High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by vvi
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 85376
Chr: 12
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-560C12 : RP24-70N2 : RP24-545L4 : RP24-312B20 : RP24-301O12 : RP24-126B20 : RP24-332H15 : RP24-79A24 : RP24-74N3 : RP24-536M17 :
Instance: Plate 92: Well E05: BACs RP24-70N2 RP24-312B20 RP24-560C12 RP24-545L4
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 69727354 69727403 50 TCAACCAAGAAAATGCCCCACAAATCTTTTACCTGTCATACGTAAGAGTT
U5 69721842 69721891 50 TCCCTGGGGGTCTCCAGCCCCAGGAGGAGGTGGACCCTCCTGTGGATTTC
U3 69721729 69721778 50 TTTCTGTGTTTTTGGAGGAGGGTAAAGCTGATAGCATCACTAAGGACAAT
D5 69721103 69721152 50 ATGCAACTATCTAAACTGCATACTTATTATGTCAATAAAACTTACTTTTA
D3 69720998 69721047 50 AGGGGTCCGGGAGTGGTAGGAATGGGAGCTGCTGGTATAGGGTTTATTTT
G3 69717449 69717498 50 CCTGCTTCTCCCTAAGTTATTGAGTTGTACATTGTTATAAAAGTTTTTTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 70822035 70822089 55 GGGGGTAATGAAAATATTTTTAAATTAGTGTTAATACTGGTACAACTTTGTAAAT
G5 70828341 70828390 50 TCAACCAAGAAAATGCCCCACAAATCTTTTACCTGTCATACGTAAGAGTT
U5 70822829 70822878 50 TCCCTGGGGGTCTCCAGCCCCAGGAGGAGGTGGACCCTCCTGTGGATTTC
U3 70822716 70822765 50 TTTCTGTGTTTTTGGAGGAGGGTAAAGCTGATAGCATCACTAAGGACAAT
D5 70822090 70822139 50 ATGCAACTATCTAAACTGCATACTTATTATGTCAATAAAACTTACTTTTA
D3 70821985 70822034 50 AGGGGTCCGGGAGTGGTAGGAATGGGAGCTGCTGGTATAGGGTTTATTTT
G3 70818436 70818485 50 CCTGCTTCTCCCTAAGTTATTGAGTTGTACATTGTTATAAAAGTTTTTTA
G5_U5 70822829 70828390 5562 TCCCTGGGGGTCTCCAGCCCCAGGAGGAGGTGGACCCTCCTGTGGATTTCCCCCCCACCCCCTCCCTTCTTCCTACCATCTCATATAATCCCTCAAATAAACCACCTCCTCTCAAGCCCTTGCCCCAGACTTTGCTTTCAAGAGAACACAAAATGAGACACTAACATCCACATTTTTCATAACTGATTCAGCCTGACAAAATAAGCAGGTTCCCAGCAAGCTGAGGGCATACATACCTAAATCTTTCTCCTTTTCCACCACACCAATCGAAAGTCCAGGATGTTTCAGGATGAGCGTTCTGGCAGAGGCAAGGCCCACAATTCCACCTCCAACGATGACTATATCAAAAGAGCTTTAAGAGAAAGCAAGCTTTAAGAATTTCAATTTAGGAGCTGGAGAGATGGCTTGGGGGTTAAGAGGCCTGGCTGCTTTTCCAGAGATCCTAAGTTCAATTTCCAGCAACCACACGGTGACTCACAACCATCTGTAGTGGGGTCTGCTTTTGGCTTCTGATGTGCATGAAGATGGAGCATCCACATATTTATGTTTATAGACCTCACCAAACTTCACTTGCATAATTCTCATTAGGGAGCAATTAAAGTACTAATTTATAACATGTCATTTATGTATTATATGACACATATCTCATTACATAGCACATACCATTTATACTATCATTTGCCCTTTGCCCTCCCAGACAGAATCAGATACTTAAGTTCTGCTGGGACCATAGTCTCTGCATATGAACCTTCTTCAGCTTCACTCTGATCATGATGGAGCTTTTATCATAGGCTCCTGGGTGGCAGGGAAGGAGTCAGGGGAACCATGGATGAAAGTGAACCAAAGGATGGTGAGGGTGGAGGCCTCCTACATGAGACAACCAGCAGATAGATGCCTCTACCTGAGGATAGGTTATGGGAGGATAGGTTATGGTCAAGGTTTTCTCTCCAGAGATGCTTTCAGAGGCCCATAGACCTTAGCACAACCAATCATGTTATAGGCACCATCCTAAGCTTAGAACCTAGCATGGAGGCCCCCAAACCTGCCAAAATGGGAACACAGACCAAATCCAGCAAAGACCTAGTCCACAGTTACAGGATCCAGGAAAGTCCCTAAACCTTACTTTTTGGCTGGTATCACTGCTGACTATTAGAAAGCCAGCACTTGGCAGATACTGTTCATTCATGTTGCTACCAGGGCAGCTGCTATAGCCCAGTGTCTGGCAGAGCTGTGGGCAGCTGTCAGGGCTCGTCTTTGGTGATCCTCAAAAGCTCACTAATAACCGGGCCCTGACACCTTAGAGGGCACCCGTGTCCAGGCCCACAATAGAGCATTTCTATGCCCAAACTGAGATTACACAAAATATGATTAAACTGTATAGAGCTATACACAGAACACAGAATGCACATAAATTTGGTAAAACCTGAATGTGTGCATTGTATCAACATTAACACCAAGGCAAATGGTGGGACAGGAGGAAGGTGACATAAAACCATTCTATAATTTTTGCAACTTTCTATAGGTCTACAATTGTTTCAAAATAATCAGTATTTTAAAAACTGGGATAAGAAAATGGTTAATTGGCAAAGTGCTTGCCATACAAGTGAGGACTTGAGTTTGTACCCAAAGCACCTTTATGTAAGGGCATTCCTTGTTCAACCCATGTAACCTTGGGATCAGGGGCAGGGAGACAGGCAGATCCCTCGTGCTTACTGAGCAACCAACCAATCACCTCAAGAGACCCTATCCCCCACCCCATCCCTCTCCTGCCCCGAGGCAGTGGAGGCAAACACCTTTAATCCCTGCAGACACTGAAGATCTCTGAGTTCAAGGACAGCCTGGTCAACAAGATAGCCAGGATACAAAGAGAGACCCCATGTGGAAAAAGCAAGTGACAGATAGAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACGGAGGGGGAGGGAAAAAGGGAGGGGGACAGGGAGAGGGAGAGAAATTGGGAGAGATCCAGTCTCAAAAGTTAAGGTGGCGCAGGTTGGGTGGCACGTGCCTTTAATTCCTGCACTAGGAAAGGAGTGGCAGGTTGATAGCTTGAGGCATTAGAGGCCAGCCTGATCTACACCGGAGTCATAGGACAGCCAAAGGAAAACAAACCAGTACCGTTTAACATGCTTTAAACGCGTCTTAAACAAAAACACTGCCCCTCTCCAGGGTCGTGCCACACCTCGGTCTGCCACTAAATCCATTCGCATGGTCTACCTTGTCTCAAACAATCAAAAGCTCCCCCACCCCCACCCCTCCACCCCGCCCTTAAAGCTTTCACACCGAACACTGTATTTGCCAGCTTTCCTAGGCAGCTCACAGTAGGCAACTGAGTTGCTTCTAGTGAGGACAACTCTAGTGTGTGCAAGGAACTGACCCACAGAAGCCAAGTTCTGGATTTTCCAAGCAACACAGGGGATGATAGTTAAGAAGCTGCATACTTATTGGCAGTGTGCTAGGTCTTTTAATCTTCAAAGTGACCACCTAGGGGCCAGACTAGGATCCTAGTCACCAGTCACCCTTTAGAGTGGTTAAGAAATGGAGAGGAGTTGTGTATTCGGAGCCAGATTAGCTCCGGACCTCAACTCAACACTGCCTTTCCTATGGCGCACAAACGCAGTGGACGAACCCTGCGGGTCAGCAGCTCCTGGGATTCGAGGCTGGACCACAGAATCAGGACTTCCTCGCCGGGGACAGAGACATCGAGTCGGGGGACACAGACAGGTTCAGTTGGAGATCCCTGAGCGGAACAGCAAGTGCAGGCCGCCGCCTCTCACTTACCTGGTGCTGGAGCTTCTGCGGCCACCCCCGCACAGTAGCCCGGGCACCCCGGACGCCGGTCCACTTGCGCGGAGGAAGCCCCCAGCCACGCAGTACCGGGCCAGTCCGCAGACACCGCCTACGTAGCGCAGGGTCGGCCACATGGCCTGCGCCACCTCCCCTCCCTCCACCCCAGCACCCGCAACCTGAACGGACTCTAAGGGTGAAGCGCGCCGCTCTCCAGCCCCGCCCCCAGACGAGAGCCAATGAAACACGCGCGTTTGCCTGACGTGGGCGTGGTCTCCGCTGGCCAATGAGCGAGCGCCGTGGAAGGAAAAGACCGAGGGCGAAGGGCCGGCCAGGCGCAGGGACGCAGCACGCCGTGAGTAAGAGGAGCTAGGGCGAAGGCGGGGACCGGGTGGTGGTTCCACTCTCCGGGACCTCCGCCCGCACAGGCTTGACTGGACGCCGGCGCTGTTCCGCCAGAGAAGGCTGGGCATGTCGGGGTGACCCCTGGCTCCTGCGGCCTCTCCTTCGGCCACGCCTCCTGGTCGGTTGGCGACGCTGTGGCCCGGGAGCTGGGGACTAAGCCACCTCCTGCCGCTCCCTGTCACTACCCTGCTGATTGCCCGCAGGTTTCTGGGCCCTTCATGGGGCTCCTGGTTGGTTGTTCATTCAACCACTGACTCAGCTTGTAAATATCGGGCGCTGAGCTAGGCGCTGGATGAAAGTAGACGGCTCGGTCTCTGTCGTCATTTAGTGTTGTTTTTTTGGTTTCTATTATTGACTTGTATATGTGCCTATGCGAGCTTATTGCAACAGGTATGTGCAGGAGTTTGTGAGACCAGAAAGGGGAGTACAGGATCGCCTGGAACTGGAAATTCTGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAATCTAGGCCCTCAGGTAAGACCAGTTAACAGTCTTAACCATAGAGCCATCTCTCTAGCCCCAAACTTTTCTTTATTAATTTACATCTCTGCCCCAGCTTCCCCTTCCTTCTCTCAGGCCTTCCTGACTAAGCCAGCTCAGTCAACAGGTTCTCCAGGGAGGGATGAAAAAATTGAAAAGAAAAAGACAATTAGACAGTACTATTAACATAACCCTAGCCCGTTCTGAGGTTGAAGCAAGGTTATTTTTCCTCCAGTCAGTCTGCTTTTATACAATTCTAAGTACATGCAAAGAATAAGGTCAGTCCTAAGTCATAAACAGAGTTAAGGAACAAAGCCTAAACAAAGGTGCCATGATAGTTGTATTCAGAGTCTTATCAAGACCCATCAAAATACAAAATAACTCTGTCCTCAGCTGTGTTCATCTTGAGCCTACTTCCCAGTCCTGGCCCAACCTCAAATTCTTGCCAAATTTTTAAAAGCAGGCATCCAAAGCGCTGTAGCCTTCTTCTCACTATCGACCCCACCCCCACCCACCCACTTAGGAAAAGGGGCAGCCTCCTATGGATATCAACCAGCCACTGTATGTGACGTTGCATAAGACTAGACACATTCTCTCCTCTTGAAGCTAGACAGGGCAGCCCAGTAGGAGAAAAGGGTCCCAAAGGCGGGCTCCTGCTTATCCCACTTGAAAACCAAGCTACGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAACGAGATCTGACTCCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAACCAAGCTACACAAGTATAACATATGTGCCTAGGTCAGTCCCATGCAGACTTCCTGGCTCAACCTTTCCTTAATCACTAGACTAAGAGAGAGCTTTAAATGTCCATGCCTCCAGATAGCCACTCACAGGGGAGGGCACTTGTGTTTCCTCCACTGTAAAAATGAGAGCTATGCAGTCACTTAAAAGACCTTATAACTGTAAAACTTTGTGGTTCTTTGTCACCATACCAATGTAATTCCCATTCGGTGCTTGATGGTAGTCCTTCATCTTTAGGGTTAGACCAGCTTAACAGGACAGACTGTCGCTGGAAGGAAGGACTCGCTGGTTTGAATGTTGGTTCCAGCCAGTAGGTGGCTCAGGTTCAACCTATCATC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U3_D5 70822090 70822765 676 