High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 87711
Chr: 12
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-404B16 : RP24-355L5 : RP24-217N20 : RP24-425A23 : RP24-493A10 : RP24-85A13 : RP24-316B7 : RP24-146L15 : RP24-337P7 : RP24-255H20 :
Instance: Plate 106: Well A07: BACs RP24-355L5 RP24-217N20 RP24-425A23 RP24-404B16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 85825860 85825909 50 ATTAATAGTTCGGGTGATTTGGTTTTCCTAGAAACATAACAGCTTATTCT
U5 85820032 85820081 50 AAAATTTGAGTCAATTCACCGCAACAGTGGCTCTTGACCCTGACTGCTTT
U3 85819870 85819919 50 TTTTAAGAGGTCTAATATCTGCTCTACTGGGACAGAATTCAAGCTAGGTT
D5 85819291 85819340 50 AGGACAGTGCCGTGCTATTTGCTATGGATGTTAGGCCTGTATGTATTTCA
D3 85819163 85819212 50 AGCATTTGTCAGCAATGCTCAAGGTCCTTCTAAAGGACACCAAACCAAAC
G3 85815471 85815520 50 ATTATAAAATGCATTACACAAATACAATTGACCAAAAGGTCTAAAAACAG
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 87160163 87160240 78 CCTGAGGCTGAACTGAGCAGGCACGCTAGTTCTTCATAGGGGAAAGGTGTGCTCTAATCACGGGCGTGTCGCCAACCA
G5 87166810 87166859 50 ATTAATAGTTCGGGTGATTTGGTTTTCCTAGAAACATAACAGCTTATTCT
U5 87160982 87161031 50 AAAATTTGAGTCAATTCACCGCAACAGTGGCTCTTGACCCTGACTGCTTT
U3 87160820 87160869 50 TTTTAAGAGGTCTAATATCTGCTCTACTGGGACAGAATTCAAGCTAGGTT
D5 87160241 87160290 50 AGGACAGTGCCGTGCTATTTGCTATGGATGTTAGGCCTGTATGTATTTCA
D3 87160113 87160162 50 AGCATTTGTCAGCAATGCTCAAGGTCCTTCTAAAGGACACCAAACCAAAC
G3 87156421 87156470 50 ATTATAAAATGCATTACACAAATACAATTGACCAAAAGGTCTAAAAACAG
G5_U5 87160982 87166859 5878 AAAATTTGAGTCAATTCACCGCAACAGTGGCTCTTGACCCTGACTGCTTTCTGTATCACCTGAGGGAACTTTATACAATTACCAGGGTCTGGACACCTGACCAGTACACGGTACTCTCCAGAAGTGAGTTCTGACACGAGTATTTTTTAGAAGTACCCTGTATGGGTGACTTAAGTGTATAGCCAATGAGCTGAAGTACCTACCTTGTGGATTACAAACGTTCAAGCACTAAAGCATAGCTAGTTCTTTTGCTTAGATGTCTCTTGCACAATAAAAACAGTCTAGAAATAGTTCAGTTGTAAGCACCTACTTAGCATACAAGATAAGATGTGCAGGGTTTGATTCTTAGCACCTGAGTGTGTGTGTACAATCAATGGACACAAATAACAACGAAAAGGCTCTTGGACTTTAAAAAGTCTTTAGTCTTTGGAAACACAAACAGCTCTACTAAATTCACACCAAAGAACTTTTAGGTGGCAATGAGAATATATTCAAATGTCAGCCATTTGGGGATATACTCCTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTCTTTCTTCTTTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTTGCCCTGGCTGTTCTGAAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGTCCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCCGGCGGGGGATATACTCTTTAGAAACCAAGTTGATGGCTTTTCTAATGAAAAGACTGAAGTAATCTGTCTAGTGTGAGATACTTAAAACCAGACTAAGGTCAAGGGGAAGTTTACATGTTTACTTTCTCTAGAGCCCTGCTCCATCCATCTACACAGGTTCCATGACTACCTGTGAGCAGCAACTAAGAGTAAAAAAAAAATAACCTTCACTTCTCCAGGTTCTTGACTCCCATTATATTTCAATTTTGTTCAAAATAAGGCTCAGCCTACTTAATTACTTAATTTTCTTTCTACCTAGATGTTGCAGAGAAAAGAGTAGGTCAGAGCCTGGATCTGGGTTATCTATAAATGTGACAAGAGCTGTCAGCTGCTGTCAATCAGTGATGTAGCTCCAGGTACCCCTGTCAACGGGGTGAAAGTGTTGCTGCATCAGACAGACACAGACATGCGGTAAGAGTTTGAGGAGTCGGGAGAGGCCCCTGTGAGCTGGAGGTGTGGCTTTGAGAGAGGAACTTGGAGGGATCTGGGGATCCACTCAGGGGCCACACCTCAGTTTGGGAAGACCTTGGATGCGTGACTGTCTACCTGTTACATAGACTAGAACCTCGTGTGCCACACACTCTGACTCCTAATGAGGACACTGAGCTACCGCAAAAGGCTTCTAACCTTTCTCTTTATGGCCTTTTAGAATCAACATGTCATCCTATTTCTTTGCTTGCCTTCCTGGGAGCTTCTTTTAACACACAAATTGTCTGGGCAGGCAAATGAATGGAGAGGTATCCAGAGAAGCTTGGGAAAAAGGCCAAGTGCTTCCTGCATGTTCTAATATTCTACTGCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAAAGCTGCGACCGTGTAATACAGTTCCTCATGTGTGGTGACCCCCCAACCACAGAATTATTTCATTGCTACTGCTACAACTAAAAATCATAATGTAAGTCTCTTAATATGCAGGATATCTGATATTCGACCCCTGTGAAAGGGTTGTTTGACTCCCAAAGGGTTATGGCCCACAGGTTGAGAACTGCTGTACAAGTGGCTACCAAGACTGGATTAGGCACCAGAACCACCTGGATATTTCTGGAACTGGATTCCTAGCCAAACTTATTGAGGAGCCTGGGGTGGTCAGATACATGGCTGACTTTGGAATCAGCAGCTAGGTCATTGCTACAGAAAATATACTTCTTTACATTCTTTTCTTTTCATTAGTTTAATTAGTTCAGTTTTGGACATAGGAGCTCACCAAGTTGCTCAGTCTGCTTTGAACTCTCAACCTTCTTGCCCTATCCTCCTGTGTGCTAAGATTATAGGCATGTGCTCTGATGCCCATACAGTTTTGACGTCTTACCAAGGTTTGGCTTGCCAGTGTAGAGCTTCTCGTAGAGAAAAGTGTGGTCTCGGAAGCTCTGGAGTGTGTTCCCCATGGCTATAATGGACACCATAACCAGCCAGCTTCGTAACACATTCAGGAAGCGGCTCATGACTCCCCTCCAAGAGAGGGCGCTCTGCCTTGGGAACAAAGAAGGCTGAAAGTTACTTCTACATCAGTCACAAGCTGTCACCTAACCTGTACGAGGGCTGTCTGGAGTGATGTCGGCAGAGCACTTCACACATACCTCTGCTAGTCCTTCGGCCCCACCCTATTTCTTGCTACACCACTTTTATTTCACAAAATATCTAGGAATATTTACCCTAAACAGAGCTATGCTGATCTTTGTCACGGAGGTTTAAAAAAAAAATGCAGTGGGTGGAAATGTCAAATCTAGCACAAAAGACATAGTGAGAAGGACAGAAGAAATGGGGGTGCGGACATTTCTATAAGTAATCAAATGGATTTCTGGGCAAGCTTGTGTTCCTGCCAATGCTCGGTCACTCTAAAGAGGGTGAACGACCAGTACACCTTGCAGCAAGTGGCACCACATTTACCTTTGCTCAACTAATCCTCCAAAGCACAGCATTGCTGTAAGTCAGAATTCCCTCCACTTGCCTGGAATCAGTATTACGCCTTCATCTCTTCATGCCATCCCTTTGCAATACAAATAGCTCAGGGTGATTCAAAATCTACTCAGATACCTGGACACATCCTATCAAATGTACAGAAGTTGCATCATACACTTGAATGGAAACCATAGTGTAACTGTCTGACTAGTCTTCTTAGTTTCCCTCTGCATGGCTCCCAGACACATCATGTTTCATAAACTAAAACAATCGAAAAGACTTGGAAAAGACCTGTCATAGCTTGATGTTGGGTTTCAAGAAAAGTACATTAGCTATAGTTACGGAACACTTGTGTCCTACACTTATATGTGCCCCAAGTATATAACATCTTATTTCACTCACTCCCTACATCAGGATAGGCAGGCACTATTAGTATTTCCACTTTACAGATGGGGATCAGAACCAAGAGCTAAGTGATTTGCTTAGGTAACATAGCTAATATGTGGCTGAGTGCCAGGGTCTGTGGACTCTGTTGCAATACTCCCTCATAGAATGTTTTGATAAAGTTCTCATCTTTTAAAAAATATTTACTTATTTATTTATTTAGAGACAGGGTCTTACTATGTGGCTAGTCTGGAACTCTACATAGATCAGGCTGGCCTGGAACTCACAGAGATCCATCTGCCTCTTCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGGGTGCGGCCAGGTGCAGCAAAGTTCCCATTTTTTGAGGAAGCTGGTAGGAGAGAGAGCTAGGTTCGGTACTTTTTGTTTAGCTCAAGCCTCGCTGAGTAGTGATTTCCATCAGCTCTAAAGGGATCCCACAGAGACAATTTGTCATAGCCACCATCATATTGGCCCTTCATTTACCTATTGTCAGGCTAACTGCTTTGGCCTGAAAGCTGTAAGAAACTATCAGGCTTCCCTTATCACTGTGGTAATGTTTCAGTATGATTCCCTACTACCCAGTGTATATAGACATCAAGTGAAGTGATGACGAAAAACCAACTATAAAGGGCTCCAGGAGAGAAAGGGTGGACCCAGAGGAAAGAGGTCTCAAACGGGGACTGTCCCAGTCTAGAGATGCTGGGGTGTGCTGATCTTCACAGACACTTACAGCATATGCCAATCTACTTCTTTTTACTTTCTCCTCTCAACACCAGCTTGGGTTATTTAAAAATCCCCCCAGCCCGCCCCCGCACACACTCCCTTTCAGTAGAACGTAGAACTTACACCCTCCATTTATTTCACAGATCTTAGAAATCCCAGAGCTGATGAAAACACACCAGAGCATTTCTGTATGACTCTACCAATTCTTTAAACCCATTCCCTTGGAGTTATGAGGTGGAGAGAGAGGTGGGGTACACCCTTGCCCAGGTCAGCATGGATGCGATACTAATTAACAATCAATAGAGGCAGACTCCTATCCTAGCTACACCACTCATATCTGAGGGGTTCAGACAAGCCAGTGAGACTCTAGAGACTCGGTTTTCTCATCCGTAAAATGGGGATATAAGCCTCTATCTCGAGGGTTACCCGATAATACATGAGGAAAAGTGAAAGCTCGTTGCAGAGCTAGGTTCATAACGACTGCCCGTTCACTCACCCATCCCCAGAATTGACCAAATCTCCATTTTCCTAGCACCTCCTCTTGGACATCGTTTCTAGACTCCTCCACCACCACCTCCGGTTGCTTTCCAGGCAACCCCCACTTTCCTAAATTTTGCAGATAGTTTTACTCGGGTGCTACATCCCACTCCAAATTCTCCTACCTGACGATCCAGTACTACTGCAGCAGTATCAGCAGCATCCGCAAACCAGCTCTCCCTAGGCCAGCTCCGGTCCCAAGTCCACCTGGGCCACTTGTTCCCGCCCCCTCCCTCAGCCCAGCTCCAGGATTGGGTTGTTTTTGTCAGTCCTCGTTCTGATTGGCTACGCTGGCTCAGTTCGAGCAGGCGATAGGGAGTGAACTCCTTTGCTGCCAATCAGCAGTTGCCGCCGCCTGAGCCTCTTCCTGCTACGCCGCTCACGCGGTAAACCCTTCTGTCGAGCGTGGCGGAACTCTGAGTTTGGAGTCAGTCTTTTAGGGGTGGGGAAAACGCAGAGAGAAAAAGGAGCCAAGAAACCTTCTGGTGACAGCCTGGGTTGGCTCTGGTGTCTGAGCGCGCCGTGGTGACGCCATCCGTCAGCGCCCGCAGCCGAGCGTTGTTCGCGCCGCTGGCGGGCGCCTGCGCAGTGGCTCTTAGCGGGCGGTTGCTTGTTGGTTGTTGTAGTAACGGGGGAAGCAGCCTTCGGCGGCTGCGTTGATTCGGGCTGGGGAAGGAGGAGGGAGG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U3_D5 87160241 87160869 629 