High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mk2
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 96890
Chr: 5
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-70B17 : RP24-379F13 : RP24-286L15 : RP24-186A5 : RP24-164N7 : RP24-272M3 : RP24-334M8 : RP24-308G13 : RP24-104P14 : RP24-450F22 :
Instance: Plate 101: Well C09: BACs RP24-379F13 RP24-186A5 RP24-70B17 RP24-286L15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 150583014 150583063 50 TTTGGATCAATCTTCTTGCCTTCTTTACTAGTGTTTTCATTACATTTAGT
U5 150577226 150577275 50 AACTAGTTCTTGCTGAGGTATGAAATGTGGATAAAGGAGATGTGTGTGAG
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D5 150575641 150575690 50 AGTGGATGTTCCTCTAAACAGAAAATAGCCATGACTGAAGAGCTAGCAAG
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G3 150572039 150572088 50 AAAAACTGGTATTTTGCGAAAGCAGAATTATTTACACCGTTAGACTACAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 151378151 151378215 65 CCTGACTCACTGGGACCCATAGCCCTGCCAGTGCGTTCTCTAGTCTGTACCTCCATGCACGTGTC
G5 151385589 151385638 50 TTTGGATCAATCTTCTTGCCTTCTTTACTAGTGTTTTCATTACATTTAGT
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U3 151379711 151379760 50 ACACTGCAGCCCTTCCCTTGGCCCCTAAACTCTTACCTGTCCTGGGTCCC
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G5_U5 151379801 151385638 5838 AACTAGTTCTTGCTGAGGTATGAAATGTGGATAAAGGAGATGTGTGTGAGCTACCCTCTGAGTTCTAACAATACCTAAACCAGCAGGAAAAAAGCACAAGAGAAGGAGAGAGGTGAACCCAACGGTGCCCCTGTGCTTTAACCCTACCACTCTTGGCCGACCGAAATATGAAAATGTCACAGAAAACAAGTCACATCACAGAGAGCGCCTCTATGCCAAATAGAGAGGGGAGTTAAGATCTGCAGGAAAGAATCTCAAAAGAGATGCTTCAGTTTGGGGTTACATCATATCTGAGCAGGCACTATCAAATCAGATAGTGACTGAGTCGGTACCAAACAGCCTCCTTGTAATAAACAAAAACAAAACCCAAAAAACCCAAACCAGAGAAACTTAATATCTGGCGATGCATGCCCTGCATCCCAACAGATTCTGCCGCTGAGTGGAATCCACCCCTACAGCTGTGTGGAAAGTGAAACGGGCAGGAAGACAAAGAGCAGAGCAGGTGGAGACACCGCGAATGCCCTGTTAGCTTCTGCTCTCAGCAGCGCTAGAGGTGGGTTATTTTAACTCAGCAAGAATATGGAGCTGAAGAGCTGGGCTACACCCTCAAGCCTCCACTGCAGCCACCATGAACCCATCTGTCTGAGCTTGTCTTCTCAACTCTAAGACACGGAGGACAATGCGAAGGACTGGAGGGACAGCACTTTGTAAACGGTGAGGTGCTCAGCAAACCTGAGGGTCAGTAGTAACTTACCCAGCCCAGCCTGCCAGCAGGACCCAGGCTTAGTACACATGAGCGTGGGGGCTTTCTAGGAGTTGCAGTGGATGTGAGAGGGCAAAGGGTAAGAGCTTCCGCTCTGACATGTCAGTACATACACAATCCAGAGACAGAAAACAAGCATCTCTACCTGCATTCTTCAGAGGGCCTGACAGCAGAGTTGGGGAAAAAAACGACAAAGTAAATGCATTTTGTTACAGTCTGTGGTGGCACACGGGGCCACCTTGATTTTTAACAGCAACCTGACTGTCCTTGGTAGACTTGTGAGAACAAGTAGGCATATATTTCATTTTATTGTTTATCTATTTGTGCACTATCTGCACATGGACCCATGGAGTCCAGAAGAGGGCCATCAGATCTCCTGGAGCTGGAATTATAGGCAGTTGCACACCACCTTGTGGGTGCTGGCAACCAAGAGGTTGCCAGATGATCCATCTCTTCAGCTCGGAGATAAAAATTTCCATATCAAAGGACTAGGAGCAATTAGCCAACTTATTAAACCCTGATTTCCAGACACCAAGTGTTACACAAAGTGTTAAGGCACAAAACCTAAAGTTTTTCAAAACTGGATTCCCTGGCTAAGGGACCGGTCCTCCTGCAGTTTGTGTGACCCACGTAGGACAAGCTGTACTGACAAAACACAAACAATTTGGGCCAGAAACATTAACAGTTTGATAAGCGAGACATTGCAAAAGAGATAACATTTGACTTGGACCTTGAGGGTTGAAGAACTTTTACCTCTTGTGAAAGGGGATAAGAGAAGGCAGGAGCGACACACCCTGAGTGAATAAATAAAAGCACAGACCGTTTTGTTGCAGTAAGTCATCAGAAATGCTGCACGCAAAGTTTTAAGAGGAATTTGGCAAGCTGGAACCAATCCAAAGTGTGACCACAAACCATGGAAACCATGCCGCAGATCATCTAAGTGGACAGGTTTATGGTAAAGACACTAAGAACAGTTCATGGCAGTTCTCACATACAGAAAGTCTGTTTATGGAAGGGGGAGGAAACTGGCTTGGGAGTCACAGTGTCAACTGAGTCAGCCCAAGAGTTCTGATCTTGCTGGGTGTCCTTCACACACACAGGGTGCAGAGTCTAGATAAGCCTCCTGTGAGCTTCTGGTGGGCTGGCTTTGACTGGCTCTGAGTCTCCAGGCCCCTGGGCAGGAGGGCAGGAGTGGACACCATACTGCGTCAGGCAAAGTAAATTAGTCTCCTCTCGTGAACTGGCATGATAGAAATCAGTTTCAAGTTCTTGAAGGAATTGGGAACACAGGAAATATGGCAATGCTCAGTCACCCATGGGTATAGAGAGTGGTGGGAGATGGGAGAAGTCACCAGAGGGTAGAGGAGGACAAAGGTTTGGTCTCCACAGAGAAGGTTCACTGAGCTTGACCACACAGCTGAAAAGGTCAAACCCCACAACCAAGCCCCGATCTCCAACACAAACAGTGACAGAAGCCCCGAAGACTGAGGGCATAGTTCGAGAAGCCATTTCAAAGATGGGTATTTTAAATTTTGCTGAGTGATAATTGGTCAACACTCTCAAGTGTCGGGTTATTTCATAAATATGACTTGTTCTAATAAAATCTATCATTCAAATGGAAGTCATTTCCCCTGCCTCTCTCCTGTGTGCTAAGTGACTGACTGTTGAAACCAAGGCTTATTTTCTTCTGTACTCCCCATCTACTGTCCCTTCTAGACTGGGTCTGGTTTGTTGAGCCTTTTCAGAGATGTTTCTCTTTCCATGTGTAATCCTTACGGACTCATTTTTGGCTCTTGGTGGCTTACGCTATGGACAGAAATTTATGTTTTTAAGGTTTTCTCCAGGTGGACTTCAAGACATGCTGTTTGCTGCACACTTTATTCGCTTCTTAGTCCCTTCTAGACAACACACAAAACAGAACATTGCTGGCCTTTCTGACTTCGATGTTTTACTCAGAGTAAAACCGCTCAGGCCCACCACCGGGCCTTATGGGCTCTCCATTCCTGAGACACATGTGACCATGGGCTCCACAGTCCTCCCTGCAAACTAGCAGAGTGCACATCACCAGTGTGGTGACAGTCTGCTTTTTCCTTTGGTCTGTCGCTTTAATTTTTTTTTTCTTACTTGTACCTGGATGTCAAATTAGCACCAAAGGCCATAGCAACATCTTGAAAATTCAAGACAGTAGAAACACTAGCGAAGCAGAGGTGATTAAGTGACAGTATTTCAACTGTAAAACTTAAGTGTGAGCAATAAATACCATTGCACCAGCATCAGGGATGAGGCATGTGCCTCAGCGCTAACCTTCTCTATGGTGGTCAGGAACCTCATGGGTTAGGGCAATTGAGCAAATGAAAAAACAGAAGAATGGAAAGAAAATAGACAATGACTTCCACGTAGCTTCCCCTCCTCCGCTGCCCTTCTCCCAATTCACTAAAATTACGAGAGGGACTCCAGTGCTAATTCGTATTTCATAACTTACTCTCAATACGATCAGAACTATGGCATGGTGGGTATCTGTCAGCTGAGGACCTGCTGGCTAGGAAGTCTCCCTTGTACCCCTGACTTTACATTTTCAGACATGTGTTGGTAGATCCCTATTCAGGACCCAGCTTGGGCGATTACCCACCATAGTCCTGCACAGCAAACATCATCTCAGTAAGCTCTCCCTAGAACTGAATTGTTTGGGTCAGGAGTTAAAAAGATCCACACATCCTCTCTGGCCACCGTATGTTACACTTCATTTCCTCTGCTTTTCCCTTCTTTAGGTTGCACCTTTACCTTTTTTTTTTTTCTGCCCACAACTTCTATTTAGAAAATGTTGAAATTTATATACAAATGGGGAAGATGCAGAACAATGTACACTGCTTTCCCTCTGTCTGCAGTCACTAGATTGTCATATTTGGTCTCAATTATTCTGTCTCTTCTATTCAAGGCTCTTTACTCCTGGGTTCCTGCCAACATTCTTCTAGGTGAACACGATGTTTGAGTTCATGTCATAAAGATTTCAAAATTTTCTCACAGTCTCAAATTTGAAATTACTTTAATTGATTTTATATTTAAATATTTAAAAATTTCTCTTACAGTTCCCCAAACGATCTTCATTCATTCCAAGTGCTATCTTTGGTAATTACATGCGTTTGGTGTCTTTCATCTAAAACTGTCCCCATGTCTGTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTGCTCCCCGGAAGAGTCCAGATGAGTCTCCGGTTGTTTGCTCAGGATTGGGTCCAGACTAAACCTTGTTGGGAGGGTGTTATGGAGGAGAGATGTTGTTCCTGATCTCATGTGACACCCACCCACTGTGCCCATGCAGACACTTGGCTAAAAGTCGGGGTCATGGAGTCTTCCACTGTGAGATAAGCTCATTGACTGGCTTAGTGATGATGCTAATGTGTGAACCCGGGACCATGTGACTGCCCTGGCTTCCAGCAGTCTTCCCTGTGCATATGACCTCAAGGTCCCGCAAGTCTTATGTTTCTCATTTGAAACTCTTGTCATGTCTTAATAAGAGCCTCCTCACTTCTCTTTTCATCGTCTTCATCTTATTTGTTTATTTGTTCATTGCTATGTAGCTCAAACTACTTTTGCCTCAGCTTCTCAAGTGCTGGGGTTGCAGGCATGCACTACCATACCCAGACCACCCTATACTTCAGCTTGCTTGCTTGCTACAGTAGCTCTAACAGGCTTAAAAATTCACTATGCAGACCAGGATGGCCTCATAGTCATGGCTAATCCTCCTGCCTCTGTCTCCCAATCACTGGGATTCCAGGCATGAAGCACTGTATCCCGTCCTCTCATTGTTCTTTACGATGTTCCAGCTGTCCCAAATTTAGTTGGTGATACACCCCAAACTGGCTCCTCTTATGAAAATGAGGCTCCAGCTTGTGAAAAGTATCATTTTTTCCTAATTAGCAAAGATACACATTGAAACATTAAAGGAGGGGTCGGGGAGATTGGAGGTTGGGGGGTGAGGAATAAGGGTAGGCTCCTGTATTCCTCCAACTAAAAATAATTTCTAACATTTGGTCTTATATAGAAGAAAATCTTTAAATCCTCTATTAATTTTGTGTGTTTATGCACATGTGTGAGGTCAGAGGACAAGTGTCAGGGGTCGTTTCTCTCCCGTCACCATTTTGGTTCCAGGATCAAACTAGGGCCATAAGGCTTGGTGGCTAGTGCCATCACCTAGCACAAAGTTTTTTGCTTG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U3_D5 151378216 151379760 1545 AGTGGATGTTCCTCTAAACAGAAAATAGCCATGACTGAAGAGCTAGCAAGGAGGCAAGCAGAGGCAGGCAAATCTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCCACATAGTGAGTTCTAGAACAGCCATACCTACATAGTGAGATCCTGTCTCAAAAAGAGAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGAAAGAAAGAAAAAAGGGAAGAGAGGGAGGAAAGGAAAGAAAAAGAAAAAGGGAAAGAAAAGAGGGAGGGAGAAAGGGAAGGAAAGAAAAGGAAGGAGGGAAGGAAGAGAGAGGAAGGGAAGGAGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAAGGAAGGAAGGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAATATCTACCAAGGACTCAGACAAGTACTGCTATTGATGGAAGGCCCTCAGAGATGAAGTGGCCCCTCAAGCCCAAGACACCACTTCCAACTTTATTGGCTCCTTGGGAGAACTACCATTAGTGAATGTGAAATCATGGAAGACTAGAAAAAGAGGAAAGAACCCACATTTCAACTTTCTCATAAAATGTCCATAACTGAGAATTCAGAATGATACTTCTCCCTACCATGACTGCATAGGGCTTCATTTCCCAGGCGTGCAGGTTGGTGTTATCAATAATAATGGGGGATATGCCATTCCTCATTGCTTTCCTTGCTGTAACACAATGCAACACAATGGTGAACAACATGCAGCAGTCAAGCATCATCCACATTATTGTTACTGTCATTACAGGAGGCCCTCCTCACACAGTTAAATGCTACCTAGTGCTGAGCCATTATCAGGGGGTTCCGTTTGCTGGCATCTACAGGGGTTAAGTCCTGCCATTCTGCAGGGTAGAAAAGCATCAAGGCTTTTGGTTAAAGCTCCTTCCAGGAAATGTATTCATTTTGAAGCTGCTACAATTTACATGCATAAGACTCTGCCCCCTCCCCGTGTTTGGAGAGGAATTTGTCACCTCTTCTCTGGTTCCACTCATGAGCTTCCTCCAAGAGGTTGGGGTTGAACTCATAGGTGCCATCTTCCTTGAAGAAAAAGTCATCGGTGCTGAAAATCAGGGCTCTGGGGTAGTCGTGCTGCAGCTGTCTGCAAAGTGGAGAAACAGAAAAGGGATCCTCCCGTCACCAACAGTTCTTTCCATCTTTAGCAGCAGAAAATAATTCTAAGATCTCCACATTTTGAATTTTCAACTTCACTTAAAAGGAGAACCAATTATCTCCGGAAGTCATCACTCCTCAACAGGAGGCCGAGAGGCCGCTGTGCGAGTTGCCAACTCTTAAAAGTGAGAGGTCACTGGTCACGGCCACTGCCTCCTGCAGCAACCAGAATCGACTAAAACTCCGAGGCTAAGTCGAAGGCATGGTGACTGTTTCCTGGCGGACATCAGTTACCAGGGCCACTCCTCTCTGAGACAGCAGTGCCCTCCCACACCTCCCGTTGGGCACCATGCCCCCACACTGCAGCCCTTCCCTTGGCCCCTAAACTCTTACCTGTCCTGGGTCCC