ATGCAACTATCTAAACTGCATACTTATTATGTCAATAAAACTTACTTTTAATTACATGAAATCACAAATCATGTTTTGTTATTCCTTAGTACTATATTAAATTACATAGGCACAAAAGCAGGAAAAGTCACATCTTTTTAAAATTTTCAACATTAAACCTAAGAAATTGCTTGCTCTAAATAAACCGAGGCCACAGTGAAATGCTGTACCTTGCCACATTGCCTGTAGGGAATTCCCTTGAGGTTGCAGTACTCATAGATGAGGGCTGCGCCTTCTACACACAATTTAGCCTTCAGAGATTCTGGTTTATAGTAAATACCACTGTGTATGACACCGCTGTTGTGTCCAGTCTGGTGAAGAGCTATGAAACAAGAGACAGGGTAAATAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAATGTCTCACACAAAGCCTAGGAGGTGATACACGAAGCTATCTGAGCCTACATCATTGAGAAATTCTGCCTAGAATTGTTTTATCGGCAATGTCCTATAGCAGCTATCCTGGCATCCATGCTAAACCATCCTTGCTTGATTTCACCTAAGCTTTGTTTAAAACCACTTCATCAAGCCACTTTAAAGGCCTTCAGAGGCTCTCTGCACATGCTCCAAGGCCCTTTCTGTGTTTTTGGAGGAGGGTAAAGCTGATAGCATCACTAAGGACAAT
D3_G3 70818436 70822034 3599 CCTGCTTCTCCCTAAGTTATTGAGTTGTACATTGTTATAAAAGTTTTTTAATTGTATTCTGAATCTTTTAATTTAATTTGATAGTCAGTATGTGGTTAATTCGTTAGCAGTGCTGGAAGTGGTGGTGAAGGTGAATTTTCGATCCACTATAGGGGATTTGTTAAATAAATTGCAATCCTTAATTTTAAATAGGAGTTCTCCATTTTTTGTCCAACACATTCTAGCTCACACAGGCTTGCCTGGCCCTTTAGCAGAGGGCAATGATTTGGTTGATAAAGCTGCTAGAGCTGCTTCTGCCTTTTTGATTCAAACACCTGTAGAACTGGCTTGTGATCTTCATTCACAGTTTCATGTGAATTCCAAAACACTTTCTTCTCTATTTCATATTACTAGAGCAGAGGCAAGGGATATTGTTACGGCTTGCAAAGCCTGTGCCCCCCTATTGCCTCAGGCGAGTGTGGGAGTAAACCCTTGCGGCCTGCTTCCCCTCCACATTTGGCAAATGGACATGACTCATTTTTCAGAATTTGGTAAACTGCAGTTTGTTCATGTTTCTGTAGATACAGCCTCTGGGGTGTTGTTTGCCTCCCTGCATACTGGTGAAAAGGCACACCATGTCATTGCCCATTGCTTTGAGGCATGGGGTGCATGGGGTCAGCCCAGAGAGCTTAAGACTGATAATGGACCTGCTTATACTTCAGCTTCTTTTTGTTTCCTTTTGTAAAATGATCGGTGTCCGCTTGGTGCACGGTATACCCTACAATCCTCAGGGCCAGGGCATCATTGAAAGAGCCCATCAAACTCTGAAAGAGTGTCTAATAAAACAGAAAGGGGGAGTAGCCTCTGGCACTACTCGATTAGCCATTGCTCTCTTTACCTTGAATTTTTTGAATAAAGATAAAAATGATTTGACTGCTGCGGAACAGTTTGCCAATCCTGAGGCATCCTACAGAGGCACAGTCATGTGGAAGGATGTTCTGAGTGGACGATGGCAAGGGCCTGATCCTGTGTTGTTCTGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAGGATCATCACCAGCCGCTGTGGGTTCCGGAGCGATTGACGAGGGTAGTTCAAGATGGACAGAGGTGCCCTGATGAAGCTGCTCCTGGGGGTGATAATGCTGCCTGCAGTGATGACTGAAGATCTACGATGGGCCCCCTTTTGTAGGGGTATTCGAGATTCGCTGCCCCCATGGACCAGCTGCCAGTCCAGGAAAGCTGCGTGGGCCGTGAAAAAATATTTTACCTTTTCCCCTTATATTAGTACCAGTCATAATTAAACGTTTTCAGGGTTTAATTGGATGTATCAAAATCCAGCCCAGAGAGGGGCAAGCAATCCCTTTAATGTTTGGCTGTTGTGTGGGATAAATTGGGAGTTGTACAGATCTTTCTTCTTTGAGTATTTTGATGGGTGGGGTGTGGGGAAATGCTAGCTTTTATTGGAATGGATCTATATTTTTTGAGTCTTCTGTTATTCAATTTGCTTATGGGAAGAATGTATTCTTTAAAGCCACACCTGTATGTGTTTGGCCTCCTTTTGTATTTTTAGTTTATAATGGTTGTTATTTTGATGATGTTGTAGAATGTAAGGAGGATAGCTGTTTTTATAGTATGTGTTAGAATGCTTCTATGTTTTCTTTAGCTATTGTGACCAGAATGCCTAGATTTGTACCATGGCCCGTGCAGACCCCTTCGGTTATGACCTTGTTTAGACCCAAAAGAGATTTTGGGATAGTCCATATCAATTCCACTTGGGTATCCATGGCTGAAGGACTTGCAAATTGGATTGCCACTGCTATGTCACACCTAAAGGAATGGGCCGGTATTGGTGGATTGGCACTGTGCTGCGTGCTCATCAGTGTCCTGGCCTTTTGGTGCATCTGCCGCATGCAATATCGCCATTGCAGGGCTCAAGCTCTGTTGATACAAGCTTTTGCAGCTGTGGAGATGGGACAATCTCCTTAAGTGTGGCTTGGCATGCTAGGGAAGTAGTCAATGACGGGTAAGACTCCCTGGACGTGTTACCAACCTAAGACAGGGATCAGACCACTGCTGTCTGTCTCCCGATGACGGGTAAGGAGCATTTTTGCAGGGGGCAACCTAAGACAGGCATTCTCTCTGCCAATTTAAAGAATAAAGGGGAGATGTGAGGAGCGGGTGTGGCCGCAGCCCCAAGATGGTGCCCGGGACTGCTGCCAAGTCTTATGACTGGCACCTGACTTCTTCATATCCCTCAAGATAGCCATGTACCTTGAGCTGCATTGCGCAGATGCACCACATGACGTGACGAATATAGTCCTGAGCCAATGAACTGTGCCTACGTGGACTGGGGTGATGAGGAGTGGACTGGAGGGGATAAAGGGGGATGGCCGAGAGACGTCGGGATTCCTTTTCCTGCACATTGTTAAGTTCCTGAATACACTGCCTTGAGAAGGACGTAGGTTTCATCGCTTCTTTTCTGCTGGTTGGAGACGGTAGCAACATTGGATACTTAAGTAGCCTTTCTGCCTTTATCTGTACTTTACTTTATTGCTAAAGTAGTACCTCACAGAAGTATACACACATACACACACACACACACACACACACACTTTCATACACACAAAGAAAAAGTACTCGGTATCATTAGTCAACAAAATGAGGAAAGCCAGCTATACTGTTAAAAAGCTATAGTTCACCGGGTGTGGAGGCGAACGCCTTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTAAAAAAAAAAAACCAAACCAAACCAAAACAAAACAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAGCGCTATAGTTCAACTTGGAGGCTGAGGCACAAGACTTTAAAGTTCAAGGCTATCCTGAGCTACAGTGGGAAACGCCAGCTTTAAAACAAAAAAACAAACAAAAAAACCCCTAAGCAACAAATGAACAAACAAAAATTTCTATGAGGTACTACATTGCTATCAGATTGGCTAAAATAAAAACAAAATAATAAGCATTGATAAGAATAAGTAACATATGAGGCTAGGGGATCCTCACTAATTACTGTAACAATCTGGAAAAAATGTTTGGCAGTTCCTTCAAATATTAAAGATTGAGTTTCCACAGGACCCAGGAATTCCATTTCTAGAAATATTCCACTGAGAAATGAGAATTTTCCTCCATAAAAGTTATACATAAATACCTATTACTATATTATTTATAACAAAAGAAGCAGAAACAACTCAATGGATATCAGCTGGTAGGTGCCTAAGCAGGGTGAGGCACATCCTCATAATGGTGTCAGCATCAGAGAGCATGGGGTACTAACTAATGCTCCAGTATGGACAAGCTCCGAAAACATGATAGTAAGTGTCGATCTTTTTTAAATATCATAAAATACAGATGTTCAGACATAATCCTACTTATAAATATGTATAAAAGCAGGCAGTTTTTATAGAGACAGAAAACAAAATGGTTGTAAGGGGTCCGGGAGTGGTAGGAATGGGAGCTGCTGGTATAGGGTTTATTTT
U5_15 70822829 70837879 15051 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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 12, start 70822299: end 70822450
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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