AGGACAGTGCCGTGCTATTTGCTATGGATGTTAGGCCTGTATGTATTTCAGGCCTGGAAGGACTCTCATTTTCTCTGCGCTATGCTAATGCAGTAAAGTGACTCAACAGGTACCAACAGTAGCCGGGCACGTGAGCGGAGCGTCACTGCCAACACACGGACACCAGAGGCCTTCTTTCCCTGACGTACGTTTTGTTGTGGATGTCAATGGCACAGAGGCAGCGAATCACTGATGAGAGCAGCGTCCAGATCCCAAAGGTCCGGGCTTGGAGGCCATTCACTGTGCAGTTAAAAAGAAGCAAGAGCAGTGAGAAGGAGGGCTGAGGTGAGCCTTGTCCTATGCTAGTCTGCTTCCCTGGTGATGCCTGGAAGGCAGCAGAGCCTGACCTCTCCGTGTGGGCCCCCCGGGGAATGGAAGGAATTCTGAGTGCTGCTCAGTCCTCTTCAGATGTCTATAGTTGGAAGGGAATGCAGCAGAGCTGCGTAGGAACATACAAGATGCCTAGCAGAACCAGTAGCCTTTGAAGACTGCTAGGAGAGACCAGATACCAGCACCAATGGAGAAGTCTTCAAGACATGGTTTTAAGAGGTCTAATATCTGCTCTACTGGGACAGAATTCAAGCTAGGTT
D3_G3 87156421 87160162 3742 ATTATAAAATGCATTACACAAATACAATTGACCAAAAGGTCTAAAAACAGCCCAGACTCTTCCAACCTTCATCCACCTGTAGATAAAAGAGGAGCCTGGTCCTGCTCATGAGGGCAGTCCTTCTCAGAAGAACTGCCTGTCCCCTGGGCCCAGCAATAGAAAGGAGCCCAGTCTATGTGCTCAGGACCTTGAAGCAGCCCTTGCCCGCGGCTGCTCTGGGCAGGCAGCAGCTGCGGCTTCACAGTTATGTTCCCACCACAACAGATCAAGGAATGCAGAGAAAAGCAAAAGACTGGAAAAGGAGCTAGAGGGGTTATAGCTAGGGGAGGACACATTAGGGGGCTTCTCAGAATTCCTTGACTTTGAAGGACTAACAAGAGTATTTTCTTTAAATGACTCCTAAATTATACATACATGTTAAGTAATTTTTCTTATGAATACCTTAAAAAATTTAAAAACATAAAAAAACCCCAAAAACCAAAATTTAAGATCAAAAAACAAAAAACCCTCTCGAAAGCTTAAGATGCTGAACCTAGATGAAGGAGTTAAGGATGCAGCCAAACAGAAATGGTTTAAGGATAGAGGGTGAATGAAGAAGACAGTGGAGGTGGAAGACGATGTTTCAGAGCTGGCAAGGCTGGCCTCAATTTCTTTTCTTCTGTCTGGATACTGGTTCTGCCTCTAGGTACCGGAGCCCGACCAGCATGCCCAGGATTGAGAAACCTTAGACAGACAGAGAAGGCTAAGTAAGGGTGGACAGACATAGCACCTTACTGGCCCAGTACTCTCTCCTCTCTACCAGCCCCGCCACTGAAGGAAGGGGACTAGGGTGGCCCGGTGCTTACTTGCTACCATCAGGGGTGCCAGCACACCAACTGTGGGAGCTGCTGTTCCAAATACAAACAACTCTGAGAGGAAGTGTCCCAGGGCGAGGAGGAATGTCCACAGTGTGATGTGATAGAGTCTGCAAGGGAACAGACAGAAACGGGAAAGGACATTACTGCAGAGTGTGACACAATGGTGGTTGAAAGGATCCACGTCCCTCAGATACACCCGGCTACTTAATCACTTCAAGCTCTTCTCTTCTAGGACAAATCTCAAGTTTGGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGCATAGCTCCGGCTGTCCTGGAACTTACTTTGTAGACCAGGCCGCAGTGGGCCTCTAGGACTTAGTGAGGTAGAGAACTCCGCAGAGAGTCTGGATCGCAGTCCGGGGCAGTGCAACCATCACACACACCATCACACACTAGCCTTACTTATGCGCTCAGTGCAAACTGTCAGATGGGGCAGTCTAAGGCTCCCCTAGCAGGTGCCCGGCCGTAGGCCAGCCTGTGCTGTATGACGGAACCATAAATGAACGTACTGGATGGGGACTAGGCAGCATGAGGCTTTCAGACGCTCTTGCAGTACAGTCGGCTTCTTTATGTCTTGGCCTAAAATCTGGTCTGAGGAGGAGGACATCTAAGAGCCCCAGAGGAGAAGAACTTCTTCATCAGTTTTGATAACAAGGTGCTGGCTGACCATTTGAATTTAGATTTTTTTTTTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGATCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCACTGCTAGGATTAAAGTAAAGGTGTGCGCCACCATACCTGGCTTTCTCTCCCCCTTTTTTTGTAAATTATGAAAAAAAATTAGGACACACTCCCAAGAAGCTAGTGAACTGTAGGAAGCACAGCGGGACGGACTCAGCCCTCTTGGTTCTAACACTTGTACATTTGTTTTAGATTCCTTTTTTCTGGTTTTGGGGATCAAATCCAGGGCCTCACGAATGCCAGGAAAGCACTTGCCTCTGAGCTAGGTCCCCCAAATGGACACTTTTATATTAAAGAACTAAAAATTGAAAACATTCGTGCTGTATCCTGTCCTGTCTTCTCTCCTGCCTCCCCATTTCTAAAAGAACCAGTATCTTAAATTTGGTTTTTATCATGCTGGTACATGTTGGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGGTGTAGGATGTTGGTGTGGTGTGTGTGTGATGGTATGTGGTGTGTGTGTGTGATGGCATGTGGTGTGTGATGTTGGTGTGTGTGGTGATGGTATGTGGTGTGTGATGTTGGGGTGTGTGTGTGTGTGGTGTAGGATGTTGGTGTGGTGTGTGATGGTGTGTGTGTGTGTAATGGCATGTGGTGTGTGATGTTGGTGTGTGTGTGTATGTGGTGTAGGATGTTGGTGTGGTCTGTGTGTGTGTGATGGTATGTGGTGTGTGATTCTGAATTCCCAGCTGAGGGCTGATAAGCTGAGGAAGTATGTCAGAGGTCTGTGGATCAAAGTCCTAAGCGAGAGAGGACTGGAAACGGCAGGTCAGCATTTGCCGCTGCTCTGGGTCAGAAGATGGAACACCGAATGGGCGGAAGAGGTGAGGGGATAACTTGTTTGTTCACTGGAACACACATCAAACAAAGGCCACATCCCAAGTACTTGTCAGCAATTCATCCTGGTGGTAAAAGGTCCTCAAAATGATTATCTGAGCCTCCAGACTTTCATTCACCCTGAGAGGTAGAACAGCTAGCTATCCTCATTTTACAGATGCAGAGTGAAAAAATAAACCTGATTACCAACACCACGGCGAGCAGACTCCGTCTTCCTGACCCCAGGCAGCTTCCACTAAGCCACCCTGCTTCTAAAAATATGGGTCCTATCTAGGACATGTAGTTTAGTTTCAAGGTTAAAAAAAAATTAAAAATAAAGATGGAGAGATCAAAGGGCTAATAGTCTTGCTTCACAACCCTCTTGAGTCAGGCTCCTTCTACTTAAATTAATTGGATTTTTAAAAATATTTAGACTGCAAAATCAGTAATGAAAATCACTACCCCTTTTCCCCCAAGGGATTGCTAAGAGGTGAAACATAGGTAAAAGCTCCTGGCAAAATCAGAGAGGAGCCATAAATATTGTTTCCTCTCTTCCCCAGATACTGCAGGGAGGGACAAGATAAAAAGATTTCAGCGTGAGGTCACCGTTTGACAGCTTCACCCAGTGAGCTGACCAATGACTGTTTATACCAAGCCAGAGGTGGTTACTGCAGGCAAGAAACCTTGAGCCCCCTCTAGCGGCCAGAACTGGGTATGGCATCATCTAGACAAGATGTCTCATTCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGAGCGTGCATTTTTAAATGCAGGCTTATTGTAAAGCTGCTAAGCTGCTCTTGGTCAAGTTTGCTGGCCCCGAGGACTGAGGCCAGGGGAGTTGCTATGGGAAAGGAAGGGGAGGACAGGGGAGCGAAAGCACACACACACACACTCGAATTCTCATATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACACACACACACACACAAACAGAGGCGTTGGGGGGAGGGAGAGAGTGTTTTCTTTTTTTTTCATGGATTTCTGATTAAGGAGGAATGTGCAGGCAGACACACACAGACACAGACACACACAGAGGGAGTGTGAGGAGAGAGTGTTAGTTTTCTTTCTTTCCGTGGATTTCTGATTAAGGAGGAAGGTGCAGAAGGTGTTTACAGGACTAGCAGTGCAGCCGGGCGCCTGAGCATTTGTCAGCAATGCTCAAGGTCCTTCTAAAGGACACCAAACCAAAC
U5_15 87160982 87176032 15051 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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 12, start 87160429: end 87160519
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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