D3_G3 151374614 151378150 3537 AAAAACTGGTATTTTGCGAAAGCAGAATTATTTACACCGTTAGACTACAAGCTAGAGGGAGGAGTTTGTCCTGACACTGCTGTCTACAGGGTTTGACTATAATGGTACTGATTCTTCTTAGTTGCCTTTGTTACTAAGAATTCACAGGCATTTTTAACAGAGGGGGGTAACTCTCCTAATGTTACCCTGAAGGACTACATTCCCTTCTGCACTTTAGGTCTAAAAGAAAATCAGTGCCATTAAAGTGACGGCTCAGGTCTCTGGAGGCAGATAGATCATCAAAGCGGCAATGGCACCAAGCTGCTTCCTGCCTCTGCCTCCCTCACCTCTCCAGCTCTGTGGAGAGGCTGGATCTGTCAGAGACAGTAGTACTGCAGCCTATAGAAATGTACTAGTACCATCTTGTTTTATTCATGACTGTAGCAACTAATTGATAATCTTGGATTTCAATTTCAATCCAATTCTTTCCCTGGAGAAAGACCCTTGACTCCTCAGCAGGTCCCCAGCATCAGACCATGAGTACGGACGCACGCTGACGTCACTTGTTGGAGATAATAAATAGAATGACCTCTGTTCAGAAACTTCTGGGCTCAACTATTTACACTGGACTTAGAGCTCTGGCTAACCCTGAACAAAGAATAAATACCAAAAATTGAAGTAGAAACTTTCTCTAGGAAAATTCTGCAGTAGCTGTGCCCGGGCCATTAATATCCTTGGTGGTGGCCACCCCTTCTGTAGCCCTCGTTGGAGTAGAGGCCATTAGCTCTCCGGTTGGGGAGCTCTGTGTAGGTGTTCCAGTAGCCGGAGCCACTGGACGGTTCGCTGTTCCTGCCCTGGTTTCTGTTCGCTCTGCTCGGCTTTTCTGCATGAAGGACACTGTGAAAGGTAACATTGTGTTCATACCGTTCTTTCATTCGTTGTATTTTTTCTTTTGGGACCCCATGGATGTTTCTTCTACGTAGAAAAAAGGAAAACAAAAAACAAAACCCCACAAGTTTTTAGTTAAGGCAGGCTATCACAATAAGTAACTTACATTACATACAAATCCTGCATTGCGTGGCTACTGCTCTGCCTCAGGAGACCAGGCAGAAGCATATGTTGTATTGTCAAGGTACTTCGACAGCTCTGCTGCGGTTTCTCATGCTGCCCTGCACACCCCCAAAAAACCTAGGGCTAGCTTTACAAAGGCCTTTCTAAAAGAAGGCTTGAGACCTTTCTAAAGAAAGGCCAAGTGATGTTGACTTCGAACAACCACCACCAGAGTATAACTCCTGCATTTAGTGATCTGCTCGTTCATGACATGATACATCTGTTATCATTTTGGATCAATTGGTCCGATACCATAAAGTGATGCTTATTAAAACAATGTTAAGTTCTGGAGGGCACAAATACCTGTTGGGGATGTGGTTAGAAGTTCATTTGACAAGGTTTTCAATTACAGACTAGAGTTCTGAGCCATGTCAGATTTAGCAACCAGGTAATCATGGGGATGACCATAGACTTGCTTTAGAAATATTCTGCTTCTATTGGGCCATTTGGCATCAGGTAACATGGAGTGTGGTTATCAGAAGCATTAAAAACCAAGTTACTATTTGGACACATGTTGCTGTAAAGCAGCAGGAATGTGTCATGTTCTGCTTAACAACCAAAGATCTTGTCCCATGCGGAGCAATTACCTTAAATGCTCATCAATGAGGAAGCAACTGAGCACAAAGTTAAGTGTGTCCTTCTAAAGGACCAGGTCTAAGCCACGGGTTAGCATTTAGCATCATGTTAGACATCTGGCTCGCTCAAAACTAAGGGCCTCACATTAATAGTTCCAAAGTTATCAGTTTCTAAGAATTACCATTTCTGGCCTGAAAACTAGTCCGTTTCCAGCCTGCAAAGATGCTTTTGTTCAGTCTGAAATTCCTGAAAAGAGCAGAATATGTAATGAAGAACTAGCAAAAACAAAGAGGTACCTTGCTAACTCTTGAACGTTGAATTTCCAGCGAGTGTCGGGTTCCCGGAATATAACTTCATAGTTATTCTCAAGAGCCTGATTTTTCAGAAGCACATAAGACAGTGAAGACATGGCATGTAGACTTGGGGATATTCACATTGCACTTAGCATTCACCACAGCCTTGTCCAAACACCCCCGTTTTACAAGTCATCCAGGCCCTGAATCTATCTCCTGCATTTCATCCCCATACCTAGACTCTCCCATTGTGTTATATAAGTCACAGTGTCAAAGATGGCCAGTTTTGTCTAGTAGGAGTCTGAACATCCTTAAGACGGATCACTGAGCTCTTGATAAAACGTCCCAAACACAGGTGTGAACAGCAAGCCTGGGGAATTCCTAAAGCCGCTTATGATTATCTTGGATCATATCTATCTCCTCCCACTTCGGTTTGTAACTTAGAGCGCCACTTATGAAATAAGAGTGATCTCCACATATTTTATTTACTGTTTCCAGCAAGCCCAGCCCCTCCTGCTCTGCAGTGCTTGGCCCCATGCCCTGGGCCCCATTTCCATGAGTTTAGAAAATGAGTAAGGCTCTGGTGTAAACATCTGAATGTTCTTTGCATCTATCCATAAGCTGACCACTTTGTTCAAACAGCCCTCTGCTATCACTAGTACTTGACATGTTAGAAACGGAATTAAATGAGCTAAGCTGGGGGGCTTCCTCCTTGAGCAACATGCATAAGCTGTGGTGCTCTGTAATCACAGAGGAGGTTAGAGTTAGTATTACACAAATCAAAACAGCCAAGAGAGAACATTCTCGTTGTGCCCAACAATGATTCTTGAGGTGCAGATAATCTAAGTCCCCTGACTCGGGCAGGAACACATCCACCAGAGCAGCCCCTGCACTCCACCAATGTGTAAGGTCATTATTATTTATCAGCTAATAAACACACTTAAATACTTAAGTTTCCTCTTCACCCTTTGGATAGGTGGTTCTACTCAGGAAAGAATTCAACTGTCACATTGTACTCACAGCTCGTGACTGTAACAGCCGTGGCTGGCTAGTACCCAAAACTGAGAAATGAAAGGGCTTCCTGGAGGCCACTGCCTGATATTCCTAAATGCTGGTTTGGGCTATGCCTATGTCAGCAGCTCTTTGTGGCTCCACTCGCCTGTCTCATGTGGCTTGAATGTGTACTCATCCAAGCTGTACCCCCTGGGGCTGAGCAGAACTGACATGAAGGCATCGGTAGACAGAAGCACACCTGTCTGTTTACCTAAACGTGGGGGGCAAATATCTTTAAACTGCCAGGAGCTCTGTGTAAGAGACCTCACAACACACTAGGGCCCATGTGTAACTCAAGAAGCTGTCTGCCTCCTACTGTGTTGTTTGTGGAATGAAAACTTGTTAGCATCAGATACAAACAGTCTGAAAAGATCAGAATTTAGTGGAGTGATGTGTTGATATTTGTATTTTGCTGCCTTAATAGTGTCACACTGTTAATCCTAAATCTGTCCATAAACTAAGAAATTCTGTTGCCCTGGAACTCTCAGCAAAAGAGTGCTGAAATTCCCAGCCTACAGCAGGTAGA
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 5, start 151378825: end 151379342
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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