High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 88661
Chr: 13
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-85F13 : RP24-206B15 : RP24-105K5 : RP24-123M7 : RP24-170B24 : RP24-156H16 : RP24-493C7 : RP24-401B14 : RP24-114L15 :
Instance: Plate 108: Well A11: BACs RP24-85F13 RP24-123M7 RP24-105K5 RP24-206B15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 17998148 17998197 50 AAGACTCCAACAATTCTTCTTGATGTCTTTCTATTTCTCGTCTCCTGCTG
U5 17992639 17992688 50 ACAGATCTTAGCAAGTAGTTCTCACCCAGAAAAAGCGCCGATTCTACCCA
U3 17992479 17992528 50 AACATATATTTACTTATTTTTCTTGAGGGAGGCATTTATTTACTTCCTTG
D5 17991420 17991469 50 TTGTTAGAGATGGTTGTGAGCCACTATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTTC
D3 17991291 17991340 50 TACTTTACATTCTGAAGAGCCATGCACCCAACAGCACGAAAAACACTTTT
G3 17988038 17988087 50 TAATGATACTTTACGCAAGTAATGATGGCAAGGGATTTTCCATTTAGAGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 18083175 18083253 79 TTCTTTAAAAAAAGATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATC
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U5 18084473 18084522 50 ACAGATCTTAGCAAGTAGTTCTCACCCAGAAAAAGCGCCGATTCTACCCA
U3 18084313 18084362 50 AACATATATTTACTTATTTTTCTTGAGGGAGGCATTTATTTACTTCCTTG
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G3 18079872 18079921 50 TAATGATACTTTACGCAAGTAATGATGGCAAGGGATTTTCCATTTAGAGA
G5_U5 18084473 18090031 5559 ACAGATCTTAGCAAGTAGTTCTCACCCAGAAAAAGCGCCGATTCTACCCAAATAGTACTAAGCAAGTTTCAATGAATGGCAAGACAGGTCCGGATTGAATAACGCATTTAAAGTAAAGCTGGAACAGTATTCCCTTCTCTACCTCCCCCTTACCTTCCCTTGACAACATTCTCAGTTCACCCTTCTCCAAGCCTTGATAACATCACGCCTAACTTTGGACTCTCTGTGACTGCGTTCTCTGCGGGCCATCAGCCTAGTGGGTGTGCATTTCTCCTCCTCTGCTCCCCCGACCCCAAACTGCACACTCTTGAGGGACTGAATAAAGTTCACGTTGTAGAGTAGGGTCAATGTCCCTGCTCCAAACCCGGTGGGGCTCCGAAAGAGCACCAAGAAACAACCAGGATTCTTAAGACCCGGCAACACTGGAGCGCGCTGGCTCGGAGACCCGCGCTCCTCCGCCCAGGCTTCTGCGTGCGTGCCCCTGCCAGGGAGCCCCCGGGTCCCGCCTGGGAGTCCCTTTCTCCCGCGTCCCGTCCATTTACTTGGACTCGTTTCCGCATGTGACCCTGCCATTCCCGCTGCGCTAACAGAGACTCGTCCGCTTCCTCGTCAAACACGTCCTGGTCTCCAGGGCTCGCGTTCTCCGGAGCCGCTCGAAACCAAGACATCGCCCGGAACACCACGAGTCCCGGAGCCGCCGGAAACCCGGGCAAGTGCTTCCGGTTCGGGGGGCGGGACGAAAGGACAAGGCGTGGGACGGAGGGGCGTGTGCGGCTCCCCTTGCGGCTTGGAGGCTAAGGGTTGGGTCTCTTCCTACGCCTCTGGGATGGGCAGCGTGGGGCTAGCTGGGTGCTGCAAGCTAAGTCCCACCATTCAAGGGCTGAGATTCAGTTTCTGCAAGTGCTGAAGGCATTGGACGCCCACGTGCAGCCAAGAACTTTAGAATGTGAAAGCTGATTCTAGGATCGGTTTGAGATTAAGTAATGGGAACACTTTTGTAAAACCAGCGTCCATTGGCAATTTCCCTCTTAGCCTTTGACTAGGAGAGTTAAGGAATGTGGCTCAAGCATTTAGCAACTTCTGGCTGGGAGTTCATGTTGAAGAACTGCACATCAGTAGCGTTCTTGTTTTGTCATGTGATAACTGAATTTTTCTGACAATTTGTTTTGAATACCTATTTCGCATCACTCATCATTTTGGGACAGCGCACTATAGGAATAAAAGTTCTCAGTCCCAATGGACTTCCTATTAGTGTAGAAACGGCCAGTTAGCCAACAATACTTATAAGTAACTCATAGTTTGAAGACTGTAAGTGATATGAAAAAAGTAATCATTGTGAGGGAAGAGGAAACAGGTTACTGTTTTAGTTTATTTTACATTTTTGTCCTGAAGGCAAAAGTTTTGCCAATAAGGAATATATGCTCTGTCAATAAGTTATCCCCTACACAAAGTTATTACTTTTTATCTTCAGAGAGAATTTTGTATCCTATAAATGTATGTATAAAACCAAATATAAAATGTGATAAGGTGTATGTATATAGAGATCTTAATTAGAAGCAAAATGGCAGTATAGGAAGCCATAGAAATAGTGATTGAAATGAGTAAGATAGAAAACTTCTGTGAGTTGGCTCAGTGGGTAAAGTCCCAGGAACGGTGTCAATCACCAGGACCCACGTGATGGAAGGAGAGATTAAACTCCTACAAATTGTCCTCTGACCTACACACACACACACACACACACACACACACCATATGAAAACAAATGCAATAAAAAAAATCCAACTCAACCCTTGCATGATAAACCCTAAAGGACAGGGTCTGAAGAGATGGCTCAGCAATTACAAACACTTGCTGCTCTTCTGGGGGATGTTAACTTGGTTCTGGGCATCTACATACAATTGGGTGATGGCTCACAACCACCTGTGACACCAGCTCCAGGGAGTCTCAAGCCCTCTTCTGGCCTCCAAAAGTGCTTGTGCACACATGGCATACATGCATACAAATACATACACATATAAGTAAAAATAAATATTAGAAAACAGATAATCTTGTCCTGCCTCTTATTAAAAAGAGCGAAAAAAATGTAGGAGGGTGTGAATAATTTTGAACTTCTGATTATTCTGTGTCTAACTCCTGAGTGCTAGGATTACAGATGTACATCAGCATGCCCAGTTTGTGTGGTGTTGGGGATTGGATACAGGATTCCAGCATTCATTGCACCAACTGAGAGACATCTCCACACCTTTCAATGAATATATACCCTTTAAAAGTTGAACTATCTGAGCTATAGCTTAGTCAGTAAAATAATTACATTGCAAGGAAGAAGAGAAGAATTAGAACCCCATACCGCACACTAAAAAAAGCCAGATGTAATAATGTGAGTTTGTAATTCCAGATCTTGGAAGGTGGACACAAGTGGATTCCTGGGACTTTCTGGTCAGCCAGAATAGTAAACTCAGGCTCAGCTAATCCAGCCCCCCTCACCAAAGGTGCATAGTACCTAAGAAATGATGCTGAAGTTGTCCTTTGTCATGCACCCTAACATTCCTGCGCCTGAATACTCACAAGAAAGCACATATGTATGTGTATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATTGTCTTACTGCATTTTAAAACAGGTTTTCAACTTTCTCTGCTGTGGCCCTTCTGCTGTTGTAGTGCCAGGGAAGTTTAGACATTTCAAAACAAACAAACAAACCAAAACAAAACCAGTCAGGAGCCAATCTGATGTAACTTAGAGCAGGGTCTTTATTTTATTTGGGCTAGCTCAGGCCCCTCAGCTCACCACTGACATGAAGGATGGTTTTGGTGGAGAGAGGAGCCCCGGATAGCTATCAGGGCAAAGCCTAATACTAAGCAGCAAGTAGGGGTAAGCTTGTAAGCATCTAATTGGAAAGCTACTGTGGCCTTTAATATAACTGTTTGATGCTGGGAGTCACATCATAGATTTAATTTCTGCTCCCCTCTGCATTGTTGGTCCTTAGGTAAGGCTTGTAACCAGGGGGTGCAGGTTTGTTGGGGGAATAACCTGGTGACACTGGTCTTGTTGTGGATGTAACCTGGAAATGCTGGCCTTGTTGGGGGTGGGACTGGAGCTAGGCTTGGGTTTTGCTGGGGGAATAACTTTGAAACTAATGTTAGATACCAGCCTATTAGTTTACCTGAATTTAAACTTACGCCAAGTTCTCTAAAAAAATGGAGTGCGAATTTAAAAGATCTAGCCTCTCACTGTGGCCCCTTTCACTGAGAAATTTTCATACAACTGTTGAAGGATATTTGATCACATTGTGAACCCAGAGATTGTGAACTGTAAAACCTGTTCCTAGCTGTTGTATGGCTCAGCCTTTGATACTAGACCTTGTTTATGATAAACAAGTACCTGTGTTCCTCAGCCCTAGCACACTCCTTTAATCCAAGAGGTAAATAAAGTCAACCCTAGGTCAAGAGGTGGAGCAAGTGACCAGGGGAGTGAACATATGTAAACAGAAAGGAGGGTCTGAGTTGAAGGATATTTAAGACAGCATGGAGAAGGAGAAAGAGACTTTTCTTTCTGAGACAATCAGCTGGGAGCTTTCTCTGCCTTTCTGAGCTAGCAGGTTTTCACCCTAGCATCTGGCTCCTGAGTCTTCATTTGGTAAATCAAATGTTTGTTTTTAAAAGCAACATACGATCGTGAAATAAGTATGAAAATCAAGCATCATACTGATATATCATATACAAATTTATTCTTCGGTATTACATGTAATTTTATTATTTATTAAAGATAAAAAGCAAATTTGCATACTAATGTTTTGGGCATGATTACTTATTTTTTCATATACGATTAAATCTTAGCTGTATTACTTGACACTGCATCTACAGTGTTTTTCAAGTTGAGAACAATTTTCATGAAATGTATCTTGCTCAAACAGCTATTTTAAAATTAAGTATTCTAATACAATGCCATCTGAAGATACACTAATTGATACTGACACATGGAGAAATGACTGTAGGAACATTAAAGGTTGTTGTTTTCGTTGTATTTCTATAAAAGCAGAGAACAATGCTTAGAGTGAAAACACTTCGGCATGGAGCATGCAAATCTTGCTTGTGATCCTGGATGCTTGAGGTCAGGGTCGCTGGCACTGTGTGGTACAGTGGCGTGTGCAGTGCACAGGGTGCTTGGCCTGCTTGCTGTGTGCTTAGATCCAGGCTGCATGAAGTGAACAATACAGCGTGCATGAGCAAATGCTCCCAGATACACCCTTCATTCATTACACATTTGATTTTGTATATTTGATTGGTGTGTGTTCAGAGACCTTTTATTGTTGCTGAAGGTTTCACGACTCCTGTGTATTCAGTTAGGTGACCACCTGAATAAAGAAGATTTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTTTCTGTGTGAATGCACATGCATGTGTGCAGCCTATTTGTATGCATTGTGTGTGCAGATATATGTGTACATCTGTGTATATGTGTGTGGAGGTGGGTGGTGGTGGTTAATGTCTGATGTCTTTCTCAGTCACTCGCCATCTTTTATTTTAAGATAGTTTTTCACTGGCAGTCATGAGTGGGATAGGCTAACTGGCCAGTGTGCACCAGGGATTTGACCCACTGTCACCTAGAACTACCACCCCTGGCTTTTTATGTGGTTGCTATCAGTCTGAACTCATGTCCTCAAGCTTGTGCCTCAGGCACTTTATCAAATGATCCGTGTCTCCAGCTACAGCTGCACGTTAAAAGTTTTCTATGTATTCTGGATATAAGACCCAAGTCAGATGCATGTATGCAGATGCATCCTTAGTGTTAATTATGCCCATTAAGAAACAGAGAAATGTATGAGAACACTGGGGCCAAGAACTAAGGAGAGGAAACATATGCAGGCAAAGTAAGCTTTCAGCAAGTGATGCTGATCAGCTTCCATGACAGGTAAGGGAGGTAGGATC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U3_D5 18083254 18084362 1109 TTGTTAGAGATGGTTGTGAGCCACTATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTTCAGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATTTCACCAGCCCCCGAAAAACACTTTTAAACACTGAATTTTTACATATTACCTCTATTAAAGACCTTCATTAGAATTGTGGCTAAATGATTCATCATTTAAAATTTTAAAATTACCTCAGTGTTCCTCTAAGGAGTCCATAGTTTATAATGACGTCTGCACCCTCTTTGTACCCTTGATTGAAGCCCCGTTGAAGAGTAAGTGCTTTGCCGGCATCTAGCCCATCTCTGTAACCCTCCTAAAAAGAAGAAAAAACCCAGTTGTAACTGACACCAAGTGAGTCTTCTCAGGAAAAGCACTGAACCAATTTTGAAGACAAATTTAGGTTTGTACTATATTAACTGAATTATGATATGGCAGAGACATAAATCCAAAGCAGAATGTTTCTCCTAAAATCTTATTATTGGTTCATCTTTCCTTGTCAGATCTGTCTTATTTTTTTAAAATGTTTTCCAGGCTGGCCTGGAGCTCCTTATCCTACCTTCCTCACTCTCCTAATCGATGACAGGCAGATGCCTCGATGCCACACGGGGAAGTCACTTTGGAAATCTAGGGTTACTGTGCAAACATTAAATATCAGTTGTTATGTTTTTTTTAAAAACTGTGTTAGCAAGGTCTTCACAGAAATGGGAAACTACATGTCTGGTCTCTTGGTAACGGACTAGAATAGGATAGATAAGGAGGCTGGCAAGGCCTGGGAAGAGGGAACTATTTTAGGAACAGTGAAGAGGAAGTCTGATTTTAGAAATCTAATCTAAACTGTGGCATAGAGATTTGTCTTATTATTATTATTAGTTTAGCCCTGGATTCCTATGGTATTTTTGTAATGATATGATGGTTGCTGGGCTCAACAAATATGAACTTACTGGAACATTAAATTAGGGTTGACATAACTGCAGCTTTAAGAGGGTAATTTAATGGCTAGTATATTGGGTGGATGCAGTTCTTATCTTTTAAACAGTTAAGTAACATATATTTACTTATTTTTCTTGAGGGAGGCATTTATTTACTTCCTTG
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Comments:
Created
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creating candidate regions
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done inserting candidate regions
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inserted results of aos runs
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Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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Created display features
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