCCTGGCAAGCATGAGAACCTGAATTTGGAATTCCTAACACCTACATAAAAGCTAGCCACGGTGGCGTGAAACTCTCATGCCAGTGCTGGGGAACTGAAGACAGACAAATATCTGGAGTTCATTGGTCAGCCAACAAAGATGAATCAAGGTTCAGTGAGAGGCTGCTCTTAAAAACTAAAGTGAAGAGTGATAGAGGAAGAAACCAGACTTCACCCTCTGGCCTACACATGCTTGCACATACATGTGCACACACATACACATGAAGAAGTACAAAAACCATACATACACACACAGGCACAAACACATAATCTGTTATTTATCCTAATTCCACAAATACGACTTTGGTCATAATTTATCTTCATTTTAGACTGGCAGGAAATTTGCAGAAACAGCAGAAGAGTTTGCTTAGTCCTCTCACCCAATGACATCATCCTATTTTACCATCAGACATTGCTCATGGCCAAGATGATGGAGTTAGCTCATCCTTACTAAGGAAATGTTATATTTTGTTCCTGTTTCCCTAGTTTCTCCTGGGTATCCCTGTCCTGTTCCTGGATCTCTCCTAGGAGATCACGTTATATCTGTCAGGCCTGAAGACTAAGTTTCTTCTGATCTGTGACTTTCATTGTTTCTGATGACCTCTAATGTTTTGCAGGGTTTTTTTTGGGAGAAGGGTAGATTTTATTTATGTTTATTTTATATGTATAAACATTTGTCTGAATATATGCCTGTTTACCACATGCATTCAGTATCCTTAAAGGCCAGAAGAGGGTGTTGGATTCCCTGGGACTGGAGTTACATAGGCTGTGAGTCGCTATGTGGATGCTGAGAATTGAACGCTGGTCCTCTGGAAGAACAGTCAATGATCCTAACCACTAAGCTATCCAGCCCCAGTCTCTGTTTTGAAAGA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