High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mk2
Valid After Annotation
maybe
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 86997
Chr: X
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-179I7 : RP23-207E14 : RP23-81J17 : RP23-163C5 : RP23-81J14 : RP23-73I9 :
Instance: Plate 84: Well E09: BACs RP23-207E14 RP23-81J17 RP23-163C5 RP24-179I7
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 42093468 42093517 50 CATTTGATATCCTTATCATGCTGAAACCAATACTGTGAATACTTACCTTT
U5 42098316 42098365 50 TGTTTTTAAAAGACTGGGGTGATTTATGGTTATTCCTGCTTATAATCCTA
U3 42098450 42098499 50 CCTCTAATGGGAACTGATGTTATAGTTAAGTGATGGAGTGCCTGCTTAGT
D5 42098991 42099040 50 CCCAGTTTCTCCCTTACACAACTTCTTCCCTCATTCTCTCCCCATCCCAC
D3 42099121 42099170 50 GATCCACAGGCAGGCAATAGGTTTAGGAACAGCCCCCCCCACTTCAGTTG
G3 42102180 42102229 50 AACTTCATTGCAGAAAGGTATGCATTGTTTGTTTTTATAGGAAAATTCAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 39452218 39452297 80 CCTGCCATATCAAGTCACTGCAGCATTAGGTACATCCTCTCCTGCTGAGGCCAGACAAGGAGGCTCAGTTGGAGGAACAG
15_E_15 39436493 39467347 30855 TTTGAATATTTTGTTTATTCATTGTTTTAAATAGCACACAATTATTATAAAAGCATCCATACATAATTAATAGACCATAGGAACTTTTGTTTCTTTCTTATATTCTTAAATTTTTGTATGTAATTATATTTTATTACTTGTGTGCATTGTACCATAAATATTAAAGAGTTCTGCCAAAAAGAAAGTAGGTGTTCTAAGTGTGTATGTGGGGAGTGATCTATAAACTATCAATGACAGGTAGATACTACATAGTTAATCTTAATCTTTATTATTATCTTATATATACTAGTGTTTTGTTTGCATGTGTGTGTATGGGCACATGAGTACCTGATTTCTCCAGAGGCAAGAGGGCTATTGGATCCCCTGGAAATAGAGTTACATACAGTTGTGAGCTGCCATATTGGTGCTAGGAGCTGACCCCAAGTCCTCTGAAAGAACAGCCAGTGATCTTAATTGCTAAGTTATCTCTCATGCATCCTATGTATGTTTTTTAAGATGGGGTTTGTGGTATAATCCTACTAAAAACCCATCAAGTCAGGCTAAGGATATAGCTCCATGATAGAGCACTGGCCCCCAATATGATCCACAGGAGAACATACACAACAAAAAGAAGAGAATGCAAAGTCTTTATGTAAAAACATATACTAGGATTTTGTTTGTGTAAAATGATTTTTCTATCTAAAACATTATGGTACTAGAACTCATTAAAAGAATATAAATGTGTTAGGCATAGCTTTCTGCAGTCCCAGTTTATGAAAGGCTGAGGCAGGAGGATGGTGAGTTTATTGCTAGCTCTAGACAAACCTGGGCTAACCTCTGATAAAACCTTGTTTCAACTCTCCCCTTGCTCCCATAAAATAAATAAATGCACACCAGAAGCTTGAAATGATGCTACAGGCCTGTAATCCTAGCACTTAGAGAGCTAAAGAGGAGGATGACAAGTTCAGTAGCTTGCCTGGACTACAAAGCAGGGTCAAGGTGAGTCTGCTGAGTGATAGCTACCCGGTCTCAGACTTTAGAATGGGCTAGTGAGATGCCTCAGCAGTTAAAGAAAGCATTGCTGTGCTAGCCGGCTGAATCAAGTTCAGTCCCCAGAAGCCGTGCAGAGGTGGGAGGAAGAGCTGACTCCATCCACAAAGCTCCACTCTGGCTCTGTATACTCATGCTCTGGATTGCGTATGCCTTTCCCCCAAGTGTGCACATAAAGTTAAGTTTTGAAGGTAAGTGAAAATGTTAAAACCCTAAGATAGGTGAGGATATAATCCAGCCTTCTGTCTCTTTCTTGCCTAGTACTTGTAAGGTTAGTCTCCAGCACCACAAAGCAACAAAAAGCTTACTAATATTACAAATAAGCAGACAAGAATTCCAGTAAGACTGAAAAGTAGGGCTATATTATGAAAGGAGTCTCATTATAGAGGCAATGAAATTTACCTTTTAAAACTATTTAGAGTTGCCAGGAGGTGGTGGGACATGTATTCCCAGTGCTCGGAGGCGGGGGCAGGTGGATGTCTTGATTTCGAGGCCATTCTGGTTTGCAGAGTGAGGTCCAGGACAGTCAGGACTGCACATGGAAACCCAGTCTCTAAAAATAAAACAAAAAAGAAAAGAAATAAAAATGCAACCAGACTAAAGATGATGTACGTCTTTAATCTCAGCACTCAGGAGACAGAGGCAGGTGGATCTCTGTATTCAAGACCAGCCAGAGCTACATAGTAAGACCTTGTCTCAAAATAAAATAAAAGAATAGGGGCCGATAAGATAGGTCAGCAGTAAAATATGCGTTGTCTGCCAAGTATCATGACCTGAGTTCAATCCCGTGGGCACACATGATGAAAGAAGGGATCTGATCCCTGCATGTTGTTCTCTGATTTCCACATGCATGGTGTGGTACAAGCTCCCTGACCTACAAAATAAATGAATAGAACTTTTAAATATACAAGAGCCTAGTGTGGAACACATCCTTAAACCCAGCAGTTAGGAGATGATAGTCAAAGGGCCCTGAGTTCAAGGCTGCCCTGGGCTACATAGGATGCTGCCCTCCTTCCTCATTTTTCCTGTTTCCCTCAAAAATAGAATAATAACAACAATAAAGTAGTAGTAATACTTGGAAGCATAAGAGCAGAGATTGTCACTAGAATTTATATGCCTAAGAAAAAATTAATTGGGCTCTGGAAAAATAAGTTAAATACACAAGCACTTAGAACAGAAATGTCATAGTCCTTTCAGTGTCATTCTGAAAACACTGTACTCTGCACAGTTTCTACACCAGAGACAACAAATTGAAACACAACTCATGTATCTGGTAAAGGCAACTCTTTTTAGATTTAAAATCCACCTTTTAACAATTGCTAAACAATTTTAATATTTTTAAAGCTTTATTGAAATATAATTCAACTGCTATAAAATTAGTATACATAGCTCAGTGCTAGATCATTTGCTTAGCAGGCATGAGACCATGAGTTTCATCTCTTGTACCACGAAAGTAAGGAATGCATGAAGTCTATGTGCTGTTTCATGATTTTAGTGTGTTCACAGAGTTGGGAAGCTATCATCACGATCTTAAGTTTTAGTCCCACTGCTGCCAACAACACCCAGTTTCCACTTGTACTTACTCCCCAGTTCCATCCTTTAGTCCTAAACAGCAGCCAATACAGCACAGTAAGTGGGAGGCCTATGGTACGTTTGTGGGAGAGCATCTACATCTATAATAGAAAAGAGAAGTCTAAAGACTTAGAGCATACCAGTGACTTTCTGTGGTAAATAAAACAAAGTGAATCAGTTAAAACACCCACATACCATGGCTGTGTGCATGTGTGGAGGTCAGAAGGCAACCTTGGTTCTCACCTTTCACCTTGTTCAAGGCAGGGTTCTTTCGTTGTTTTCCCACTATGTGTGCTGGTTAGCTGGTCCCTGAACTTCCAGGGATTCTACTGTTTCTACCTTTCATCTCACAATAGGACCCCTGGGATTACAGATGCTTTCCATATCTGTCCGTCCAGAGATTCAAACTCAAGCCATCACATTTGGATGGCAAGCGATTTTTACCCACTGAGCCATCTCCCCAGTCAAGTTAAAACCTTTTTTTATTATGTAAGTAACATAATGTTATCAAAGTCACTGTTTACTGCTTCTCTAGTCCTCTGTATAAAAATCCTAAACAGTAGGTTGTAAGTAGCCTTAAGATAGGTAGCTCTAAATAAGTGAAATAGTAGCTATAAGATAGTTACATTAACTCTCATTATTATCATTATTAAGTCTTCCTGACTTAATCATGTCTGCATGATCTACCAAAATGTTAACAGATCTCTTATGAACATTTTACAGTAATCAAACTGCTTAAAGTTCCCAGGTTTTGCCTTTTTTGTTTAAGTGAAATTTGGTGCTGACCTTGTTCTTGACTTCCATATCCACAGTTAGTGCTGAGCACTCCCTTGGGAGTGACAGGCAGGCTTGTAAGCACCTGTAATGGATGCGCCTGCACATGCAGCTGCGTCTCATTTTGGTTTCCTCTCTTTTTTTTTTTATTAATCATTCCATTCATTTACATCTCATGATACTCTTCTTCCTGGTTAGCCCTCCACAAGCCCCATCCCATCTGTCCTCTACCCCTACCCCTTTGCCTCTAGGACAGTGCTCCTCCACCCACCCACTCTCACCCAACTTCCACTCTTCTACTAGCAGTTTCCTTCCTTTCTTTCCGTTCATCCATGTTCTCCTTCCTTCCTTCCTTTGTTTAGTTTGGTTTTCAGGTAAGGTCTCACTGTATATTCCAGGCTGGCCTGGAGCTTACTCTATAGATAGCCATGGTTGGTCTTGACCTCCCAGCAATCGTCCTGCCTCAAACTCCCAAGTGCCATTCAGGCACGAATCACCCTGCCTGCCTTTTAAAGACATTTTGAGATAAAGATCATGTGTAATGTTGTAAGCATTCTAATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACAAGACAGGGTCTCATAATATAGGTCTGTCTGTCCTGAAACTCACTATGTAGACCAAGCTAGCCTCAAACTCACAGATACCCTGCTACCTCTGTCTTCCCTTCCCTCCCAAGTGCTAGGGTTAAACACGTGTGGCATTACTCCTAACACGTTTTTCCTACTAGCTATAATCATGTCCCAGTAAAGTTCGTCGTCTTCAATACTGTTGCTGCGATACTGTCATTGCACAAACTTAGTTTTCAATTCATTGAATAGTATATACTGGGTCTTGATAATTATTATGCCTTAATATAGAAGCAATCTGTTAAAAAATTTGTTAATTAATTTGCAGTTGGTAAGTTGGCATTGTTTTTGTTTCTGTATGTCTTAACCTACTTCCTTCTCATTTTCTCTTTAGGTTAGCATTCAATCCTCTTGTCTTAGCACTTAACCATAGTCTTCTTTATACAGCTGACTAGGGTGTGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTACTTTTTGTGAGGGAGAGAGGATCTTATGTAATCAAATTGTTCTTGAACTCACTAGTAACAGAGGCTGCCCTTGGACTCCTGACTCCACCTCCCATGTGCAACTAATTCCAACATTCATGTCTGTTTTAAACATCTTATATCACCATCGTAAAATTTTCCAAGTCTGTCATAAAGCATGGACCATTGCTTGCTATCCGATTATGTTACATTCTTGACTTCCATAGTGCTGTTTCCCTCGGGATTTTTCTTTTTAGGACAAAGCTTTCTTTGACATGTGTTCTTCCTCACTTTTCTCCATTTCCGGTTAGCCTGAGTGTACTGATAGAGAGAAGCCGTAAATTATCTCAGCATACTCTCTTGCATGTCAAATCTTTTTCTTTTCTGTTATGTTTTCCCAGTAGGCATATACCCTGTTTTTTTTTTCACAATTCTGTGCTTTTTGTAGAATTATACTTCTCTCCCAACCCCAGGTTCCCCCCCTTCTGTGTGTATGTGTGTAAGTTTTATTGCATGACCATAT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 1 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found less than four RP24 bacs: looking for extra from RP23
Found 5 RP23 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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